PWGPP/MUON/lite/trigEffQA.C

   1
   2 #if !defined(__CINT__) || defined(__MAKECINT__)
   3 // ROOT includes
   4 #include "TFile.h"
   5 #include "TH1.h"
   6 #include "TH2.h"
   7 #include "TGraphAsymmErrors.h"
   8 #include "TSystem.h"
   9 #include "Riostream.h"
  10 #include "TCanvas.h"
  11 #include "TStyle.h"
  12 #include "TROOT.h"
  13 #include "TLegend.h"
  14 #include "TMath.h"
  15 #include "TObjArray.h"
  16 #include "TList.h"
  17 #include "TObjString.h"
  18 #include "TString.h"
  19 #include "TGrid.h"
  20 #include "TArrayD.h"
  21 #include "TArrayI.h"
  22 #include "TMap.h"
  23 #include "TGridResult.h"
  24
  25 #include "AliCDBManager.h"
  26 #include "AliCDBEntry.h"
  27 #include "AliCDBPath.h"
  28 #include "AliCDBStorage.h"
  29 #include "AliMUONTriggerEfficiencyCells.h"
  30 #include "AliMUONTriggerChamberEfficiency.h"
  31 #include "AliMUONTriggerUtilities.h"
  32 #include "AliMUONDigitMaker.h"
  33 #include "AliMUONVDigit.h"
  34 #include "AliMUONDigitStoreV2R.h"
  35 #include "AliMUONCalibrationData.h"
  36 #include "AliAnalysisTriggerScalers.h"
  37 #include "AliCounterCollection.h"
  38 #include "AliTriggerConfiguration.h"
  39 #endif
  40
  41 const Int_t kNch = 4;
  42 const Double_t kZero = 1.e-7; // Avoid problems when comparing to 0.
  43
  44 //_____________________________________________________________________________
  45 void SetMyStyle()
  46 {
  47   /// Set graphic style
  48   gStyle->SetCanvasColor(10);
  49   gStyle->SetFrameFillColor(10);
  50   gStyle->SetStatColor(10);
  51   gStyle->SetFillColor(10);
  52   gStyle->SetTitleFillColor(10);
  53
  54   gStyle->SetTitleXSize(0.03);
  55   gStyle->SetTitleXOffset(1.1);
  56   gStyle->SetTitleYSize(0.03);
  57   gStyle->SetTitleYOffset(1.9);
  58
  59   gStyle->SetMarkerSize(0.7);
  60   gStyle->SetHistLineWidth(2);
  61
  62   gStyle->SetPadLeftMargin(0.12);
  63   gStyle->SetPadRightMargin(0.04);
  64   gStyle->SetPadBottomMargin(0.08);
  65   gStyle->SetPadTopMargin(0.08);
  66
  67   gROOT->ForceStyle();
  68 }
  69
  70
  71 //_____________________________________________________________________________
  72 void SetRunAxisRange ( TAxis* axis )
  73 {
  74   /// Set axis range
  75   for ( Int_t ibin=1; ibin<=axis->GetNbins(); ibin++ ) {
  76     TString binLabel = axis->GetBinLabel(ibin);
  77     if ( ! binLabel.IsNull()) continue;
  78     axis->SetRange(1, ibin-1);
  79     return;
  80   }
  81 }
  82
  83 //_____________________________________________________________________________
  84 Int_t GetRunNumber(TString filePath)
  85 {
  86   /// Get run number from file path
  87   TObjArray* array = filePath.Tokenize("/");
  88   array->SetOwner();
  89   TString auxString = "";
  90   Int_t runNum = -1;
  91   for ( Int_t ientry=0; ientry<array->GetEntries(); ientry++ ) {
  92     auxString = array->At(ientry)->GetName();
  93     if ( auxString.IsDigit() && auxString.Length()>=6 && auxString.Length()<=9 ) {
  94       runNum = auxString.Atoi();
  95       break;
  96     }
  97   }
  98   delete array;
  99
 100   if ( runNum < 0 ) {
 101     array = auxString.Tokenize("_");
 102     array->SetOwner();
 103     auxString = array->Last()->GetName();
 104     auxString.ReplaceAll(".root","");
 105     runNum = auxString.Atoi();
 106     delete array;
 107   }
 108
 109   return runNum;
 110 }
 111
 112 //_____________________________________________________________________________
 113 Bool_t ChangeFilenames ( TObjArray &fileNameArray )
 114 {
 115   /// Use custom output
 116   /// We used to perform the QA on the MTR chamber efficiency
 117   /// but since it is obtained form tracks matching with the tracker
 118   /// it is not that good for QA since we are dependent on the tracker status.
 119   /// In recent versions, the task also calculates the efficiency from all trigger tracks
 120   /// (including ghosts). Analyse this output instead.
