MUON/AliMUONClusterFinderMLEM.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-----------------------------------------------------------------------------
  19 /// \class AliMUONClusterFinderMLEM
  20 ///
  21 /// Clusterizer class based on the Expectation-Maximization algorithm
  22 ///
  23 /// Pre-clustering is handled by AliMUONPreClusterFinder
  24 /// From a precluster a pixel array is built, and from this pixel array
  25 /// a list of clusters is output (using AliMUONClusterSplitterMLEM).
  26 ///
  27 /// \author Laurent Aphecetche (for the "new" C++ structure) and
  28 /// Alexander Zinchenko, JINR Dubna, for the hardcore of it ;-)
  29 //-----------------------------------------------------------------------------
  30
  31 #include "AliMUONClusterFinderMLEM.h"
  32 #include "AliLog.h"
  33 #include "AliMUONCluster.h"
  34 #include "AliMUONClusterSplitterMLEM.h"
  35 #include "AliMUONVDigit.h"
  36 #include "AliMUONPad.h"
  37 #include "AliMUONPreClusterFinder.h"
  38 #include "AliMpPad.h"
  39 #include "AliMpVPadIterator.h"
  40 #include "AliMpVSegmentation.h"
  41 #include "AliRunLoader.h"
  42 #include "AliMUONVDigitStore.h"
  43 #include <Riostream.h>
  44 #include <TH2.h>
  45 #include <TMinuit.h>
  46 #include <TCanvas.h>
  47 #include <TMath.h>
  48 #include "AliCodeTimer.h"
  49
  50 /// \cond CLASSIMP
  51 ClassImp(AliMUONClusterFinderMLEM)
  52 /// \endcond
  53
  54 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZeroSuppression = 6; // average zero suppression value
  55 //const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-6; // (cm) used to check overlaps and so on
  56 const Double_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision = 1e-3; // (cm) used to check overlaps and so on
  57 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkIncreaseSize(-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,-AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
  58 const TVector2 AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDecreaseSize(AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision,AliMUONClusterFinderMLEM::fgkDistancePrecision);
  59
  60 // Status flags for pads
  61 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkZero = 0x0; ///< pad "basic" state
  62 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkMustKeep = 0x1; ///< do not kill (for pixels)
  63 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkUseForFit = 0x10; ///< should be used for fit
  64 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkOver = 0x100; ///< processing is over
  65 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkModified = 0x1000; ///< modified pad charge
  66 const Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::fgkCoupled = 0x10000; ///< coupled pad
  67
  68 //_____________________________________________________________________________
  69 AliMUONClusterFinderMLEM::AliMUONClusterFinderMLEM(Bool_t plot, AliMUONVClusterFinder* clusterFinder)
  70   : AliMUONVClusterFinder(),
  71 fPreClusterFinder(clusterFinder),
  72 fPreCluster(0x0),
  73 fClusterList(),
  74 fEventNumber(0),
  75 fDetElemId(-1),
  76 fClusterNumber(0),
  77 fHistMlem(0x0),
  78 fHistAnode(0x0),
  79 fPixArray(new TObjArray(20)),
  80 fDebug(0),
  81 fPlot(plot),
  82 fSplitter(0x0),
  83 fNClusters(0),
  84 fNAddVirtualPads(0)
  85 {
  86   /// Constructor
  87
  88   fSegmentation[1] = fSegmentation[0] = 0x0;
  89
  90   if (fPlot) fDebug = 1;
  91 }
  92
  93 //_____________________________________________________________________________
  94 AliMUONClusterFinderMLEM::~AliMUONClusterFinderMLEM()
  95 {
  96 /// Destructor
  97   delete fPixArray; fPixArray = 0;
  98 //  delete fDraw;
  99   delete fPreClusterFinder;
 100   delete fSplitter;
 101   AliInfo(Form("Total clusters %d AddVirtualPad needed %d",
 102                fNClusters,fNAddVirtualPads));
 103 }
 104
 105 //_____________________________________________________________________________
 106 Bool_t
 107 AliMUONClusterFinderMLEM::Prepare(Int_t detElemId,
 108                                   TClonesArray* pads[2],
 109                                   const AliMpArea& area,
 110                                   const AliMpVSegmentation* seg[2])
 111 {
 112   /// Prepare for clustering
 113 //  AliCodeTimerAuto("")
 114
 115   for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 116   {
 117     fSegmentation[i] = seg[i];
 118   }
 119
 120   // Find out the DetElemId
 121   fDetElemId = detElemId;
 122
 123   delete fSplitter;
 124   fSplitter = new AliMUONClusterSplitterMLEM(fDetElemId,fPixArray);
 125   fSplitter->SetDebug(fDebug);
 126
 127   // find out current event number, and reset the cluster number
 128   fEventNumber = AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber();
 129   fClusterNumber = -1;
 130   fClusterList.Delete();
 131
 132   AliDebug(3,Form("EVT %d DE %d",fEventNumber,fDetElemId));
 133
 134   if ( fPreClusterFinder->NeedSegmentation() )
 135   {
 136     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area,seg);
 137   }
 138   else
 139   {
 140     return fPreClusterFinder->Prepare(detElemId,pads,area);
 141   }
 142 }
 143
 144 //_____________________________________________________________________________
 145 AliMUONCluster*
 146 AliMUONClusterFinderMLEM::NextCluster()
 147 {
 148   /// Return next cluster
 149 //  AliCodeTimerAuto("")
 150
 151   // if the list of clusters is not void, pick one from there
 152   TObject* o = fClusterList.At(++fClusterNumber);
 153   if ( o != 0x0 ) return static_cast<AliMUONCluster*>(o);
 154
 155   //FIXME : at this point, must check whether we've used all the digits
 156   //from precluster : if not, let the preclustering know about those unused
 157   //digits, so it can reuse them
 158
 159   // if the cluster list is exhausted, we need to go to the next
 160   // pre-cluster and treat it
 161
 162   fPreCluster = fPreClusterFinder->NextCluster();
 163
 164   if (!fPreCluster)
 165   {
 166     // we are done
 167     return 0x0;
 168   }
 169
 170   fClusterList.Delete(); // reset the list of clusters for this pre-cluster
 171   fClusterNumber = -1; //AZ
 172
 173   WorkOnPreCluster();
 174
 175   // WorkOnPreCluster may have used only part of the pads, so we check that
 176   // now, and let the unused pads be reused by the preclustering...
