STEER/AliReconstruction.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 // class for running the reconstruction                                      //
  21 //                                                                           //
  22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
  23 // typing:                                                                   //
  24 //                                                                           //
  25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
  26 //   rec.Run();                                                              //
  27 //                                                                           //
  28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
  29 //                                                                           //
  30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
  31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
  32 //                                                                           //
  33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
  34 //                                                                           //
  35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
  36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
  37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
  38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
  39 // - MC root files     : empty string, default                               //
  40 //                                                                           //
  41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
  42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
  43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
  44 //                                                                           //
  45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
  46 //                                                                           //
  47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
  48 // upper limit of the event range.                                           //
  49 //                                                                           //
  50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
  51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
  52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
  53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
  54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
  55 //                                                                           //
  56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
  57 //                                                                           //
  58 //                                                                           //
  59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
  60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
  61 // constructor or by                                                         //
  62 //                                                                           //
  63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
  64 //                                                                           //
  65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
  66 // detectors by                                                              //
  67 //                                                                           //
  68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
  69 //                                                                           //
  70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
  71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
  72 // available detectors. This is the default.                                 //
  73 //                                                                           //
  74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
  75 //                                                                           //
  76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
  77 //                                                                           //
  78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
  79 // selected detectors by                                                     //
  80 //                                                                           //
  81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
  82 //                                                                           //
  83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
  84 //                                                                           //
  85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
  86 //                                                                           //
  87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
  88 //                                                                           //
  89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
  90 //                                                                           //
  91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
  92 // The default is "ALL".                                                     //
  93 //                                                                           //
  94 // The call of the shortcut method                                           //
  95 //                                                                           //
  96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
  97 //                                                                           //
  98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
  99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
 100 //                                                                           //
 101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
 102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
 103 //                                                                           //
 104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
 105 // data by calling (usual detector string)                                   //
 106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
 107 //                                                                           //
 108 //                                                                           //
 109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 110
 111 #include <TArrayF.h>
 112 #include <TFile.h>
 113 #include <TList.h>
 114 #include <TSystem.h>
 115 #include <TROOT.h>
 116 #include <TPluginManager.h>
 117 #include <TGeoManager.h>
 118 #include <TLorentzVector.h>
 119 #include <TArrayS.h>
 120 #include <TArrayD.h>
 121 #include <TObjArray.h>
 122 #include <TMap.h>
 123 #include <TChain.h>
 124 #include <TProof.h>
 125 #include <TProofOutputFile.h>
 126 #include <TParameter.h>
 127
 128 #include "AliReconstruction.h"
 129 #include "AliCodeTimer.h"
 130 #include "AliReconstructor.h"
 131 #include "AliLog.h"
 132 #include "AliRunLoader.h"
 133 #include "AliRun.h"
 134 #include "AliRawReaderFile.h"
 135 #include "AliRawReaderDate.h"
 136 #include "AliRawReaderRoot.h"
 137 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
 138 #include "AliRawEvent.h"
 139 #include "AliESDEvent.h"
 140 #include "AliESDMuonTrack.h"
 141 #include "AliESDfriend.h"
 142 #include "AliESDVertex.h"
 143 #include "AliESDcascade.h"
 144 #include "AliESDkink.h"
 145 #include "AliESDtrack.h"
 146 #include "AliESDCaloCluster.h"
 147 #include "AliESDCaloCells.h"
 148 #include "AliMultiplicity.h"
 149 #include "AliTracker.h"
 150 #include "AliVertexer.h"
 151 #include "AliVertexerTracks.h"
 152 #include "AliV0vertexer.h"
 153 #include "AliCascadeVertexer.h"
 154 #include "AliHeader.h"
 155 #include "AliGenEventHeader.h"
 156 #include "AliPID.h"
 157 #include "AliESDpid.h"
 158 #include "AliESDtrack.h"
 159 #include "AliESDPmdTrack.h"
 160
 161 #include "AliESDTagCreator.h"
 162
 163 #include "AliGeomManager.h"
 164 #include "AliTrackPointArray.h"
 165 #include "AliCDBManager.h"
 166 #include "AliCDBStorage.h"
 167 #include "AliCDBEntry.h"
 168 #include "AliAlignObj.h"
 169
 170 #include "AliCentralTrigger.h"
 171 #include "AliTriggerConfiguration.h"
 172 #include "AliTriggerClass.h"
 173 #include "AliTriggerCluster.h"
 174 #include "AliCTPRawStream.h"
 175
 176 #include "AliQADataMakerRec.h"
 177 #include "AliGlobalQADataMaker.h"
 178 #include "AliQA.h"
 179 #include "AliQADataMakerSteer.h"
 180
 181 #include "AliPlaneEff.h"
 182
 183 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 184 #include "AliRawHLTManager.h"
 185
 186 #include "AliMagWrapCheb.h"
 187
 188 #include "AliDetectorRecoParam.h"
 189 #include "AliGRPRecoParam.h"
 190 #include "AliRunInfo.h"
 191 #include "AliEventInfo.h"
 192
 193 #include "AliDAQ.h"
 194
 195 ClassImp(AliReconstruction)
 196
 197 //_____________________________________________________________________________
 198 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 199
 200 //_____________________________________________________________________________
 201 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 202   TSelector(),
 203   fUniformField(kFALSE),
 204   fForcedFieldMap(NULL),
 205   fRunVertexFinder(kTRUE),
 206   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
 207   fRunHLTTracking(kFALSE),
 208   fRunMuonTracking(kFALSE),
 209   fRunV0Finder(kTRUE),
 210   fRunCascadeFinder(kTRUE),
 211   fStopOnError(kFALSE),
 212   fWriteAlignmentData(kFALSE),
 213   fWriteESDfriend(kFALSE),
 214   fFillTriggerESD(kTRUE),
 215
 216   fCleanESD(kTRUE),
 217   fV0DCAmax(3.),
 218   fV0CsPmin(0.),
 219   fDmax(50.),
 220   fZmax(50.),
 221
 222   fRunLocalReconstruction("ALL"),
 223   fRunTracking("ALL"),
 224   fFillESD("ALL"),
 225   fLoadCDB(""),
 226   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
 227   fGAliceFileName(gAliceFilename),
 228   fRawInput(""),
 229   fEquipIdMap(""),
 230   fFirstEvent(0),
 231   fLastEvent(-1),
 232   fNumberOfEventsPerFile(1),
 233   fOptions(),
 234   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
 235   fLoadAlignData("ALL"),
 236   fESDPar(""),
 237   fUseHLTData(),
 238   fRunInfo(NULL),
 239   fEventInfo(),
 240
 241   fRunLoader(NULL),
 242   fRawReader(NULL),
 243   fParentRawReader(NULL),
 244
 245   fRecoParam(),
 246
 247   fVertexer(NULL),
 248   fDiamondProfile(NULL),
 249   fDiamondProfileTPC(NULL),
 250   fMeanVertexConstraint(kTRUE),
 251
 252   fGRPData(NULL),
 253
 254   fAlignObjArray(NULL),
 255   fCDBUri(),
 256   fSpecCDBUri(),
 257   fInitCDBCalled(kFALSE),
 258   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
 259   fQADetectors("ALL"),
 260   fQASteer(NULL),
 261   fQATasks("ALL"),
 262   fRunQA(kTRUE),
 263   fRunGlobalQA(kTRUE),
 264   fSameQACycle(kFALSE),
 265
 266   fRunPlaneEff(kFALSE),
 267
 268   fesd(NULL),
 269   fhltesd(NULL),
 270   fesdf(NULL),
 271   ffile(NULL),
 272   ftree(NULL),
 273   fhlttree(NULL),
 274   ftVertexer(NULL),
 275   fIsNewRunLoader(kFALSE),
 276   fRunAliEVE(kFALSE),
 277   fChain(NULL)
 278 {
 279 // create reconstruction object with default parameters
 280   gGeoManager = NULL;
 281
 282   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 283     fReconstructor[iDet] = NULL;
 284     fLoader[iDet] = NULL;
 285     fTracker[iDet] = NULL;
 286   }
 287   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
 288     fQACycles[iDet] = 999999 ;
 289     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ;
 290   }
 291
 292   AliPID pid;
 293 }
 294
 295 //_____________________________________________________________________________
 296 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 297   TSelector(),
 298   fUniformField(rec.fUniformField),
 299   fForcedFieldMap(NULL),
 300   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
 301   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
 302   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
 303   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
 304   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
 305   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
 306   fStopOnError(rec.fStopOnError),
 307   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
 308   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
 309   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 310
 311   fCleanESD(rec.fCleanESD),
 312   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
 313   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
 314   fDmax(rec.fDmax),
 315   fZmax(rec.fZmax),
 316
 317   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
 318   fRunTracking(rec.fRunTracking),
 319   fFillESD(rec.fFillESD),
 320   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
 321   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
 322   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
 323   fRawInput(rec.fRawInput),
 324   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
 325   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
 326   fLastEvent(rec.fLastEvent),
 327   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
 328   fOptions(),
 329   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
 330   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 331   fESDPar(rec.fESDPar),
 332   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
 333   fRunInfo(NULL),
 334   fEventInfo(),
 335
 336   fRunLoader(NULL),
 337   fRawReader(NULL),
 338   fParentRawReader(NULL),
 339
 340   fRecoParam(rec.fRecoParam),
 341
 342   fVertexer(NULL),
 343   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
 344   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
 345   fMeanVertexConstraint(rec.fMeanVertexConstraint),
 346
 347   fGRPData(NULL),
 348
 349   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
 350   fCDBUri(rec.fCDBUri),
 351   fSpecCDBUri(),
 352   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
 353   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
 354   fQADetectors(rec.fQADetectors),
 355   fQASteer(NULL),
 356   fQATasks(rec.fQATasks),
 357   fRunQA(rec.fRunQA),
 358   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
 359   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
 360   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 361
 362   fesd(NULL),
 363   fhltesd(NULL),
 364   fesdf(NULL),
 365   ffile(NULL),
 366   ftree(NULL),
 367   fhlttree(NULL),
 368   ftVertexer(NULL),
 369   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
 370   fRunAliEVE(kFALSE),
 371   fChain(NULL)
 372 {
 373 // copy constructor
 374
 375   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 376     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 377   }
 378   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 379     fReconstructor[iDet] = NULL;
 380     fLoader[iDet] = NULL;
 381     fTracker[iDet] = NULL;
 382   }
 383
 384   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
 385     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 386     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 387   }
 388
 389   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 390     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
 391   }
 392 }
 393
 394 //_____________________________________________________________________________
 395 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 396 {
 397 // assignment operator
 398 // Used in PROOF mode
 399 // Be very careful while modifing it!