 121   for ( Int_t ifile=0; ifile<fileNameArray.GetEntries(); ifile++ ) {
 122     TObjString* currObjString = static_cast<TObjString*>(fileNameArray.At(ifile));
 123     TString currFile = currObjString->GetString();
 124     TString dirName = gSystem->DirName(currFile.Data());
 125     TString fileName = gSystem->BaseName(currFile.Data());
 126     Int_t runNum = GetRunNumber(fileName);
 127     TString newFilename = Form("%s/terminateRuns/%i/trigChEff_ANY_Apt_allTrig.root",dirName.Data(),runNum);
 128     if ( ! gSystem->AccessPathName(newFilename.Data()) ) {
 129       printf("New output not found. Use the standard efficiency instead\n");
 130       return kFALSE;
 131     }
 132     currObjString->SetString(newFilename);
 133   }
 134   return kTRUE;
 135 }
 136
 137 //_____________________________________________________________________________
 138 Double_t* GetProdErr(Double_t* effErr, Int_t exclude, Int_t nFactors = kNch)
 139 {
 140   /// Error of product
 141   Double_t prod = 1.;
 142   Double_t relErr = 0., relProdErrSquare = 0.;
 143   for ( Int_t iprod=0; iprod<nFactors; iprod++ ) {
 144     if ( iprod == exclude ) continue;
 145     prod *= effErr[iprod];
 146     relErr = ( effErr[iprod] > kZero ) ? effErr[iprod+nFactors]/effErr[iprod] : 0.;
 147     relProdErrSquare += relErr*relErr;
 148     //printf("%f +- %f  ", effErr[iprod], effErr[iprod+nFactors]); // alBER TO CUT
 149   }
 150   Double_t* prodErr = new Double_t[2];
 151   prodErr[0] = prod;
 152   prodErr[1] = prod*TMath::Sqrt(relProdErrSquare);
 153   //printf("-> %f %f\n", prodErr[0], prodErr[1]); // REMEMBER TO CUT
 154   return prodErr;
 155 }
 156
 157
 158 //_____________________________________________________________________________
 159 Double_t* GetConditionalEffErr(Double_t* effErr1, Double_t* effErr2, Double_t* effErrBoth, Int_t exclude = -1)
 160 {
 161   /// Error on conditional efficiency
 162   Double_t* effErr = new Double_t[2*kNch];
 163   for ( Int_t ich=0; ich<kNch; ich++ ) {
 164     if ( ich == exclude ) {
 165       effErr[ich] = ( effErr1[ich] < 1. ) ? ( effErr2[ich] - effErrBoth[ich] ) / ( 1. - effErr1[ich] ) : 0.;
 166       effErr[ich+kNch] = 0;
 167       if ( effErr1[ich] < 1. ) {
 168         Double_t err2 = effErr2[ich+kNch] / ( 1. - effErr1[ich] );
 169         Double_t errBoth = effErrBoth[ich+kNch] / ( 1. - effErr1[ich] );
 170         Double_t err1 = effErr1[ich+kNch] * effErr[ich] / ( 1. - effErr1[ich] );
 171         effErr[ich+kNch] = TMath::Sqrt(err2*err2 + errBoth*errBoth + err1*err1);
 172       }
 173     }
 174     else {
 175       effErr[ich] = ( effErr1[ich] > kZero ) ? effErrBoth[ich]/effErr1[ich] : 0.;
 176       Double_t relErr1 = ( effErr1[ich] > kZero ) ? effErr1[ich+kNch]/effErr1[ich] : 0.;
 177       Double_t relErrBoth = ( effErrBoth[ich] > kZero ) ? effErrBoth[ich+kNch]/effErrBoth[ich] : 0.;
 178       effErr[ich+kNch] = effErr[ich] * TMath::Sqrt(relErr1*relErr1 + relErrBoth*relErrBoth);
 179     }
 180     //printf("%f  %f  %f -> %f\n", effErr1[ich], effErr2[ich], effErrBoth[ich], effErr[ich]); // REMEMBER TO CUT
 181   } // loop on chambers
 182   return effErr;
 183 }
 184
 185
 186 //_____________________________________________________________________________
 187 Double_t* GetBinomial(Double_t* effErr1, Double_t* effErr2 = 0x0, Double_t* effErrBoth = 0x0)
 188 {
 189   /// Binomial error
 190   Double_t effProd[4];
 191   Double_t defaultEffErr[2] = {1.,0.};
 192   Double_t* auxBinomial = 0x0;
 193   Double_t* currEffErr44 = 0x0;
 194   Double_t* effErrBinomial = new Double_t[2];
 195   effErrBinomial[0] = 0.;
 196   effErrBinomial[1] = 0.;
 197
 198   for ( Int_t ich = -1; ich<kNch; ich++ ) {
 199     Double_t* currEffErr = GetProdErr(effErr1, ich);
 200     if ( ich >= 0 ) {
 201       currEffErr[0] = currEffErr[0] - currEffErr44[0];
 202       currEffErr[1] = TMath::Sqrt(currEffErr[1]*currEffErr[1] + currEffErr44[1]*currEffErr44[1]);
 203     }
 204     if ( effErr2 ) {
 205       Double_t* auxEffErr = GetConditionalEffErr(effErr1, effErr2, effErrBoth, ich);
 206       auxBinomial = GetBinomial(auxEffErr);
 207       delete auxEffErr;
 208     }
 209     for ( Int_t ival=0; ival<2; ival++ ) {
 210       effProd[2*ival] = currEffErr[ival];
 211       effProd[2*ival+1] = ( effErr2 ) ? auxBinomial[ival] : defaultEffErr[ival];
 212     }
 213     if ( ich < 0 ) currEffErr44 = currEffErr;
 214     else delete currEffErr;
 215     delete auxBinomial;
 216
 217     Double_t* effErr = GetProdErr(effProd, -1, 2);
 218     //printf("%f * %f = %f\n", effProd[0], effProd[1], effErr[0]); // REMEMBER TO CUT
 219     effErrBinomial[0] += effErr[0];
 220     effErrBinomial[1] += effErr[1]*effErr[1];
 221     delete effErr;
 222   } // loop on chambers
 223
 224   delete currEffErr44;
 225
 226   effErrBinomial[1] = TMath::Sqrt(effErrBinomial[1]);
 227
 228   return effErrBinomial;
 229 }
 230
 231
 232 //_____________________________________________________________________________
 233 TH1* GetHisto(TString histoName, TFile* file, TList* histoList)
 234 {
 235   /// Get histogram
 236   TH1* histo = 0x0;
 237   if ( histoList )
 238     histo = (TH1*)histoList->FindObject(histoName.Data());
 239   else
 240     histo = (TH1*)file->FindObjectAny(histoName.Data());
 241
