PWG3/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/base -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="full";
  27   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  28   TString proofOutdir = "";
  29   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF/macros/";
  30   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  31   //
  32
  33   if(analysisMode=="grid") {
  34     // Connect to AliEn
  35     TGrid::Connect("alien://");
  36   } else if(analysisMode=="proof") {
  37     // Connect to the PROOF cluster
  38     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  39     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  40     TProof::Open("alicecaf");
  41     //TProof::Reset("alicecaf");
  42     if(saveProofToAlien) {
  43       TGrid::Connect("alien://");
  44       if(gGrid) {
  45         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  46         TString workdir = homedir + trainName;
  47         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  48           gGrid->Cd(homedir);
  49           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  50             gGrid->Cd(trainName);
  51             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  52           }
  53         }
  54         gGrid->Mkdir("proof_output");
  55         gGrid->Cd("proof_output");
  56         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  57       }
  58     }
  59   }
  60
  61
  62   // AliRoot libraries
  63   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  64     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  65     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  66     LoadLibraries(useParFiles);
  67   } else if (analysisMode=="proof") {
  68     gSystem->Load("libTree.so");
  69     gSystem->Load("libGeom.so");
  70     gSystem->Load("libPhysics.so");
  71     gSystem->Load("libVMC.so");
  72     gSystem->Load("libMinuit.so");
  73     // Enable the needed packages
  74     //gProof->ClearPackages();
  75     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  76     TString parFile;
  77     if(!useParFiles) {
  78       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  79       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  80       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
  81       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  82       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  83       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
  84     } else {
  85       // --- Enable the STEERBase Package
  86       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  87       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  88       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  89       // --- Enable the ESD Package
  90       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  91       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  92       gProof->EnablePackage("ESD");
  93       // --- Enable the AOD Package
  94       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  96       gProof->EnablePackage("AOD");
  97       // --- Enable the ANALYSIS Package
  98       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  99       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 100       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 101       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 102       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 103       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 104       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 105       // --- Enable the CORRFW Package
 106       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 107       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 108       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 109       // --- Enable the PWG3base Package
 110       parFile="PWG3base.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 111       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 112       gProof->EnablePackage("PWG3base");
 113       // --- Enable the PWG3vertexingHF Package
 114       parFile="PWG3vertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 115       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 116       gProof->EnablePackage("PWG3vertexingHF");
 117       // --- Enable the PWG3muon Package
 118       parFile="PWG3muon.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 119       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 120       gProof->EnablePackage("PWG3muon");
 121     }
 122     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 123   }
 124
 125
 126   // Create Alien plugin, if requested
 127   if(useAlienPlugin) {
 128     if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 129     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles);
 130     if(!alienHandler) return;
 131   }
 132
 133
 134   //-------------------------------------------------------------------
 135   // Prepare input
 136   TChain *chainAOD = 0;
 137   TString dataset; // for proof
 138
 139   if(!useAlienPlugin) {
 140     TString makeAODInputChain="../MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 141     if(inputMode=="list") {
 142       // Local files
 143       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 144       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 145       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 146       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 147     } else if(inputMode=="xml") {
 148       // xml
 149       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 150       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 151     } else if(inputMode=="dataset") {
 152       // CAF dataset
 153       //gProof->ShowDataSets();
 154       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 155     }
 156   }
 157
 158   // Create the analysis manager
 159   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 160   mgr->SetDebugLevel(10);
 161   // Connect plug-in to the analysis manager
 162   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 163
 164   // Input
 165   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler();
 166   if(analysisMode=="proof" ) {
 167     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 168     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 169     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 170   }
 171   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 172   //-------------------------------------------------------------------
 173
 174
 175   //-------------------------------------------------------------------
 176   // Analysis tasks (wagons of the train)
 177   //
 178   TString taskName;
 179
 180   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 181   /*taskName="../AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 182   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 183   Bool_t readMC=kFALSE;
 184   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 185
 186   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 187
 188
 189   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 190     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 191     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 192   */
 193     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 194     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 195     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 197     /*
 198     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 199     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 200     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 201
 202     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 203     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 204     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 205
 206     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 207     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 208     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 209
 210     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 211     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 212     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 213
 214     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 215     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 216     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 217
 218
 219     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 220     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 221     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 222     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 223     Int_t ppPbPb=1;// 0 for pp, 1 for PbPb, used to siwtch on/off the removal of daughters from the primary vertex
 224     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC,readMC,kTRUE,kFALSE,"D0toKpiCharmFractCuts.root","c",ppPbPb);
 225     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 226
 227
 228     // attach a private task (not committed)
 229     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 230     // configuration, see below)
 231
 232     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 233     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 234     } else {
 235     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 236     }
 237     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 238     MyTask *myTask = AddMyTask();
 239
 240
 241     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 242     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 243     } else {
 244     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 245     }
 246     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 247     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 248   */
 249   //-------------------------------------------------------------------
 250
 251   //
 252   // Run the analysis
 253   //
 254   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 255
 256   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 257   mgr->PrintStatus();
 258   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 259   if(analysisMode!="proof") {
 260     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 261   } else {
 262     // proof
 263     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 264   }
 265
 266   return;
 267 }
 268 //_____________________________________________________________________________
 269 //
 270 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE)
 271 {
 272   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 273   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 274   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 275    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 276    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 277    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 278    plugin->SetUser();
 279    // Set versions of used packages
 280    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 281    plugin->SetROOTVersion();
 282    plugin->SetAliROOTVersion();
 283
 284    // Declare input data to be processed.
