STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  19 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  20
  21 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  22 Added TreeS to GetEvent().
  23
  24 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  25 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  26
  27 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  28 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  29
  30 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  31 Major upgrade of AliRoot code
  32
  33 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  34 Corrections to destructors
  35
  36 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  37 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  38 SetField().
  39 Example:
  40 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  41
  42 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  43 galice.cuts was not read any more
  44
  45 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  46 Introducing new Rndm and QA classes
  47
  48 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  49 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  50 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  51
  52 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  53 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  54
  55 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  56 Removal of useless dependecies via forward declarations
  57
  58 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  59 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  60
  61 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  62 Coding convention correction and warning removal
  63
  64 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
  65 Coding convention corrections + few minor bug fixes
  66
  67 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
  68 Writing down the TREE headers before job starts
  69
  70 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
  71 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
  72
  73 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
  74 Only one initializer for a default argument
  75
  76 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
  77 Delete only existent objects.
  78
  79 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
  80 Delete Particle Factory properly
  81
  82 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
  83 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
  84
  85 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
  86 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
  87
  88 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
  89 Changes in Lego for G4 compatibility
  90
  91 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
  92 Introduce variable Config.C function signature
  93
  94 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
  95 G4 compatibility changes
  96
  97 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
  98 Workaround for an HP compiler problem
  99
 100 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 101 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 102
 103 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 104 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 105
 106 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 107 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 108 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 109
 110 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 111 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 112
 113 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 114 Fixing previous wrong checking
 115
 116 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 117 Fixing daughters information also in primary tracks
 118
 119 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 120 Adding protection against inconsistent Euclid files
 121
 122 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 123 Introduction of the Copyright and cvs Log
 124
 125 */
 126
 127 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 128 //                                                                           //
 129 //  Control class for Alice C++                                              //
 130 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 131 //  The object is created in main program aliroot                            //
 132 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 133 //                                                                           //
 134 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 135 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 136 //   -Supports the Trees.                                                    //
 137 //   -Supports the geometry.                                                 //
 138 //   -Supports the event display.                                            //
 139 //Begin_Html
 140 /*
 141 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 142 */
 143 //End_Html
 144 //Begin_Html
 145 /*
 146 <img src="picts/alirun.gif">
 147 */
 148 //End_Html
 149 //                                                                           //
 150 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 151
 152 #include <stdlib.h>
 153 #include <stdio.h>
 154 #include <string.h>
 155 #include <iostream.h>
 156
 157 #include <TFile.h>
 158 #include <TRandom.h>
 159 #include <TBRIK.h>
 160 #include <TNode.h>
 161 #include <TCint.h>
 162 #include <TSystem.h>
 163 #include <TObjectTable.h>
 164 #include <TTree.h>
 165 #include <TGeometry.h>
 166 #include <TROOT.h>
 167 #include "TBrowser.h"
 168
 169 #include "TParticle.h"
 170 #include "AliRun.h"
 171 #include "AliDisplay.h"
 172 #include "AliMC.h"
 173 #include "AliLego.h"
 174 #include "AliMagFC.h"
 175 #include "AliMagFCM.h"
 176 #include "AliMagFDM.h"
 177 #include "AliHit.h"
 178 #include "TRandom3.h"
 179 #include "AliMCQA.h"
 180 #include "AliGenerator.h"
 181 #include "AliLegoGenerator.h"
 182
 183 #include "AliDetector.h"
 184
 185 AliRun *gAlice;
 186
 187 static AliHeader *gAliHeader;
 188
 189 ClassImp(AliRun)
 190
 191 //_____________________________________________________________________________
 192 AliRun::AliRun()
 193 {
 194   //
 195   // Default constructor for AliRun
 196   //
 197   gAliHeader=&fHeader;
 198   fRun       = 0;
 199   fEvent     = 0;
 200   fCurrent   = -1;
 201   fModules = 0;
 202   fGenerator = 0;
 203   fTreeD     = 0;
 204   fTreeK     = 0;
 205   fTreeH     = 0;
 206   fTreeE     = 0;
 207   fTreeR     = 0;
 208   fTreeS     = 0;
 209   fParticles = 0;
 210   fGeometry  = 0;
 211   fDisplay   = 0;
 212   fField     = 0;
 213   fMC       = 0;
 214   fNdets     = 0;
 215   fImedia    = 0;
 216   fTrRmax    = 1.e10;
 217   fTrZmax    = 1.e10;
 218   fInitDone  = kFALSE;
 219   fLego      = 0;
 220   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 221   fHitLists  = 0;
 222   fConfigFunction    = "\0";
 223   fRandom = 0;
 224   fMCQA = 0;
 225   fTransParName = "\0";
 226   fBaseFileName = "\0";
 227   fParticleBuffer = 0;
 228   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 229 }
 230
 231 //_____________________________________________________________________________
 232 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 233   : TNamed(name,title)
 234 {
 235   //
 236   //  Constructor for the main processor.
 237   //  Creates the geometry
 238   //  Creates the list of Detectors.
 239   //  Creates the list of particles.