 242   return histo;
 243 }
 244
 245 //_____________________________________________________________________________
 246 Int_t GetEffIndex ( Int_t iel, Int_t icount, Int_t ich = -1 )
 247 {
 248   /// Get efficienct histogram index
 249   if ( iel == 0 ) return icount;
 250   return 3 + 4*3*(iel-1) + 3*ich + icount;
 251 }
 252
 253 //_____________________________________________________________________________
 254 TList* GetOCDBList ( )
 255 {
 256   /// Get list of CDB objetcs
 257   TString storageType = AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage()->GetType();
 258   Bool_t isGrid = storageType.Contains("alien");
 259   TString baseFolder = AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 260
 261   TList* outList = new TList();
 262   outList->SetOwner();
 263   TString dirName[3] = {"GlobalTriggerCrateConfig", "RegionalTriggerConfig", "LocalTriggerBoardMasks"};
 264   for ( Int_t idir=0; idir<3; idir++ ) {
 265     if ( isGrid ) {
 266       TGridResult *res = gGrid->Ls(Form("%s/MUON/Calib/%s", baseFolder.Data(), dirName[idir].Data()));
 267       if (!res) return 0x0;
 268       for ( Int_t ires=0; ires<res->GetEntries(); ires++ ) {
 269         TString currFile = static_cast<TMap*>(res->At(ires))->GetValue("name")->GetName();
 270         outList->Add(new TObjString(currFile));
 271       }
 272     }
 273     else {
 274       TString fileListStr = gSystem->GetFromPipe(Form("ls %s/MUON/Calib/%s", baseFolder.Data(), dirName[idir].Data()));
 275       TObjArray* fileList = fileListStr.Tokenize("\n");
 276       for ( Int_t ires=0; ires<fileList->GetEntries(); ires++ ) {
 277         TString currFile = fileList->At(ires)->GetName();
 278         outList->Add(new TObjString(currFile));
 279       }
 280       delete fileList;
 281     }
 282   }
 283   return outList;
 284 }
 285
 286 //_____________________________________________________________________________
 287 Bool_t IsOCDBChanged ( Int_t currRun, Int_t previousRun, TList* fileList )
 288 {
 289   /// Check if the OCDB object is changed w.r.t. the previous run
 290   if ( ! fileList ) return kTRUE;
 291   for ( Int_t ifile=0; ifile<fileList->GetEntries(); ifile++ ) {
 292     TString filename = static_cast<TObjString*>(fileList->At(ifile))->GetString();
 293     filename.ReplaceAll("Run","");
 294     TObjArray* array = filename.Tokenize("_");
 295     Int_t firstRun = static_cast<TObjString*>(array->At(0))->GetString().Atoi();
 296     Int_t lastRun = static_cast<TObjString*>(array->At(1))->GetString().Atoi();
 297     delete array;
 298     Bool_t isCurrRunInside = ( currRun >= firstRun && currRun <= lastRun );
 299     Bool_t isPreviousRunInside = ( previousRun >= firstRun && previousRun <= lastRun );
 300     if ( isCurrRunInside != isPreviousRunInside ) return kTRUE;
 301   }
 302   return kFALSE;
 303 }
 304
 305 //_____________________________________________________________________________
 306 void TrigEffTrending(TObjArray runNumArray, TObjArray fileNameArray, TList& outCanList, TList& outList)
 307 {
 308   /// Get the efficiency vs. run number
 309   TString elementName[3] = { "Chamber", "RPC", "Board" };
 310   TString countTypeName[4] = { "allTracks", "bendPlane", "nonBendPlane", "bothPlanes" };
 311
 312   TString filename = "", effName = "", effTitle = "";
 313
 314   SetMyStyle();
 315   Double_t effValues[3][2*kNch];
 316   const Int_t kNgraphs = kNch*3*2+3;
 317   TObjArray effList(kNgraphs);
 318   const Int_t kNeffVsRun = kNgraphs+1;
 319   TObjArray effVsRunList(kNeffVsRun);
 320
 321   effName = "totalEffEvolution";
 322   effTitle = "Multinomial probability of firing at least 3/4 chambers";
 323   TH1D* totalEff = new TH1D(effName.Data(), effTitle.Data(), 0, 0., 1.);
 324   effVsRunList.AddAt(totalEff, kNeffVsRun-1);
 325
 326   TString runNumString = "";
 327   for ( Int_t irun=0; irun<runNumArray.GetEntries(); irun++ ) {
 328     runNumString = runNumArray.At(irun)->GetName();
 329
 330     // Search corresponding file (for sorting)
 331     for ( Int_t ifile=0; ifile<fileNameArray.GetEntries(); ifile++ ) {
 332       filename = fileNameArray.At(ifile)->GetName();
 333       if ( filename.Contains(runNumString.Data()) ) break;
 334     }
 335
 336     if ( filename.Contains("alien://") && ! gGrid ) gGrid->Connect("alien://");
 337
 338     //
 339     // First get the list of efficiency graphs
 340     //
 341
 342     // Chamber efficiency
 343     TFile* file = TFile::Open(filename.Data());
 344     if ( ! file ) {
 345       printf("Warning: cannot find %s\n", filename.Data());
 346       continue;
 347     }
 348
 349     TList* trigEffList = (TList*)file->FindObjectAny("triggerChamberEff");
 350     if ( ! trigEffList ) printf("Warning: histo list not found in %s. Check directly in file\n", filename.Data());
 351
 352     TH1* histoDen = 0x0;
 353     for ( Int_t icount=0; icount<AliMUONTriggerEfficiencyCells::kNcounts; icount++ ) {
 354       effName = countTypeName[icount] + "Count" + elementName[0];
 355       if ( icount == 0 ) {
 356         histoDen = GetHisto(effName, file, trigEffList);
 357         continue;
 358       }
 359
 360       TH1* histoNum = GetHisto(effName, file, trigEffList);
 361       TGraphAsymmErrors* graph = new TGraphAsymmErrors(histoNum, histoDen);