 400 // Simple rules to follow:
 401 // for persistent data members - use their assignment operators
 402 // for non-persistent ones - do nothing or take the default values from constructor
 403 // TSelector members should not be touched
 404   if(&rec == this) return *this;
 405
 406   fUniformField          = rec.fUniformField;
 407   fForcedFieldMap        = NULL;
 408   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
 409   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
 410   fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
 411   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
 412   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
 413   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
 414   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
 415   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
 416   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
 417   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
 418
 419   fCleanESD  = rec.fCleanESD;
 420   fV0DCAmax  = rec.fV0DCAmax;
 421   fV0CsPmin  = rec.fV0CsPmin;
 422   fDmax      = rec.fDmax;
 423   fZmax      = rec.fZmax;
 424
 425   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
 426   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
 427   fFillESD                       = rec.fFillESD;
 428   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
 429   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
 430   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
 431   fRawInput                      = rec.fRawInput;
 432   fEquipIdMap                    = rec.fEquipIdMap;
 433   fFirstEvent                    = rec.fFirstEvent;
 434   fLastEvent                     = rec.fLastEvent;
 435   fNumberOfEventsPerFile         = rec.fNumberOfEventsPerFile;
 436
 437   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 438     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 439   }
 440
 441   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
 442   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
 443   fESDPar                        = rec.fESDPar;
 444   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
 445
 446   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
 447   if (rec.fRunInfo) fRunInfo = new AliRunInfo(*rec.fRunInfo);
 448
 449   fEventInfo                     = rec.fEventInfo;
 450
 451   fRunLoader       = NULL;
 452   fRawReader       = NULL;
 453   fParentRawReader = NULL;
 454
 455   fRecoParam = rec.fRecoParam;
 456
 457   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 458     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
 459     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
 460     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
 461   }
 462
 463   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
 464     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 465     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 466   }
 467
 468   fVertexer             = NULL;
 469   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
 470   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
 471   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
 472   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
 473   fMeanVertexConstraint = rec.fMeanVertexConstraint;
 474
 475   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
 476   if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
 477
 478   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
 479
 480   fCDBUri        = "";
 481   fSpecCDBUri.Delete();
 482   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
 483   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
 484   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
 485   fQASteer                     = NULL;
 486   fQATasks                     = rec.fQATasks;
 487   fRunQA                       = rec.fRunQA;
 488   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
 489   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
 490   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
 491
 492   fesd     = NULL;
 493   fhltesd  = NULL;
 494   fesdf    = NULL;
 495   ffile    = NULL;
 496   ftree    = NULL;
 497   fhlttree = NULL;
 498   ftVertexer = NULL;
 499   fIsNewRunLoader = rec.fIsNewRunLoader;
 500   fRunAliEVE = kFALSE;
 501   fChain = NULL;
 502
 503   return *this;
 504 }
 505
 506 //_____________________________________________________________________________
 507 AliReconstruction::~AliReconstruction()
 508 {
 509 // clean up
 510
 511   CleanUp();
 512   delete fForcedFieldMap;
 513   fOptions.Delete();
 514   if (fAlignObjArray) {
 515     fAlignObjArray->Delete();
 516     delete fAlignObjArray;
 517   }
 518   fSpecCDBUri.Delete();
 519   delete fQASteer;
 520   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 521 }
 522
 523 //_____________________________________________________________________________
 524 void AliReconstruction::InitCDB()
 525 {
 526 // activate a default CDB storage
 527 // First check if we have any CDB storage set, because it is used
 528 // to retrieve the calibration and alignment constants
 529   AliCodeTimerAuto("");
 530
 531   if (fInitCDBCalled) return;
 532   fInitCDBCalled = kTRUE;
 533
 534   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 535   if (man->IsDefaultStorageSet())
 536   {
 537     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 538     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
 539     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
 540     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 541     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
 542   }
 543   else {
 544     if (fCDBUri.Length() > 0)
 545     {
 546         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 547         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
 548         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 549     } else {
 550         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT";
 551         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 552         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
 553         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
 554         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 555
 556     }
 557     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 558   }
 559
 560   // Now activate the detector specific CDB storage locations
 561   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 562     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
 563     if (!obj) continue;
 564     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 565     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
 566     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 567     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
 568   }
 569   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
 570 }
 571
 572 //_____________________________________________________________________________
 573 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 574 // Store the desired default CDB storage location
 575 // Activate it later within the Run() method
 576
 577   fCDBUri = uri;
 578
 579 }
 580
 581 //_____________________________________________________________________________
 582 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 583 // Store a detector-specific CDB storage location
 584 // Activate it later within the Run() method
 585
 586   AliCDBPath aPath(calibType);
 587   if(!aPath.IsValid()){
 588         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
 589         for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 590                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
 591                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
 592                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
 593                         break;
 594                 }
 595         }
 596         if(!aPath.IsValid()){
 597                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
 598                 return;
 599         }
 600   }
 601
 602 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 603 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
 604 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 605 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 606 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 607 //      isDetector = kTRUE;
 608 //      break;
 609 //    }
 610 //  }
 611 //
 612 //  if(!isDetector) {
 613 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
 614 //      return;
 615 //  }
 616
 617   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
 618   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
 619   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
 620
 621 }
 622
 623 //_____________________________________________________________________________
 624 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 625 {
 626   // The method is called in Run() in order
 627   // to set a correct run number.
 628   // In case of raw data reconstruction the
 629   // run number is taken from the raw data header
 630
 631   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
 632   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
 633
 634   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 635
 636   if(fRawReader) {
 637     if(fRawReader->NextEvent()) {
 638       if(man->GetRun() > 0) {
 639         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
 640       }
 641       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
 642       fRawReader->RewindEvents();
 643     }
 644     else {
 645       if(man->GetRun() > 0) {
 646         AliWarning("No raw-data events are found ! Using settings in AliCDBManager !");
 647       }
 648       else {
 649         AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
 650         return kFALSE;
 651       }
 652     }
 653   }
 654   else {
 655     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
 656     if (!rl) {
 657       AliError(Form("No run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
 658       return kFALSE;
 659     }
 660     else {
 661       rl->LoadHeader();
 662       // read run number from gAlice
 663       if(rl->GetHeader()) {
 664         man->SetRun(rl->GetHeader()->GetRun());
 665         rl->UnloadHeader();
 666         delete rl;
 667       }
 668       else {
 669         AliError("Neither run-loader header nor RawReader objects are found !");
 670         delete rl;
 671         return kFALSE;
 672       }
 673     }
 674   }
 675
 676   man->Print();
 677
 678   return kTRUE;
 679 }
 680
 681 //_____________________________________________________________________________
 682 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
 683   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 684   // or the default storage or to activate any further storage!
 685
 686   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
 687 }
 688
 689 //_____________________________________________________________________________
 690 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 691 {
 692   // Read the alignment objects from CDB.
 693   // Each detector is supposed to have the
 694   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
 695   // All the detector objects are then collected,
 696   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
 697   // then applied to the TGeo geometry.
 698   // Finally an overlaps check is performed.
 699
 700   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray
 701   if(fLoadAlignFromCDB){
 702
 703     TString detStr = detectors;
 704     TString loadAlObjsListOfDets = "";
 705
 706     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 707       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 708       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
 709       loadAlObjsListOfDets += " ";
 710     } // end loop over detectors
 711     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
 712     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
 713     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
 714   }else{
 715     // Check if the array with alignment objects was
 716     // provided by the user. If yes, apply the objects
 717     // to the present TGeo geometry
 718     if (fAlignObjArray) {
 719       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
 720         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
 721           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
 722                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
 723           return kFALSE;
 724         }
 725       }
 726       else {
 727         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
 728         return kFALSE;
 729       }
 730     }
 731   }
 732
 733   if (fAlignObjArray) {
 734     fAlignObjArray->Delete();
 735     delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=NULL;
 736   }
 737
 738   return kTRUE;
 739 }
 740
 741 //_____________________________________________________________________________
 742 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
 743 {
 744 // set the name of the galice file
 745
 746   fGAliceFileName = fileName;
 747 }
 748
 749 //_____________________________________________________________________________
 750 void AliReconstruction::SetInput(const char* input)
 751 {
 752   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
 753   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
 754   // file is assumed. One can give as an input:
 755   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
 756   //  or
 757   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
 758   if (input) fRawInput = input;
 759 }
 760
 761 //_____________________________________________________________________________
 762 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 763 {
 764 // set options for the reconstruction of a detector
 765
 766   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
 767   if (obj) fOptions.Remove(obj);
 768   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
 769 }
 770
 771 //_____________________________________________________________________________
 772 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
 773 {
 774   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
 775   // Single set of parameters for all the events
 776
 777   // First check if the reco-params are global
 778   if(!strcmp(detector, "GRP")) {
 779     par->SetAsDefault();
 780     fRecoParam.AddDetRecoParam(fgkNDetectors,par);
 781     return;
 782   }
 783
 784   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 785     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
 786       par->SetAsDefault();
 787       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
 788       break;
 789     }
 790   }
 791
 792 }
 793
 794 //_____________________________________________________________________________
 795 Bool_t AliReconstruction::SetFieldMap(Float_t l3Current, Float_t diCurrent, Float_t factor, const char *path) {
 796   //------------------------------------------------
 797   // The magnetic field map, defined externally...
