STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.66  2001/05/22 14:32:40  hristov
  19 Weird inline removed
  20
  21 Revision 1.65  2001/05/21 17:22:51  buncic
  22 Fixed problem with missing AliConfig while reading galice.root
  23
  24 Revision 1.64  2001/05/16 14:57:22  alibrary
  25 New files for folders and Stack
  26
  27 Revision 1.62  2001/04/06 11:12:33  morsch
  28 Clear fParticles after each event. (Ivana Hrivnacova)
  29
  30 Revision 1.61  2001/03/30 07:04:10  morsch
  31 Call fGenerator->FinishRun() for final print-outs, cross-section and weight calculations.
  32
  33 Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
  34 fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
  35
  36 Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
  37 Changes needed on Sun with CC 5.0
  38
  39 Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
  40 Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
  41
  42 Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
  43 All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
  44 are now created in new RunReco() method.
  45
  46 Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
  47 Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
  48
  49 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  50 Removed OpenBaseFile().
  51
  52 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  53 Remove default value for argument
  54
  55 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  56 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  57
  58 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  59 Added TreeS to GetEvent().
  60
  61 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  62 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  63
  64 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  65 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  66
  67 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  68 Major upgrade of AliRoot code
  69
  70 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  71 Corrections to destructors
  72
  73 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  74 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  75 SetField().
  76 Example:
  77 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  78
  79 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  80 galice.cuts was not read any more
  81
  82 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  83 Introducing new Rndm and QA classes
  84
  85 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  86 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  87 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  88
  89 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  90 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  91
  92 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  93 Removal of useless dependecies via forward declarations
  94
  95 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  96 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  97
  98 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  99 Coding convention correction and warning removal
 100
 101 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
 102 Coding convention corrections + few minor bug fixes
 103
 104 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
 105 Writing down the TREE headers before job starts
 106
 107 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
 108 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
 109
 110 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
 111 Only one initializer for a default argument
 112
 113 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
 114 Delete only existent objects.
 115
 116 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
 117 Delete Particle Factory properly
 118
 119 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
 120 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
 121
 122 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
 123 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
 124
 125 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
 126 Changes in Lego for G4 compatibility
 127
 128 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
 129 Introduce variable Config.C function signature
 130
 131 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 132 G4 compatibility changes
 133
 134 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 135 Workaround for an HP compiler problem
 136
 137 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 138 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 139
 140 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 141 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 142
 143 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 144 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 145 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 146
 147 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 148 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 149
 150 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 151 Fixing previous wrong checking
 152
 153 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 154 Fixing daughters information also in primary tracks
 155
 156 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 157 Adding protection against inconsistent Euclid files
 158
 159 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 160 Introduction of the Copyright and cvs Log
 161
 162 */
 163
 164 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 165 //                                                                           //
 166 //  Control class for Alice C++                                              //
 167 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 168 //  The object is created in main program aliroot                            //
 169 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 170 //                                                                           //
 171 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 172 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 173 //   -Supports the Trees.                                                    //
 174 //   -Supports the geometry.                                                 //
 175 //   -Supports the event display.                                            //
 176 //Begin_Html
 177 /*
 178 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 179 */
 180 //End_Html
 181 //Begin_Html
 182 /*
 183 <img src="picts/alirun.gif">
 184 */
 185 //End_Html
 186 //                                                                           //
 187 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 188
 189 #include <stdlib.h>
 190 #include <stdio.h>
 191 #include <string.h>
 192 #include <iostream.h>
 193
 194 #include <TFile.h>
 195 #include <TRandom.h>
 196 #include <TBRIK.h>
 197 #include <TNode.h>
 198 #include <TCint.h>
 199 #include <TSystem.h>
 200 #include <TObjectTable.h>
 201 #include <TTree.h>
 202 #include <TGeometry.h>
 203 #include <TROOT.h>
 204 #include <TBrowser.h>
 205 #include <TFolder.h>
 206
 207 #include "TParticle.h"
 208 #include "AliRun.h"
 209 #include "AliDisplay.h"
 210 #include "AliMC.h"
 211 #include "AliLego.h"
 212 #include "AliMagFC.h"
 213 #include "AliMagFCM.h"
 214 #include "AliMagFDM.h"
 215 #include "AliHit.h"
 216 #include "TRandom3.h"
 217 #include "AliMCQA.h"
 218 #include "AliGenerator.h"
 219 #include "AliLegoGenerator.h"
 220 #include "AliConfig.h"
 221 #include "AliStack.h"
 222 #include "AliGenEventHeader.h"
 223 #include "AliHeader.h"
 224
 225 #include "AliDetector.h"
 226
 227 AliRun *gAlice;
 228
 229 ClassImp(AliRun)
 230
 231 //_____________________________________________________________________________
 232 AliRun::AliRun()
 233 {
 234   //
 235   // Default constructor for AliRun
 236   //
 237   fHeader    = 0;
 238   fRun       = 0;
 239   fEvent     = 0;
 240   fStack     = 0;
 241   fModules   = 0;
 242   fGenerator = 0;
 243   fTreeD     = 0;
 244   fTreeH     = 0;
 245   fTreeE     = 0;
 246   fTreeR     = 0;
 247   fTreeS     = 0;
 248   fGeometry  = 0;
 249   fDisplay   = 0;
 250   fField     = 0;
 251   fMC        = 0;
 252   fNdets     = 0;
 253   fImedia    = 0;
 254   fTrRmax    = 1.e10;
 255   fTrZmax    = 1.e10;
 256   fInitDone  = kFALSE;
 257   fLego      = 0;
 258   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 259   fHitLists  = 0;
 260   fConfigFunction    = "\0";
 261   fRandom = 0;
 262   fMCQA = 0;
 263   fTransParName = "\0";
 264   fBaseFileName = ".\0";
 265   fDebug        = 0;
 266 }
 267
 268 //_____________________________________________________________________________
 269 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 270   : TNamed(name,title)
 271 {
 272   //
 273   //  Constructor for the main processor.