 362       effName.ReplaceAll("Count","Eff");
 363       graph->SetName(effName.Data());
 364       effList.AddAt(graph, GetEffIndex(0, icount-1));
 365     }
 366     file->Close();
 367
 368     if ( ! histoDen ) {
 369       printf("Error: cannot find histograms in file %s. Skip to next\n", filename.Data());
 370       continue;
 371     }
 372
 373     // RPC/board efficiency
 374     AliMUONTriggerChamberEfficiency trigChEff(filename);
 375     for ( Int_t iel=1; iel<3; iel++ ) {
 376       for ( Int_t ich=0; ich<kNch; ich++ ) {
 377         for ( Int_t icount=0; icount<AliMUONTriggerEfficiencyCells::kNcounts-1; icount++ ) {
 378           TObject* obj = trigChEff.GetEffObject(2-iel, icount, ich);
 379           effList.AddAt(obj, GetEffIndex(iel, icount, ich));
 380         }
 381       }
 382     }
 383
 384     // Fill efficiency vs run
 385     for ( Int_t iel=0; iel<3; iel++ ) {
 386       for ( Int_t ich=0; ich<kNch; ich++ ) {
 387         for ( Int_t icount=0; icount<AliMUONTriggerEfficiencyCells::kNcounts-1; icount++ ) {
 388           TGraphAsymmErrors* graph = static_cast<TGraphAsymmErrors*>(effList.At(GetEffIndex(iel, icount, ich)));
 389           Int_t nPoints = ( iel == 0 ) ? 1 : graph->GetN();
 390           for ( Int_t ipoint=0; ipoint<nPoints; ipoint++ ) {
 391             Int_t currPoint = ( iel == 0 ) ? ich : ipoint;
 392             Double_t xpt, ypt;
 393             graph->GetPoint(currPoint, xpt, ypt);
 394             effValues[icount][ich] = ypt;
 395             Int_t ihisto = GetEffIndex(iel,icount,ich);
 396             TH2* effHisto = static_cast<TH2*>(effVsRunList.At(ihisto));
 397             if ( ! effHisto ) {
 398               effName = Form("effEvolution%s%s", countTypeName[icount+1].Data(), elementName[iel].Data());
 399               effTitle = Form("Trigger chamber efficiency vs run");
 400               if ( iel>0 ) {
 401                 effName += Form("Ch%i", 11+ich);
 402                 effTitle += Form(" for chamber %i", 11+ich);
 403               }
 404               effHisto = new TH2D(effName.Data(), effTitle.Data(), 0, 0., 1., graph->GetN(), xpt-0.5, xpt-0.5+(Double_t)graph->GetN());
 405               effVsRunList.AddAt(effHisto, ihisto);
 406             }
 407             Int_t currBin = effHisto->Fill(runNumString.Data(), xpt, ypt);
 408             Double_t err = 0.5*(graph->GetErrorYlow(ipoint) + graph->GetErrorYhigh(ipoint));
 409             Int_t binx, biny, binz;
 410             effHisto->GetBinXYZ(currBin, binx, biny, binz);
 411             effHisto->SetBinError(binx, biny, err);
 412             effValues[icount][ich+kNch] = err;
 413           } // loop on points
 414         } // loop on counts
 415       } // loop on chambers
 416       if ( iel > 0 ) continue;
 417       Double_t* binomialEff = GetBinomial(effValues[0], effValues[1], effValues[2]);
 418       Int_t currBin = totalEff->Fill(runNumString, binomialEff[0]);
 419       // CAVEAT!!!!
 420       // Well, error calculation of the binomial efficiency is a mess...
 421       // Sometimes it happens that efficiency + error > 1.
 422       // In that case reduce the error.
 423       totalEff->SetBinError(currBin, TMath::Min(binomialEff[1], 1.-binomialEff[0]));
 424       delete binomialEff;
 425     } // loop on detection elements
 426   } // loop on runs
 427
 428   // Set correct range (do not show last empty bins)
 429   for ( Int_t ihisto=0; ihisto<effVsRunList.GetEntries(); ihisto++ ) {
 430     TH1* histo = static_cast<TH1*>(effVsRunList.At(ihisto));
 431     SetRunAxisRange(histo->GetXaxis());
 432     outList.Add(histo);
 433     //histo->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 434   }
 435
 436   TString canName = "totalEff";
 437   TCanvas* can = new TCanvas(canName.Data(), canName.Data(), 200, 10, 600, 600);
 438   TH1* totEff = (TH1*)effVsRunList.At(kNeffVsRun-1);
 439   totEff->GetYaxis()->SetRangeUser(0.9,1.05);
 440   totEff->GetYaxis()->SetTitle("Probability to satisfy trigger conditions (3/4)");
 441   totEff->SetStats(kFALSE);
 442   totEff->DrawCopy();
 443   outCanList.Add(can);
 444
 445   Int_t color[3] = {kBlack, kRed, kBlue};
 446   Int_t markStyle[3] = {20, 24, 26};
 447   TLegend* leg = 0x0;
 448
 449   for ( Int_t ich=0; ich<kNch; ich++ ) {
 450     canName = Form("trigEffCh%i", 11+ich);
 451     can = new TCanvas(canName.Data(), canName.Data(), 200, 10, 600, 600);
 452     can->SetGridy();
 453     leg = new TLegend(0.6, 0.2, 0.9, 0.4);
 454     leg->SetBorderSize(1);
 455     //can->Divide(2,2);
 456     TString drawOpt = "e";
 457     for(Int_t icount=0; icount<AliMUONTriggerEfficiencyCells::kNcounts-1; icount++) {
 458       //can->cd(icount+1);
 459       TH2* histo = static_cast<TH2*>(effVsRunList.At(GetEffIndex(0, icount)));
 460       TH1* chEff = histo->ProjectionX(Form("effEvolutionCh%i",11+ich), ich+1, ich+1);
 461       chEff->SetTitle(Form("%s for chamber %i", histo->GetTitle(), 11+ich));
 462       chEff->GetYaxis()->SetRangeUser(0.9,1.);
 463       chEff->SetStats(kFALSE);
 464       chEff->GetYaxis()->SetTitle("Trigger chamber efficiency");
 465       TH1* copyEff = chEff->DrawCopy(drawOpt.Data());
 466       copyEff->SetLineColor(color[icount]);
 467       copyEff->SetMarkerColor(color[icount]);
 468       copyEff->SetMarkerStyle(markStyle[icount]);