 177
 178   Int_t mult = fPreCluster->Multiplicity();
 179   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 180   {
 181     AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(i);
 182     if ( !pad->IsUsed() )
 183     {
 184       fPreClusterFinder->UsePad(*pad);
 185     }
 186   }
 187
 188   return NextCluster();
 189 }
 190
 191 //_____________________________________________________________________________
 192 Bool_t
 193 AliMUONClusterFinderMLEM::WorkOnPreCluster()
 194 {
 195   /// Starting from a precluster, builds a pixel array, and then
 196   /// extract clusters from this array
 197
 198   //  AliCodeTimerAuto("")
 199
 200   if (fDebug) {
 201     cout << " *** Event # " << AliRunLoader::GetRunLoader()->GetEventNumber()
 202          << " det. elem.: " << fDetElemId << endl;
 203     for (Int_t j = 0; j < fPreCluster->Multiplicity(); ++j) {
 204       AliMUONPad* pad = fPreCluster->Pad(j);
 205       printf(" bbb %3d %1d %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f %6.1f %3d %3d %2d %1d %1d \n",
 206              j, pad->Cathode(), pad->Coord(0), pad->Coord(1), pad->DX()*2, pad->DY()*2,
 207              pad->Charge(), pad->Ix(), pad->Iy(), pad->Status(), pad->IsReal(), pad->IsSaturated());
 208     }
 209   }
 210
 211   AliMUONCluster* cluster = CheckPrecluster(*fPreCluster);
 212   if (!cluster) return kFALSE;
 213
 214   BuildPixArray(*cluster);
 215
 216   if ( fPixArray->GetLast() < 0 )
 217   {
 218     AliDebug(1,"No pixel for the above cluster");
 219     delete cluster;
 220     return kFALSE;
 221   }
 222
 223   // Use MLEM for cluster finder
 224   Int_t nMax = 1, localMax[100], maxPos[100];
 225   Double_t maxVal[100];
 226
 227   Int_t iSimple = 0, nInX = -1, nInY;
 228
 229   PadsInXandY(*cluster,nInX, nInY);
 230
 231   if (nInX < 4 && nInY < 4)
 232   {
 233     iSimple = 1; // simple cluster
 234   }
 235   else
 236   {
 237     nMax = FindLocalMaxima(fPixArray, localMax, maxVal); // for small clusters just to tag pixels
 238     if (nMax > 1) {
 239       if (cluster->Multiplicity() <= 50) nMax = 1; // for small clusters
 240       if (nMax > 1) TMath::Sort(nMax, maxVal, maxPos, kTRUE); // in descending order
 241     }
 242   }
 243
 244   for (Int_t i = 0; i < nMax; ++i)
 245   {
 246     if (nMax > 1)
 247     {
 248       FindCluster(*cluster,localMax, maxPos[i]);
 249     }
 250
 251     MainLoop(*cluster,iSimple);
 252
 253     if (i < nMax-1)
 254     {
 255       Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 256       for (Int_t j = 0; j < mult; ++j)
 257       {
 258         AliMUONPad* pad = cluster->Pad(j);
 259         //if ( pad->Status() == 0 ) continue; // pad charge was not modified
 260         if ( pad->Status() != fgkOver ) continue; // pad was not used
 261         //pad->SetStatus(0);
 262         pad->SetStatus(fgkZero);
 263         pad->RevertCharge(); // use backup charge value
 264       }
 265     }
 266   } // for (Int_t i=0; i<nMax;
 267   delete fHistMlem;
 268   delete fHistAnode;
 269   fHistMlem = fHistAnode = 0x0;
 270   delete cluster;
 271   return kTRUE;
 272 }
 273
 274 //_____________________________________________________________________________
 275 Bool_t
 276 AliMUONClusterFinderMLEM::Overlap(const AliMUONPad& pad, const AliMUONPad& pixel)
 277 {
 278   /// Check if the pad and the pixel overlaps
 279
 280   // make a fake pad from the pixel
 281   AliMUONPad tmp(pad.DetElemId(),pad.Cathode(),pad.Ix(),pad.Iy(),
 282                  pixel.Coord(0),pixel.Coord(1),
 283                  pixel.Size(0),pixel.Size(1),0);
 284
 285   return AliMUONPad::AreOverlapping(pad,tmp,fgkDecreaseSize);
 286 }
 287
 288 //_____________________________________________________________________________
 289 AliMUONCluster*
 290 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPrecluster(const AliMUONCluster& origCluster)
 291 {
 292   /// Check precluster in order to attempt to simplify it (mostly for
 293   /// two-cathode preclusters)
 294
 295   AliCodeTimerAuto("")
 296
 297   // Disregard small clusters (leftovers from splitting or noise)
 298   if ((origCluster.Multiplicity()==1 || origCluster.Multiplicity()==2) &&
 299       origCluster.Charge(0)+origCluster.Charge(1) < 10)
 300   {
 301     return 0x0;
 302   }
 303
 304   AliMUONCluster* cluster = new AliMUONCluster(origCluster);
 305
 306   AliDebug(2,"Start of CheckPreCluster=");
 307   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 308
 309   AliMUONCluster* rv(0x0);
 310
 311   if (cluster->Multiplicity(0) && cluster->Multiplicity(1))
 312   {
 313     rv = CheckPreclusterTwoCathodes(cluster);
 314   }
 315   else
 316   {
 317     rv = cluster;
 318   }
 319   return rv;
 320 }
 321
 322 //_____________________________________________________________________________
 323 AliMUONCluster*
 324 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckPreclusterTwoCathodes(AliMUONCluster* cluster)
 325 {
 326   /// Check two-cathode cluster
 327
 328   Int_t npad = cluster->Multiplicity();
 329   Int_t* flags = new Int_t[npad];
 330   for (Int_t j = 0; j < npad; ++j) flags[j] = 0;
 331
 332   // Check pad overlaps
 333   for ( Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 334   {
 335     AliMUONPad* padi = cluster->Pad(i);
 336     if ( padi->Cathode() != 0 ) continue;
 337     for (Int_t j = i+1; j < npad; ++j)
 338     {
 339       AliMUONPad* padj = cluster->Pad(j);
 340       if ( padj->Cathode() != 1 ) continue;
 341       if ( !AliMUONPad::AreOverlapping(*padi,*padj,fgkDecreaseSize) ) continue;
 342       flags[i] = flags[j] = 1; // mark overlapped pads
 343     }
 344   }
 345
 346   // Check if all pads overlap
 347   Int_t nFlags=0;
 348   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 349   {
 350     if (!flags[i]) ++nFlags;
 351   }
 352
 353   if (nFlags > 0)
 354   {
 355     // not all pads overlap.
 356     if (fDebug) cout << " nFlags: " << nFlags << endl;
 357     TObjArray toBeRemoved;
 358     for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
 359     {
 360       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 361       if (flags[i]) continue;
 362       Int_t cath = pad->Cathode();
 363       Int_t cath1 = TMath::Even(cath);
 364       // Check for edge effect (missing pads on the _other_ cathode)
 365       AliMpPad mpPad = fSegmentation[cath1]->PadByPosition(pad->Position(),kFALSE);
 366       if (!mpPad.IsValid()) continue;
 367       //if (nFlags == 1 && pad->Charge() < fgkZeroSuppression * 3) continue;
 368       if (nFlags == 1 && pad->Charge() < 20) continue;
 369       AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 370                       fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),pad->Charge()));
 371       toBeRemoved.AddLast(pad);
 372       fPreCluster->Pad(i)->Release();
 373     }
 374     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 375     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 376     {
 377       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 378     }
 379   }
 380
 381   // Check correlations of cathode charges
 382   if ( !cluster->IsSaturated() && cluster->ChargeAsymmetry() > 1 )
 383   {
 384     // big difference
 385     Int_t cathode = cluster->MaxRawChargeCathode();
 386     Int_t imin(-1);
 387     Int_t imax(-1);
 388     Double_t cmax(0);
 389     Double_t cmin(1E9);
 390
 391     // get min and max pad charges on the cathode opposite to the
 392     // max pad (given by MaxRawChargeCathode())
 393     //
 394     Int_t mult = cluster->Multiplicity();
 395     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 396     {
 397       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 398       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() )
 399       {
 400         // only consider pads in the opposite cathode, and
 401         // only consider real pads (i.e. exclude the virtual ones)
 402         continue;
 403       }
 404       if ( pad->Charge() < cmin )
 405       {
 406         cmin = pad->Charge();
 407         imin = i;
 408         if (imax < 0) {
 409           imax = imin;
 410           cmax = cmin;
 411         }
 412       }
 413       else if ( pad->Charge() > cmax )
 414       {
 415         cmax = pad->Charge();
 416         imax = i;
 417       }
 418     }
 419     AliDebug(2,Form("Pad imin,imax %d,%d cmin,cmax %e,%e",
 420                     imin,imax,cmin,cmax));
 421     //
 422     // arrange pads according to their distance to the max, normalized
 423     // to the pad size
 424     Double_t* dist = new Double_t[mult];
 425     Double_t dxMin(1E9);
 426     Double_t dyMin(1E9);
 427     Double_t dmin(0);
 428
 429     AliMUONPad* padmax = cluster->Pad(imax);
 430
 431     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 432     {
 433       dist[i] = 0.0;
 434       if ( i == imax) continue;
 435       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(i);
 436       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 437       Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 438       Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 439       dist[i] = TMath::Sqrt(dx*dx+dy*dy);
 440       if ( i == imin )
 441       {
 442         dmin = dist[i] + 1E-3; // distance to the pad with minimum charge
 443         dxMin = dx;
 444         dyMin = dy;
 445       }
 446     }
 447
 448     TMath::Sort(mult,dist,flags,kFALSE); // in ascending order
 449     Double_t xmax(-1), distPrev(999);
 450     TObjArray toBeRemoved;
 451
 452     for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i )
 453     {
 454       Int_t indx = flags[i];
 455       AliMUONPad* pad = cluster->Pad(indx);
 456       if ( pad->Cathode() != cathode || !pad->IsReal() ) continue;
 457       if ( dist[indx] > dmin )
 458       {
 459         // farther than the minimum pad
 460         Double_t dx = (pad->X()-padmax->X())/padmax->DX()/2.0;
 461         Double_t dy = (pad->Y()-padmax->Y())/padmax->DY()/2.0;
 462         dx *= dxMin;
 463         dy *= dyMin;
 464         if (dx >= 0 && dy >= 0) continue;
 465         if (TMath::Abs(dx) > TMath::Abs(dy) && dx >= 0) continue;
 466         if (TMath::Abs(dy) > TMath::Abs(dx) && dy >= 0) continue;
 467       }
 468       if (dist[indx] > distPrev + 1) break; // overstepping empty pads
 469       if ( pad->Charge() <= cmax || TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1E-3 )
 470       {
 471         // release pad
 472         if (TMath::Abs(dist[indx]-xmax) < 1.e-3)
 473         {
 474           cmax = TMath::Max(pad->Charge(),cmax);
 475         }
 476         else
 477         {
 478           cmax = pad->Charge();
 479         }
 480         xmax = dist[indx];
 481         distPrev = dist[indx];
 482         AliDebug(2,Form("Releasing the following pad : de,cath,ix,iy %d,%d,%d,%d charge %e",
 483                         fDetElemId,pad->Cathode(),pad->Ix(),pad->Iy(),
 484                         pad->Charge()));
 485
 486         toBeRemoved.AddLast(pad);
 487         fPreCluster->Pad(indx)->Release();
 488       }
 489     }
 490     Int_t nRemove = toBeRemoved.GetEntriesFast();
 491     for ( Int_t i = 0; i < nRemove; ++i )
 492     {
 493       cluster->RemovePad(static_cast<AliMUONPad*>(toBeRemoved.UncheckedAt(i)));
 494     }
 495     delete[] dist;
 496   }
 497
 498   delete[] flags;
 499
 500   AliDebug(2,"End of CheckPreClusterTwoCathodes=");
 501   //StdoutToAliDebug(2,cluster->Print("full"));
 502
 503   return cluster;
 504 }
 505
 506 //_____________________________________________________________________________
 507 void
 508 AliMUONClusterFinderMLEM::CheckOverlaps()
 509 {
 510   /// For debug only : check if some pixels overlap...