 274   //  Creates the geometry
 275   //  Creates the list of Detectors.
 276   //  Creates the list of particles.
 277   //
 278   Int_t i;
 279
 280   gAlice     = this;
 281   fTreeD     = 0;
 282   fTreeH     = 0;
 283   fTreeE     = 0;
 284   fTreeR     = 0;
 285   fTreeS     = 0;
 286   fTrRmax    = 1.e10;
 287   fTrZmax    = 1.e10;
 288   fGenerator = 0;
 289   fInitDone  = kFALSE;
 290   fLego      = 0;
 291   fField     = 0;
 292   fConfigFunction    = "Config();";
 293
 294   // Set random number generator
 295   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 296
 297   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 298      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 299   }
 300
 301   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 302   //
 303   // Particle stack
 304   fStack = new AliStack(10000);
 305   // create the support list for the various Detectors
 306   fModules = new TObjArray(77);
 307   //
 308   // Create the TNode geometry for the event display
 309
 310   BuildSimpleGeometry();
 311
 312   fHeader    = new AliHeader();
 313   fRun       = 0;
 314   fEvent     = 0;
 315   //
 316   fDisplay = 0;
 317   //
 318   // Create default mag field
 319   SetField();
 320   //
 321   fMC      = gMC;
 322   //
 323   // Prepare the tracking medium lists
 324   fImedia = new TArrayI(1000);
 325   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 326   //
 327   // Make particles
 328   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 329
 330   AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB);
 331   //
 332   // Create HitLists list
 333   fHitLists  = new TList();
 334   //
 335   SetTransPar();
 336   fBaseFileName = ".\0";
 337   //
 338   fDebug        = 0;
 339 }
 340
 341
 342 //_____________________________________________________________________________
 343 AliRun::~AliRun()
 344 {
 345   //
 346   // Default AliRun destructor
 347   //
 348   delete fImedia;
 349   delete fField;
 350   delete fMC;
 351   delete fGeometry;
 352   delete fDisplay;
 353   delete fGenerator;
 354   delete fLego;
 355   delete fTreeD;
 356   delete fTreeH;
 357   delete fTreeE;
 358   delete fTreeR;
 359   delete fTreeS;
 360   if (fModules) {
 361     fModules->Delete();
 362     delete fModules;
 363   }
 364   delete fStack;
 365   delete fHitLists;
 366   delete fPDGDB;
 367   delete fMCQA;
 368   delete fHeader;
 369 }
 370
 371 //_____________________________________________________________________________
 372 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 373 {
 374   //
 375   //  Add a hit to detector id
 376   //
 377   TObjArray &dets = *fModules;
 378   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 379 }
 380
 381 //_____________________________________________________________________________
 382 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 383 {
 384   //
 385   // Add digit to detector id
 386   //
 387   TObjArray &dets = *fModules;
 388   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 389 }
 390
 391 //_____________________________________________________________________________
 392 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 393 {
 394   //
 395   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 396   // of the Root browser.
 397   // It displays the Root Trees and all detectors.