 469       leg->AddEntry(copyEff, countTypeName[icount+1].Data(), "lp");
 470       drawOpt = "esame";
 471     } // loop on counts
 472     leg->Draw("same");
 473     outCanList.Add(can);
 474   } // loop on chambers
 475
 476   for ( Int_t iel=1; iel<3; iel++ ) {
 477     for ( Int_t ich=0; ich<kNch; ich++ ) {
 478       Int_t icount = AliMUONTriggerEfficiencyCells::kBothPlanesEff; // Just plot the efficiency for both
 479 //      for ( Int_t icount=0; icount<AliMUONTriggerEfficiencyCells::kNcounts-1; icount++ ) {
 480         canName = Form("trigEff%sCh%i", elementName[iel].Data(), 11+ich);
 481         can = new TCanvas(canName.Data(), canName.Data(), 200, 10, 600, 600);
 482         can->SetRightMargin(0.14);
 483         TH2* histo = static_cast<TH2*>(effVsRunList.At(GetEffIndex(iel, icount,ich)));
 484         histo->SetStats(kFALSE);
 485         histo->GetYaxis()->SetTitle(elementName[iel].Data());
 486         histo->DrawCopy("COLZ");
 487 //      } // loop on counts
 488       outCanList.Add(can);
 489     } // loop on chambers
 490   } // loop on detection element type
 491 }
 492
 493 //_____________________________________________________________________________
 494 void MaskTrending ( TObjArray runNumArray, TString defaultStorage, TList& outCanList, TList& outList )
 495 {
 496   /// Get the masks vs. run number
 497   if ( defaultStorage.Contains("alien://") || defaultStorage.Contains("raw://") ) {
 498     if ( ! gGrid ) TGrid::Connect("alien://");
 499     if ( ! gGrid ) {
 500       printf("Error: Problem connetting to grid: nothing done");
 501       return;
 502     }
 503   }
 504
 505
 506   TObjArray maskedList(8);
 507   TObjArray auxList(8);
 508   auxList.SetOwner();
 509   TString histoName = "", histoTitle = "";
 510   for(Int_t icath=0; icath<2; icath++){
 511     TString cathName = ( icath==0 ) ? "bendPlane" : "nonBendPlane";
 512     for(Int_t ich=0; ich<kNch; ich++){
 513       histoName = Form("%sMaskCh%i", cathName.Data(), 11+ich);
 514       histoTitle = Form("Chamber %i - %s: fraction of masked channels", 11+ich, cathName.Data());
 515       TH2* histo = new TH2D(histoName.Data(), histoTitle.Data(),0,0.,1., 234, 0.5, 234. + 0.5);
 516       histo->GetYaxis()->SetTitle("Board Id");
 517       histo->SetOption("COLZ");
 518       Int_t imask = 2*ich + icath;
 519       maskedList.AddAt(histo, imask);
 520       auxList.AddAt(histo->Clone(Form("%s_aux",histoName.Data())), imask);
 521     } // loop on chambers
 522   } // loop on cathodes
 523
 524   TArrayS xyPatternAll[2];
 525   for(Int_t icath=0; icath<2; icath++){
 526     xyPatternAll[icath].Set(kNch);
 527     xyPatternAll[icath].Reset(0xFFFF);
 528   }
 529
 530   if ( ! AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet() ) AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage(defaultStorage.Data());
 531   TList* ocdbFileList = 0x0;
 532   Int_t previousRun = -1;
 533   AliMUONDigitMaker* digitMaker = 0x0;
 534   AliMUONDigitStoreV2R digitStore;
 535
 536   AliMUONCalibrationData* calibData = 0x0;
 537   AliMUONTriggerUtilities* trigUtilities = 0x0;
 538   for ( Int_t irun=0; irun<runNumArray.GetEntries(); irun++ ) {
 539     TString runNumString = runNumArray.At(irun)->GetName();
 540     Int_t runNumber = runNumString.Atoi();
 541
 542     if ( IsOCDBChanged(runNumber, previousRun, ocdbFileList) ) {
 543       AliCDBManager::Instance()->SetRun(runNumber);
 544
 545       if ( ! digitMaker ) {
 546         digitMaker = new AliMUONDigitMaker(kFALSE);
 547         // Create a store with all digits in trigger
 548         for ( Int_t iboard=1; iboard<=234; iboard++ ) {
 549           digitMaker->TriggerDigits(iboard, xyPatternAll, digitStore, kFALSE);
 550         }
 551       }
 552
 553       if ( ! ocdbFileList ) ocdbFileList = GetOCDBList();
 554
 555       delete calibData;
 556       calibData = new AliMUONCalibrationData (runNumber);
 557       delete trigUtilities;
 558       trigUtilities = new AliMUONTriggerUtilities (calibData);
 559     }
 560
 561     previousRun = runNumber;
 562
 563     TIter next(digitStore.CreateIterator());
 564     AliMUONVDigit* dig = 0x0;
 565     while ( ( dig = static_cast<AliMUONVDigit*>(next()) ) ) {
 566       Int_t icath = dig->Cathode();
 567       Int_t detElemId = dig->DetElemId();
 568       Int_t ich = detElemId/100-11;
 569       Int_t iboard = dig->ManuId();
 570       Int_t imask = 2*ich + icath;
 571       static_cast<TH2*>(auxList.At(imask))->Fill(runNumString.Data(),iboard,1.);
 572       static_cast<TH2*>(maskedList.At(imask))->Fill(runNumString.Data(),iboard,(Double_t)trigUtilities->IsMasked(*dig));
 573     }
 574   } // loop on runs
 575   delete calibData;
 576   delete trigUtilities;
 577   delete digitMaker;
 578
 579   TString canName = "";
 580   for ( Int_t imask=0; imask<maskedList.GetEntries(); imask++ ) {
 581     TH2* histo = static_cast<TH2*>(maskedList.At(imask));
 582     histo->Divide(static_cast<TH2*>(auxList.At(imask)));
 583     SetRunAxisRange(histo->GetXaxis());
 584     outList.Add(histo);
 585
 586     canName = Form("%sCan", histo->GetName());
 587     TCanvas* can = new TCanvas(canName.Data(), canName.Data(), 200, 10, 600, 600);
 588     can->SetRightMargin(0.14);
 589     histo->SetStats(kFALSE);