 798   // L3 current 30000 A  -> 0.5 T
 799   // L3 current 12000 A  -> 0.2 T
 800   // dipole current 6000 A
 801   // The polarities must be the same
 802   //------------------------------------------------
 803   const Float_t l3NominalCurrent1=30000.; // (A)
 804   const Float_t l3NominalCurrent2=12000.; // (A)
 805   const Float_t diNominalCurrent =6000. ; // (A)
 806
 807   const Float_t tolerance=0.03; // relative current tolerance
 808   const Float_t zero=77.;       // "zero" current (A)
 809
 810   Int_t map=0;
 811   Bool_t dipoleON=kFALSE;
 812
 813   TString s=(factor < 0) ? "L3: -" : "L3: +";
 814
 815   l3Current = TMath::Abs(l3Current);
 816   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent1)/l3NominalCurrent1 < tolerance) {
 817     map=AliMagWrapCheb::k5kG;
 818     s+="0.5 T;  ";
 819   } else
 820   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent2)/l3NominalCurrent2 < tolerance) {
 821     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
 822     s+="0.2 T;  ";
 823   } else
 824   if (l3Current < zero) {
 825     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
 826     s+="0.0 T;  ";
 827     factor=0.;                  // in fact, this is a global factor...
 828     fUniformField=kTRUE;        // track with the uniform (zero) B field
 829   } else {
 830     AliError(Form("Wrong L3 current (%f A)!",l3Current));
 831     return kFALSE;
 832   }
 833
 834   diCurrent = TMath::Abs(diCurrent);
 835   if (TMath::Abs(diCurrent-diNominalCurrent)/diNominalCurrent < tolerance) {
 836     // 3% current tolerance...
 837     dipoleON=kTRUE;
 838     s+="Dipole ON";
 839   } else
 840   if (diCurrent < zero) { // some small current..
 841     dipoleON=kFALSE;
 842     s+="Dipole OFF";
 843   } else {
 844     AliError(Form("Wrong dipole current (%f A)!",diCurrent));
 845     return kFALSE;
 846   }
 847
 848   delete fForcedFieldMap;
 849   fForcedFieldMap=
 850     new AliMagWrapCheb("B field map  ",s,2,factor,10.,map,dipoleON,path);
 851
 852   fForcedFieldMap->Print();
 853
 854   AliTracker::SetFieldMap(fForcedFieldMap,fUniformField);
 855
 856   return kTRUE;
 857 }
 858
 859
 860 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
 861   //------------------------------------
 862   // Initialization of the GRP entry
 863   //------------------------------------
 864   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
 865
 866   if (entry) {
 867     fGRPData = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());
 868     entry->SetOwner(0);
 869     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
 870   }
 871
 872   if (!fGRPData) {
 873      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
 874      return kFALSE;
 875   }
 876
 877   TObjString *lhcState=
 878     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fLHCState"));
 879   if (!lhcState) {
 880     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
 881   }
 882
 883   TObjString *beamType=
 884     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamType"));
 885   if (!beamType) {
 886     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
 887   }
 888
 889   TObjString *beamEnergyStr=
 890     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamEnergy"));
 891   if (!beamEnergyStr) {
 892     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
 893   }
 894
 895   TObjString *runType=
 896     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fRunType"));
 897   if (!runType) {
 898     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
 899   }
 900
 901   TObjString *activeDetectors=
 902     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDetectorMask"));
 903   if (!activeDetectors) {
 904     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
 905   }
 906
 907   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState ? lhcState->GetString().Data() : "UNKNOWN",
 908                             beamType ? beamType->GetString().Data() : "UNKNOWN",
 909                             beamEnergyStr ? beamEnergyStr->GetString().Atof() : 0,
 910                             runType  ? runType->GetString().Data()  : "UNKNOWN",
 911                             activeDetectors ? activeDetectors->GetString().Atoi() : 1074790399);
 912
 913   // Process the list of active detectors
 914   if (activeDetectors && activeDetectors->GetString().IsDigit()) {
 915     UInt_t detMask = activeDetectors->GetString().Atoi();
 916     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
 917                   fRunLocalReconstruction.Data(),
 918                   fRunTracking.Data(),
 919                   fFillESD.Data(),
 920                   fQADetectors.Data());
 921     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
 922     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
 923     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
 924     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
 925     fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
 926   }
 927
 928   AliInfo("===================================================================================");
 929   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
 930   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
 931   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
 932   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
 933   AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
 934   AliInfo("===================================================================================");
 935
 936   //*** Dealing with the magnetic field map
 937   if (AliTracker::GetFieldMap()) {
 938     AliInfo("Running with the externally set B field !");
 939   } else {
 940     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
 941
 942     Bool_t ok = kTRUE;
 943
 944     // L3
 945     TObjString *l3Current=
 946        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Current"));
 947     if (!l3Current) {
 948       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
 949       ok = kFALSE;
 950     }
 951     TObjString *l3Polarity=
 952        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Polarity"));
 953     if (!l3Polarity) {
 954       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
 955       ok = kFALSE;
 956     }
 957
 958     // Dipole
 959     TObjString *diCurrent=
 960        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipoleCurrent"));
 961     if (!diCurrent) {
 962       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
 963       ok = kFALSE;
 964     }
 965     TObjString *diPolarity=
 966        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipolePolarity"));
 967     if (!diPolarity) {
 968       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
 969       ok = kFALSE;
 970     }
 971
 972     if (ok) {
 973        Float_t l3Cur=TMath::Abs(atof(l3Current->GetName()));
 974        Float_t diCur=TMath::Abs(atof(diCurrent->GetName()));
 975        Float_t l3Pol=atof(l3Polarity->GetName());
 976        Float_t factor=1.;
 977        if (l3Pol != 0.) factor=-1.;
 978
 979
 980       if (!SetFieldMap(l3Cur, diCur, factor)) {
 981          AliFatal("Failed to creat a B field map ! Exiting...");
 982       }
 983       AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
 984     }
 985     else {
 986       AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
 987     }
 988
 989   }
 990
 991   //*** Get the diamond profile from OCDB
 992   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
 993   if (entry) {
 994     if (fMeanVertexConstraint)
 995       fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
 996   } else {
 997      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
 998   }
 999
1000   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
1001   if (entry) {
1002     if (fMeanVertexConstraint)
1003       fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1004   } else {
1005      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
1006   }
1007
1008   return kTRUE;
1009 }
1010
1011 //_____________________________________________________________________________
1012 Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
1013 {
1014   AliCodeTimerAuto("");
1015
1016   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1017
1018   TString detStr = fLoadCDB;
1019   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1020     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1021     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
1022   }
1023   return kTRUE;
1024 }
1025
1026 //_____________________________________________________________________________
1027 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
1028 {
1029   // Run Run Run
1030   AliCodeTimerAuto("");
1031
1032   InitRun(input);
1033   if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1034
1035   TChain *chain = NULL;
1036   if (fRawReader && (chain = fRawReader->GetChain())) {
1037     // Proof mode
1038     if (gProof) {
1039       gProof->AddInput(this);
1040       TUrl outputFile;
1041       outputFile.SetProtocol("root",kTRUE);
1042       outputFile.SetHost(gSystem->HostName());
1043       outputFile.SetFile(Form("%s/AliESDs.root",gSystem->pwd()));
1044       AliInfo(Form("Output file with ESDs is %s",outputFile.GetUrl()));
1045       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",outputFile.GetUrl()));
1046       chain->SetProof();
1047       chain->Process("AliReconstruction");
1048     }
1049     else {
1050       chain->Process(this);
1051     }
1052   }
1053   else {
1054     Begin(NULL);
1055     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1056     SlaveBegin(NULL);
1057     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1058     //******* The loop over events
1059     Int_t iEvent = 0;
1060     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
1061            (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
1062       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
1063         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
1064         return kFALSE;
1065       }
1066       iEvent++;
1067     }
1068     SlaveTerminate();
1069     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1070     Terminate();
1071     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1072   }
1073
1074   return kTRUE;
1075 }
1076
1077 //_____________________________________________________________________________
1078 void AliReconstruction::InitRawReader(const char* input)
1079 {
1080   AliCodeTimerAuto("");
1081
1082   // Init raw-reader and
1083   // set the input in case of raw data
1084   if (input) fRawInput = input;
1085   fRawReader = AliRawReader::Create(fRawInput.Data());
1086   if (!fRawReader)
1087     AliInfo("Reconstruction will run over digits");
1088
1089   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1090     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1091
1092   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
1093     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
1094     // the specified detectors
1095     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
1096     if (pRawReader) {
1097       fParentRawReader=fRawReader;
1098       fRawReader=pRawReader;
1099     } else {
1100       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
1101     }
1102   }
1103   AliSysInfo::AddStamp("CreateRawReader");
1104 }
1105
1106 //_____________________________________________________________________________
1107 void AliReconstruction::InitRun(const char* input)
1108 {
1109   // Initialization of raw-reader,
1110   // run number, CDB etc.