 398   //
 399   if(!fStack) fStack=fHeader->Stack();
 400   TTree*  pTreeK = fStack->TreeK();
 401
 402   if (pTreeK) b->Add(pTreeK,pTreeK->GetName());
 403   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 404   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 405   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 406   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 407   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 408
 409   TIter next(fModules);
 410   AliModule *detector;
 411   while((detector = (AliModule*)next())) {
 412     b->Add(detector,detector->GetName());
 413   }
 414   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 415 }
 416
 417 //_____________________________________________________________________________
 418 void AliRun::Build()
 419 {
 420   //
 421   // Initialize Alice geometry
 422   // Dummy routine
 423   //
 424 }
 425
 426 //_____________________________________________________________________________
 427 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 428 {
 429   //
 430   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 431   //
 432   // Initialise geometry
 433   //
 434   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 435   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 436   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 437   brik->SetVisibility(0);
 438   new TNode("alice","alice","S_alice");
 439 }
 440
 441 //_____________________________________________________________________________
 442 void AliRun::CleanDetectors()
 443 {
 444   //
 445   // Clean Detectors at the end of event
 446   //
 447   TIter next(fModules);
 448   AliModule *detector;
 449   while((detector = (AliModule*)next())) {
 450     detector->FinishEvent();
 451   }
 452 }
 453
 454 //_____________________________________________________________________________
 455 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 456 {
 457   //
 458   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 459   // Dummy routine
 460   //
 461   return 9999;
 462 }
 463
 464 //_____________________________________________________________________________
 465 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 466 {
 467   //
 468   // Dumps particle i in the stack
 469   //
 470     fStack->DumpPart(i);
 471 }
 472
 473 //_____________________________________________________________________________
 474 void AliRun::DumpPStack () const
 475 {
 476   //
 477   // Dumps the particle stack
 478   //
 479     fStack->DumpPStack();
 480 }
 481
 482 //_____________________________________________________________________________
 483 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 484 {
 485     // Set Magnetic Field Map
 486     fField = magField;
 487     fField->ReadField();
 488 }
 489
 490 //_____________________________________________________________________________
 491 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 492                       Float_t maxField, char* filename)
 493 {
 494   //
 495   //  Set magnetic field parameters
 496   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 497   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 498   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 499   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 500
 501   //
 502   // --- Sanity check on mag field flags
 503   if(fField) delete fField;
 504   if(version==1) {
 505     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 506   } else if(version<=2) {
 507     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 508     fField->ReadField();
 509   } else if(version==3) {
 510     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 511     fField->ReadField();
 512   } else {
 513     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 514   }
 515 }
 516
 517 //_____________________________________________________________________________
 518 void AliRun::PreTrack()
 519 {
 520      TObjArray &dets = *fModules;
 521      AliModule *module;
 522
 523      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 524        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 525          module->PreTrack();
 526
 527      fMCQA->PreTrack();
 528 }
 529
 530 //_____________________________________________________________________________
 531 void AliRun::PostTrack()
 532 {
 533      TObjArray &dets = *fModules;
 534      AliModule *module;
 535
 536      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 537        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 538          module->PostTrack();
 539 }
 540
 541 //_____________________________________________________________________________
 542 void AliRun::FinishPrimary()
 543 {
 544   //
 545   // Called  at the end of each primary track
 546   //
 547
 548   //  static Int_t count=0;
 549   //  const Int_t times=10;
 550   // This primary is finished, purify stack
 551   fStack->PurifyKine();
 552
 553   TIter next(fModules);
 554   AliModule *detector;
 555   while((detector = (AliModule*)next())) {
 556     detector->FinishPrimary();
 557   }
 558
 559   // Write out hits if any
 560   if (gAlice->TreeH()) {
 561     gAlice->TreeH()->Fill();
 562   }
 563
 564   //
 565   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 566 }
 567
 568 //_____________________________________________________________________________
 569 void AliRun::BeginPrimary()
 570 {
 571   //
 572   // Called  at the beginning of each primary track
 573   //
 574
 575   // Reset Hits info
 576   gAlice->ResetHits();
 577
 578 }
 579
 580 //_____________________________________________________________________________
 581 void AliRun::FinishEvent()
 582 {
 583   //
 584   // Called at the end of the event.
 585   //
 586
 587   //
 588   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 589
 590   //Update the energy deposit tables
 591   Int_t i;
 592   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 593     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 594     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 595   }
 596
 597
 598
 599   // Update Header information
 600
 601   fHeader->SetNprimary(fStack->GetNprimary());
 602   fHeader->SetNtrack(fStack->GetNtrack());
 603
 604
 605   // Write out the kinematics
 606   fStack->FinishEvent();
 607
 608   // Write out the event Header information
 609   if (fTreeE) {
 610       fHeader->SetStack(fStack);
 611       fTreeE->Fill();
 612   }
 613
 614
 615   // Write Tree headers
 616   TTree* pTreeK = fStack->TreeK();
 617   if (pTreeK) pTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 618   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 619
 620   ++fEvent;
 621 }
 622
 623 //_____________________________________________________________________________
 624 void AliRun::FinishRun()
 625 {
 626   //
 627   // Called at the end of the run.