 590     histo->DrawCopy("COLZ");
 591     outCanList.Add(can);
 592   }
 593 }
 594
 595 //_____________________________________________________________________________
 596 Bool_t CheckPattern ( TString trigName, TObjArray* keepArray, TObjArray* rejectArray )
 597 {
 598   /// Check pattern
 599   for ( Int_t ipat=0; ipat<rejectArray->GetEntries(); ++ipat ) {
 600     if ( trigName.Contains(rejectArray->At(ipat)->GetName() ) ) return kFALSE;
 601   } // loop on reject pattern
 602
 603   for ( Int_t ipat=0; ipat<keepArray->GetEntries(); ++ipat ) {
 604     if ( trigName.Contains(keepArray->At(ipat)->GetName() ) ) return kTRUE;
 605   } // loop on keep pattern
 606
 607   return ( keepArray->GetEntries() == 0 ) ? kTRUE : kFALSE;
 608 }
 609
 610 //_____________________________________________________________________________
 611 TObjArray* BuildListOfTrigger ( const TObjArray* triggerArray, TString keepPattern = "", TString rejectPattern="OTHER,TRUE,PHI,ANY,EMC,-ACE-,-ABCE-,WU,MUP,SPI,SHM" )
 612 {
 613   /// Build list of trigger classes
 614   TObjArray* selectedList = new TObjArray();
 615   selectedList->SetOwner();
 616   TObjArray* rejectArray = rejectPattern.Tokenize(",");
 617   TObjArray* keepArray = keepPattern.Tokenize(",");
 618
 619   for ( Int_t iTrig = 0; iTrig < triggerArray->GetEntries(); iTrig++ ){
 620     TString currTrigName = ((TObjString*)triggerArray->At(iTrig))->GetName();
 621     if ( CheckPattern(currTrigName, keepArray, rejectArray) ) selectedList->AddLast(new TObjString(currTrigName.Data()));
 622   }
 623
 624   delete rejectArray;
 625   delete keepArray;
 626
 627   return selectedList;
 628
 629 }
 630
 631 //_____________________________________________________________________________
 632 TString FindCorrespondingTrigger ( TString checkTrigger, TObjArray* triggerArray )
 633 {
 634   /// Find trigger from pattern
 635   TString foundName = "";
 636   for ( Int_t iTrig = 0; iTrig < triggerArray->GetEntries(); iTrig++ ){
 637     TString currTrigName = ((TObjString*)triggerArray->At(iTrig))->GetName();
 638     TObjArray* array = currTrigName.Tokenize("-");
 639     TString collisionType = array->At(1)->GetName();
 640     delete array;
 641     collisionType.Append("-");
 642     collisionType.Prepend("-");
 643     if ( checkTrigger.Contains(collisionType.Data()) ) {
 644       foundName = currTrigName;
 645       break;
 646     }
 647   }
 648
 649   return foundName;
 650 }
 651
 652 //_____________________________________________________________________________
 653 void ScalerTrending ( TObjArray runNumArray, TString mergedFileName, TString defaultStorage, TList& outCanList, TList& outList )
 654 {
 655   /// Get the scalers vs. run number
 656   if ( defaultStorage.Contains("alien://") || defaultStorage.Contains("raw://") ) {
 657     if ( ! gGrid ) TGrid::Connect("alien://");
 658     if ( ! gGrid ) {
 659       printf("Error: Problem connetting to grid: nothing done");
 660       return;
 661     }
 662   }
 663
 664   if ( ! AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet() ) AliCDBManager::Instance()->SetDefaultStorage(defaultStorage.Data());
 665
 666   //trigger count from ESDs
 667   TFile *file = TFile::Open(mergedFileName.Data());
 668   AliCounterCollection* ccol = (AliCounterCollection*)((TDirectoryFile*)file->FindObjectAny("MUON_QA"))->FindObjectAny("eventCounters");
 669
 670   //Build the trigger list for trigger with muon only in readout and min. bias triggers
 671   TString triggerListName = ccol->GetKeyWords("trigger");
 672
 673   TObjArray selectedTriggerArray, selectedL0TriggerArray;
 674   selectedTriggerArray.SetOwner();
 675   selectedL0TriggerArray.SetOwner();
 676
 677   const Int_t nScaler = 3;
 678   TString sScaler[nScaler] = {"L0B","L2A","L0BRATE"};
 679   enum eScaler {kL0B = 0, kL2A=1, kL0BRATE=2};
 680   Float_t maxScaler[nScaler] = {1e8,1e7,1e6};
 681   TObjArray hFromQA;
 682   TObjArray hFromScalers;
 683   TObjArray hOutput;
 684
 685
 686   TString sHistName, sHistNameFull, sTitleName;
 687   Int_t nRuns = runNumArray.GetEntries();
 688
 689   //
 690   //Fill histos for Scalers and QA
 691   //
 692   //loop on run list
 693   for ( Int_t iRun = 0; iRun < runNumArray.GetEntries(); iRun++ ) {
 694
 695     TString sRunNr = ((TObjString*)runNumArray.At(iRun))->GetString();
 696     Int_t runNr = sRunNr.Atoi();
 697     AliAnalysisTriggerScalers triggerScaler(runNr);
 698     AliTriggerConfiguration* tc = static_cast<AliTriggerConfiguration*>(triggerScaler.GetOCDBObject("GRP/CTP/Config",runNr));
 699     const TObjArray& trClasses = tc->GetClasses();
 700
 701     Int_t ibin = iRun+1;
 702
 703     for ( Int_t itype=0; itype<2; itype++ ) {
 704       TObjArray* currSelectedList = ( itype == 0 ) ? &selectedTriggerArray : &selectedL0TriggerArray;
 705       TString matchTrig = ( itype == 0 ) ? "" : "C0TVX";
 706       TObjArray* selectedTrigArrayForRun = BuildListOfTrigger(&trClasses, matchTrig);
 707
 708       //loop on trigger list
 709       for ( Int_t iTrig = 0; iTrig < selectedTrigArrayForRun->GetEntries(); iTrig++ ) {
 710
 711         TString currTrigName = selectedTrigArrayForRun->At(iTrig)->GetName();
 712         if ( itype == 0 && ! triggerListName.Contains(currTrigName.Data()) ) continue;