 511
 512   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 513   Int_t dummy(0);
 514
 515   for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i )
 516   {
 517     AliMUONPad* pixelI = Pixel(i);
 518     AliMUONPad pi(dummy,dummy,dummy,dummy,
 519                   pixelI->Coord(0),pixelI->Coord(1),
 520                   pixelI->Size(0),pixelI->Size(1),0.0);
 521
 522     for ( Int_t j = i+1; j < nPix; ++j )
 523     {
 524       AliMUONPad* pixelJ = Pixel(j);
 525       AliMUONPad pj(dummy,dummy,dummy,dummy,
 526                     pixelJ->Coord(0),pixelJ->Coord(1),
 527                     pixelJ->Size(0),pixelJ->Size(1),0.0);
 528       AliMpArea area;
 529
 530       if ( AliMUONPad::AreOverlapping(pi,pj,fgkDecreaseSize,area) )
 531       {
 532         AliInfo(Form("The following 2 pixels (%d and %d) overlap !",i,j));
 533         /*
 534         StdoutToAliInfo(pixelI->Print();
 535                         cout << " Surface = " << pixelI->Size(0)*pixelI->Size(1)*4 << endl;
 536                         pixelJ->Print();
 537                         cout << " Surface = " << pixelJ->Size(0)*pixelJ->Size(1)*4 << endl;
 538                         cout << " Area surface = " << area.Dimensions().X()*area.Dimensions().Y()*4 << endl;
 539                         cout << "-------" << endl;
 540                         );
 541         */
 542       }
 543     }
 544   }
 545 }
 546
 547 //_____________________________________________________________________________
 548 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArray(AliMUONCluster& cluster)
 549 {
 550   /// Build pixel array for MLEM method
 551
 552   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
 553   if (npad<=0)
 554   {
 555     AliWarning("Got no pad at all ?!");
 556   }
 557
 558   fPixArray->Delete();
 559   BuildPixArrayOneCathode(cluster);
 560
 561   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 562
 563 //  AliDebug(2,Form("nPix after BuildPixArray=%d",nPix));
 564
 565   if ( nPix > npad )
 566   {
 567 //    AliDebug(2,Form("Will trim number of pixels to number of pads"));
 568
 569     // Too many pixels - sort and remove pixels with the lowest signal
 570     fPixArray->Sort();
 571     for ( Int_t i = npad; i < nPix; ++i )
 572     {
 573       RemovePixel(i);
 574     }
 575     fPixArray->Compress();
 576   } // if (nPix > npad)
 577
 578 //  StdoutToAliDebug(2,cout << "End of BuildPixelArray:" << endl;
 579 //                   fPixArray->Print(););
 580   //CheckOverlaps();//FIXME : this is for debug only. Remove it.
 581 }
 582
 583 //_____________________________________________________________________________
 584 void AliMUONClusterFinderMLEM::BuildPixArrayOneCathode(AliMUONCluster& cluster)
 585 {
 586   /// Build the pixel array
 587
 588 //  AliDebug(2,Form("cluster.Multiplicity=%d",cluster.Multiplicity()));
 589
 590   TVector2 dim = cluster.MinPadDimensions (-1, kFALSE);
 591   Double_t width[2] = {dim.X(), dim.Y()}, xy0[2];
 592   Int_t found[2] = {0}, mult = cluster.Multiplicity();
 593
 594   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 595     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 596     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
 597       if (found[j] == 0 && TMath::Abs(pad->Size(j)-width[j]) < fgkDistancePrecision) {
 598         xy0[j] = pad->Coord(j);
 599         found[j] = 1;
 600       }
 601     }
 602     if (found[0] && found[1]) break;
 603   }
 604
 605   Double_t min[2], max[2];
 606   Int_t cath0 = 0, cath1 = 1;
 607   if (cluster.Multiplicity(0) == 0) cath0 = 1;
 608   else if (cluster.Multiplicity(1) == 0) cath1 = 0;
 609
 610   TVector2 leftDown = cluster.Area(cath0).LeftDownCorner();
 611   TVector2 rightUp = cluster.Area(cath0).RightUpCorner();
 612   min[0] = leftDown.X();
 613   min[1] = leftDown.Y();
 614   max[0] = rightUp.X();
 615   max[1] = rightUp.Y();
 616   if (cath1 != cath0) {
 617     leftDown = cluster.Area(cath1).LeftDownCorner();
 618     rightUp = cluster.Area(cath1).RightUpCorner();
 619     min[0] = TMath::Max (min[0], leftDown.X());
 620     min[1] = TMath::Max (min[1], leftDown.Y());
 621     max[0] = TMath::Min (max[0], rightUp.X());
 622     max[1] = TMath::Min (max[1], rightUp.Y());
 623   }
 624
 625   // Adjust limits
 626   //width[0] /= 2; width[1] /= 2; // just for check
 627   Int_t nbins[2];
 628   for (Int_t i = 0; i < 2; ++i) {
 629     Double_t dist = (min[i] - xy0[i]) / width[i] / 2;
 630     if (TMath::Abs(dist) < 1.e-6) dist = -1.e-6;
 631     min[i] = xy0[i] + (TMath::Nint(dist-TMath::Sign(1.e-6,dist))
 632                        + TMath::Sign(0.5,dist)) * width[i] * 2;
 633     nbins[i] = TMath::Nint ((max[i] - min[i]) / width[i] / 2);
 634     if (nbins[i] == 0) ++nbins[i];
 635     max[i] = min[i] + nbins[i] * width[i] * 2;
 636     //cout << dist << " " << min[i] << " " << max[i] << " " << nbins[i] << endl;
 637   }
 638
 639   // Book histogram
 640   TH2D *hist1 = new TH2D ("Grid", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 641   TH2D *hist2 = new TH2D ("Entries", "", nbins[0], min[0], max[0], nbins[1], min[1], max[1]);
 642   TAxis *xaxis = hist1->GetXaxis();
 643   TAxis *yaxis = hist1->GetYaxis();
 644
 645   // Fill histogram
 646   for ( Int_t i = 0; i < mult; ++i) {
 647     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 648     Int_t ix0 = xaxis->FindBin(pad->X());
 649     Int_t iy0 = yaxis->FindBin(pad->Y());
 650     PadOverHist(0, ix0, iy0, pad, hist1, hist2);
 651   }
 652
 653   // Store pixels
 654   for (Int_t i = 1; i <= nbins[0]; ++i) {
 655     Double_t x = xaxis->GetBinCenter(i);
 656     for (Int_t j = 1; j <= nbins[1]; ++j) {
 657       if (hist2->GetCellContent(i,j) < 0.1) continue;
 658       //if (hist2->GetCellContent(i,j) < 1.1 && cluster.Multiplicity(0) &&
 659       //  cluster.Multiplicity(1)) continue;
 660       if (cath0 != cath1) {
 661         // Two-sided cluster
 662         Double_t cont = hist2->GetCellContent(i,j);
 663         if (cont < 999.) continue;
 664         if (cont-Int_t(cont/1000.)*1000. < 0.5) continue;
 665       }
 666       Double_t y = yaxis->GetBinCenter(j);
 667       Double_t charge = hist1->GetCellContent(i,j);
 668       AliMUONPad* pixPtr = new AliMUONPad(x, y, width[0], width[1], charge);
 669       fPixArray->Add(pixPtr);
 670     }
 671   }
 672   //*
 673   if (fPixArray->GetEntriesFast() == 1) {
 674     // Split pixel into 2
 675     AliMUONPad* pixPtr = static_cast<AliMUONPad*> (fPixArray->UncheckedAt(0));
 676     pixPtr->SetSize(0,width[0]/2.);
 677     pixPtr->Shift(0,-width[0]/4.);
 678     pixPtr = new AliMUONPad(pixPtr->X()+width[0], pixPtr->Y(), width[0]/2., width[1], pixPtr->Charge());
 679     fPixArray->Add(pixPtr);
 680   }
 681   //*/
 682   //fPixArray->Print();
 683   delete hist1;
 684   delete hist2;
 685 }
 686
 687 //_____________________________________________________________________________
 688 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadOverHist(Int_t idir, Int_t ix0, Int_t iy0, AliMUONPad *pad,
 689                                            TH2D *hist1, TH2D *hist2)
 690 {
 691   /// "Span" pad over histogram in the direction idir
 692
 693   TAxis *axis = idir == 0 ? hist1->GetXaxis() : hist1->GetYaxis();
 694   Int_t nbins = axis->GetNbins(), cath = pad->Cathode();
 695   Double_t bin = axis->GetBinWidth(1), amask = TMath::Power(1000.,cath*1.);
 696
 697   Int_t nbinPad = (Int_t)(pad->Size(idir)/bin*2+fgkDistancePrecision) + 1; // number of bins covered by pad
 698
 699   for (Int_t i = 0; i < nbinPad; ++i) {
 700     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 701     if (ixy > nbins) break;
 702     Double_t lowEdge = axis->GetBinLowEdge(ixy);
 703     if (lowEdge + fgkDistancePrecision > pad->Coord(idir) + pad->Size(idir)) break;
 704     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 705     else {
 706       // Fill histogram
 707       Double_t cont = pad->Charge();
 708       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 709         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