 240   //
 241   Int_t i;
 242
 243   gAlice     = this;
 244   fTreeD     = 0;
 245   fTreeK     = 0;
 246   fTreeH     = 0;
 247   fTreeE     = 0;
 248   fTreeR     = 0;
 249   fTreeS     = 0;
 250   fTrRmax    = 1.e10;
 251   fTrZmax    = 1.e10;
 252   fGenerator = 0;
 253   fInitDone  = kFALSE;
 254   fLego      = 0;
 255   fField     = 0;
 256   fConfigFunction    = "Config();";
 257
 258   // Set random number generator
 259   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 260
 261   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 262      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 263   }
 264
 265   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 266   //
 267   // create the support list for the various Detectors
 268   fModules = new TObjArray(77);
 269   //
 270   // Create the TNode geometry for the event display
 271
 272   BuildSimpleGeometry();
 273
 274
 275   fNtrack=0;
 276   fHgwmk=0;
 277   fCurrent=-1;
 278   gAliHeader=&fHeader;
 279   fRun       = 0;
 280   fEvent     = 0;
 281   //
 282   // Create the particle stack
 283   fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 284
 285   fDisplay = 0;
 286   //
 287   // Create default mag field
 288   SetField();
 289   //
 290   fMC      = gMC;
 291   //
 292   // Prepare the tracking medium lists
 293   fImedia = new TArrayI(1000);
 294   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 295   //
 296   // Make particles
 297   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 298   //
 299   // Create HitLists list
 300   fHitLists  = new TList();
 301   //
 302   SetTransPar();
 303   fBaseFileName = "\0";
 304   fParticleBuffer = 0;
 305   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 306 }
 307
 308
 309 //_____________________________________________________________________________
 310 AliRun::~AliRun()
 311 {
 312   //
 313   // Default AliRun destructor
 314   //
 315   delete fImedia;
 316   delete fField;
 317   delete fMC;
 318   delete fGeometry;
 319   delete fDisplay;
 320   delete fGenerator;
 321   delete fLego;
 322   delete fTreeD;
 323   delete fTreeK;
 324   delete fTreeH;
 325   delete fTreeE;
 326   delete fTreeR;
 327   delete fTreeS;
 328   if (fModules) {
 329     fModules->Delete();
 330     delete fModules;
 331   }
 332   if (fParticles) {
 333     fParticles->Delete();
 334     delete fParticles;
 335   }
 336   delete fHitLists;
 337   delete fPDGDB;
 338   delete fMCQA;
 339 }
 340
 341 //_____________________________________________________________________________
 342 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 343 {
 344   //
 345   //  Add a hit to detector id
 346   //
 347   TObjArray &dets = *fModules;
 348   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 349 }
 350
 351 //_____________________________________________________________________________
 352 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 353 {
 354   //
 355   // Add digit to detector id
 356   //
 357   TObjArray &dets = *fModules;
 358   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 359 }
 360
 361 //_____________________________________________________________________________
 362 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 363 {
 364   //
 365   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 366   // of the Root browser.
 367   // It displays the Root Trees and all detectors.
 368   //
 369   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 370   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 371   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 372   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 373   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 374   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 375
 376   TIter next(fModules);
 377   AliModule *detector;
 378   while((detector = (AliModule*)next())) {
 379     b->Add(detector,detector->GetName());
 380   }
 381   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 382 }
 383
 384 //_____________________________________________________________________________
 385 void AliRun::Build()
 386 {
 387   //
 388   // Initialize Alice geometry
 389   // Dummy routine
 390   //
 391 }
 392
 393 //_____________________________________________________________________________
 394 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 395 {
 396   //
 397   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 398   //
 399   // Initialise geometry
 400   //
 401   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 402   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 403   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 404   brik->SetVisibility(0);
 405   new TNode("alice","alice","S_alice");
 406 }
 407
 408 //_____________________________________________________________________________
 409 void AliRun::CleanDetectors()
 410 {
 411   //
 412   // Clean Detectors at the end of event
 413   //
 414   TIter next(fModules);
 415   AliModule *detector;
 416   while((detector = (AliModule*)next())) {
 417     detector->FinishEvent();
 418   }
 419 }
 420
 421 //_____________________________________________________________________________
 422 void AliRun::CleanParents()
 423 {
 424   //
 425   // Clean Particles stack.
