PWG4/macros/anaExampleTask.C

   1 /* $Id: anaGammaAnalysis.C 25095 2008-04-11 12:54:47Z schutz $ */
   2 /* $Log$
   3 /* Revision 1.2  2007/12/13 09:45:45  gustavo
   4 /* Scaling option and more comentaries added
   5 /*
   6 /* Revision 1.1  2007/12/07 14:13:02  gustavo
   7 /* Example macros for execution and configuration of the analysis
   8 /* */
   9
  10 //---------------------------------------------------
  11 // Example macro to do analysis with the
  12 // AliAnalysisTaksSE
  13 // Can be executed with Root and AliRoot
  14 //
  15 // Pay attention to the options and definitions
  16 // set in the lines below
  17 //
  18 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  19 //
  20 //-------------------------------------------------
  21 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  22 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  23 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  24 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  25
  26 //---------------------------------------------------------------------------
  27 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  28 //The different values are default, they can be set with environmental
  29 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
  30 char * kInDir = "/user/data";
  31 char * kPattern = ""; // Data are in diles /data/Run0,
  32 // /Data/Run1 ...
  33 Int_t kEvent = 1; // Number of files
  34 //---------------------------------------------------------------------------
  35 //Collection file for grid analysis
  36 char * kXML = "collection.xml";
  37 //---------------------------------------------------------------------------
  38 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  39 //Put name of file containing xsection
  40 //Put number of events per ESD file
  41 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  42 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  43 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  44 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100;
  45 //---------------------------------------------------------------------------
  46
  47 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
  48 const TString kInputData = "ESD";
  49
  50 void anaExampleTask(Int_t mode=mLocal)
  51 {
  52   // Main
  53
  54   //--------------------------------------------------------------------
  55   // Load analysis libraries
  56   // Look at the method below,
  57   // change whatever you need for your analysis case
  58   // ------------------------------------------------------------------
  59   LoadLibraries(mode) ;
  60
  61   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  62   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  63   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  64   TChain *chain   = new TChain("esdTree") ;
  65   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  66   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  67
  68   if(chain){
  69     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  70
  71     //--------------------------------------
  72     // Make the analysis manager
  73     //-------------------------------------
  74     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  75     // MC handler
  76     if(kMC){
  77       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  78       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  79       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  80     }
  81
  82     // AOD output handler
  83     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  84     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  85     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  86     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  87
  88     //input
  89     if(kInputData == "ESD"){
  90       // ESD handler
  91       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  92       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  93     }
  94     if(kInputData == "AOD"){
  95       // AOD handler
  96       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  97       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
  98     }
  99
 100     //mgr->SetDebugLevel(10); // For debugging
 101
 102     //-------------------------------------------------------------------------
 103     //Define task, put here any other task that you want to use.
 104     //-------------------------------------------------------------------------
 105     AliAnalysisTaskPHOSExample * taskex = new AliAnalysisTaskPHOSExample ("Gamma");
 106     mgr->AddTask(taskex);
 107
 108     // Create containers for input/output
 109     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(),
 110                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
 111     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
 112                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
 113     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
 114                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
 115
 116     mgr->ConnectInput  (taskex,     0, cinput1);
 117     mgr->ConnectOutput (taskex,     0, coutput1 );
 118     mgr->ConnectOutput (taskex,     1, coutput2 );
 119
 120     //------------------------
 121     //Scaling task
 122     //-----------------------
 123     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
 124     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
 125       //Get the cross section
 126       Double_t xsection=0;
 127       Float_t ntrials = 0;
 128       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
 129
 130       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
 131       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
 132       mgr->AddTask(scale);
 133
 134       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
 135                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "gammahistosscaled.root");
 136       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
 137       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
 138     }
 139
 140     //-----------------------
 141     // Run the analysis
 142     //-----------------------
 143     TString smode = "";
 144     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 145       smode = "local";
 146     else if (mode==mPROOF)
 147       smode = "proof";
 148     else if (mode==mGRID)
 149       smode = "grid";
 150
 151     mgr->InitAnalysis();
 152     mgr->PrintStatus();
 153     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 154   }
 155   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 156
 157 }
 158
 159 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 160
 161   //--------------------------------------
 162   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 163   //--------------------------------------
 164   gSystem->Load("libTree.so");
 165   gSystem->Load("libGeom.so");
 166   gSystem->Load("libVMC.so");
 167   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 168
 169   //----------------------------------------------------------
 170   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 171   //----------------------------------------------------------
 172   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 173     //--------------------------------------------------------
 174     // If you want to use already compiled libraries
 175     // in the aliroot distribution
 176     //--------------------------------------------------------
 177     //gSystem->Load("libSTEERBase");
 178     //gSystem->Load("libESD");
 179     //gSystem->Load("libAOD");
 180     //gSystem->Load("libANALYSIS");
 181     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
 182     //gSystem->Load("libPWG4PartCorr");
 183
 184     //--------------------------------------------------------
 185     //If you want to use root and par files from aliroot
 186     //--------------------------------------------------------
 187     SetupPar("STEERBase");
 188     SetupPar("ESD");
 189     SetupPar("AOD");
 190     SetupPar("ANALYSIS");
 191     SetupPar("ANALYSISalice");
 192     SetupPar("PWG4PartCorr");
 193
 194   }
 195
 196   //---------------------------------------------------------
 197   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 198   //---------------------------------------------------------
 199   else if (mode==mPROOF) {
 200     //
 201     // Connect to proof
 202     // Put appropriate username here
 203     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 204     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 205
 206     //    gProof->ClearPackages();
 207     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 208     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 209     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 210     //    gProof->ClearPackage("PWG4Gamma");
 211
 212     // Enable the STEERBase Package
 213     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 214     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 215     // Enable the ESD Package
 216     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 217     gProof->EnablePackage("ESD");
 218     // Enable the AOD Package
 219     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 220     gProof->EnablePackage("AOD");
 221     // Enable the Analysis Package
 222     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 223     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 224     // Enable gamma jet analysis
 225     gProof->UploadPackage("PWG4Gamma.par");
 226     gProof->EnablePackage("PWG4Gamma");
 227     //
 228     gProof->ShowEnabledPackages();
 229   }
 230
 231 }
 232
 233 void SetupPar(char* pararchivename)
 234 {
 235   //Load par files, create analysis libraries
 236   //For testing, if par file already decompressed and modified
 237   //classes then do not decompress.