 628   //
 629
 630   //
 631   if(fLego) fLego->FinishRun();
 632
 633   // Clean detector information
 634   TIter next(fModules);
 635   AliModule *detector;
 636   while((detector = (AliModule*)next())) {
 637     detector->FinishRun();
 638   }
 639
 640   //Output energy summary tables
 641   EnergySummary();
 642
 643   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 644
 645   file->cd();
 646
 647   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 648
 649   // Write AliRun info and all detectors parameters
 650   Write(0,TObject::kOverwrite);
 651
 652   // Clean tree information
 653
 654   fStack->FinishRun();
 655
 656   if (fTreeH) {
 657     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 658   }
 659   if (fTreeD) {
 660     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 661   }
 662   if (fTreeR) {
 663     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 664   }
 665   if (fTreeE) {
 666     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 667   }
 668   if (fTreeS) {
 669     delete fTreeS; fTreeS = 0;
 670   }
 671
 672   // Close output file
 673   file->Write();
 674 }
 675
 676 //_____________________________________________________________________________
 677 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 678 {
 679   // Delegate to stack
 680   //
 681     fStack->FlagTrack(track);
 682 }
 683
 684 //_____________________________________________________________________________
 685 void AliRun::EnergySummary()
 686 {
 687   //
 688   // Print summary of deposited energy
 689   //
 690
 691   Int_t ndep=0;
 692   Float_t edtot=0;
 693   Float_t ed, ed2;
 694   Int_t kn, i, left, j, id;
 695   const Float_t kzero=0;
 696   Int_t ievent=fHeader->GetEvent()+1;
 697   //
 698   // Energy loss information
 699   if(ievent) {
 700     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 701     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 702       ed=fSummEnergy[kn];
 703       if(ed>0) {
 704         fEventEnergy[ndep]=kn;
 705         if(ievent>1) {
 706           ed=ed/ievent;
 707           ed2=fSum2Energy[kn];
 708           ed2=ed2/ievent;
 709           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 710         } else
 711           ed2=99;
 712         fSummEnergy[ndep]=ed;
 713         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 714         edtot+=ed;
 715         ndep++;
 716       }
 717     }
 718     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 719       left=ndep-kn*3;
 720       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 721         j=kn*3+i;
 722         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 723         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 724       }
 725       printf("\n");
 726     }
 727     //
 728     // Relative energy loss in different detectors
 729     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 730     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 731     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 732       left=ndep-kn*5;
 733       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 734         j=kn*5+i;
 735         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 736         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 737       }
 738       printf("\n");
 739     }
 740     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 741     printf("\n");
 742   }
 743   //
 744   // Reset the TArray's
 745   //  fEventEnergy.Set(0);
 746   //  fSummEnergy.Set(0);
 747   //  fSum2Energy.Set(0);
 748 }
 749
 750 //_____________________________________________________________________________
 751 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 752 {
 753   //
 754   // Return pointer to detector from name
 755   //
 756   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 757 }
 758
 759 //_____________________________________________________________________________
 760 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 761 {
 762   //
 763   // Return pointer to detector from name
 764   //
 765   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 766 }
 767
 768 //_____________________________________________________________________________
 769 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 770 {
 771   //
 772   // Return galice internal detector identifier from name
 773   //
 774   Int_t i=-1;
 775   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 776   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 777   return i;
 778 }
 779
 780 //_____________________________________________________________________________
 781 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 782 {
 783   //
 784   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 785   // Set branch addresses
 786   //
 787
 788   // Reset existing structures
 789   ResetHits();
 790   ResetDigits();
 791   ResetSDigits();
 792
 793   // Delete Trees already connected
 794   if (fTreeH) { delete fTreeH; fTreeH = 0;}
 795   if (fTreeD) { delete fTreeD; fTreeD = 0;}
 796   if (fTreeR) { delete fTreeR; fTreeR = 0;}
 797   if (fTreeS) { delete fTreeS; fTreeS = 0;}
 798
 799  // Create the particle stack
 800   if (fHeader) delete fHeader;
 801   fHeader = 0;
 802
 803   // Get header from file
 804   if(fTreeE) {
 805       fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
 806
 807       if (!fTreeE->GetEntry(event)) {
 808         Error("GetEvent","Cannot find event:%d\n",event);
 809         return -1;
 810       }
 811   }
 812   else {
 813       Error("GetEvent","Cannot find Header Tree (TE)\n");
 814       return -1;
 815   }
 816
 817   // Get the stack from the header, set fStack to 0 if it
 818   // fails to get event
 819   if (fStack) delete fStack;
 820   fStack = fHeader->Stack();
 821   if (fStack) {
 822     if (!fStack->GetEvent(event,0)) fStack = 0;
 823   }
 824
 825   //
 826   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 827   char treeName[20];
 828   file->cd();
 829
 830   // Get Hits Tree header from file
 831   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 832   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 833   if (!fTreeH) {
 834     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 835   }
 836
 837   // Get Digits Tree header from file
 838   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 839   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 840   if (!fTreeD) {
 841     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 842   }
 843
 844   file->cd();
 845
 846   // Get SDigits Tree header from file
 847   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 848   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 849   if (!fTreeS) {
 850     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 851   }
 852
 853   file->cd();
 854
 855   // Get Reconstruct Tree header from file
 856   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 857   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 858   if (!fTreeR) {
 859     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 860   }
 861
 862   file->cd();
 863
 864   // Set Trees branch addresses
 865   TIter next(fModules);
 866   AliModule *detector;
 867   while((detector = (AliModule*)next())) {
 868     detector->SetTreeAddress();
 869   }
 870
 871   return fStack->GetNtrack();
 872 }
 873
 874 //_____________________________________________________________________________
 875 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 876 {
 877   //
 878   // Import Alice geometry from current file
 879   // Return pointer to geometry object
 880   //
 881   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 882   //
 883   // Unlink and relink nodes in detectors
 884   // This is bad and there must be a better way...