 710       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 711       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
 712       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 713     }
 714   }
 715
 716   for (Int_t i = -1; i > -nbinPad; --i) {
 717     Int_t ixy = idir == 0 ? ix0 + i : iy0 + i;
 718     if (ixy < 1) break;
 719     Double_t upEdge = axis->GetBinUpEdge(ixy);
 720     if (upEdge - fgkDistancePrecision < pad->Coord(idir) - pad->Size(idir)) break;
 721     if (idir == 0) PadOverHist(1, ixy, iy0, pad, hist1, hist2); // span in the other direction
 722     else {
 723       // Fill histogram
 724       Double_t cont = pad->Charge();
 725       if (hist2->GetCellContent(ix0, ixy) > 0.1)
 726         cont = TMath::Min (hist1->GetCellContent(ix0, ixy), cont);
 727       hist1->SetCellContent(ix0, ixy, cont);
 728       //hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+1);
 729       hist2->SetCellContent(ix0, ixy, hist2->GetCellContent(ix0, ixy)+amask);
 730     }
 731   }
 732 }
 733
 734 //_____________________________________________________________________________
 735 void
 736 AliMUONClusterFinderMLEM::Plot(const char* basename)
 737 {
 738   /// Make a plot and save it as png
 739
 740   return; //AZ
 741   if (!fPlot) return;
 742
 743   TCanvas* c = new TCanvas("MLEM","MLEM",800,600);
 744   c->Draw();
 745   Draw();
 746   c->Modified();
 747   c->Update();
 748   c->Print(Form("%s.EVT%d.DE%d.CLU%d.png",basename,fEventNumber,
 749                 fDetElemId,fClusterNumber));
 750 }
 751
 752 //_____________________________________________________________________________
 753 void
 754 AliMUONClusterFinderMLEM::ComputeCoefficients(AliMUONCluster& cluster,
 755                                               Double_t* coef,
 756                                               Double_t* probi)
 757 {
 758   /// Compute coefficients needed for MLEM algorithm
 759
 760   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 761
 762   //memset(probi,0,nPix*sizeof(Double_t));
 763   for (Int_t j = 0; j < nPix; ++j) probi[j] = 0.;
 764
 765   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
 766   for ( Int_t j = 0; j < mult; ++j )
 767   {
 768     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
 769     Int_t indx = j*nPix;
 770
 771     for ( Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix )
 772     {
 773       Int_t indx1 = indx + ipix;
 774       //if (pad->Status() < 0)
 775       if (pad->Status() != fgkZero)
 776       {
 777         coef[indx1] = 0;
 778         continue;
 779       }
 780       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
 781       // coef is the charge (given by Mathieson integral) on pad, assuming
 782       // the Mathieson is center at pixel.
 783       coef[indx1] = fSplitter->ChargeIntegration(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), *pad);
 784 //      AliDebug(2,Form("pad=(%d,%d,%e,%e,%e,%e) pix=(%e,%e,%e,%e) coef %e",
 785 //                      pad->Ix(),pad->Iy(),
 786 //                      pad->X(),pad->Y(),
 787 //                      pad->DX(),pad->DY(),
 788 //                      pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),
 789 //                      pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),
 790 //                      coef[indx1]));
 791
 792       probi[ipix] += coef[indx1];
 793     }
 794   }
 795 }
 796
 797 //_____________________________________________________________________________
 798 Bool_t AliMUONClusterFinderMLEM::MainLoop(AliMUONCluster& cluster, Int_t iSimple)
 799 {
 800   /// Repeat MLEM algorithm until pixel size becomes sufficiently small
 801
 802   //  AliCodeTimerAuto("")
 803
 804   Int_t nPix = fPixArray->GetLast()+1;
 805
 806   AliDebug(2,Form("nPix=%d iSimple=%d, precluster=",nPix,iSimple));
 807   //StdoutToAliDebug(2,cluster.Print("full"););
 808
 809   if ( nPix < 0 )
 810   {
 811     AliDebug(1,"No pixels, why am I here then ?");
 812   }
 813
 814   AddVirtualPad(cluster); // add virtual pads if necessary
 815
 816   Int_t npadTot = cluster.Multiplicity();
 817   Int_t npadOK = 0;
 818   for (Int_t i = 0; i < npadTot; ++i)
 819   {
 820     //if (cluster.Pad(i)->Status() == 0) ++npadOK;
 821     if (cluster.Pad(i)->Status() == fgkZero) ++npadOK;
 822   }
 823
 824   Double_t* coef(0x0);
 825   Double_t* probi(0x0);
 826   Int_t lc(0); // loop counter
 827
 828   //Plot("mlem.start");
 829   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
 830   Double_t xylim[4] = {pixPtr->X(), -pixPtr->X(), pixPtr->Y(), -pixPtr->Y()};
 831
 832   while (1)
 833   {
 834     ++lc;
 835     delete fHistMlem;
 836
 837     AliDebug(2,Form("lc %d nPix %d(%d) npadTot %d npadOK %d",lc,nPix,fPixArray->GetLast()+1,npadTot,npadOK));
 838     AliDebug(2,Form("EVT%d PixArray=",fEventNumber));
 839     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"));
 840
 841     coef = new Double_t [npadTot*nPix];
 842     probi = new Double_t [nPix];
 843
 844     // Calculate coefficients and pixel visibilities
 845     ComputeCoefficients(cluster,coef,probi);
 846
 847     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix)
 848     {
 849       if (probi[ipix] < 0.01)
 850       {
 851         AliMUONPad* pixel = Pixel(ipix);
 852         AliDebug(2,Form("Setting the following pixel to invisible as its probi<0.01:"));
 853         //StdoutToAliDebug(2,cout << Form(" -- ipix %3d --- "); pixel->Print(););
 854         pixel->SetCharge(0); // "invisible" pixel
 855       }
 856     }
 857
 858     // MLEM algorithm
 859     Mlem(cluster,coef, probi, 15);
 860
 861     // Find histogram limits for the 1'st pass only - for others computed below
 862     if (lc == 1) {
 863       for ( Int_t ipix = 1; ipix < nPix; ++ipix )
 864         {
 865           pixPtr = Pixel(ipix);
 866           for ( Int_t i = 0; i < 2; ++i )
 867             {
 868               Int_t indx = i * 2;
 869               if (pixPtr->Coord(i) < xylim[indx]) xylim[indx] = pixPtr->Coord(i);
 870               else if (-pixPtr->Coord(i) < xylim[indx+1]) xylim[indx+1] = -pixPtr->Coord(i);
 871             }
 872         }
 873     } else pixPtr = Pixel(0);
 874
 875     for (Int_t i = 0; i < 4; i++)
 876     {
 877       xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
 878     }
 879
 880     Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
 881     Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
 882
 883     //StdoutToAliDebug(2,cout << "pixel used for nx,ny computation : "; pixPtr->Print(););
 884     AliDebug(2,Form("lc %d pixPtr size = %e,%e nx,ny=%d,%d xylim=%e,%e,%e,%e",
 885                     lc,pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1),nx,ny,
 886                     xylim[0],-xylim[1],xylim[2],-xylim[3]
 887                     ));
 888
 889     fHistMlem = new TH2D("mlem","mlem",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
 890
 891     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix)
 892     {
 893       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
 894       fHistMlem->Fill(pixPtr->Coord(0),pixPtr->Coord(1),pixPtr->Charge());
 895     }
 896
 897     // Check if the total charge of pixels is too low
 898     Double_t qTot = 0;
 899     for ( Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
 900     {
 901       qTot += Pixel(i)->Charge();
 902     }
 903
 904     if ( qTot < 1.e-4 || ( npadOK < 3 && qTot < 7 ) )
 905     {
 906       AliDebug(1,Form("Deleting the above cluster (charge %e too low, npadOK=%d)",qTot,npadOK));
 907       delete [] coef;
 908       delete [] probi;
 909       fPixArray->Delete();
 910       for ( Int_t i = 0; i < npadTot; ++i)
 911       {
 912         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
 913         //if ( pad->Status() == 0) pad->SetStatus(-1);
 914         if ( pad->Status() == fgkZero) pad->SetStatus(fgkOver);
 915       }
 916       return kFALSE;
 917     }
 918
 919     if (iSimple)
 920     {
 921       // Simple cluster - skip further passes thru EM-procedure