 426   // Set parent/daughter relations
 427   //
 428   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 429   TParticle *part;
 430   int i;
 431   for(i=0; i<fHgwmk+1; i++) {
 432     part = (TParticle *)particles.At(i);
 433     if(part) if(!part->TestBit(kDaughtersBit)) {
 434       part->SetFirstDaughter(-1);
 435       part->SetLastDaughter(-1);
 436     }
 437   }
 438 }
 439
 440 //_____________________________________________________________________________
 441 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 442 {
 443   //
 444   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 445   // Dummy routine
 446   //
 447   return 9999;
 448 }
 449
 450 //_____________________________________________________________________________
 451 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 452 {
 453   //
 454   // Dumps particle i in the stack
 455   //
 456   ((TParticle*) (*fParticleMap)[i])->Print();
 457 }
 458
 459 //_____________________________________________________________________________
 460 void AliRun::DumpPStack () const
 461 {
 462   //
 463   // Dumps the particle stack
 464   //
 465   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 466   printf(
 467          "\n\n=======================================================================\n");
 468   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 469     {
 470       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 471       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 472     }
 473   printf(
 474          "\n=======================================================================\n\n");
 475 }
 476
 477 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 478 {
 479     // Set Magnetic Field Map
 480     fField = magField;
 481     fField->ReadField();
 482 }
 483
 484 //_____________________________________________________________________________
 485 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 486                       Float_t maxField, char* filename)
 487 {
 488   //
 489   //  Set magnetic field parameters
 490   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 491   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 492   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 493   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 494
 495   //
 496   // --- Sanity check on mag field flags
 497   if(fField) delete fField;
 498   if(version==1) {
 499     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 500   } else if(version<=2) {
 501     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 502     fField->ReadField();
 503   } else if(version==3) {
 504     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 505     fField->ReadField();
 506   } else {
 507     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 508   }
 509 }
 510
 511 //_____________________________________________________________________________
 512 void AliRun::PreTrack()
 513 {
 514      TObjArray &dets = *fModules;
 515      AliModule *module;
 516
 517      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 518        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 519          module->PreTrack();
 520
 521      fMCQA->PreTrack();
 522 }
 523
 524 //_____________________________________________________________________________
 525 void AliRun::PostTrack()
 526 {
 527      TObjArray &dets = *fModules;
 528      AliModule *module;
 529
 530      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 531        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 532          module->PostTrack();
 533 }
 534
 535 //_____________________________________________________________________________
 536 void AliRun::FinishPrimary()
 537 {
 538   //
 539   // Called  at the end of each primary track
 540   //
 541
 542   //  static Int_t count=0;
 543   //  const Int_t times=10;
 544   // This primary is finished, purify stack
 545   PurifyKine();
 546
 547   TIter next(fModules);
 548   AliModule *detector;
 549   while((detector = (AliModule*)next())) {
 550     detector->FinishPrimary();
 551   }
 552
 553   // Write out hits if any
 554   if (gAlice->TreeH()) {
 555     gAlice->TreeH()->Fill();
 556   }
 557
 558   // Reset Hits info
 559   gAlice->ResetHits();
 560
 561   //
 562   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 563 }
 564
 565 //_____________________________________________________________________________
 566 void AliRun::FinishEvent()
 567 {
 568   //
 569   // Called at the end of the event.
 570   //
 571
 572   //
 573   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 574
 575   //Update the energy deposit tables
 576   Int_t i;
 577   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 578     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 579     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 580   }
 581   fEventEnergy.Reset();
 582
 583   // Clean detector information
 584   CleanDetectors();
 585
 586   // Write out the kinematics
 587   if (fTreeK) {
 588     CleanParents();
 589     //    fTreeK->Fill();
 590     Bool_t allFilled = kFALSE;
 591     TObject *part;
 592     for(i=0; i<fHgwmk+1; ++i) if((part=fParticleMap->At(i))) {
 593       fParticleBuffer = (TParticle*) part;
 594       fParticleFileMap[i]= (Int_t) fTreeK->GetEntries();
 595       fTreeK->Fill();
 596       (*fParticleMap)[i]=0;
 597
 598       // When all primaries were filled no particle!=0
 599       // should be left => to be removed later.
 600       if (allFilled) printf("Why != 0 part # %d?\n",i);
 601     }
 602     else {
 603       // // printf("Why = 0 part # %d?\n",i); => We know.
 604       // break;
 605            // we don't break now in order to be sure there is no
 606            // particle !=0 left.
 607            // To be removed later and replaced with break.
 608       if(!allFilled) allFilled = kTRUE;
 609     }
 610   }
 611
 612   // Write out the digits
 613   if (fTreeD) {
 614     fTreeD->Fill();
 615     ResetDigits();
 616   }
 617
 618    if (fTreeS) {
 619     fTreeS->Fill();
 620     ResetSDigits();
 621   }
 622
 623   // Write out reconstructed clusters
 624   if (fTreeR) {
 625     fTreeR->Fill();
 626   }
 627
 628   // Write out the event Header information
 629   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 630
 631   // Reset stack info
 632   ResetStack();
 633
 634   // Write Tree headers
 635   if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 636   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 637   if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
 638   if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
 639   if (fTreeS) fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
 640
 641   ++fEvent;
 642 }
 643
 644 //_____________________________________________________________________________
 645 void AliRun::FinishRun()
 646 {
 647   //
 648   // Called at the end of the run.