 885   //
 886
 887   TIter next(fModules);
 888   AliModule *detector;
 889   while((detector = (AliModule*)next())) {
 890     TList *dnodes=detector->Nodes();
 891     Int_t j;
 892     TNode *node, *node1;
 893     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 894       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 895       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 896       dnodes->Remove(node);
 897       dnodes->AddAt(node1,j);
 898     }
 899   }
 900   return fGeometry;
 901 }
 902
 903 //_____________________________________________________________________________
 904 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 905                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 906                           Float_t &tof)
 907 {
 908   // Delegate to stack
 909   //
 910     fStack->GetNextTrack(mtrack, ipart, pmom, e, vpos, polar, tof);
 911 }
 912
 913 //_____________________________________________________________________________
 914 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 915 {
 916   //
 917   // return number of primary that has generated track
 918   //
 919     return fStack->GetPrimary(track);
 920 }
 921
 922 //_____________________________________________________________________________
 923 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 924 {
 925   //
 926   // Initialize the Alice setup
 927   //
 928
 929   if(fInitDone) {
 930     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
 931     return;
 932   }
 933
 934   gROOT->LoadMacro(setup);
 935   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 936
 937
 938   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 939
 940   TObject *objfirst, *objlast;
 941
 942   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 943
 944   //
 945   //=================Create Materials and geometry
 946   gMC->Init();
 947
 948   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
 949   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 950
 951    TIter next(fModules);
 952    AliModule *detector;
 953    while((detector = (AliModule*)next())) {
 954       detector->SetTreeAddress();
 955       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 956
 957       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 958       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 959       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 960       while (objfirst) {
 961         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 962         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 963       }
 964    }
 965    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
 966
 967    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 968
 969    //Initialise geometry deposition table
 970    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 971    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 972    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 973
 974    //Compute cross-sections
 975    gMC->BuildPhysics();
 976
 977    //Write Geometry object to current file.
 978    fGeometry->Write();
 979
 980    fInitDone = kTRUE;
 981
 982    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
 983
 984    AliConfig *config = AliConfig::Instance();
 985    //
 986    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
 987    Write();
 988 }
 989
 990 //_____________________________________________________________________________
 991 void AliRun::MediaTable()
 992 {
 993   //
 994   // Built media table to get from the media number to
 995   // the detector id
 996   //
 997   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 998   //  Int_t ibeg;
 999   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1000   AliModule *det;
1001   //
1002   // For all detectors
1003   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1004     // If detector is defined
1005     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1006         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1007         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1008         // Find max and min material number
1009         if((idt=idtmed[nz])) {
1010           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1011           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1012         }
1013       }
1014       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1015         det->LoMedium() = 0;
1016         det->HiMedium() = 0;
1017       } else {
1018         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1019           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1020                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1021           return;
1022         }
1023         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1024         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1025           (*fImedia)[lz]=kz;
1026         }
1027       }
1028     }
1029   }
1030   //
1031   // Print summary table
1032   printf(" Traking media ranges:\n");
1033   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1034     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1035       ind=i*6+k;
1036       det=(AliModule*)dets[ind];
1037       if(det)
1038         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1039                det->HiMedium());
1040       else
1041         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1042     }
1043     printf("\n");
1044   }
1045 }
1046
1047 //____________________________________________________________________________
1048 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1049 {
1050   //
1051   // Load the event generator
1052   //
1053   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1054 }
1055
1056 //____________________________________________________________________________
1057 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1058 {
1059   //
1060   // Load the event generator
1061   //
1062   if(fGenerator)
1063     if(generator)
1064       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1065               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1066     else
1067       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1068               fGenerator->GetName());
1069   fGenerator = generator;
1070 }
1071
1072 //____________________________________________________________________________
1073 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1074 {
1075   fTransParName = filename;