 922       Simple(cluster);
 923       delete [] coef;
 924       delete [] probi;
 925       fPixArray->Delete();
 926       return kTRUE;
 927     }
 928
 929     // Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
 930     Double_t xyCOG[2];
 931     FindCOG(xyCOG);
 932
 933     if (TMath::Min(pixPtr->Size(0),pixPtr->Size(1)) < 0.07 &&
 934         pixPtr->Size(0) > pixPtr->Size(1)) break;
 935
 936     // Sort pixels according to the charge
 937     MaskPeaks(1); // mask local maxima
 938     fPixArray->Sort();
 939     MaskPeaks(0); // unmask local maxima
 940     Double_t pixMin = 0.01*Pixel(0)->Charge();
 941     pixMin = TMath::Min(pixMin,50.);
 942
 943     // Decrease pixel size and shift pixels to make them centered at
 944     // the maximum one
 945     Int_t indx = (pixPtr->Size(0)>pixPtr->Size(1)) ? 0 : 1;
 946     Int_t ix(1);
 947     Double_t width = 0;
 948     Double_t shift[2] = { 0.0, 0.0 };
 949     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] = 999;
 950     Int_t nPix1 = nPix;
 951     nPix = 0;
 952     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix1; ++ipix)
 953     {
 954       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
 955       if ( nPix >= npadOK  // too many pixels already
 956            ||
 957            pixPtr->Charge() < pixMin && pixPtr->Status() != fgkMustKeep // too low charge
 958            )
 959       {
 960         RemovePixel(ipix);
 961         continue;
 962       }
 963       for (Int_t i = 0; i < 2; ++i)
 964       {
 965         if (!i)
 966         {
 967           pixPtr->SetCharge(10);
 968           pixPtr->SetSize(indx, pixPtr->Size(indx)/2);
 969           width = -pixPtr->Size(indx);
 970           pixPtr->Shift(indx, width);
 971           // Shift pixel position
 972           if (ix)
 973           {
 974             ix = 0;
 975             for (Int_t j = 0; j < 2; ++j)
 976             {
 977               shift[j] = pixPtr->Coord(j) - xyCOG[j];
 978               shift[j] -= ((Int_t)(shift[j]/pixPtr->Size(j)/2))*pixPtr->Size(j)*2;
 979             }
 980           } // if (ix)
 981           pixPtr->Shift(0, -shift[0]);
 982           pixPtr->Shift(1, -shift[1]);
 983           ++nPix;
 984         }
 985         else if (nPix < npadOK)
 986         {
 987           pixPtr = new AliMUONPad(*pixPtr);
 988           pixPtr->Shift(indx, -2*width);
 989           pixPtr->SetStatus(fgkZero);
 990           fPixArray->Add(pixPtr);
 991           ++nPix;
 992         }
 993         else continue; // skip adjustment of histo limits
 994         for (Int_t j = 0; j < 4; ++j)
 995         {
 996           xylim[j] = TMath::Min (xylim[j], (j%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(j/2));
 997         }
 998       } // for (Int_t i=0; i<2;
 999     } // for (Int_t ipix=0;
1000
1001     fPixArray->Compress();
1002
1003     AliDebug(2,Form("After shift:"));
1004     //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1005     //Plot(Form("mlem.lc%d",lc+1));
1006
1007     AliDebug(2,Form(" xyCOG=%9.6f %9.6f xylim=%9.6f,%9.6f,%9.6f,%9.6f",
1008                     xyCOG[0],xyCOG[1],
1009                     xylim[0],xylim[1],
1010                     xylim[2],xylim[3]));
1011
1012     if (nPix < npadOK)
1013     {
1014       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(0);
1015       // add pixels if the maximum is at the limit of pixel area:
1016       // start from Y-direction
1017       Int_t j = 0;
1018       for (Int_t i = 3; i > -1; --i)
1019       {
1020         if (nPix < npadOK &&
1021             TMath::Abs((i%2 ? -1 : 1)*xylim[i]-xyCOG[i/2]) < pixPtr->Size(i/2))
1022         {
1023           //AliMUONPad* p = static_cast<AliMUONPad*>(pixPtr->Clone());
1024           AliMUONPad* p = new AliMUONPad(*pixPtr);
1025           p->SetCoord(i/2, xyCOG[i/2]+(i%2 ? 2:-2)*pixPtr->Size(i/2));
1026           xylim[i] = p->Coord(i/2) * (i%2 ? -1 : 1); // update histo limits
1027           j = TMath::Even (i/2);
1028           p->SetCoord(j, xyCOG[j]);
1029           AliDebug(2,Form("Adding pixel on the edge (i=%d) ",i));
1030           //StdoutToAliDebug(2,cout << " ---- ";
1031           //               p->Print("corners"););
1032           fPixArray->Add(p);
1033           ++nPix;
1034         }
1035       }
1036     }
1037     nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1038     delete [] coef;
1039     delete [] probi;
1040   } // while (1)
1041
1042   AliDebug(2,Form("At the end of while loop nPix=%d : ",fPixArray->GetLast()+1));
1043   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1044
1045   // remove pixels with low signal or low visibility
1046   // Cuts are empirical !!!
1047   Double_t thresh = TMath::Max (fHistMlem->GetMaximum()/100.,1.);
1048   thresh = TMath::Min (thresh,50.);
1049   Double_t charge = 0;
1050
1051   // Mark pixels which should be removed
1052   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
1053   {
1054     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1055     charge = pixPtr->Charge();
1056     if (charge < thresh)
1057     {
1058       pixPtr->SetCharge(-charge);
1059     }
1060   }
1061
1062   // Move charge of removed pixels to their nearest neighbour (to keep total charge the same)
1063   Int_t near = 0;
1064   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
1065   {
1066     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1067     charge = pixPtr->Charge();
1068     if (charge > 0) continue;
1069     near = FindNearest(pixPtr);
1070     pixPtr->SetCharge(0);
1071     probi[i] = 0; // make it "invisible"
1072     AliMUONPad* pnear = Pixel(near);
1073     pnear->SetCharge(pnear->Charge() + (-charge));
1074   }
1075   Mlem(cluster,coef,probi,2);
1076
1077   AliDebug(2,Form("Before splitting nPix=%d EVT %d DE %d",fPixArray->GetLast()+1,fEventNumber,fDetElemId));
1078   //StdoutToAliDebug(2,fPixArray->Print("","full"););
1079   //Plot("mlem.beforesplit");
1080
1081   // Update histogram
1082   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
1083   {
1084     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1085     Int_t ix = fHistMlem->GetXaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(0));
1086     Int_t iy = fHistMlem->GetYaxis()->FindBin(pixPtr->Coord(1));
1087     fHistMlem->SetBinContent(ix, iy, pixPtr->Charge());
1088   }
1089
1090   // Try to split into clusters
1091   Bool_t ok = kTRUE;
1092   if (fHistMlem->GetSum() < 1)
1093   {
1094     ok = kFALSE;
1095   }
1096   else
1097   {
1098     fSplitter->Split(cluster,fHistMlem,coef,fClusterList);
1099   }
1100
1101   delete [] coef;
1102   delete [] probi;
1103   fPixArray->Delete();
1104
1105   return ok;
1106 }
1107
1108 //_____________________________________________________________________________
1109 void AliMUONClusterFinderMLEM::MaskPeaks(Int_t mask)
1110 {
1111   /// Mask/unmask pixels corresponding to local maxima (add/subtract 10000 to their charge
1112   /// - to avoid loosing low charge pixels after sorting)
1113
1114   for (Int_t i = 0; i < fPixArray->GetEntriesFast(); ++i) {
1115     AliMUONPad* pix = Pixel(i);
1116     if (pix->Status() == fgkMustKeep) {
1117       if (mask == 1) pix->SetCharge(pix->Charge()+10000.);
1118       else pix->SetCharge(pix->Charge()-10000.);
1119     }
1120   }
1121 }
1122
1123 //_____________________________________________________________________________
1124 void AliMUONClusterFinderMLEM::Mlem(AliMUONCluster& cluster,
1125                                     Double_t* coef, Double_t* probi,
1126                                     Int_t nIter)
1127 {
1128   /// Use MLEM to find pixel charges
1129
1130   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1131
1132   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1133
1134   Double_t* probi1 = new Double_t[nPix];
1135   Double_t probMax = TMath::MaxElement(nPix,probi);
1136
1137   for (Int_t iter = 0; iter < nIter; ++iter)
1138   {
1139     // Do iterations
1140     for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix)
1141     {
1142       Pixel(ipix)->SetChargeBackup(0);