 713         if ( ! currSelectedList->FindObject(currTrigName.Data()) ) currSelectedList->Add(new TObjString(currTrigName));
 714
 715         //loop on scaler list
 716         for ( Int_t iScaler = 0; iScaler < nScaler; iScaler++ ) {
 717
 718           if ( itype == 1 && iScaler != kL0B ) continue;
 719
 720           //from Scalers
 721           TGraph* graph = triggerScaler.PlotTrigger(currTrigName.Data(),sScaler[iScaler].Data());
 722
 723           sHistName = Form("%s_%s",currTrigName.Data(),sScaler[iScaler].Data());
 724           sHistNameFull = Form("Scalers_%s",sHistName.Data());
 725
 726           TH1* hist = (TH1*) hFromScalers.FindObject(sHistNameFull);
 727           if ( ! hist ) {
 728             hist = new TH1D(sHistNameFull,sHistName,nRuns,1.,1.+(Double_t)nRuns);
 729             hist->SetDirectory(0);
 730             hist->SetMinimum(1);
 731             hist->SetMaximum(maxScaler[0]);
 732             hFromScalers.AddLast(hist);
 733             hOutput.AddLast(hist);
 734             if ( iScaler == kL2A ) {
 735               sHistNameFull = "QA_" + sHistName;
 736               hFromQA.AddLast(hist->Clone(sHistNameFull.Data()));
 737             }
 738           }
 739           Double_t *tab = (Double_t*) graph->GetY();
 740           if ( tab ) hist->SetBinContent(ibin,tab[0]);
 741           hist->GetXaxis()->SetBinLabel(ibin,sRunNr.Data());
 742           delete graph;
 743
 744           //from QA
 745           if ( iScaler != kL2A ) continue;
 746           TH1* histCounters = static_cast<TH1*>(ccol->Get("run",Form("run:%s/trigger:%s",sRunNr.Data(),currTrigName.Data())));
 747           sHistNameFull = sHistNameFull = "QA_" + sHistName;
 748           hist = (TH1*) hFromQA.FindObject(sHistNameFull);
 749           if ( histCounters ) hist->SetBinContent(ibin,histCounters->GetSumOfWeights());
 750           hist->GetXaxis()->SetBinLabel(ibin,sRunNr.Data());
 751           delete histCounters;
 752         }//end loop on scaler list
 753       }//end loop on trigger list
 754     } // end loop on type
 755   }//end loop on run list
 756
 757
 758   if ( selectedTriggerArray.GetEntries() == 0 ) {
 759     printf("No trigger selected from trigger list %s\n",triggerListName.Data());
 760     return;
 761   }
 762   printf("Nr of triggers selected %i\n",selectedTriggerArray.GetEntries());
 763
 764   printf("Nr of T0 triggers selected %i\n",selectedL0TriggerArray.GetEntries());
 765
 766   //Set options for QA and Scalers histos
 767
 768   for ( Int_t itype=0; itype<2; itype++ ) {
 769     TObjArray* currList = ( itype == 0 ) ? &hFromScalers : &hFromQA;
 770     for ( Int_t ihisto=0; ihisto<currList->GetEntriesFast(); ihisto++ ) {
 771       TH1* histo = static_cast<TH1*> ( currList->At(ihisto) );
 772       if (!histo) continue;
 773       // Write run number to each bin
 774       for ( Int_t iRun = 0; iRun < runNumArray.GetEntries(); iRun++ ) {
 775         TString sRunNr = ((TObjString*)runNumArray.At(iRun))->GetString();
 776         Int_t ibin = iRun+1;
 777         TString binLabel = histo->GetXaxis()->GetBinLabel(ibin);
 778         if ( ! binLabel.IsNull() ) continue;
 779         histo->GetXaxis()->SetBinLabel(ibin,sRunNr.Data());
 780       }
 781       histo->SetStats(kFALSE);
 782     }
 783   }
 784
 785
 786   //Loop on histos from scalers and QA and create resulting histos from scalers
 787   const Int_t nHisto = 3;
 788   TString sHisto[nHisto] = {"L0BoverL0BC0TVX","L2AoverL0B","L2AQAoverSCALERS"};
 789   TString sTitleHisto[nHisto] = {"L0B trigger / L0BC0TVX","L2A / L0B","L2A from QA / L2A from SCALERS"};
 790   //  TString sHisto[nHisto] = {"L2AoverL0B","L2AQAoverSCALERS"};
 791
 792   //loop on trigger list
 793   for ( Int_t iTrig = 0; iTrig < selectedTriggerArray.GetEntries(); iTrig++ ) {
 794
 795     sHistNameFull = Form("Scalers_%s_L0B",((TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig))->GetName());
 796     TH1* histo1 = static_cast<TH1*> ( hFromScalers.FindObject(sHistNameFull) );
 797     if (!histo1) continue;
 798
 799
 800     //C0TVX
 801     TString sTrig = ( (TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig) )->GetName();
 802     TString sL0Trig = FindCorrespondingTrigger(sTrig, &selectedL0TriggerArray);
 803
 804     sHistNameFull = Form("Scalers_%s_L0B",sL0Trig.Data());
 805
 806     TH1* histo0 = static_cast<TH1*> ( hFromScalers.FindObject(sHistNameFull) );
 807     if ( histo0 ) {
 808       sHistNameFull = Form("%s_%s",sHisto[0].Data(),((TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig))->GetName());
 809       TH1* histo10 = (TH1*) histo1->Clone(sHistNameFull);
 810       histo10->SetTitle(sTitleHisto[0].Data());
 811       histo10->Sumw2();
 812       histo10->Divide(histo0);
 813       histo10->SetMaximum(10);
 814       histo10->SetMinimum(1e-5);
 815       //outList.Add(histo10);
 816       hOutput.AddLast(histo10);
 817       //outList.Add(histo0);
 818       //outList.Add(histo1);
 819     }
 820
 821     //DEADTIME
 822     sHistNameFull = Form("Scalers_%s_L2A",((TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig))->GetName());
 823     TH1* histo2 = static_cast<TH1*> ( hFromScalers.FindObject(sHistNameFull) );
 824     if (!histo2) continue;
 825