1076 }
1077
1078 //____________________________________________________________________________
1079 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1080 {
1081   fBaseFileName = filename;
1082 }
1083
1084 //____________________________________________________________________________
1085 void AliRun::ReadTransPar()
1086 {
1087   //
1088   // Read filename to set the transport parameters
1089   //
1090
1091
1092   const Int_t kncuts=10;
1093   const Int_t knflags=11;
1094   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1095   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1096                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1097                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1098                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1099   char line[256];
1100   char detName[7];
1101   char* filtmp;
1102   Float_t cut[kncuts];
1103   Int_t flag[knflags];
1104   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1105   FILE *lun;
1106   //
1107   // See whether the file is there
1108   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1109   lun=fopen(filtmp,"r");
1110   delete [] filtmp;
1111   if(!lun) {
1112     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1113     return;
1114   }
1115   //
1116   if(fDebug) {
1117     printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1118     printf(" *%59s\n","*");
1119     printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1120     printf(" *%59s\n","*");
1121   }
1122   //
1123   while(1) {
1124     // Initialise cuts and flags
1125     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1126     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1127     itmed=0;
1128     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1129     // Read up to the end of line excluded
1130     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1131     if(iret<0) {
1132       //End of file
1133       fclose(lun);
1134       if(fDebug){
1135         printf(" *%59s\n","*");
1136         printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1137       }
1138       return;
1139     }
1140     // Read the end of line
1141     fscanf(lun,"%*c");
1142     if(!iret) continue;
1143     if(line[0]=='*') continue;
1144     // Read the numbers
1145     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1146                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1147                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1148                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1149     if(!iret) continue;
1150     if(iret<0) {
1151       //reading error
1152       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1153       continue;
1154     }
1155     // Check that the module exist
1156     AliModule *mod = GetModule(detName);
1157     if(mod) {
1158       // Get the array of media numbers
1159       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1160       // Check that the tracking medium code is valid
1161       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1162         ktmed=idtmed[itmed];
1163         if(!ktmed) {
1164           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1165           continue;
1166         }
1167         // Set energy thresholds
1168         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1169           if(cut[kz]>=0) {
1170             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1171                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1172             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1173           }
1174         }
1175         // Set transport mechanisms
1176         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1177           if(flag[kz]>=0) {
1178             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1179                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1180             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1181           }
1182         }
1183       } else {
1184         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1185         continue;
1186       }
1187     } else {
1188       if(fDebug) printf("%s::ReadTransParModule: %s not present\n",ClassName(),detName);
1189       continue;
1190     }
1191   }
1192 }
1193
1194
1195 //_____________________________________________________________________________
1196 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, const char *file)
1197 {
1198   //
1199   //  Create the ROOT trees
1200   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1201   //
1202
1203   char hname[30];
1204   //
1205   // Analyse options
1206   const char *oK = strstr(option,"K");
1207   const char *oH = strstr(option,"H");
1208   const char *oE = strstr(option,"E");
1209   const char *oD = strstr(option,"D");
1210   const char *oR = strstr(option,"R");
1211   const char *oS = strstr(option,"S");
1212   //
1213
1214   TDirectory *cwd = gDirectory;
1215
1216   TBranch *branch = 0;
1217
1218   if (oK) fStack->MakeTree(fEvent, file);
1219
1220   if (oE && !fTreeE) {
1221     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1222     branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);
1223     branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1224     TFolder *folder = (TFolder *)gROOT->FindObjectAny("/Folders/RunMC/Event/Header");
1225     if (folder) folder->Add(fHeader);
1226 //    branch = fTreeE->Branch("Stack","AliStack", &fStack, 4000, 0);
1227 //    branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1228 //    if (folder) folder->Add(fStack);
1229     fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
1230   }
1231
1232   if (file && branch) {
1233     char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1234     sprintf(outFile,"%s/%s",GetBaseFile(),file);
1235     branch->SetFile(outFile);
1236     TIter next( branch->GetListOfBranches());
1237     while ((branch=(TBranch*)next())) {
1238        branch->SetFile(outFile);
1239     }
1240     if (GetDebug()>1)
1241         printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n", branch->GetName(),file);
1242     cwd->cd();
1243     delete outFile;
1244   }
1245
1246   if (oH && !fTreeH) {
1247     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1248     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1249     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1250     fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