1143       // Correct each pixel
1144       if (probi[ipix] < 0.01) continue; // skip "invisible" pixel
1145       Double_t sum = 0;
1146       probi1[ipix] = probMax;
1147       for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1148       {
1149         AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1150         //if (pad->Status() < 0) continue;
1151         if (pad->Status() != fgkZero) continue;
1152         Double_t sum1 = 0;
1153         Int_t indx1 = j*nPix;
1154         Int_t indx = indx1 + ipix;
1155         // Calculate expectation
1156         for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
1157         {
1158           sum1 += Pixel(i)->Charge()*coef[indx1+i];
1159           //cout << i << " " << Pixel(i)->Charge() << " " << coef[indx1+i] << endl;
1160         }
1161         if ( pad->IsSaturated() && sum1 > pad->Charge() )
1162         {
1163           // correct for pad charge overflows
1164           probi1[ipix] -= coef[indx];
1165           continue;
1166           //sum1 = pad->Charge();
1167         }
1168
1169         if (sum1 > 1.e-6) sum += pad->Charge()*coef[indx]/sum1;
1170       } // for (Int_t j=0;
1171       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(ipix);
1172       if (probi1[ipix] > 1.e-6)
1173       {
1174         //AZ pixPtr->SetCharge(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1175         pixPtr->SetChargeBackup(pixPtr->Charge()*sum/probi1[ipix]);
1176       }
1177       //cout << " xxx " << ipix << " " << pixPtr->Charge() << " " << pixPtr->ChargeBackup() << " " << sum << " " << probi1[ipix] << endl;
1178     } // for (Int_t ipix=0;
1179     Double_t qTot = 0;
1180     for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1181       AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1182       pixPtr->RevertCharge();
1183       qTot += pixPtr->Charge();
1184     }
1185     if (qTot < 1.e-6) {
1186       // Can happen in clusters with large number of overflows - speeding up
1187       delete [] probi1;
1188       return;
1189     }
1190   } // for (Int_t iter=0;
1191   delete [] probi1;
1192 }
1193
1194 //_____________________________________________________________________________
1195 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCOG(Double_t *xyc)
1196 {
1197   /// Calculate position of the center-of-gravity around the maximum pixel
1198
1199   Int_t ixmax, iymax, ix, nsumx=0, nsumy=0, nsum=0;
1200   Int_t i1 = -9, j1 = -9;
1201   fHistMlem->GetMaximumBin(ixmax,iymax,ix);
1202   Int_t nx = fHistMlem->GetNbinsX();
1203   Int_t ny = fHistMlem->GetNbinsY();
1204   Double_t thresh = fHistMlem->GetMaximum()/10;
1205   Double_t x, y, cont, xq=0, yq=0, qq=0;
1206
1207   Int_t ie = TMath::Min(ny,iymax+1), je = TMath::Min(nx,ixmax+1);
1208   for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1209     y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1210     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1211       cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1212       if (cont < thresh) continue;
1213       if (i != i1) {i1 = i; nsumy++;}
1214       if (j != j1) {j1 = j; nsumx++;}
1215       x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1216       xq += x*cont;
1217       yq += y*cont;
1218       qq += cont;
1219       nsum++;
1220     }
1221   }
1222
1223   Double_t cmax = 0;
1224   Int_t i2 = 0, j2 = 0;
1225   x = y = 0;
1226   if (nsumy == 1) {
1227     // one bin in Y - add one more (with the largest signal)
1228     for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1229       if (i == iymax) continue;
1230       for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1231         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1232         if (cont > cmax) {
1233           cmax = cont;
1234           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1235           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1236           i2 = i;
1237           j2 = j;
1238         }
1239       }
1240     }
1241     xq += x*cmax;
1242     yq += y*cmax;
1243     qq += cmax;
1244     if (i2 != i1) nsumy++;
1245     if (j2 != j1) nsumx++;
1246     nsum++;
1247   } // if (nsumy == 1)
1248
1249   if (nsumx == 1) {
1250     // one bin in X - add one more (with the largest signal)
1251     cmax = x = y = 0;
1252     for (Int_t j = TMath::Max(1,ixmax-1); j <= je; ++j) {
1253       if (j == ixmax) continue;
1254       for (Int_t i = TMath::Max(1,iymax-1); i <= ie; ++i) {
1255         cont = fHistMlem->GetCellContent(j,i);
1256         if (cont > cmax) {
1257           cmax = cont;
1258           x = fHistMlem->GetXaxis()->GetBinCenter(j);
1259           y = fHistMlem->GetYaxis()->GetBinCenter(i);
1260           i2 = i;
1261           j2 = j;
1262         }
1263       }
1264     }
1265     xq += x*cmax;
1266     yq += y*cmax;
1267     qq += cmax;
1268     if (i2 != i1) nsumy++;
1269     if (j2 != j1) nsumx++;
1270     nsum++;
1271   } // if (nsumx == 1)
1272
1273   xyc[0] = xq/qq; xyc[1] = yq/qq;
1274   AliDebug(2,Form("x,y COG = %e,%e",xyc[0],xyc[1]));
1275 }
1276
1277 //_____________________________________________________________________________
1278 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindNearest(AliMUONPad *pixPtr0)
1279 {
1280 /// Find the pixel nearest to the given one
1281 /// (algorithm may be not very efficient)
1282
1283   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast(), imin = 0;
1284   Double_t rmin = 99999, dx = 0, dy = 0, r = 0;
1285   Double_t xc = pixPtr0->Coord(0), yc = pixPtr0->Coord(1);
1286   AliMUONPad *pixPtr;
1287
1288   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i) {
1289     pixPtr = (AliMUONPad*) fPixArray->UncheckedAt(i);
1290     if (pixPtr == pixPtr0 || pixPtr->Charge() < 0.5) continue;
1291     dx = (xc - pixPtr->Coord(0)) / pixPtr->Size(0);
1292     dy = (yc - pixPtr->Coord(1)) / pixPtr->Size(1);
1293     r = dx *dx + dy * dy;
1294     if (r < rmin) { rmin = r; imin = i; }
1295   }
1296   return imin;
1297 }
1298
1299 //_____________________________________________________________________________
1300 void
1301 AliMUONClusterFinderMLEM::Paint(Option_t*)
1302 {
1303   /// Paint cluster and pixels
1304
1305   AliMpArea area(fPreCluster->Area());
1306
1307   gPad->Range(area.LeftBorder(),area.DownBorder(),area.RightBorder(),area.UpBorder());
1308
1309   gVirtualX->SetFillStyle(1001);
1310   gVirtualX->SetFillColor(3);
1311   gVirtualX->SetLineColor(3);
1312
1313   Double_t s(1.0);
1314
1315   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1316   {
1317     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1318
1319     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0)*s,
1320                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1)*s,
1321                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0)*s,
1322                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1)*s);
1323
1324 //    for ( Int_t sign = -1; sign < 2; sign +=2 )
1325 //    {
1326 //      gPad->PaintLine(pixel->Coord(0) - pixel->Size(0),
1327 //                      pixel->Coord(1) + sign*pixel->Size(1),
1328 //                      pixel->Coord(0) + pixel->Size(0),
1329 //                      pixel->Coord(1) - sign*pixel->Size(1)
1330 //                    );
1331 //    }
1332   }
1333
1334
1335   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1336
1337   fPreCluster->Paint();
1338
1339   gVirtualX->SetLineColor(1);
1340   gVirtualX->SetLineWidth(2);
1341   gVirtualX->SetFillStyle(0);
1342   gVirtualX->SetTextColor(1);
1343   gVirtualX->SetTextAlign(22);
1344
1345   for ( Int_t i = 0; i <= fPixArray->GetLast(); ++i)
1346   {
1347     AliMUONPad* pixel = Pixel(i);
1348     gPad->PaintBox(pixel->Coord(0)-pixel->Size(0),
1349                    pixel->Coord(1)-pixel->Size(1),
1350                    pixel->Coord(0)+pixel->Size(0),
1351                    pixel->Coord(1)+pixel->Size(1));
1352     gVirtualX->SetTextSize(pixel->Size(0)*60);
1353
1354     gPad->PaintText(pixel->Coord(0),pixel->Coord(1),Form("%d",(Int_t)(pixel->Charge())));