 826     sHistNameFull = Form("%s_%s",sHisto[1].Data(),((TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig))->GetName());
 827     TH1* histo3 = (TH1*) histo2->Clone(sHistNameFull);
 828     histo3->SetTitle(sTitleHisto[1]);
 829     histo3->Sumw2();
 830     histo3->Divide(histo1);
 831     histo3->SetMaximum(1.2);
 832     histo3->SetMinimum(1e-5);
 833     //outList.Add(histo3);
 834     hOutput.AddLast(histo3);
 835
 836     //QA over Scalers
 837     sHistNameFull = Form("QA_%s_L2A",((TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig))->GetName());
 838     TH1* histo4 = static_cast<TH1*> ( hFromQA.FindObject(sHistNameFull) );
 839     if (!histo4) continue;
 840
 841     sHistNameFull = Form("%s_%s",sHisto[2].Data(),((TObjString*) selectedTriggerArray.At(iTrig))->GetName());
 842     TH1* histo5 = (TH1*) histo4->Clone(sHistNameFull);
 843     histo5->SetTitle(sTitleHisto[2]);
 844     histo5->Sumw2();
 845     histo5->Divide(histo2);
 846     histo5->SetMaximum(1.2);
 847     histo5->SetMinimum(5e-1);
 848     //outList.Add(histo5);
 849     hOutput.AddLast(histo5);
 850   }
 851
 852   // Plot all on canvases (only canvases will be saved)
 853   const Int_t nCanvases = nScaler + nHisto;
 854   TString sCanvases[nCanvases];
 855   for (Int_t iScaler = 0; iScaler < nScaler; iScaler++) sCanvases[iScaler] = sScaler[iScaler];
 856   for (Int_t iHisto = 0; iHisto < nHisto; iHisto++) sCanvases[nScaler+iHisto] = sHisto[iHisto];
 857
 858   //loop on canvases
 859   for ( Int_t iCan = 0; iCan < nCanvases; iCan++) {
 860     TCanvas* canvas = new TCanvas(sCanvases[iCan],sCanvases[iCan],200,10,600,600);
 861     TLegend* leg  = new TLegend(0.72,0.7,0.9,0.85);
 862     leg->SetBorderSize(1);
 863     if ( iCan != 4 ) canvas->SetLogy();
 864     TString optDraw = "e";
 865
 866     //loop on trigger list
 867     Int_t icolor = 1;
 868     for ( Int_t iTrig = 0; iTrig < selectedTriggerArray.GetEntries(); iTrig++ ) {
 869
 870       if ( iCan < nScaler ) sHistNameFull = Form("Scalers_%s_%s",selectedTriggerArray.At(iTrig)->GetName(),sCanvases[iCan].Data());
 871       else sHistNameFull = Form("%s_%s",sCanvases[iCan].Data(),selectedTriggerArray.At(iTrig)->GetName());
 872       TH1* histo1 = static_cast<TH1*> ( hOutput.FindObject(sHistNameFull) );
 873       if (!histo1) continue;
 874
 875       if ( icolor == 10 ) icolor++;
 876       histo1->SetLineColor(icolor++);
 877       histo1->Draw(optDraw);
 878       optDraw = "esame";
 879
 880       leg->AddEntry(histo1,selectedTriggerArray.At(iTrig)->GetName(),"l");
 881     }
 882
 883     leg->Draw();
 884     outList.Add(canvas);
 885     outCanList.Add(canvas);
 886   }
 887
 888   file->Close();
 889 }
 890
 891 //_____________________________________________________________________________
 892 void trigEffQA(TString fileListName, TString outFilename = "", TString defaultStorage = "raw://", Bool_t doScalers = kFALSE)
 893 {
 894   /// Main function
 895   ifstream inFile(fileListName.Data());
 896   TObjArray fileNameArray, runNumArray;
 897   fileNameArray.SetOwner();
 898   runNumArray.SetOwner();
 899   TString currString = "";
 900   if (inFile.is_open()) {
 901     while (! inFile.eof() ) {
 902       currString.ReadLine(inFile,kTRUE); // Read line
 903       if ( currString.IsNull() || ! currString.Contains(".root") ||
 904           currString.BeginsWith("#") ) continue;
 905       fileNameArray.AddLast(new TObjString(currString.Data()));
 906       Int_t runNum = GetRunNumber(currString);
 907       runNumArray.AddLast(new TObjString(Form("%i",runNum)));
 908     }
 909     inFile.close();
 910   }
 911   else {
 912     printf("Fatal: cannot open input file %s\n",fileListName.Data());
 913     return;
 914   }
 915
 916   runNumArray.Sort();
 917
 918   // Instead of using the efficiency stored in the QA output
 919   // search for the new efficiency produced with trigger tracks only
 920   TObjArray tmpArray = fileNameArray;
 921   TObjArray* finalFileNameArray =  ChangeFilenames(tmpArray) ? &tmpArray : &fileNameArray;
 922
 923   TList outCanList, outList;
 924   TrigEffTrending(runNumArray, *finalFileNameArray, outCanList, outList);
 925   if ( ! defaultStorage.IsNull() ) MaskTrending(runNumArray, defaultStorage, outCanList, outList);
 926   if ( ! defaultStorage.IsNull() && doScalers ) ScalerTrending(runNumArray, "QAresults_Merged.root", defaultStorage, outCanList, outList);
 927
 928   if ( outFilename.IsNull() ) return;
 929
 930   TString outCanName = outFilename;
 931   outCanName.ReplaceAll(".root",".pdf");
 932   for ( Int_t ican=0; ican<outCanList.GetEntries(); ican++ ) {
 933     TString canName = outCanName;
 934     if ( ican == 0 ) canName.Append("("); // open pdf file
 935     else if ( ican == outCanList.GetEntries()-1 ) canName.Append(")"); // close pdf file
 936     static_cast<TCanvas*>(outCanList.At(ican))->Print(canName.Data());
 937   }
 938   // There is a bug when creating a pdf
 939   // So create a ps and then convert via epstopdf
 940   if ( outCanName.Contains(".ps") || outCanName.Contains(".eps") ) {
 941     gSystem->Exec(Form("epstopdf %s", outCanName.Data()));
 942     gSystem->Exec(Form("rm %s", outCanName.Data()));
 943   }
 944
 945   TFile* outFile = new TFile(outFilename.Data(), "recreate");
 946   outList.Write();
 947   outFile->Close();
 948 }