 649   //
 650
 651   //
 652   if(fLego) fLego->FinishRun();
 653
 654   // Clean detector information
 655   TIter next(fModules);
 656   AliModule *detector;
 657   while((detector = (AliModule*)next())) {
 658     detector->FinishRun();
 659   }
 660
 661   //Output energy summary tables
 662   EnergySummary();
 663
 664   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 665
 666   file->cd();
 667
 668   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 669
 670   // Write AliRun info and all detectors parameters
 671   Write();
 672
 673   // Clean tree information
 674   if (fTreeK) {
 675     delete fTreeK; fTreeK = 0;
 676   }
 677   if (fTreeH) {
 678     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 679   }
 680   if (fTreeD) {
 681     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 682   }
 683   if (fTreeR) {
 684     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 685   }
 686   if (fTreeE) {
 687     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 688   }
 689
 690   // Close output file
 691   file->Write();
 692 }
 693
 694 //_____________________________________________________________________________
 695 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 696 {
 697   //
 698   // Flags a track and all its family tree to be kept
 699   //
 700   int curr;
 701   TParticle *particle;
 702
 703   curr=track;
 704   while(1) {
 705     particle=(TParticle*)fParticleMap->At(curr);
 706
 707     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 708     if(particle->TestBit(kKeepBit)) return;
 709
 710     // Save this particle
 711     particle->SetBit(kKeepBit);
 712
 713     // Move to father if any
 714     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 715   }
 716 }
 717
 718 //_____________________________________________________________________________
 719 void AliRun::EnergySummary()
 720 {
 721   //
 722   // Print summary of deposited energy
 723   //
 724
 725   Int_t ndep=0;
 726   Float_t edtot=0;
 727   Float_t ed, ed2;
 728   Int_t kn, i, left, j, id;
 729   const Float_t kzero=0;
 730   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 731   //
 732   // Energy loss information
 733   if(ievent) {
 734     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 735     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 736       ed=fSummEnergy[kn];
 737       if(ed>0) {
 738         fEventEnergy[ndep]=kn;
 739         if(ievent>1) {
 740           ed=ed/ievent;
 741           ed2=fSum2Energy[kn];
 742           ed2=ed2/ievent;
 743           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 744         } else
 745           ed2=99;
 746         fSummEnergy[ndep]=ed;
 747         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 748         edtot+=ed;
 749         ndep++;
 750       }
 751     }
 752     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 753       left=ndep-kn*3;
 754       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 755         j=kn*3+i;
 756         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 757         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 758       }
 759       printf("\n");
 760     }
 761     //
 762     // Relative energy loss in different detectors
 763     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 764     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 765     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 766       left=ndep-kn*5;
 767       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 768         j=kn*5+i;
 769         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 770         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 771       }
 772       printf("\n");
 773     }
 774     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 775     printf("\n");
 776   }
 777   //
 778   // Reset the TArray's
 779   //  fEventEnergy.Set(0);
 780   //  fSummEnergy.Set(0);
 781   //  fSum2Energy.Set(0);
 782 }
 783
 784 //_____________________________________________________________________________
 785 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 786 {
 787   //
 788   // Return pointer to detector from name
 789   //
 790   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 791 }
 792
 793 //_____________________________________________________________________________
 794 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 795 {
 796   //
 797   // Return pointer to detector from name
 798   //
 799   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 800 }
 801
 802 //_____________________________________________________________________________
 803 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 804 {
 805   //
 806   // Return galice internal detector identifier from name
 807   //
 808   Int_t i=-1;
 809   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 810   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 811   return i;
 812 }
 813
 814 //_____________________________________________________________________________
 815 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 816 {
 817   //
 818   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 819   // Set branch addresses
 820   //
 821
 822   // Reset existing structures
 823   //  ResetStack();
 824   ResetHits();
 825   ResetDigits();
 826   ResetSDigits();
 827
 828   // Delete Trees already connected
 829   if (fTreeK) delete fTreeK;
 830   if (fTreeH) delete fTreeH;
 831   if (fTreeD) delete fTreeD;
 832   if (fTreeR) delete fTreeR;
 833   if (fTreeS) delete fTreeS;
 834
 835   // Get header from file
 836   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 837   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 838   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 839
 840   file->cd();
 841
 842   // Get Kine Tree from file
 843   char treeName[20];
 844   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 845   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 846   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticleBuffer);
 847   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 848   // Create the particle stack
 849   if(!fParticles) fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 850   // Build the pointer list
 851   if(fParticleMap) {
 852     fParticleMap->Clear();
 853     fParticleMap->Expand(fTreeK->GetEntries());
 854   } else
 855     fParticleMap = new TObjArray(fTreeK->GetEntries());
 856
 857   file->cd();
 858
 859   // Get Hits Tree header from file
 860   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 861   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 862   if (!fTreeH) {
 863     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 864   }
 865
 866   file->cd();
 867
 868   // Get Digits Tree header from file
 869   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 870   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 871   if (!fTreeD) {
 872     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 873   }
 874
 875   file->cd();
 876
 877   // Get SDigits Tree header from file
 878   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 879   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 880   if (!fTreeS) {
 881     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 882   }
 883
 884   file->cd();
 885
 886   // Get Reconstruct Tree header from file
 887   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 888   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 889   if (!fTreeR) {
 890     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 891   }
 892
 893   file->cd();
 894
 895   // Set Trees branch addresses
 896   TIter next(fModules);
 897   AliModule *detector;
 898   while((detector = (AliModule*)next())) {
 899     detector->SetTreeAddress();
 900   }
 901
 902   fNtrack = Int_t (fTreeK->GetEntries());
 903   return fNtrack;
 904 }
 905
 906 //_____________________________________________________________________________
 907 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 908 {
 909   //
 910   // Import Alice geometry from current file
 911   // Return pointer to geometry object
 912   //
 913   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 914   //
 915   // Unlink and relink nodes in detectors
 916   // This is bad and there must be a better way...