1355   }
1356 }
1357
1358 //_____________________________________________________________________________
1359 Int_t AliMUONClusterFinderMLEM::FindLocalMaxima(TObjArray *pixArray, Int_t *localMax, Double_t *maxVal)
1360 {
1361 /// Find local maxima in pixel space for large preclusters in order to
1362 /// try to split them into smaller pieces (to speed up the MLEM procedure)
1363 /// or to find additional fitting seeds if clusters were not completely resolved
1364
1365   AliDebug(1,Form("nPix=%d",pixArray->GetLast()+1));
1366
1367   Double_t xylim[4] = {999, 999, 999, 999};
1368
1369   Int_t nPix = pixArray->GetEntriesFast();
1370   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1371   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1372     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1373     for (Int_t i = 0; i < 4; ++i)
1374          xylim[i] = TMath::Min (xylim[i], (i%2 ? -1 : 1)*pixPtr->Coord(i/2));
1375   }
1376   for (Int_t i = 0; i < 4; ++i) xylim[i] -= pixPtr->Size(i/2);
1377
1378   Int_t nx = TMath::Nint ((-xylim[1]-xylim[0])/pixPtr->Size(0)/2);
1379   Int_t ny = TMath::Nint ((-xylim[3]-xylim[2])/pixPtr->Size(1)/2);
1380   if (pixArray == fPixArray) fHistAnode = new TH2D("anode","anode",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1381   else fHistAnode = new TH2D("anode1","anode1",nx,xylim[0],-xylim[1],ny,xylim[2],-xylim[3]);
1382   for (Int_t ipix = 0; ipix < nPix; ++ipix) {
1383     pixPtr = (AliMUONPad*) pixArray->UncheckedAt(ipix);
1384     fHistAnode->Fill(pixPtr->Coord(0), pixPtr->Coord(1), pixPtr->Charge());
1385   }
1386 //  if (fDraw && pixArray == fPixArray) fDraw->DrawHist("c2", hist);
1387
1388   Int_t nMax = 0, indx, nxy = ny * nx;
1389   Int_t *isLocalMax = new Int_t[nxy];
1390   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) isLocalMax[i] = 0;
1391
1392   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1393     indx = (i-1) * nx;
1394     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1395       if (fHistAnode->GetCellContent(j,i) < 0.5) continue;
1396       //if (isLocalMax[indx+j-1] < 0) continue;
1397       if (isLocalMax[indx+j-1] != 0) continue;
1398       FlagLocalMax(fHistAnode, i, j, isLocalMax);
1399     }
1400   }
1401
1402   for (Int_t i = 1; i <= ny; ++i) {
1403     indx = (i-1) * nx;
1404     for (Int_t j = 1; j <= nx; ++j) {
1405       if (isLocalMax[indx+j-1] > 0) {
1406         localMax[nMax] = indx + j - 1;
1407         maxVal[nMax++] = fHistAnode->GetCellContent(j,i);
1408         ((AliMUONPad*)fSplitter->BinToPix(fHistAnode, j, i))->SetStatus(fgkMustKeep);
1409         if (nMax > 99) break;
1410       }
1411     }
1412     if (nMax > 99) {
1413       AliError(" Too many local maxima !!!");
1414       break;
1415     }
1416   }
1417   if (fDebug) cout << " Local max: " << nMax << endl;
1418   delete [] isLocalMax;
1419   return nMax;
1420 }
1421
1422 //_____________________________________________________________________________
1423 void AliMUONClusterFinderMLEM::FlagLocalMax(TH2D *hist, Int_t i, Int_t j, Int_t *isLocalMax)
1424 {
1425 /// Flag pixels (whether or not local maxima)
1426
1427   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1428   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1429   Int_t cont = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j,i));
1430   Int_t cont1 = 0, indx = (i-1)*nx+j-1, indx1 = 0, indx2 = 0;
1431
1432   Int_t ie = i + 2, je = j + 2;
1433   for (Int_t i1 = i-1; i1 < ie; ++i1) {
1434     if (i1 < 1 || i1 > ny) continue;
1435     indx1 = (i1 - 1) * nx;
1436     for (Int_t j1 = j-1; j1 < je; ++j1) {
1437       if (j1 < 1 || j1 > nx) continue;
1438       if (i == i1 && j == j1) continue;
1439       indx2 = indx1 + j1 - 1;
1440       cont1 = TMath::Nint (hist->GetCellContent(j1,i1));
1441       if (cont < cont1) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1442       else if (cont > cont1) isLocalMax[indx2] = -1;
1443       else { // the same charge
1444         isLocalMax[indx] = 1;
1445         if (isLocalMax[indx2] == 0) {
1446           FlagLocalMax(hist, i1, j1, isLocalMax);
1447           if (isLocalMax[indx2] < 0) { isLocalMax[indx] = -1; return; }
1448           else isLocalMax[indx2] = -1;
1449         }
1450       }
1451     }
1452   }
1453   isLocalMax[indx] = 1; // local maximum
1454 }
1455
1456 //_____________________________________________________________________________
1457 void AliMUONClusterFinderMLEM::FindCluster(AliMUONCluster& cluster,
1458                                            Int_t *localMax, Int_t iMax)
1459 {
1460 /// Find pixel cluster around local maximum \a iMax and pick up pads
1461 /// overlapping with it
1462
1463   /* Just for check
1464   TCanvas* c = new TCanvas("Anode","Anode",800,600);
1465   c->cd();
1466   hist->Draw("lego1Fb"); // debug
1467   c->Update();
1468   Int_t tmp;
1469   cin >> tmp;
1470   */
1471   Int_t nx = fHistAnode->GetNbinsX();
1472   Int_t ny = fHistAnode->GetNbinsY();
1473   Int_t ic = localMax[iMax] / nx + 1;
1474   Int_t jc = localMax[iMax] % nx + 1;
1475   Int_t nxy = ny * nx;
1476   Bool_t *used = new Bool_t[nxy];
1477   for (Int_t i = 0; i < nxy; ++i) used[i] = kFALSE;
1478
1479   // Drop all pixels from the array - pick up only the ones from the cluster
1480   fPixArray->Delete();
1481
1482   Double_t wx = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1483   Double_t wy = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinWidth(1)/2;
1484   Double_t yc = fHistAnode->GetYaxis()->GetBinCenter(ic);
1485   Double_t xc = fHistAnode->GetXaxis()->GetBinCenter(jc);
1486   Double_t cont = fHistAnode->GetCellContent(jc,ic);
1487   fPixArray->Add(new AliMUONPad (xc, yc, wx, wy, cont));
1488   used[(ic-1)*nx+jc-1] = kTRUE;
1489   AddBinSimple(fHistAnode, ic, jc);
1490   //fSplitter->AddBin(hist, ic, jc, 1, used, (TObjArray*)0); // recursive call
1491
1492   Int_t nPix = fPixArray->GetEntriesFast();
1493   Int_t npad = cluster.Multiplicity();
1494
1495   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
1496   {
1497     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1498     pixPtr->SetSize(0,wx);
1499     pixPtr->SetSize(1,wy);
1500   }
1501
1502   // Pick up pads which overlap with found pixels
1503   for (Int_t i = 0; i < npad; ++i)
1504   {
1505     //cluster.Pad(i)->SetStatus(-1);
1506     cluster.Pad(i)->SetStatus(fgkOver); // just the dirty trick
1507   }
1508
1509   for (Int_t i = 0; i < nPix; ++i)
1510   {
1511     AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1512     for (Int_t j = 0; j < npad; ++j)
1513     {
1514       AliMUONPad* pad = cluster.Pad(j);
1515       //if (pad->Status() == 0) continue;
1516       if (pad->Status() == fgkZero) continue;
1517       if ( Overlap(*pad,*pixPtr) )
1518       {
1519         //pad->SetStatus(0);
1520         pad->SetStatus(fgkZero);
1521         if (fDebug) { cout << j << " "; pad->Print("full"); }
1522       }
1523     }
1524   }
1525
1526   delete [] used;
1527 }
1528
1529 //_____________________________________________________________________________
1530 void
1531 AliMUONClusterFinderMLEM::AddBinSimple(TH2D *hist, Int_t ic, Int_t jc)
1532 {
1533   /// Add adjacent bins (+-1 in X and Y) to the cluster
1534
1535   Int_t nx = hist->GetNbinsX();
1536   Int_t ny = hist->GetNbinsY();
1537   Double_t cont1, cont = hist->GetCellContent(jc,ic);
1538   AliMUONPad *pixPtr = 0;
1539
1540   Int_t ie = TMath::Min(ic+1,ny), je = TMath::Min(jc+1,nx);
1541   for (Int_t i = TMath::Max(ic-1,1); i <= ie; ++i) {
1542     for (Int_t j = TMath::Max(jc-1,1); j <= je; ++j) {
1543       cont1 = hist->GetCellContent(j,i);
1544       if (cont1 > cont) continue;
1545       if (cont1 < 0.5) continue;
1546       pixPtr = new AliMUONPad (hist->GetXaxis()->GetBinCenter(j),
1547                                hist->GetYaxis()->GetBinCenter(i), 0, 0, cont1);
1548       fPixArray->Add(pixPtr);
1549     }
1550   }
1551 }
1552
1553 //_____________________________________________________________________________
1554 AliMUONClusterFinderMLEM&