1111   AliCodeTimerAuto("");
1112   AliSysInfo::AddStamp("Start");
1113
1114   // Initialize raw-reader if any
1115   InitRawReader(input);
1116
1117   // Initialize the CDB storage
1118   InitCDB();
1119
1120   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
1121   if (!SetRunNumberFromData()) {
1122     Abort("SetRunNumberFromData", TSelector::kAbortProcess);
1123     return;
1124   }
1125
1126   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
1127   // or the default storage or to activate any further storage!
1128   SetCDBLock();
1129
1130 }
1131
1132 //_____________________________________________________________________________
1133 void AliReconstruction::Begin(TTree *)
1134 {
1135   // Initialize AlReconstruction before
1136   // going into the event loop
1137   // Should follow the TSelector convention
1138   // i.e. initialize only the object on the client side
1139   AliCodeTimerAuto("");
1140
1141   AliReconstruction *reco = NULL;
1142   if (fInput) {
1143     if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
1144       *this = *reco;
1145     }
1146     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
1147   }
1148
1149   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
1150   if (!gGeoManager) {
1151     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
1152     geom += "/geometry.root";
1153     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
1154     if (!gGeoManager) {
1155       Abort("LoadGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1156       return;
1157     }
1158     AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
1159     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
1160     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data())) {
1161       Abort("CheckSymNamesLUT", TSelector::kAbortProcess);
1162       return;
1163     }
1164     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
1165   }
1166
1167   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
1168     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1169     return;
1170   }
1171   AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
1172   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
1173
1174   if (!InitGRP()) {
1175     Abort("InitGRP", TSelector::kAbortProcess);
1176     return;
1177   }
1178   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
1179
1180   if (!LoadCDB()) {
1181     Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
1182     return;
1183   }
1184   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
1185
1186   // Read the reconstruction parameters from OCDB
1187   if (!InitRecoParams()) {
1188     AliWarning("Not all detectors have correct RecoParam objects initialized");
1189   }
1190   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
1191
1192   if (fInput) {
1193     if (reco) *reco = *this;
1194     fInput->Add(gGeoManager);
1195     gGeoManager = NULL;
1196     fInput->Add(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()));
1197     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1198     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)AliTracker::GetFieldMap();
1199     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
1200     fInput->Add(magFieldMap);
1201   }
1202
1203 }
1204
1205 //_____________________________________________________________________________
1206 void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
1207 {
1208   // Initialization related to run-loader,
1209   // vertexer, trackers, recontructors
1210   // In proof mode it is executed on the slave
1211   AliCodeTimerAuto("");
1212
1213   TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
1214   if (fInput) {
1215     if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
1216       *this = *reco;
1217     }
1218     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
1219       gGeoManager = tgeo;
1220       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
1221     }
1222     if (TMap *entryCache = (TMap*)fInput->FindObject("CDBEntryCache")) {
1223       Int_t runNumber = -1;
1224       if (TProof::GetParameter(fInput,"RunNumber",runNumber) == 0) {
1225         AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance(entryCache,runNumber);
1226         man->SetCacheFlag(kTRUE);
1227         man->SetLock(kTRUE);
1228         man->Print();
1229       }
1230     }
1231     if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
1232       AliTracker::SetFieldMap(map,fUniformField);
1233     }
1234     if (TNamed *outputFileName = (TNamed *) fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE")) {
1235       outProofFile = new TProofOutputFile(gSystem->BaseName(TUrl(outputFileName->GetTitle()).GetFile()));
1236       outProofFile->SetOutputFileName(outputFileName->GetTitle());
1237       fOutput->Add(outProofFile);
1238     }
1239     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
1240   }
1241
1242   // get the run loader
1243   if (!InitRunLoader()) {
1244     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
1245     return;
1246   }
1247   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
1248
1249   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
1250   if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1251
1252   // get vertexer
1253   if (fRunVertexFinder && !CreateVertexer()) {
1254     Abort("CreateVertexer", TSelector::kAbortProcess);
1255     return;
1256   }
1257   AliSysInfo::AddStamp("CreateVertexer");
1258
1259   // get trackers
1260   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
1261     Abort("CreateTrackers", TSelector::kAbortProcess);
1262     return;
1263   }
1264   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
1265
1266   // create the ESD output file and tree
1267   if (!outProofFile) {
1268     ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
1269     ffile->SetCompressionLevel(2);
1270     if (!ffile->IsOpen()) {
1271       Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
1272       return;
1273     }
1274   }
1275   else {
1276     if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
1277       Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
1278                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
1279             TSelector::kAbortProcess);
1280       return;
1281     }
1282   }
1283
1284   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
1285   fesd = new AliESDEvent();
1286   fesd->CreateStdContent();
1287   fesd->WriteToTree(ftree);
1288
1289   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1290   fhltesd = new AliESDEvent();
1291   fhltesd->CreateStdContent();
1292   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1293
1294
1295   if (fWriteESDfriend) {
1296     fesdf = new AliESDfriend();
1297     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1298     br->SetFile("AliESDfriends.root");
1299     fesd->AddObject(fesdf);
1300   }
1301
1302   ProcInfo_t ProcInfo;
1303   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1304   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1305
1306   //QA
1307   //Initialize the QA and start of cycle
1308   if (fRunQA) {
1309     fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ;
1310     fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
1311     for (Int_t det = 0 ; det < AliQA::kNDET ; det++) {
1312       fQASteer->SetCycleLength(AliQA::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;
1313       if (fQAWriteExpert[det])
1314         fQASteer->SetWriteExpert(AliQA::DETECTORINDEX_t(det)) ;
1315     }
1316
1317     if (!fRawReader && fQATasks.Contains(AliQA::kRAWS))
1318       fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQA::kRAWS), "") ;
1319     fQASteer->SetTasks(fQATasks) ;
1320     fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam) ;
1321   }
1322
1323   if (fRunGlobalQA) {
1324     Bool_t sameCycle = kFALSE ;
1325     if (!fQASteer) fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ;
1326     AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1327     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
1328     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
1329       qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
1330       TObjArray *arr=qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS);
1331       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
1332       sameCycle = kTRUE ;
1333     }
1334     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
1335       qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
1336       qadm->Init(AliQA::kESDS);
1337     }
1338   }
1339
1340   //Initialize the Plane Efficiency framework
1341   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1342     Abort("InitPlaneEff", TSelector::kAbortProcess);
1343     return;
1344   }
1345
1346   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1347     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1348
1349   return;
1350 }
1351
1352 //_____________________________________________________________________________
1353 Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
1354 {
1355   // run the reconstruction over a single entry
1356   // from the chain with raw data
1357   AliCodeTimerAuto("");
1358
1359   TTree *currTree = fChain->GetTree();
1360   AliRawEvent *event = new AliRawEvent;
1361   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
1362   currTree->GetEntry(entry);
1363   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
1364   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
1365   delete fRawReader;
1366   fRawReader = NULL;
1367   delete event;
1368
1369   return fStatus;
1370 }
1371
1372 //_____________________________________________________________________________
1373 void AliReconstruction::Init(TTree *tree)
1374 {
1375   if (tree == 0) {
1376     AliError("The input tree is not found!");
1377     return;
1378   }
1379   fChain = tree;
1380 }
1381
1382 //_____________________________________________________________________________
1383 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
1384 {
1385   // run the reconstruction over a single event
1386   // The event loop is steered in Run method
1387
1388   AliCodeTimerAuto("");
1389
1390   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1391     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1392     fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(),
1393                                    iEvent, iEvent);
1394     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1395     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1396       fRunLoader->TreeE()->AutoSave("SaveSelf");
1397   }
1398
1399   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1400     return kTRUE;
1401   }
1402
1403   AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1404
1405   // Fill Event-info object
1406   GetEventInfo();
1407   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo);
1408
1409   // Set the reco-params
1410   {
1411     TString detStr = fLoadCDB;
1412     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1413       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1414       AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1415       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
1416         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
1417         reconstructor->SetRecoParam(par);
1418       }
1419     }
1420   }
1421
1422   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1423
1424     // QA on single raw
1425     if (fRunQA)
1426                         fQASteer->RunOneEvent(fRawReader) ;
1427
1428     // local single event reconstruction
1429     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1430       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1431       // run HLT event reconstruction first
1432       // ;-( IsSelected changes the string
1433       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1434           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1435         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1436       }
1437       detectors=fRunLocalReconstruction;
1438       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1439       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1440         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1441       }
1442     }
1443
1444     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1445     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1446     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1447     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1448
1449     // Set magnetic field from the tracker
1450     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1451     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1452
1453
1454
1455     // Fill raw-data error log into the ESD
1456     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1457
1458     // vertex finder
1459     if (fRunVertexFinder) {
1460       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1461         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1462       }
1463     }
1464
1465     // Muon tracking
1466     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1467       if (fRunMuonTracking) {
1468         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
1469           if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1470         }
1471       }
1472     }
1473
1474     // barrel tracking
1475     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1476       if (!RunTracking(fesd)) {
1477         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1478       }
1479     }
1480
1481     // fill ESD
1482     if (!fFillESD.IsNull()) {
1483       TString detectors=fFillESD;
1484       // run HLT first and on hltesd
1485       // ;-( IsSelected changes the string
1486       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1487           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
1488         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1489       }
1490       detectors=fFillESD;
1491       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
1492       if (detectors.Contains("ALL")) {
1493         detectors="";
1494         for (Int_t idet=0; idet<fgkNDetectors; ++idet){
1495           detectors += fgkDetectorName[idet];
1496           detectors += " ";
1497         }
1498       }
1499       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1500       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