 917   //
 918
 919   TIter next(fModules);
 920   AliModule *detector;
 921   while((detector = (AliModule*)next())) {
 922     TList *dnodes=detector->Nodes();
 923     Int_t j;
 924     TNode *node, *node1;
 925     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 926       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 927       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 928       dnodes->Remove(node);
 929       dnodes->AddAt(node1,j);
 930     }
 931   }
 932   return fGeometry;
 933 }
 934
 935 //_____________________________________________________________________________
 936 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 937                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 938                           Float_t &tof)
 939 {
 940   //
 941   // Return next track from stack of particles
 942   //
 943   TVector3 pol;
 944   fCurrent=-1;
 945   TParticle *track;
 946   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 947     track=(TParticle*) fParticleMap->At(i);
 948     if(track) if(!track->TestBit(kDoneBit)) {
 949       //
 950       // The track exists and has not yet been processed
 951       fCurrent=i;
 952       ipart=track->GetPdgCode();
 953       pmom[0]=track->Px();
 954       pmom[1]=track->Py();
 955       pmom[2]=track->Pz();
 956       e     =track->Energy();
 957       vpos[0]=track->Vx();
 958       vpos[1]=track->Vy();
 959       vpos[2]=track->Vz();
 960       track->GetPolarisation(pol);
 961       polar[0]=pol.X();
 962       polar[1]=pol.Y();
 963       polar[2]=pol.Z();
 964       tof=track->T();
 965       track->SetBit(kDoneBit);
 966       break;
 967     }
 968   }
 969   mtrack=fCurrent;
 970   //
 971   // stop and start timer when we start a primary track
 972   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 973   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 974   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 975     fTimer.Stop();
 976     track=(TParticle*) fParticleMap->At(fCurrent+1);
 977     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 978   }
 979   fTimer.Start();
 980 }
 981
 982 //_____________________________________________________________________________
 983 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 984 {
 985   //
 986   // return number of primary that has generated track
 987   //
 988   int current, parent;
 989   TParticle *part;
 990   //
 991   parent=track;
 992   while (1) {
 993     current=parent;
 994     part = (TParticle *)fParticleMap->At(current);
 995     parent=part->GetFirstMother();
 996     if(parent<0) return current;
 997   }
 998 }
 999
1000 //_____________________________________________________________________________
1001 void AliRun::InitMC(const char *setup)
1002 {
1003   //
1004   // Initialize the Alice setup
1005   //
1006
1007   if(fInitDone) {
1008     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
1009     return;
1010   }
1011
1012   OpenBaseFile("recreate");
1013
1014   gROOT->LoadMacro(setup);
1015   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
1016
1017
1018   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
1019
1020   TObject *objfirst, *objlast;
1021
1022   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1023
1024   //
1025   //=================Create Materials and geometry
1026   gMC->Init();
1027
1028   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
1029   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1030
1031    TIter next(fModules);
1032    AliModule *detector;
1033    while((detector = (AliModule*)next())) {
1034       detector->SetTreeAddress();
1035       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
1036
1037       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
1038       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
1039       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
1040       while (objfirst) {
1041         detector->Histograms()->Add(objfirst);
1042         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
1043       }
1044    }
1045    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
1046
1047    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
1048
1049    //Initialise geometry deposition table
1050    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1051    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1052    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1053
1054    //Compute cross-sections
1055    gMC->BuildPhysics();
1056
1057    //Write Geometry object to current file.
1058    fGeometry->Write();
1059
1060    fInitDone = kTRUE;
1061
1062    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
1063
1064    //
1065    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1066    Write();
1067 }
1068
1069 //_____________________________________________________________________________
1070 void AliRun::MediaTable()
1071 {
1072   //
1073   // Built media table to get from the media number to
1074   // the detector id
1075   //
1076   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
1077   //  Int_t ibeg;
1078   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1079   AliModule *det;
1080   //
1081   // For all detectors
1082   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1083     // If detector is defined
1084     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1085         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1086         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1087         // Find max and min material number
1088         if((idt=idtmed[nz])) {
1089           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1090           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1091         }
1092       }
1093       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1094         det->LoMedium() = 0;
1095         det->HiMedium() = 0;
1096       } else {
1097         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1098           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1099                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1100           return;
1101         }
1102         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1103         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1104           (*fImedia)[lz]=kz;
1105         }
1106       }
1107     }
1108   }
1109   //
1110   // Print summary table
1111   printf(" Traking media ranges:\n");
1112   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1113     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1114       ind=i*6+k;
1115       det=(AliModule*)dets[ind];
1116       if(det)
1117         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1118                det->HiMedium());
1119       else
1120         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1121     }
1122     printf("\n");
1123   }
1124 }
1125
1126 //____________________________________________________________________________
1127 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1128 {
1129   //
1130   // Load the event generator
1131   //
1132   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1133 }