 238
 239   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 240   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 241   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 242     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 243     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 244     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 245     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 246     processline = Form(".! mv /tmp/%s .", parpar.Data()) ;
 247     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 248   }
 249   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 250     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 251     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 252   }
 253
 254   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 255   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 256
 257   // check for BUILD.sh and execute
 258   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 259     printf("*******************************\n");
 260     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 261     cout<<pararchivename<<endl;
 262     printf("*******************************\n");
 263
 264     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 265       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 266       return -1;
 267     }
 268   }
 269   // check for SETUP.C and execute
 270   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 271     printf("*******************************\n");
 272     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 273     cout<<pararchivename<<endl;
 274     printf("*******************************\n");
 275     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 276   }
 277
 278   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 279   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 280 }
 281
 282
 283
 284 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 285   //Fills chain with data
 286   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 287
 288   //-----------------------------------------------------------
 289   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 290   //-----------------------------------------------------------
 291   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 292     // Chain from CAF
 293     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 294     // The second parameter is the number of input files in the chain
 295     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 296   }
 297
 298   //---------------------------------------
 299   //Local files analysis
 300   //---------------------------------------
 301   else if(mode == mLocal){
 302     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 303     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 304     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 305
 306     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 307       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 308     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 309
 310     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 311       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 312     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 313
 314     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
 315       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
 316     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
 317
 318     //Check if env variables are set and are correct
 319     if ( kInDir  && kEvent) {
 320       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
 321       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 322         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 323         return ;
 324       }
 325       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
 326       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
 327       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
 328
 329       //Loop on ESD files, add them to chain
 330       Int_t event =0;
 331       Int_t skipped=0 ;
 332       char file[120] ;
 333       char filexs[120] ;
 334
 335       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
 336         sprintf(file, "%s/%s%d/AliESDs.root", kInDir,kPattern,event) ;
 337         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 338         TFile * fESD = 0 ;
 339         //Check if file exists and add it, if not skip it
 340         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 341           if ( fESD->Get("esdTree") ) {
 342             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 343             chain->AddFile(file);
 344             chainxs->Add(filexs) ;
 345           }
 346         }
 347         else {
 348           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 349           skipped++ ;
 350         }
 351       }
 352       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 353     }
 354     else {
 355       TString input = "AliESDs.root" ;
 356       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 357       chain->AddFile(input);
 358     }
 359
 360   }// local files analysis
 361
 362   //------------------------------
 363   //GRID xml files
 364   //-----------------------------
 365   else if(mode == mGRID){
 366     //Get colection file. It is specified by the environmental
 367     //variable XML
 368
 369     if(gSystem->Getenv("XML") )
 370       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 371     else
 372       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 373
 374     if (!TFile::Open(kXML)) {
 375       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 376       return ;
 377     }
 378     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 379
 380     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 381     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 382     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 383     TGrid::Connect("alien://") ;
 384
 385     //Feed Grid with collection file
 386     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 387     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 388     if (! collection) {
 389       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 390       return kFALSE ;
 391     }
 392     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 393
 394     // Makes the ESD chain
 395     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 396     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 397       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 398       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 399       chain->Add(alienURL) ;
 400       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 401       chainxs->Add(alienURL) ;
 402     }
 403   }// xml analysis
 404
 405   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 406 }
 407
 408 //________________________________________________
 409 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 410 {
 411   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 412   // the function WriteXsection():
 413   // integrated cross section (xsection) and
 414   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 415   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 416   // The spectrum calculated by a user should be
 417   // multiplied by this weight, something like this:
 418   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 419   // userSpectrum->Scale(weight)
 420   //
 421   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 422   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 423   Double_t xsection = 0;
 424   UInt_t    ntrials = 0;
 425   xs = 0;
 426   ntr = 0;
 427
 428   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 429   if (tree && nfiles > 0) {
 430     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 431     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 432     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 433       tree->GetEntry(i);
 434       xs += xsection ;
 435       ntr += ntrials ;
 436       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 437     }
 438
 439     xs =   xs /  nfiles;
 440     ntr =  ntr / nfiles;
 441     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
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