1501         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1502       }
1503     }
1504
1505     // fill Event header information from the RawEventHeader
1506     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1507
1508     // combined PID
1509     AliESDpid::MakePID(fesd);
1510
1511     if (fFillTriggerESD) {
1512       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
1513         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1514       }
1515     }
1516
1517     ffile->cd();
1518
1519     //
1520     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
1521     //
1522     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
1523     const Double_t kBz = fesd->GetMagneticField();
1524     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
1525
1526     TObjArray trkArray;
1527     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
1528
1529     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
1530       const Double_t kMaxStep = 5;   //max step over the material
1531       Bool_t ok;
1532
1533       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
1534       if (!track) continue;
1535
1536       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
1537            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
1538       ok = kFALSE;
1539       if (tpcTrack)
1540         ok = AliTracker::
1541           PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1542
1543       if (ok) {
1544         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
1545         selectedIdx[n]=track->GetID();
1546         trkArray.AddLast(tpcTrack);
1547       }
1548
1549       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
1550       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
1551
1552       AliTracker::
1553          PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1554       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
1555
1556     }
1557
1558     //
1559     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
1560     //
1561     Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
1562     if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
1563       TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
1564       if(vtitle.Contains("cosmics")) {
1565         runVertexFinderTracks=kFALSE;
1566       }
1567     }
1568
1569     if (runVertexFinderTracks) {
1570       // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
1571       const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(fgkNDetectors));
1572
1573        // TPC + ITS primary vertex
1574        ftVertexer->SetITSMode();
1575        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1576        if (grpRecoParam) {
1577          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1578          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1579          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer);
1580          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1581          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
1582        }
1583        if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) {
1584          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1585        } else {
1586          ftVertexer->SetConstraintOff();
1587        }
1588        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
1589        if (pvtx) {
1590           if (pvtx->GetStatus()) {
1591              fesd->SetPrimaryVertex(pvtx);
1592              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1593                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1594                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
1595              }
1596           }
1597        }
1598
1599        // TPC-only primary vertex
1600        ftVertexer->SetTPCMode();
1601        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1602        if (grpRecoParam) {
1603          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1604          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1605          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer);
1606          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1607          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
1608        }
1609        if(fDiamondProfileTPC && fMeanVertexConstraint) {
1610          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
1611        } else {
1612          ftVertexer->SetConstraintOff();
1613        }
1614        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
1615        if (pvtx) {
1616           if (pvtx->GetStatus()) {
1617              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
1618              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1619                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1620                  t->RelateToVertexTPC(pvtx, kBz, kVeryBig);
1621              }
1622           }
1623        }
1624
1625     }
1626     delete[] selectedIdx;
1627
1628     if(fDiamondProfile) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
1629
1630
1631     if (fRunV0Finder) {
1632        // V0 finding
1633        AliV0vertexer vtxer;
1634        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
1635
1636        if (fRunCascadeFinder) {
1637           // Cascade finding
1638           AliCascadeVertexer cvtxer;
1639           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
1640        }
1641     }
1642
1643     // write ESD
1644     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
1645
1646   if (fRunQA)
1647     fQASteer->RunOneEvent(fesd) ;
1648
1649   if (fRunGlobalQA) {
1650       AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1651       if (qadm && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1652         qadm->Exec(AliQA::kESDS, fesd);
1653     }
1654
1655     if (fWriteESDfriend) {
1656       fesdf->~AliESDfriend();
1657       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1658       fesd->GetESDfriend(fesdf);
1659     }
1660     ftree->Fill();
1661
1662     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
1663     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
1664       ftree->AutoSave("SaveSelf");
1665       TFile *friendfile = (TFile *)(gROOT->GetListOfFiles()->FindObject("AliESDfriends.root"));
1666       if (friendfile) friendfile->Save();
1667     }
1668
1669     // write HLT ESD
1670     fhlttree->Fill();
1671
1672     // call AliEVE
1673     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
1674
1675     fesd->Reset();
1676     fhltesd->Reset();
1677     if (fWriteESDfriend) {
1678       fesdf->~AliESDfriend();
1679       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1680     }
1681
1682     ProcInfo_t ProcInfo;
1683     gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1684     AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1685
1686     fEventInfo.Reset();
1687     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1688       if (fReconstructor[iDet])
1689         fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
1690     }
1691
1692     fQASteer->Increment() ;
1693     return kTRUE;
1694 }
1695
1696 //_____________________________________________________________________________
1697 void AliReconstruction::SlaveTerminate()
1698 {
1699   // Finalize the run on the slave side
1700   // Called after the exit
1701   // from the event loop
1702   AliCodeTimerAuto("");
1703
1704   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
1705     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1706     fRunLoader->CdGAFile();
1707     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
1708   }
1709
1710   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1711   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1712
1713   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();
1714   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
1715
1716    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());
1717    cdbMapCopy->SetOwner(1);
1718    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");
1719    TIter iter(cdbMap->GetTable());
1720
1721    TPair* pair = 0;
1722    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){
1723          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());
1724          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
1725          cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));
1726    }
1727
1728    TList *cdbListCopy = new TList();
1729    cdbListCopy->SetOwner(1);
1730    cdbListCopy->SetName("cdbList");
1731
1732    TIter iter2(cdbList);
1733
1734         AliCDBId* id=0;
1735         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){
1736          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));
1737    }
1738
1739    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);
1740    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
1741
1742
1743   if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
1744     AliInfo("Attaching ESD.par to Tree");
1745     TNamed *fn = CopyFileToTNamed(fESDPar.Data(),"ESD.par");
1746     ftree->GetUserInfo()->Add(fn);
1747   }
1748
1749
1750   ffile->cd();
1751
1752   if (fWriteESDfriend)
1753     ftree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
1754   // we want to have only one tree version number
1755   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1756   fhlttree->Write();
1757
1758 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
1759   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
1760    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
1761   }
1762
1763   // End of cycle for the in-loop
1764   if (fRunQA) {
1765     fQASteer->EndOfCycle() ;
1766   }
1767   if (fRunGlobalQA) {
1768     AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1769     if (qadm) {
1770       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS)))
1771         qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1772       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1773         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1774       qadm->Finish();
1775     }
1776   }
1777   gROOT->cd();
1778   CleanUp();
1779 }
1780
1781 //_____________________________________________________________________________
1782 void AliReconstruction::Terminate()
1783 {
1784   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
1785   // In case of empty events the tags will contain dummy values
1786   AliCodeTimerAuto("");
1787
1788   AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
1789   esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData);
1790
1791   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
1792   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
1793 }
1794
1795 //_____________________________________________________________________________
1796 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
1797 {
1798 // run the local reconstruction
1799
1800   static Int_t eventNr=0;
1801   AliCodeTimerAuto("")
1802
1803   TString detStr = detectors;
1804   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1805     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1806     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1807     if (!reconstructor) continue;
1808     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
1809     // Matthias April 2008: temporary fix to run HLT reconstruction
1810     // although the HLT loader is missing
1811     if (strcmp(fgkDetectorName[iDet], "HLT")==0) {
1812       if (fRawReader) {
1813         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
1814       } else {
1815         TTree* dummy=NULL;
1816         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
1817       }
1818       continue;
1819     }
1820     if (!loader) {
1821       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
1822       continue;
1823     }
1824     // conversion of digits
1825     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
1826       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
1827                    fgkDetectorName[iDet]));
1828 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
1829 //                            fgkDetectorName[iDet]));
1830       loader->LoadDigits("update");
1831       loader->CleanDigits();
1832       loader->MakeDigitsContainer();
1833       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1834       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
1835       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
1836       loader->UnloadDigits();
1837     }
1838     // local reconstruction
1839     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1840     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1841     loader->LoadRecPoints("update");
1842     loader->CleanRecPoints();
1843     loader->MakeRecPointsContainer();
1844     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
1845     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
1846       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
1847     } else {
1848       loader->LoadDigits("read");
1849       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1850       if (!digitsTree) {
1851         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
1852         if (fStopOnError) return kFALSE;
1853       } else {
1854         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
1855       }
1856       loader->UnloadDigits();
1857     }
1858
1859                 TString detQAStr(fQADetectors) ;
1860                 if (fRunQA)
1861                         fQASteer->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ;
1862
1863         loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1864         loader->UnloadRecPoints();
1865         AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
1866   }
1867   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1868     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1869                   detStr.Data()));
1870     if (fStopOnError) return kFALSE;
1871   }
1872   eventNr++;
1873   return kTRUE;
1874 }
1875
1876 //_____________________________________________________________________________
1877 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
1878 {
1879 // run the barrel tracking
1880
1881   AliCodeTimerAuto("")
1882
1883   AliESDVertex* vertex = NULL;
1884   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
1885   Double_t vtxErr[3] = {0.07, 0.07, 0.1};
1886   TArrayF mcVertex(3);
1887   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