1134
1135 //____________________________________________________________________________
1136 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1137 {
1138   //
1139   // Load the event generator
1140   //
1141   if(fGenerator)
1142     if(generator)
1143       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1144               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1145     else
1146       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1147               fGenerator->GetName());
1148   fGenerator = generator;
1149 }
1150
1151 //____________________________________________________________________________
1152 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1153 {
1154   fTransParName = filename;
1155 }
1156
1157 //____________________________________________________________________________
1158 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1159 {
1160   fBaseFileName = *filename;
1161 }
1162
1163 //____________________________________________________________________________
1164 void AliRun::OpenBaseFile(const char *option)
1165 {
1166   if(!strlen(fBaseFileName.Data())) {
1167     const char *filename;
1168     if ((filename=gSystem->Getenv("CONFIG_FILE"))) {
1169       fBaseFileName=filename;
1170     } else {
1171       fBaseFileName="galice.root";
1172     }
1173   }
1174   TFile *rootfile = new TFile(fBaseFileName.Data(),option);
1175   rootfile->SetCompressionLevel(2);
1176 }
1177
1178 //____________________________________________________________________________
1179 void AliRun::ReadTransPar()
1180 {
1181   //
1182   // Read filename to set the transport parameters
1183   //
1184
1185
1186   const Int_t kncuts=10;
1187   const Int_t knflags=11;
1188   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1189   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1190                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1191                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1192                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1193   char line[256];
1194   char detName[7];
1195   char* filtmp;
1196   Float_t cut[kncuts];
1197   Int_t flag[knflags];
1198   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1199   FILE *lun;
1200   //
1201   // See whether the file is there
1202   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1203   lun=fopen(filtmp,"r");
1204   delete [] filtmp;
1205   if(!lun) {
1206     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1207     return;
1208   }
1209   //
1210   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1211   printf(" *%59s\n","*");
1212   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1213   printf(" *%59s\n","*");
1214   //
1215   while(1) {
1216     // Initialise cuts and flags
1217     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1218     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1219     itmed=0;
1220     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1221     // Read up to the end of line excluded
1222     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1223     if(iret<0) {
1224       //End of file
1225       fclose(lun);
1226       printf(" *%59s\n","*");
1227       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1228       return;
1229     }
1230     // Read the end of line
1231     fscanf(lun,"%*c");
1232     if(!iret) continue;
1233     if(line[0]=='*') continue;
1234     // Read the numbers
1235     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1236                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1237                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1238                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1239     if(!iret) continue;
1240     if(iret<0) {
1241       //reading error
1242       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1243       continue;
1244     }
1245     // Check that the module exist
1246     AliModule *mod = GetModule(detName);
1247     if(mod) {
1248       // Get the array of media numbers
1249       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1250       // Check that the tracking medium code is valid
1251       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1252         ktmed=idtmed[itmed];
1253         if(!ktmed) {
1254           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1255           continue;
1256         }
1257         // Set energy thresholds
1258         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1259           if(cut[kz]>=0) {
1260             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1261                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1262             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1263           }
1264         }
1265         // Set transport mechanisms
1266         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1267           if(flag[kz]>=0) {
1268             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1269                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1270             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1271           }
1272         }
1273       } else {
1274         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1275         continue;
1276       }
1277     } else {
1278       Warning("ReadTransPar","Module %s not present\n",detName);
1279       continue;
1280     }
1281   }
1282 }
1283
1284 //_____________________________________________________________________________
1285 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, void* address, Int_t size, char *file)
1286 {
1287     if (GetDebug()>1)
1288         printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1289
1290     TBranch *branch = tree->Branch(name,address,size);
1291
1292     if (file) {
1293         TDirectory *cwd = gDirectory;
1294         branch->SetFile(file);
1295         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1296         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1297            branch->SetFile(file);
1298         }
1299         if (GetDebug()>1)
1300             printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1301         cwd->cd();
1302     }
1303 }
1304
1305 //_____________________________________________________________________________
1306 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, const char *classname, void* address, Int_t size, Int_t splitlevel, char *file)
1307 {
1308     TDirectory *cwd = gDirectory;
1309     TBranch *branch = tree->Branch(name,classname,address,size,splitlevel);
1310     if (GetDebug()>1)
1311       printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1312     if (file) {
1313         branch->SetFile(file);
1314         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1315         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1316            branch->SetFile(file);
1317         }
1318        if (GetDebug()>1)
1319            printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1320         cwd->cd();
1321     }
1322 }
1323 //_____________________________________________________________________________