1251   }
1252   if (oD && !fTreeD) {
1253     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1254     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1255     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1256   }
1257   if (oS && !fTreeS) {
1258     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1259     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1260     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1261   }
1262   if (oR && !fTreeR) {
1263     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1264     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1265     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1266   }
1267
1268   //
1269   // Create a branch for hits/digits for each detector
1270   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1271   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1272   TIter next(fModules);
1273   AliModule *detector;
1274   while((detector = (AliModule*)next())) {
1275      if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
1276   }
1277 }
1278
1279 //_____________________________________________________________________________
1280 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1281 {
1282     return fStack->Particle(i);
1283 }
1284
1285 //_____________________________________________________________________________
1286 void AliRun::BeginEvent()
1287 {
1288     // Clean-up previous event
1289     // Energy scores
1290     fEventEnergy.Reset();
1291     // Clean detector information
1292     CleanDetectors();
1293     // Reset stack info
1294     fStack->Reset();
1295
1296
1297   //
1298   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1299   //
1300   char hname[30];
1301   //
1302   // Initialise event header
1303   fHeader->Reset(fRun,fEvent);
1304   //
1305   fStack->BeginEvent(fEvent);
1306
1307   //
1308   if(fLego) {
1309     fLego->BeginEvent();
1310     return;
1311   }
1312
1313   //
1314
1315   ResetHits();
1316   ResetDigits();
1317   ResetSDigits();
1318
1319
1320   if(fTreeH) {
1321     fTreeH->Reset();
1322     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1323     fTreeH->SetName(hname);
1324   }
1325   if(fTreeD) {
1326     fTreeD->Reset();
1327     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1328     fTreeD->SetName(hname);
1329     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1330   }
1331   if(fTreeS) {
1332     fTreeS->Reset();
1333     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1334     fTreeS->SetName(hname);
1335     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1336   }
1337   if(fTreeR) {
1338     fTreeR->Reset();
1339     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1340     fTreeR->SetName(hname);
1341     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1342   }
1343 }
1344 //_____________________________________________________________________________
1345 void AliRun::ResetDigits()
1346 {
1347   //
1348   //  Reset all Detectors digits
1349   //
1350   TIter next(fModules);
1351   AliModule *detector;
1352   while((detector = (AliModule*)next())) {
1353      detector->ResetDigits();
1354   }
1355 }
1356
1357 //_____________________________________________________________________________
1358 void AliRun::ResetSDigits()
1359 {
1360   //
1361   //  Reset all Detectors digits
1362   //
1363   TIter next(fModules);
1364   AliModule *detector;
1365   while((detector = (AliModule*)next())) {
1366      detector->ResetSDigits();
1367   }
1368 }
1369
1370 //_____________________________________________________________________________
1371 void AliRun::ResetHits()
1372 {
1373   //
1374   //  Reset all Detectors hits
1375   //
1376   TIter next(fModules);
1377   AliModule *detector;
1378   while((detector = (AliModule*)next())) {
1379      detector->ResetHits();
1380   }
1381 }
1382
1383 //_____________________________________________________________________________
1384 void AliRun::ResetPoints()
1385 {
1386   //
1387   // Reset all Detectors points
1388   //
1389   TIter next(fModules);
1390   AliModule *detector;
1391   while((detector = (AliModule*)next())) {
1392      detector->ResetPoints();
1393   }
1394 }
1395
1396 //_____________________________________________________________________________
1397 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1398 {
1399   //
1400   // Main function to be called to process a galice run
1401   // example
1402   //    Root > gAlice.Run();
1403   // a positive number of events will cause the finish routine
1404   // to be called
1405   //
1406
1407   // check if initialisation has been done
1408   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1409
1410   // Create the Root Tree with one branch per detector
1411
1412    MakeTree("ESDR");
1413
1414   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1415      MakeTree("K","Kine.root");
1416      MakeTree("H","Hits.root");
1417   } else {
1418      MakeTree("KH");
1419   }
1420
1421   gMC->ProcessRun(nevent);
1422
1423   // End of this run, close files
1424   if(nevent>0) FinishRun();
1425 }
1426
1427 //_____________________________________________________________________________
1428 void AliRun::RunReco(const char *selected)
1429 {
1430   //
1431   // Main function to be called to reconstruct Alice event
1432   //
1433    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
1434      GetEvent(nevent);
1435      // MakeTree("R");
1436      Digits2Reco(selected);
1437    }
1438 }
1439
1440 //_____________________________________________________________________________
1441
1442 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1443 {
1444
1445    // Convert Hits to sumable digits
1446    //
1447    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
1448      GetEvent(nevent);
1449     // MakeTree("D");
1450      Hits2SDigits(selected);
1451      SDigits2Digits(selected);
1452    }
1453 }
1454
1455
1456 //_____________________________________________________________________________
1457
1458 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
1459 {
1460   //
1461   // Function to transform the content of
1462   //
1463   // - TreeH to TreeS (option "S")
1464   // - TreeS to TreeD (option "D")
1465   // - TreeD to TreeR (option "R")
1466   //
1467   // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
1468   // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string
1469   // can contain blank separated list of detector names).