1888     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
1889     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
1890   }
1891
1892   if (fVertexer) {
1893     AliInfo("running the ITS vertex finder");
1894     if (fLoader[0]) {
1895       fLoader[0]->LoadRecPoints();
1896       TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
1897       if (cltree) {
1898         if(fDiamondProfile) fVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1899         vertex = fVertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
1900       }
1901       else {
1902         AliError("Can't get the ITS cluster tree");
1903       }
1904       fLoader[0]->UnloadRecPoints();
1905     }
1906     else {
1907       AliError("Can't get the ITS loader");
1908     }
1909     if(!vertex){
1910       AliWarning("Vertex not found");
1911       vertex = new AliESDVertex();
1912       vertex->SetName("default");
1913     }
1914     else {
1915       vertex->SetName("reconstructed");
1916     }
1917
1918   } else {
1919     AliInfo("getting the primary vertex from MC");
1920     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1921   }
1922
1923   if (vertex) {
1924     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1925     vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
1926   } else {
1927     AliWarning("no vertex reconstructed");
1928     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1929   }
1930   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
1931   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
1932   AliMultiplicity *mult = fVertexer->GetMultiplicity();
1933   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
1934
1935   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1936     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
1937   }
1938   delete vertex;
1939
1940   return kTRUE;
1941 }
1942
1943 //_____________________________________________________________________________
1944 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
1945 {
1946 // run the HLT barrel tracking
1947
1948   AliCodeTimerAuto("")
1949
1950   if (!fRunLoader) {
1951     AliError("Missing runLoader!");
1952     return kFALSE;
1953   }
1954
1955   AliInfo("running HLT tracking");
1956
1957   // Get a pointer to the HLT reconstructor
1958   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(fgkNDetectors-1);
1959   if (!reconstructor) return kFALSE;
1960
1961   // TPC + ITS
1962   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
1963     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
1964     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
1965     reconstructor->SetOption(detName.Data());
1966     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
1967     if (!tracker) {
1968       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
1969       if (fStopOnError) return kFALSE;
1970       continue;
1971     }
1972     Double_t vtxPos[3];
1973     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
1974     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
1975     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1976     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
1977     if(iDet != 1) {
1978       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1979       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1980       if (!tree) {
1981         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
1982         return kFALSE;
1983       }
1984       tracker->LoadClusters(tree);
1985     }
1986     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
1987       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1988       return kFALSE;
1989     }
1990     if(iDet != 1) {
1991       tracker->UnloadClusters();
1992     }
1993     delete tracker;
1994   }
1995
1996   return kTRUE;
1997 }
1998
1999 //_____________________________________________________________________________
2000 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
2001 {
2002 // run the muon spectrometer tracking
2003
2004   AliCodeTimerAuto("")
2005
2006   if (!fRunLoader) {
2007     AliError("Missing runLoader!");
2008     return kFALSE;
2009   }
2010   Int_t iDet = 7; // for MUON
2011
2012   AliInfo("is running...");
2013
2014   // Get a pointer to the MUON reconstructor
2015   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2016   if (!reconstructor) return kFALSE;
2017
2018
2019   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2020   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
2021   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
2022   if (!tracker) {
2023     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2024     return kFALSE;
2025   }
2026
2027   // read RecPoints
2028   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2029
2030   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
2031
2032   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
2033
2034   if ( rv )
2035   {
2036     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2037     return kFALSE;
2038   }
2039
2040   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2041
2042   tracker->UnloadClusters();
2043
2044   delete tracker;
2045
2046   return kTRUE;
2047 }
2048
2049
2050 //_____________________________________________________________________________
2051 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
2052 {
2053 // run the barrel tracking
2054   static Int_t eventNr=0;
2055   AliCodeTimerAuto("")
2056
2057   AliInfo("running tracking");
2058
2059   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF)
2060   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
2061     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
2062     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
2063     GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
2064   }
2065
2066   // pass 1: TPC + ITS inwards
2067   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2068     if (!fTracker[iDet]) continue;
2069     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
2070
2071     // load clusters
2072     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2073     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
2074     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2075     if (!tree) {
2076       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2077       return kFALSE;
2078     }
2079     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2080     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2081     // run tracking
2082     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2083       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2084       return kFALSE;
2085     }
2086     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
2087     if (iDet == 1) {
2088       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2089       AliESDpid::MakePID(esd);
2090     }
2091     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
2092   }
2093
2094   // pass 2: ALL backwards
2095
2096   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2097     if (!fTracker[iDet]) continue;
2098     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
2099
2100     // load clusters
2101     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
2102       TTree* tree = NULL;
2103       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2104       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
2105       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2106       if (!tree) {
2107         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2108         return kFALSE;
2109       }
2110       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2111       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2112     }
2113
2114     // run tracking
2115     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
2116     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);
2117
2118     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
2119       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
2120       //      return kFALSE;
2121     }
2122
2123     // unload clusters
2124     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
2125       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2126       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2127     }
2128     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
2129     if (iDet == 1) {
2130       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2131       AliESDpid::MakePID(esd);
2132     }
2133     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2134   }
2135   //stop filling residuals for the "outer" detectors
2136   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);
2137
2138   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
2139
2140   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
2141     if (!fTracker[iDet]) continue;
2142     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
2143
2144     // run tracking
2145     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
2146     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);
2147
2148     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
2149       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
2150       //      return kFALSE;
2151     }
2152     // run postprocessing
2153     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
2154       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
2155       //      return kFALSE;
2156     }
2157     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2158   }
2159
2160   // write space-points to the ESD in case alignment data output
2161   // is switched on
2162   if (fWriteAlignmentData)
2163     WriteAlignmentData(esd);
2164
2165   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2166     if (!fTracker[iDet]) continue;
2167     // unload clusters
2168     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2169     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
2170     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2171     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
2172   }
2173   // stop filling residuals for TPC and ITS
2174   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);
2175
2176   eventNr++;
2177   return kTRUE;
2178 }
2179
2180 //_____________________________________________________________________________
2181 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
2182   //
2183   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
2184   //
2185
2186   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2187   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2188   AliInfo
2189   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
2190
2191   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
2192   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
2193
2194   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2195   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2196   AliInfo
2197   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
2198
2199   return rc;
2200 }
2201
2202 //_____________________________________________________________________________
2203 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
2204 {
2205 // fill the event summary data
2206
2207   AliCodeTimerAuto("")
2208     static Int_t eventNr=0;
2209   TString detStr = detectors;
2210
2211   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2212   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2213     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2214     if (!reconstructor) continue;
2215     AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2216     TTree* clustersTree = NULL;
2217     if (fLoader[iDet]) {
2218       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2219       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
2220       if (!clustersTree) {
2221         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree",
2222                       fgkDetectorName[iDet]));
2223         if (fStopOnError) return kFALSE;
2224       }
2225     }
2226     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2227       reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
2228     } else {
2229       TTree* digitsTree = NULL;
2230       if (fLoader[iDet]) {
2231         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
2232         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
2233         if (!digitsTree) {
2234           AliError(Form("Can't get the %s digits tree",
2235                         fgkDetectorName[iDet]));
2236           if (fStopOnError) return kFALSE;
2237         }
2238       }
2239       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
2240       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
2241     }
2242     if (fLoader[iDet]) {
2243       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2244     }
2245   }
2246
2247   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2248     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2249                   detStr.Data()));
2250     if (fStopOnError) return kFALSE;
2251   }
2252   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
2253   eventNr++;
2254   return kTRUE;
2255 }
2256
2257 //_____________________________________________________________________________
2258 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
2259 {
2260   // Reads the trigger decision which is
2261   // stored in Trigger.root file and fills
2262   // the corresponding esd entries
2263
2264   AliCodeTimerAuto("")
2265
2266   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
2267
2268   if (fRawReader) {
2269     AliCTPRawStream input(fRawReader);
2270     if (!input.Next()) {
2271       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
2272     }
2273     else {
2274       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
2275         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
2276                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
2277       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
2278         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
2279                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
2280       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
2281         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
2282                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
2283     }
2284
2285   // Here one has to add the filling of trigger inputs and
2286   // interaction records
2287   // ...