 285    //************************************************
 286    // Set data search pattern for DATA
 287    //************************************************
 288    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10d"); // specify LHC period
 289    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD018/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
 290    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 291    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 292    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 293    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
 294    Int_t totruns=0;
 295    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
 296    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
 297    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d"); // specify LHC period
 298    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 299
 300    //************************************************
 301    // Set data search pattern for MONTECARLO
 302    //************************************************
 303    /*
 304    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
 305    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
 306    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 307    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 308    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 309    // More than one period can be added!
 310    Int_t totruns=0;
 311    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
 312    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 313    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 314    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 315    */
 316    //
 317    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 318    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 319    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 320    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 321    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 322    // using ACLiC on the worker nodes.
 323    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 324    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 325    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 326    plugin->SetAdditionalLibs("libPWG3base.so libPWG3vertexingHF.so");
 327    // use par files
 328    if(useParFiles) {
 329      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 330      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 331      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 332      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 333      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 334      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 335      plugin->EnablePackage("PWG3base.par");
 336      plugin->EnablePackage("PWG3vertexingHF.par");
 337    }
 338    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS -I$ALICE_ROOT/PWG3 -I$ALICE_ROOT/PWG3/base -I$ALICE_ROOT/PWG3/vertexingHF -g");
 339
 340    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 341    // merging via jdl
 342    plugin->SetMergeViaJDL(kTRUE);
 343    plugin->SetOneStageMerging(kFALSE);
 344    plugin->SetMaxMergeStages(2);
 345
 346    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 347    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 348    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 349    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 350    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 351
 352    return plugin;
 353 }
 354 //----------------------------------------------------------------------------
 355 Int_t AddGoodRuns(AliAnalysisAlien* plugin,TString lhcPeriod,TString mcprod="") {
 356   //
 357   // Adds good runs from the Monalisa Run Condition Table
 358   //
 359   if(mcprod=="") plugin->SetRunPrefix("000"); // DATA
 360
 361   Int_t firstrun=0,lastrun=9999999;
 362   Int_t nruns=0,ngoodruns=0;
 363
 364   if(mcprod=="LHC10d3") {firstrun=117054;lastrun=117222;}
 365   if(mcprod=="LHC10d5") {firstrun=117086;lastrun=117222;}
 366
 367
 368   if(lhcPeriod=="LHC10b") {
 369     nruns=31;
 370     Int_t runlist[31]={117222, 117220, 117116, 117112, 117109, 117099, 117092, 117086, 117077, 117065, 117063, 117060, 117059, 117054, 117053, 117052, 117050, 117048, 116645, 116643, 116574, 116571, 116562, 116403, 116288, 116102, 115401, 115393, 115193, 115186, 114931};
 371
 372     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 373       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 374       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 375       ngoodruns++;
 376     }
 377     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 378   }
 379
 380   if(lhcPeriod=="LHC10c") {
 381     nruns=36;
 382     Int_t runlist[36]={120829, 120825, 120824, 120823, 120822, 120821, 120820, 120758, 120750, 120741, 120671, 120617, 120616, 120505, 120504, 120503, 120244, 120079, 120076, 120073, 120072, 120069, 120067, 119862, 119859, 119856, 119853, 119849, 119846, 119845, 119844, 119842, 119841, 119163, 119161, 119159};
 383
 384     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 385       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 386       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 387       ngoodruns++;
 388     }
 389     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 390   }
 391
 392   if(lhcPeriod=="LHC10dhighmu") { // only runs with high mu
 393     nruns=17;
 394     Int_t runlist[17]={124750, 124746, 124702, 124608, 124607, 124606, 124605, 124604, 124381, 124380, 124378, 124367, 124362, 124358, 124355, 124191, 124187};
 395
 396     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 397       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 398       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 399       ngoodruns++;
 400     }
 401     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 402   }
 403
 404   if(lhcPeriod=="LHC10d") { // runs with high mu excluded
 405     nruns=55;
 406     Int_t runlist[55]={126437, 126432, 126425, 126424, 126422, 126409, 126408, 126407, 126406, 126405, 126404, 126403, 126359, 126352, 126351, 126350, 126285, 126284, 126283, 126168, 126167, 126160, 126158, 126097, 126090, 126088, 126082, 126081, 126078, 126073, 126008, 126007, 126004, 125855, 125851, 125850, 125849, 125848, 125847, 125844, 125843, 125842, 125633, 125632, 125630, 125296, 125134, 125101, 125100, 125097, 125085, 125023, 124751, 122375, 122374};
 407
 408     for(Int_t k=0;k<nruns;k++){
 409       if(runlist[k]<firstrun || runlist[k]>lastrun) continue;
 410       plugin->AddRunNumber(runlist[k]);
 411       ngoodruns++;
 412     }
 413     plugin->SetNrunsPerMaster(ngoodruns);
 414   }
 415
 416
 417   return ngoodruns;
 418 }