1470
1471
1472    const char *oS = strstr(option,"S");
1473    const char *oD = strstr(option,"D");
1474    const char *oR = strstr(option,"R");
1475
1476    TObjArray *detectors = Detectors();
1477
1478    TIter next(detectors);
1479
1480    AliDetector *detector = 0;
1481
1482    TDirectory *cwd = gDirectory;
1483
1484    char outFile[32];
1485
1486    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1487      if (selected)
1488        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1489      if (detector->IsActive()){
1490        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1491           if (oS) {
1492             sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1493             detector->MakeBranch("S",outFile);
1494           }
1495           if (oD) {
1496             sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1497             detector->MakeBranch("D",outFile);
1498           }
1499           if (oR) {
1500             sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
1501             detector->MakeBranch("R",outFile);
1502           }
1503        } else {
1504           detector->MakeBranch(option);
1505        }
1506
1507        cwd->cd();
1508
1509        if (oS) {
1510           cout << "Hits2SDigits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1511           detector->Hits2SDigits();
1512        }
1513        if (oD) {
1514           cout << "SDigits2Digits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1515           detector->SDigits2Digits();
1516        }
1517        if (oR) {
1518           cout << "Digits2Reco: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1519           detector->Digits2Reco();
1520        }
1521
1522        cwd->cd();
1523      }
1524    }
1525 }
1526
1527
1528 //_____________________________________________________________________________
1529 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1530                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1531                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1532 {
1533   //
1534   // Generates lego plots of:
1535   //    - radiation length map phi vs theta
1536   //    - radiation length map phi vs eta
1537   //    - interaction length map
1538   //    - g/cm2 length map
1539   //
1540   //  ntheta    bins in theta, eta
1541   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1542   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1543   //  nphi      bins in phi
1544   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1545   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1546   //  rmin      minimum radius
1547   //  rmax      maximum radius
1548   //
1549   //
1550   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1551   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1552   //
1553   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1554   //Begin_Html
1555   /*
1556     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1557   */
1558   //End_Html
1559   //Begin_Html
1560   /*
1561     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1562   */
1563   //End_Html
1564   //Begin_Html
1565   /*
1566     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1567   */
1568   //End_Html
1569   //
1570
1571   // check if initialisation has been done
1572   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1573   //Save current generator
1574   AliGenerator *gen=Generator();
1575
1576   // Set new generator
1577   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1578   ResetGenerator(gener);
1579   //
1580   // Configure Generator
1581   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1582   gener->SetZMax(zmax);
1583   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1584   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1585
1586
1587   //Create Lego object
1588   fLego = new AliLego("lego",gener);
1589
1590   //Prepare MC for Lego Run
1591   gMC->InitLego();
1592
1593   //Run Lego Object
1594
1595   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1596
1597   // Create only the Root event Tree
1598   MakeTree("E");
1599
1600   // End of this run, close files
1601   FinishRun();
1602   // Restore current generator
1603   ResetGenerator(gen);
1604   // Delete Lego Object
1605   delete fLego; fLego=0;
1606 }
1607
1608 //_____________________________________________________________________________
1609 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1610 {
1611   //
1612   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1613   // the run
1614   //
1615   fConfigFunction=config;
1616 }
1617
1618 //_____________________________________________________________________________
1619 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1620 {
1621   //
1622   // Set current track number
1623   //
1624     fStack->SetCurrentTrack(track);
1625 }
1626
1627 //_____________________________________________________________________________
1628 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1629                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1630                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1631 {
1632 // Delegate to stack
1633 //
1634     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
1635                      mech, ntr, weight);
1636 }
1637
1638 //_____________________________________________________________________________
1639 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1640                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1641                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1642                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1643                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1644 {
1645   // Delegate to stack
1646   //
1647     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
1648                    polx, poly, polz, mech, ntr, weight);
1649
1650 }
1651
1652 //_____________________________________________________________________________
1653 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
1654 {
1655     //
1656     // Set high water mark for last track in event
1657     fStack->SetHighWaterMark(nt);
1658 }
1659
1660 //_____________________________________________________________________________
1661 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1662 {
1663   //
1664   // Delegate to stack
1665   //
1666     fStack->KeepTrack(track);
1667 }
1668
1669 //_____________________________________________________________________________
1670 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1671 {
1672   //
1673   // Called at every step during transport
1674   //
1675
1676   //
1677   // --- If lego option, do it and leave
1678   if (fLego)
1679     fLego->StepManager();
1680   else {
1681     Int_t copy;
1682     //Update energy deposition tables
1683     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1684
1685     //Call the appropriate stepping routine;
1686     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1687     if(det) {
1688       fMCQA->StepManager(id);
1689       det->StepManager();
1690     }
1691   }
1692 }
1693
1694 //_____________________________________________________________________________
1695 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1696 {
1697    // Stream an object of class AliRun.
1698
1699    if (R__b.IsReading()) {
1700       if (!gAlice) gAlice = this;
1701
1702       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
1703       //
1704       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1705
1706       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1707       if (fTreeE) {
1708           fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
1709       }
1710
1711       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1712       fTreeE->GetEntry(0);
1713
1714       gRandom = fRandom;
1715    } else {
1716       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
1717    }
1718 }
1719
1720
1721 //___________________________________________________________________________
1722 Int_t AliRun::CurrentTrack() const {
1723   //
1724   // Returns current track
1725   //
1726   return fStack->CurrentTrack();
1727 }
1728
1729 //___________________________________________________________________________
1730 Int_t AliRun::GetNtrack() const {
1731   //
1732   // Returns number of tracks in stack
1733   //
1734   return fStack->GetNtrack();
1735 }
1736
1737 //___________________________________________________________________________
1738 TObjArray* AliRun::Particles() {
1739   //
1740   // Returns pointer to Particles array
1741   //
1742   return fStack->Particles();
1743 }
1744
1745 //___________________________________________________________________________
1746 TTree* AliRun::TreeK() {
1747   //
1748   // Returns pointer to the TreeK array
1749   //
1750   return fStack->TreeK();
1751 }