2288   }
2289   return kTRUE;
2290 }
2291
2292
2293
2294
2295
2296 //_____________________________________________________________________________
2297 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
2298 {
2299   //
2300   // Filling information from RawReader Header
2301   //
2302
2303   if (!fRawReader) return kFALSE;
2304
2305   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
2306
2307   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
2308   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
2309   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
2310
2311   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());
2312   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
2313
2314   return kTRUE;
2315 }
2316
2317
2318 //_____________________________________________________________________________
2319 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
2320 {
2321 // check whether detName is contained in detectors
2322 // if yes, it is removed from detectors
2323
2324   // check if all detectors are selected
2325   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
2326       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
2327       detectors.EndsWith(" ALL") ||
2328       detectors.Contains(" ALL ")) {
2329     detectors = "ALL";
2330     return kTRUE;
2331   }
2332
2333   // search for the given detector
2334   Bool_t result = kFALSE;
2335   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
2336       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
2337       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
2338       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
2339     detectors.ReplaceAll(detName, "");
2340     result = kTRUE;
2341   }
2342
2343   // clean up the detectors string
2344   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
2345   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
2346   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
2347
2348   return result;
2349 }
2350
2351 //_____________________________________________________________________________
2352 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
2353 {
2354 // get or create the run loader
2355
2356   if (gAlice) delete gAlice;
2357   gAlice = NULL;
2358
2359   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
2360     // load all base libraries to get the loader classes
2361     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2362     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2363       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2364       if (detName == "HLT") continue;
2365       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
2366       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
2367     }
2368     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
2369     if (!fRunLoader) {
2370       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
2371       CleanUp();
2372       return kFALSE;
2373     }
2374
2375     fRunLoader->CdGAFile();
2376     fRunLoader->LoadgAlice();
2377
2378     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
2379     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
2380     fRunLoader->LoadHeader();
2381     fRunLoader->LoadKinematics();
2382
2383   } else {               // galice.root does not exist
2384     if (!fRawReader) {
2385       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
2386     }
2387     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
2388                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
2389                                     "recreate");
2390     if (!fRunLoader) {
2391       AliError(Form("could not create run loader in file %s",
2392                     fGAliceFileName.Data()));
2393       CleanUp();
2394       return kFALSE;
2395     }
2396     fIsNewRunLoader = kTRUE;
2397     fRunLoader->MakeTree("E");
2398
2399     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
2400       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
2401     else
2402       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
2403   }
2404
2405   return kTRUE;
2406 }
2407
2408 //_____________________________________________________________________________
2409 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
2410 {
2411 // get the reconstructor object and the loader for a detector
2412
2413   if (fReconstructor[iDet]) {
2414     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2415       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2416       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
2417     }
2418     return fReconstructor[iDet];
2419   }
2420
2421   // load the reconstructor object
2422   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2423   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2424   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
2425
2426   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
2427
2428   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
2429   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
2430   TPluginHandler* pluginHandler =
2431     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2432   // if not, add a plugin for it
2433   if (!pluginHandler) {
2434     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
2435     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2436     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2437         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2438       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2439                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
2440     } else {
2441       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2442                                 recName, detName, recName + "()");
2443     }
2444     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2445   }
2446   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2447     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2448   }
2449   if (reconstructor) {
2450     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
2451     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
2452     reconstructor->Init();
2453     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
2454   }
2455
2456   // get or create the loader
2457   if (detName != "HLT") {
2458     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
2459     if (!fLoader[iDet]) {
2460       AliConfig::Instance()
2461         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(),
2462                                 detName, detName);
2463       // first check if a plugin is defined for the loader
2464       pluginHandler =
2465         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2466       // if not, add a plugin for it
2467       if (!pluginHandler) {
2468         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
2469         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
2470         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName,
2471                                   loaderName, detName + "base",
2472                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
2473         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2474       }
2475       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2476         fLoader[iDet] =
2477           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(),
2478                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
2479       }
2480       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
2481         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
2482       }
2483       if (!fLoader[iDet]) {
2484         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
2485         if (fStopOnError) return NULL;
2486       } else {
2487         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
2488         fRunLoader->CdGAFile();
2489         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
2490         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2491       }
2492     }
2493   }
2494
2495   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2496     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2497     reconstructor->SetRecoParam(par);
2498   }
2499   return reconstructor;
2500 }
2501
2502 //_____________________________________________________________________________
2503 Bool_t AliReconstruction::CreateVertexer()
2504 {
2505 // create the vertexer
2506
2507   fVertexer = NULL;
2508   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
2509   if (itsReconstructor) {
2510     fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
2511   }
2512   if (!fVertexer) {
2513     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
2514     if (fStopOnError) return kFALSE;
2515   }
2516
2517   return kTRUE;
2518 }
2519
2520 //_____________________________________________________________________________
2521 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
2522 {
2523 // create the trackers
2524
2525   TString detStr = detectors;
2526   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2527     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2528     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2529     if (!reconstructor) continue;
2530     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2531     if (detName == "HLT") {
2532       fRunHLTTracking = kTRUE;
2533       continue;
2534     }
2535     if (detName == "MUON") {
2536       fRunMuonTracking = kTRUE;
2537       continue;
2538     }
2539
2540
2541     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
2542     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
2543       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2544       if (fStopOnError) return kFALSE;
2545     }
2546     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
2547   }
2548
2549   return kTRUE;
2550 }
2551
2552 //_____________________________________________________________________________
2553 void AliReconstruction::CleanUp()
2554 {
2555 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
2556
2557   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2558     delete fReconstructor[iDet];
2559     fReconstructor[iDet] = NULL;
2560     fLoader[iDet] = NULL;
2561     delete fTracker[iDet];
2562     fTracker[iDet] = NULL;
2563   }
2564   delete fRunInfo;
2565   fRunInfo = NULL;
2566
2567   delete fVertexer;
2568   fVertexer = NULL;
2569
2570   delete ftVertexer;
2571   ftVertexer = NULL;
2572
2573   if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
2574     delete fDiamondProfile;
2575     fDiamondProfile = NULL;
2576     delete fDiamondProfileTPC;
2577     fDiamondProfileTPC = NULL;
2578   }
2579   delete fGRPData;
2580   fGRPData = NULL;
2581
2582   delete fRunLoader;
2583   fRunLoader = NULL;
2584   delete fRawReader;
2585   fRawReader = NULL;
2586   delete fParentRawReader;
2587   fParentRawReader=NULL;
2588
2589   if (ffile) {
2590     ffile->Close();
2591     delete ffile;
2592     ffile = NULL;
2593   }
2594 }
2595
2596 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
2597 {
2598   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
2599   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
2600
2601   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
2602   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
2603     {
2604       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
2605       Int_t nsp = 0;
2606       Int_t idx[200];
2607       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
2608           nsp += track->GetNcls(iDet);
2609
2610           if (iDet==0) { // ITS "extra" clusters
2611              track->GetClusters(iDet,idx);
2612              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
2613           }
2614       }
2615
2616       if (nsp) {
2617         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
2618         track->SetTrackPointArray(sp);
2619         Int_t isptrack = 0;
2620         for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2621           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
2622           if (!tracker) continue;
2623           Int_t nspdet = track->GetClusters(iDet,idx);
2624
2625           if (iDet==0) // ITS "extra" clusters
2626              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
2627
2628           if (nspdet <= 0) continue;
2629           AliTrackPoint p;
2630           Int_t isp = 0;
2631           Int_t isp2 = 0;
2632           while (isp2 < nspdet) {
2633             Bool_t isvalid=kTRUE;
2634
2635             Int_t index=idx[isp++];
2636             if (index < 0) continue;
2637
2638             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
2639             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
2640             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
2641             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
2642             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
2643               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
2644             } else {
2645               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p);
2646             }
2647             isp2++;
2648             if (!isvalid) continue;
2649             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
2650           }
2651         }
2652       }
2653     }
2654 }
2655
2656 //_____________________________________________________________________________
2657 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
2658 {
2659   // The method reads the raw-data error log
2660   // accumulated within the rawReader.
2661   // It extracts the raw-data errors related to
2662   // the current event and stores them into
2663   // a TClonesArray inside the esd object.
2664
2665   if (!fRawReader) return;
2666
2667   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
2668
2669     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
2670     if (!log) continue;
2671     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
2672
2673     esd->AddRawDataErrorLog(log);
2674   }
2675
2676 }
2677
2678 TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString pName){
2679   // Dump a file content into a char in TNamed
2680   ifstream in;
2681   in.open(fPath.Data(),ios::in | ios::binary|ios::ate);
2682   Int_t kBytes = (Int_t)in.tellg();
2683   printf("Size: %d \n",kBytes);
2684   TNamed *fn = 0;
2685   if(in.good()){
2686     char* memblock = new char [kBytes];
2687     in.seekg (0, ios::beg);
2688     in.read (memblock, kBytes);
2689     in.close();
2690     TString fData(memblock,kBytes);
2691     fn = new TNamed(pName,fData);
2692     printf("fData Size: %d \n",fData.Sizeof());
2693     printf("pName Size: %d \n",pName.Sizeof());
2694     printf("fn    Size: %d \n",fn->Sizeof());
2695     delete[] memblock;
2696   }
2697   else{
2698     AliInfo(Form("Could not Open %s\n",fPath.Data()));
2699   }
2700
2701   return fn;
2702 }
2703
2704 void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString pName){
2705   // This is not really needed in AliReconstruction at the moment
2706   // but can serve as a template
2707
2708   TList *fList = fTree->GetUserInfo();
2709   TNamed *fn = (TNamed*)fList->FindObject(pName.Data());
2710   printf("fn Size: %d \n",fn->Sizeof());
2711
2712   TString fTmp(fn->GetName()); // to be 100% sure in principle pName also works
2713   const char* cdata = fn->GetTitle();
2714   printf("fTmp Size %d\n",fTmp.Sizeof());
2715
2716   int size = fn->Sizeof()-fTmp.Sizeof()-sizeof(UChar_t)-sizeof(Int_t); // see dfinition of TString::SizeOf()...