1324 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, char *file)
1325 {
1326   //
1327   //  Create the ROOT trees
1328   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1329   //
1330
1331   char hname[30];
1332   //
1333   // Analyse options
1334   char *oK = strstr(option,"K");
1335   char *oH = strstr(option,"H");
1336   char *oE = strstr(option,"E");
1337   char *oD = strstr(option,"D");
1338   char *oR = strstr(option,"R");
1339   char *oS = strstr(option,"S");
1340   //
1341
1342   if (oK && !fTreeK) {
1343     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1344     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1345     //  Create a branch for particles
1346     MakeBranchInTree(fTreeK,
1347                      "Particles", "TParticle", &fParticleBuffer, 4000, 1, file) ;
1348     fTreeK->Write();
1349   }
1350   if (oH && !fTreeH) {
1351     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1352     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1353     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1354     fTreeH->Write();
1355   }
1356   if (oD && !fTreeD) {
1357     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1358     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1359     fTreeD->Write();
1360   }
1361   if (oS && !fTreeS) {
1362     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1363     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1364     fTreeS->Write();
1365   }
1366   if (oR && !fTreeR) {
1367     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1368     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1369     fTreeR->Write();
1370   }
1371   if (oE && !fTreeE) {
1372     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1373     //  Create a branch for Header
1374     MakeBranchInTree(fTreeE,
1375                      "Header", "AliHeader", &gAliHeader, 4000, 1, file) ;
1376     fTreeE->Write();
1377   }
1378
1379   //
1380   // Create a branch for hits/digits for each detector
1381   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1382   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1383   TIter next(fModules);
1384   AliModule *detector;
1385   while((detector = (AliModule*)next())) {
1386      if (oH || oR) detector->MakeBranch(option,file);
1387   }
1388 }
1389
1390 //_____________________________________________________________________________
1391 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1392 {
1393   //
1394   // PurifyKine with external parameters
1395   //
1396   fHgwmk = lastSavedTrack;
1397   fNtrack = nofTracks;
1398   PurifyKine();
1399   return fHgwmk;
1400 }
1401
1402 //_____________________________________________________________________________
1403 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1404 {
1405   if(!(*fParticleMap)[i]) {
1406     Int_t nentries = fParticles->GetEntries();
1407     fTreeK->GetEntry(fParticleFileMap[i]);
1408     new ((*fParticles)[nentries]) TParticle(*fParticleBuffer);
1409     fParticleMap->AddAt((*fParticles)[nentries],i);
1410   }
1411   return (TParticle *) (*fParticleMap)[i];
1412 }
1413
1414 //_____________________________________________________________________________
1415 void AliRun::PurifyKine()
1416 {
1417   //
1418   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1419   // and renaming the particle id's in all the hits
1420   //
1421   //  TClonesArray &particles = *fParticles;
1422   TObjArray &particles = *fParticleMap;
1423   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1424   TParticle *part, *father;
1425   TArrayI map(particles.GetLast()+1);
1426
1427   // Save in Header total number of tracks before compression
1428   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1429
1430   // If no tracks generated return now
1431   if(fHgwmk+1 == fNtrack) return;
1432
1433   Int_t toshrink = fNtrack-fHgwmk-1;
1434
1435   // First pass, invalid Daughter information
1436   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1437     // Preset map, to be removed later
1438     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ;
1439     else {
1440       map[i] = -99;
1441       //      particles.UncheckedAt(i)->ResetBit(kDaughtersBit);
1442       if((part=(TParticle*) particles.At(i))) part->ResetBit(kDaughtersBit);
1443     }
1444   }
1445   // Invalid daughter information for the parent of the first particle
1446   // generated. This may or may not be the current primary according to
1447   // whether decays have been recorded among the primaries
1448   part = (TParticle *)particles.At(fHgwmk+1);
1449   particles.At(part->GetFirstMother())->ResetBit(kDaughtersBit);
1450   // Second pass, build map between old and new numbering
1451   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1452     if(particles.At(i)->TestBit(kKeepBit)) {
1453
1454       // This particle has to be kept
1455       map[i]=nkeep;
1456       // If old and new are different, have to move the pointer
1457       if(i!=nkeep) particles[nkeep]=particles.At(i);
1458       part = (TParticle*) particles.At(nkeep);
1459
1460       // as the parent is always *before*, it must be already
1461       // in place. This is what we are checking anyway!
1462       if((parent=part->GetFirstMother())>fHgwmk)
1463         if(map[parent]==-99) Fatal("PurifyKine","map[%d] = -99!\n",parent);
1464         else part->SetFirstMother(map[parent]);
1465
1466       nkeep++;
1467     }
1468   }
1469
1470   // Fix daughters information
1471   for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; i++) {
1472     part = (TParticle *)particles.At(i);
1473     parent = part->GetFirstMother();
1474     if(parent>=0) {
1475       father = (TParticle *)particles.At(parent);
1476       if(father->TestBit(kDaughtersBit)) {
1477
1478         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1479         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1480       } else {
1481         // Initialise daughters info for first pass
1482         father->SetFirstDaughter(i);
1483         father->SetLastDaughter(i);
1484         father->SetBit(kDaughtersBit);
1485       }
1486     }
1487   }
1488
1489   // Now loop on all registered hit lists
1490   TIter next(fHitLists);
1491   TCollection *hitList;
1492   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1493     TIter nexthit(hitList);
1494     AliHit *hit;
1495     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1496       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1497     }
1498   }
1499
1500   //
1501   // This for detectors which have a special mapping mechanism
1502   // for hits, such as TPC and TRD
1503   //
1504
1505    TIter nextmod(fModules);
1506    AliModule *detector;
1507    while((detector = (AliModule*)nextmod())) {
1508      detector->RemapTrackHitIDs(map.GetArray());
1509    }
1510
1511    // Now the output bit, from fHgwmk to nkeep we write everything and we erase
1512    if(nkeep>fParticleFileMap.GetSize()) fParticleFileMap.Set(Int_t (nkeep*1.5));
1513
1514
1515    for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; ++i) {
1516      fParticleBuffer = (TParticle*) particles.At(i);
1517      fParticleFileMap[i]=(Int_t) fTreeK->GetEntries();