1555 AliMUONClusterFinderMLEM::operator=(const AliMUONClusterFinderMLEM& rhs)
1556 {
1557 /// Protected assignement operator
1558
1559   if (this == &rhs) return *this;
1560
1561   AliFatal("Not implemented.");
1562
1563   return *this;
1564 }
1565
1566 //_____________________________________________________________________________
1567 void AliMUONClusterFinderMLEM::AddVirtualPad(AliMUONCluster& cluster)
1568 {
1569   /// Add virtual pad (with small charge) to improve fit for clusters
1570   /// with number of pads == 2 per direction
1571
1572   // Find out non-bending and bending planes
1573   Int_t nonb[2] = {1, 0}; // non-bending and bending cathodes
1574
1575   TVector2 dim0 = cluster.MinPadDimensions(0, 0, kTRUE);
1576   TVector2 dim1 = cluster.MinPadDimensions(1, 0, kTRUE);
1577   if (dim0.X() < dim1.X() - fgkDistancePrecision) {
1578     nonb[0] = 0;
1579     nonb[1] = 1;
1580   }
1581
1582   Bool_t same = kFALSE;
1583   if (TMath::Abs(dim0.Y()-dim1.Y()) < fgkDistancePrecision) same = kTRUE; // the same pad size on both planes
1584
1585   AliMpIntPair cn;
1586   Bool_t check[2] = {kFALSE, kFALSE};
1587   Int_t nxy[2];
1588   nxy[0] = nxy[1] = 0;
1589   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1590     cn = cluster.NofPads(nonb[inb], 0, kTRUE);
1591     if (inb == 0 && cn.GetFirst() == 2) check[inb] = kTRUE; // check non-bending plane
1592     else if (inb == 1 && cn.GetSecond() == 2) check[inb] = kTRUE; // check bending plane
1593     if (same) {
1594       nxy[0] = TMath::Max (nxy[0], cn.GetFirst());
1595       nxy[1] = TMath::Max (nxy[1], cn.GetSecond());
1596       if (inb == 0 && nxy[0] < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1597       else if (inb == 1 && cn.GetSecond() < 2) nonb[inb] = !nonb[inb];
1598     }
1599   }
1600   if (same) {
1601     if (nxy[0] > 2) check[0] = kFALSE;
1602     if (nxy[1] > 2) check[1] = kFALSE;
1603   }
1604   if (!check[0] && !check[1]) return;
1605
1606   for (Int_t inb = 0; inb < 2; ++inb) {
1607     if (!check[inb]) continue;
1608
1609     // Find pads with maximum and next to maximum charges
1610     Int_t maxPads[2] = {-1, -1};
1611     Double_t amax[2] = {0};
1612     Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1613     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1614       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1615       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1616       for (Int_t j2 = 0; j2 < 2; ++j2) {
1617         if (pad->Charge() > amax[j2]) {
1618           if (j2 == 0) { amax[1] = amax[0]; maxPads[1] = maxPads[0]; }
1619           amax[j2] = pad->Charge();
1620           maxPads[j2] = j;
1621           break;
1622         }
1623       }
1624     }
1625
1626     // Find min and max dimensions of the cluster
1627     Double_t limits[2] = {9999, -9999};
1628     for (Int_t j = 0; j < mult; ++j) {
1629       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(j);
1630       if (pad->Cathode() != nonb[inb]) continue;
1631       if (pad->Coord(inb) < limits[0]) limits[0] = pad->Coord(inb);
1632       if (pad->Coord(inb) > limits[1]) limits[1] = pad->Coord(inb);
1633     }
1634
1635     // Loop over max and next to max pads
1636     Bool_t add = kFALSE;
1637     Int_t idirAdd = 0;
1638     for (Int_t j = 0; j < 2; ++j) {
1639       if (j == 1) {
1640         if (maxPads[j] < 0) continue;
1641         if (!add) break;
1642         if (amax[1] / amax[0] < 0.5) break;
1643       }
1644       // Check if pad at the cluster limit
1645       AliMUONPad *pad = cluster.Pad(maxPads[j]);
1646       Int_t idir = 0;
1647       if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[0]) < fgkDistancePrecision) idir = -1;
1648       else if (TMath::Abs(pad->Coord(inb)-limits[1]) < fgkDistancePrecision) idir = 1;
1649       else {
1650         //cout << " *** Pad not at the cluster limit: " << j << endl;
1651         break;
1652       }
1653       if (j == 1 && idir == idirAdd) break; // this pad has been already added
1654
1655       // Add pad (if it exists)
1656       TVector2 pos;
1657       if (inb == 0) pos.Set (pad->X() + idir * (pad->DX()+fgkDistancePrecision), pad->Y());
1658       else pos.Set (pad->X(), pad->Y() + idir * (pad->DY()+fgkDistancePrecision));
1659       //AliMpPad mppad = fSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kTRUE);
1660       AliMpPad mppad = fSegmentation[nonb[inb]]->PadByPosition(pos,kFALSE);
1661       if (!mppad.IsValid()) continue; // non-existing pad
1662       cn = mppad.GetIndices();
1663       AliMUONPad muonPad(fDetElemId, nonb[inb], cn.GetFirst(), cn.GetSecond(),
1664                          mppad.Position().X(), mppad.Position().Y(),
1665                          mppad.Dimensions().X(), mppad.Dimensions().Y(), 0);
1666       if (inb == 0) muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/100, 5.));
1667       //else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, fgkZeroSuppression));
1668       else muonPad.SetCharge(TMath::Min (amax[j]/15, 6.));
1669       if (muonPad.Charge() < 1.) muonPad.SetCharge(1.);
1670       muonPad.SetReal(kFALSE);
1671       if (fDebug) printf(" ***** Add virtual pad in %d direction ***** %f %f %f %3d %3d %f %f \n",
1672                          inb, muonPad.Charge(), muonPad.X(), muonPad.Y(), muonPad.Ix(),
1673                          muonPad.Iy(), muonPad.DX(), muonPad.DY());
1674       cluster.AddPad(muonPad); // add pad to the cluster
1675       add = kTRUE;
1676       idirAdd = idir;
1677     }
1678   }
1679 }
1680
1681 //_____________________________________________________________________________
1682 void AliMUONClusterFinderMLEM::PadsInXandY(AliMUONCluster& cluster,
1683                                            Int_t &nInX, Int_t &nInY) const
1684 {
1685   /// Find number of pads in X and Y-directions (excluding virtual ones and
1686   /// overflows)
1687
1688   //Int_t statusToTest = 1;
1689   Int_t statusToTest = fgkUseForFit;
1690
1691   //if ( nInX < 0 ) statusToTest = 0;
1692   if ( nInX < 0 ) statusToTest = fgkZero;
1693
1694   Bool_t mustMatch(kTRUE);
1695
1696   AliMpIntPair cn = cluster.NofPads(statusToTest,mustMatch);
1697
1698   nInX = cn.GetFirst();
1699   nInY = cn.GetSecond();
1700 }
1701
1702 //_____________________________________________________________________________
1703 void AliMUONClusterFinderMLEM::RemovePixel(Int_t i)
1704 {
1705   /// Remove pixel at index i
1706   AliMUONPad* pixPtr = Pixel(i);
1707   fPixArray->RemoveAt(i);
1708   delete pixPtr;
1709 }
1710
1711 //_____________________________________________________________________________
1712 void AliMUONClusterFinderMLEM::Simple(AliMUONCluster& cluster)
1713 {
1714 /// Process simple cluster (small number of pads) without EM-procedure
1715
1716   Int_t nForFit = 1, clustFit[1] = {0}, nfit;
1717   Double_t parOk[3] = {0.};
1718   TObjArray *clusters[1];
1719   clusters[0] = fPixArray;
1720
1721   AliDebug(1,Form("nPix=%d",fPixArray->GetLast()+1));
1722
1723   Int_t mult = cluster.Multiplicity();
1724   for (Int_t i = 0; i < mult; ++i)
1725   {
1726     AliMUONPad* pad = cluster.Pad(i);
1727     /*
1728     if ( pad->IsSaturated())
1729     {
1730       pad->SetStatus(-9);
1731     }
1732     else
1733     {
1734       pad->SetStatus(1);
1735     }
1736     */
1737     if (!pad->IsSaturated()) pad->SetStatus(fgkUseForFit);
1738   }
1739   nfit = fSplitter->Fit(cluster,1, nForFit, clustFit, clusters, parOk, fClusterList, fHistMlem);
1740 }
1741
1742 //_____________________________________________________________________________
1743 AliMUONPad*
1744 AliMUONClusterFinderMLEM::Pixel(Int_t i) const
1745 {
1746   /// Returns pixel at index i
1747   return static_cast<AliMUONPad*>(fPixArray->UncheckedAt(i));
1748 }
1749
1750 //_____________________________________________________________________________
1751 void
1752 AliMUONClusterFinderMLEM::Print(Option_t* what) const
1753 {
1754   /// printout
1755   TString swhat(what);
1756   swhat.ToLower();
1757   if ( swhat.Contains("precluster") )
1758   {
1759     if ( fPreCluster) fPreCluster->Print();
1760   }
1761 }
1762
1763