2717   printf("calculated size %d\n",size);
2718   ofstream out(pName.Data(),ios::out | ios::binary);
2719   out.write(cdata,size);
2720   out.close();
2721
2722 }
2723
2724 //_____________________________________________________________________________
2725 void AliReconstruction::CheckQA()
2726 {
2727 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors
2728 // with status Fatal
2729
2730         TString newRunLocalReconstruction ;
2731         TString newRunTracking ;
2732         TString newFillESD ;
2733
2734         for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
2735                 TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
2736                 AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;
2737                 if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
2738                                 AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
2739                 } else {
2740                         if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2741                                         fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
2742                                 newRunLocalReconstruction += detName ;
2743                                 newRunLocalReconstruction += " " ;
2744                         }
2745                         if ( fRunTracking.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2746                                         fRunTracking.Contains("ALL") )  {
2747                                 newRunTracking += detName ;
2748                                 newRunTracking += " " ;
2749                         }
2750                         if ( fFillESD.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2751                                         fFillESD.Contains("ALL") )  {
2752                                 newFillESD += detName ;
2753                                 newFillESD += " " ;
2754                         }
2755                 }
2756         }
2757         fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ;
2758         fRunTracking            = newRunTracking ;
2759         fFillESD                = newFillESD ;
2760 }
2761
2762 //_____________________________________________________________________________
2763 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
2764 {
2765   // return the detector index corresponding to detector
2766   Int_t index = -1 ;
2767   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
2768     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
2769         break ;
2770   }
2771   return index ;
2772 }
2773 //_____________________________________________________________________________
2774 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
2775  //
2776  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
2777  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
2778  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
2779  //
2780  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
2781  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2782  //
2783  //  Input: none
2784  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2785  //
2786  Bool_t ret=kFALSE;
2787  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2788  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
2789    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2790    if(fTracker[iDet]) {
2791       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
2792       TString name=planeeff->GetName();
2793       name+=".root";
2794       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
2795       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
2796       pefile->Close();
2797       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
2798         TString hname=planeeff->GetName();
2799         hname+="Histo.root";
2800         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
2801       }
2802    }
2803  }
2804  return ret;
2805 }
2806 //_____________________________________________________________________________
2807 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
2808 //
2809  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
2810  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
2811  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
2812  // which should be updated/recalculated.
2813  //
2814  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
2815  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2816  //
2817  //  Input: none
2818  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2819  //
2820  AliWarning(Form("Implementation of this method not yet done !! Method return kTRUE"));
2821  return kTRUE;
2822 }
2823
2824 //_____________________________________________________________________________
2825 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
2826 {
2827   // This method should be called only in case
2828   // AliReconstruction is run
2829   // within the alieve environment.
2830   // It will initialize AliEVE in a way
2831   // so that it can visualize event processed
2832   // by AliReconstruction.
2833   // The return flag shows whenever the
2834   // AliEVE initialization was successful or not.
2835
2836   TString macroStr;
2837   macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
2838   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
2839   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
2840
2841   gROOT->ProcessLine("if (!gAliEveEvent) {gAliEveEvent = new AliEveEventManager();gAliEveEvent->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(gAliEveEvent);};");
2842   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
2843
2844   return kTRUE;
2845 }
2846
2847 //_____________________________________________________________________________
2848 void AliReconstruction::RunAliEVE()
2849 {
2850   // Runs AliEVE visualisation of
2851   // the current event.
2852   // Should be executed only after
2853   // successful initialization of AliEVE.
2854
2855   AliInfo("Running AliEVE...");
2856   gROOT->ProcessLine(Form("gAliEveEvent->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd));
2857   gSystem->Run();
2858 }
2859
2860 //_____________________________________________________________________________
2861 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction)
2862 {
2863         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2864         // and a selected set of tasks among RAWS, RECPOINTS and ESDS
2865         // all selected detectors run the same selected tasks
2866
2867         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2868                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2869                 fRunQA = kFALSE ;
2870                 return kFALSE ;
2871         }
2872         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ;
2873         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ;
2874         if (fQADetectors.Contains("ALL") )
2875                 fQADetectors = fFillESD ;
2876                 fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ;
2877         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2878                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQA::kRAWS, AliQA::kRECPOINTS, AliQA::kESDS) ;
2879         } else {
2880                 fQATasks.ToUpper() ;
2881                 TString tempo("") ;
2882                 if ( fQATasks.Contains("RAW") )
2883                         tempo = Form("%d ", AliQA::kRAWS) ;
2884                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") )
2885                         tempo += Form("%d ", AliQA::kRECPOINTS) ;
2886                 if ( fQATasks.Contains("ESD") )
2887                         tempo += Form("%d ", AliQA::kESDS) ;
2888                 fQATasks = tempo ;
2889                 if (fQATasks.IsNull()) {
2890                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2891                         fRunQA = kFALSE ;
2892                         return kTRUE ;
2893                 }
2894         }
2895         TString tempo(fQATasks) ;
2896         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRAWS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRAWS))    ;
2897         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRECPOINTS)) ;
2898         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kESDS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kESDS)) ;
2899         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;
2900         fRunQA = kTRUE ;
2901         return kTRUE;
2902 }
2903
2904 //_____________________________________________________________________________
2905 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
2906 {
2907   // The method accesses OCDB and retrieves all
2908   // the available reco-param objects from there.
2909
2910   Bool_t isOK = kTRUE;
2911
2912   TString detStr = fLoadCDB;
2913   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2914
2915     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2916
2917     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
2918       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2919       continue;
2920     }
2921
2922     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2923
2924     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
2925     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
2926     if(!entry){
2927       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2928       isOK = kFALSE;
2929     }
2930     else {
2931       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
2932       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
2933         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
2934         // Registering them in AliRecoParam
2935         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
2936       }
2937       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
2938         // The detector has only onse set of reco parameters
2939         // Registering it in AliRecoParam
2940         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2941         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
2942         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
2943       }
2944       else {
2945         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2946         isOK = kFALSE;
2947       }
2948       entry->SetOwner(0);
2949       AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache(path.GetPath());
2950     }
2951   }
2952
2953   if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
2954
2955   return isOK;
2956 }
2957
2958 //_____________________________________________________________________________
2959 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
2960 {
2961   // Fill the event info object
2962   // ...
2963   AliCodeTimerAuto("")
2964
2965   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
2966   if (fRawReader) {
2967     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
2968
2969     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
2970     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
2971     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
2972     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
2973
2974     aCTP = new AliCentralTrigger();
2975     TString configstr("");
2976     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
2977       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
2978       delete aCTP;
2979       return kFALSE;
2980     }
2981     aCTP->SetClassMask(mask);
2982     aCTP->SetClusterMask(clmask);
2983   }
2984   else {
2985     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
2986
2987     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
2988       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
2989       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
2990       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
2991     }
2992     else {
2993       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
2994       return kFALSE;
2995     }
2996   }
2997
2998   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
2999   if (!config) {
3000     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
3001     if (fRawReader) delete aCTP;
3002     return kFALSE;
3003   }
3004
3005   UChar_t clustmask = 0;
3006   TString trclasses;
3007   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
3008   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
3009   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
3010   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
3011     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
3012     if (trclass) {
3013       Int_t trindex = (Int_t)TMath::Log2(trclass->GetMask());
3014       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3015       if (trmask & (1 << trindex)) {
3016         trclasses += " ";
3017         trclasses += trclass->GetName();
3018         trclasses += " ";
3019         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
3020       }
3021     }
3022   }
3023   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
3024
3025   // Set the information in ESD
3026   fesd->SetTriggerMask(trmask);
3027   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
3028
3029   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
3030     if (fRawReader) delete aCTP;
3031     return kFALSE;
3032   }
3033
3034   if (fRawReader) delete aCTP;
3035
3036   // We have to fill also the HLT decision here!!
3037   // ...
3038
3039   return kTRUE;
3040 }
3041
3042 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
3043 {
3044   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
3045   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
3046   // gets the information from ECS)
3047   static TString resultList;
3048   TString detList = detectorList;
3049
3050   resultList = "";
3051
3052   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
3053     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
3054       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
3055       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3056           detList.BeginsWith("ALL ") ||
3057           detList.EndsWith(" ALL") ||
3058           detList.Contains(" ALL ") ||
3059           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
3060           detList.BeginsWith(det) ||
3061           detList.EndsWith(det) ||
3062           detList.Contains( " "+det+" " )) {
3063         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
3064           resultList += det;
3065           resultList += " ";
3066         }
3067       }
3068     }
3069   }
3070
3071   // HLT
3072   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
3073     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
3074     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3075         detList.BeginsWith("ALL ") ||
3076         detList.EndsWith(" ALL") ||
3077         detList.Contains(" ALL ") ||
3078         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
3079         detList.BeginsWith(hltDet) ||
3080         detList.EndsWith(hltDet) ||
3081         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
3082       resultList += hltDet;
3083     }
3084   }
3085
3086   return resultList.Data();
3087
3088 }
3089
3090 //______________________________________________________________________________
3091 void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
3092 {
3093   // Abort processing. If what = kAbortProcess, the Process() loop will be
3094   // aborted. If what = kAbortFile, the current file in a chain will be
3095   // aborted and the processing will continue with the next file, if there
3096   // is no next file then Process() will be aborted. Abort() can also  be
3097   // called from Begin(), SlaveBegin(), Init() and Notify(). After abort
3098   // the SlaveTerminate() and Terminate() are always called. The abort flag
3099   // can be checked in these methods using GetAbort().
3100   //
3101   // The method is overwritten in AliReconstruction for better handling of
3102   // reco specific errors
3103
3104   if (!fStopOnError) return;
3105
3106   CleanUp();
3107
3108   TString whyMess = method;
3109   whyMess += " failed! Aborting...";
3110
3111   AliError(whyMess.Data());
3112
3113   fAbort = what;
3114   TString mess = "Abort";
3115   if (fAbort == kAbortProcess)
3116     mess = "AbortProcess";
3117   else if (fAbort == kAbortFile)
3118     mess = "AbortFile";
3119
3120   Info(mess, whyMess.Data());
3121 }
3122