1518      fTreeK->Fill();
1519      particles[i]=0;
1520    }
1521
1522    for (i=nkeep; i<fNtrack; ++i) particles[i]=0;
1523
1524    fLoadPoint-=toshrink;
1525    for(i=fLoadPoint; i<fLoadPoint+toshrink; ++i) fParticles->RemoveAt(i);
1526
1527    fNtrack=nkeep;
1528    fHgwmk=nkeep-1;
1529    //   delete [] map;
1530 }
1531
1532 //_____________________________________________________________________________
1533 void AliRun::BeginEvent()
1534 {
1535   //
1536   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1537   //
1538   char hname[30];
1539   //
1540
1541   //
1542   if(fLego) {
1543     fLego->BeginEvent();
1544     return;
1545   }
1546
1547   //
1548   ResetStack();
1549   ResetHits();
1550   ResetDigits();
1551   ResetSDigits();
1552
1553   // Initialise event header
1554   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1555
1556   if(fTreeK) {
1557     fTreeK->Reset();
1558     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1559     fTreeK->SetName(hname);
1560   }
1561   if(fTreeH) {
1562     fTreeH->Reset();
1563     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1564     fTreeH->SetName(hname);
1565   }
1566   if(fTreeD) {
1567     fTreeD->Reset();
1568     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1569     fTreeD->SetName(hname);
1570   }
1571   if(fTreeS) {
1572     fTreeS->Reset();
1573     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1574     fTreeS->SetName(hname);
1575   }
1576   if(fTreeR) {
1577     fTreeR->Reset();
1578     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1579     fTreeR->SetName(hname);
1580   }
1581 }
1582 //_____________________________________________________________________________
1583 void AliRun::ResetDigits()
1584 {
1585   //
1586   //  Reset all Detectors digits
1587   //
1588   TIter next(fModules);
1589   AliModule *detector;
1590   while((detector = (AliModule*)next())) {
1591      detector->ResetDigits();
1592   }
1593 }
1594
1595 //_____________________________________________________________________________
1596 void AliRun::ResetSDigits()
1597 {
1598   //
1599   //  Reset all Detectors digits
1600   //
1601   TIter next(fModules);
1602   AliModule *detector;
1603   while((detector = (AliModule*)next())) {
1604      detector->ResetSDigits();
1605   }
1606 }
1607
1608 //_____________________________________________________________________________
1609 void AliRun::ResetHits()
1610 {
1611   //
1612   //  Reset all Detectors hits
1613   //
1614   TIter next(fModules);
1615   AliModule *detector;
1616   while((detector = (AliModule*)next())) {
1617      detector->ResetHits();
1618   }
1619 }
1620
1621 //_____________________________________________________________________________
1622 void AliRun::ResetPoints()
1623 {
1624   //
1625   // Reset all Detectors points
1626   //
1627   TIter next(fModules);
1628   AliModule *detector;
1629   while((detector = (AliModule*)next())) {
1630      detector->ResetPoints();
1631   }
1632 }
1633
1634 //_____________________________________________________________________________
1635 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1636 {
1637   //
1638   // Main function to be called to process a galice run
1639   // example
1640   //    Root > gAlice.Run();
1641   // a positive number of events will cause the finish routine
1642   // to be called
1643   //
1644
1645   // check if initialisation has been done
1646   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1647
1648   // Create the Root Tree with one branch per detector
1649
1650   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1651     MakeTree("E");
1652     MakeTree("K","Kine.root");
1653     MakeTree("H","Hits.root");
1654     MakeTree("R","Reco.root");
1655   } else {
1656     MakeTree("EKHR");
1657   }
1658
1659   gMC->ProcessRun(nevent);
1660
1661   // End of this run, close files
1662   if(nevent>0) FinishRun();
1663 }
1664
1665 //_____________________________________________________________________________
1666
1667 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1668 {
1669    Hits2SDigits(selected);
1670    SDigits2Digits(selected);
1671 }
1672
1673 //_____________________________________________________________________________
1674
1675 void AliRun::Hits2SDigits(const char *selected)
1676 {
1677   //
1678   // Main function to be called to convert hits to digits.
1679
1680    gAlice->GetEvent(0);
1681
1682    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1683
1684    TIter next(detectors);
1685
1686    AliDetector *detector;
1687
1688    TDirectory *cwd = gDirectory;
1689
1690    MakeTree("S");
1691
1692    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1693      if (selected) {
1694        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1695      }
1696      if (detector->IsActive()){
1697        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1698          if (GetDebug()>0)
1699              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1700          char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+18];
1701          sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1702          detector->MakeBranch("S",outFile);
1703          delete outFile;
1704        } else {
1705          detector->MakeBranch("S");
1706        }
1707        cwd->cd();
1708        detector->Hits2SDigits();
1709      }
1710    }
1711 }
1712
1713 //_____________________________________________________________________________
1714
1715 void AliRun::SDigits2Digits(const char *selected)
1716 {
1717   //
1718   // Main function to be called to convert hits to digits.
1719
1720    gAlice->GetEvent(0);
1721
1722    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1723
1724    TIter next(detectors);
1725
1726    AliDetector *detector;
1727
1728    TDirectory *cwd = gDirectory;
1729
1730    MakeTree("D");
1731
1732    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1733      if (selected) {
1734        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1735      }
1736      if (detector->IsActive()){
1737        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1738          if (GetDebug()>0)
1739              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1740          char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+16];
1741          sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1742          detector->MakeBranch("D",outFile);
1743          delete outFile;
1744        } else {
1745          detector->MakeBranch("D");
1746        }
1747        cwd->cd();
1748        detector->SDigits2Digits();
1749      }
1750    }
1751 }
1752
1753 //_____________________________________________________________________________
1754 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1755                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1756                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1757 {
1758   //
1759   // Generates lego plots of:
1760   //    - radiation length map phi vs theta
1761   //    - radiation length map phi vs eta
1762   //    - interaction length map
1763   //    - g/cm2 length map
1764   //
1765   //  ntheta    bins in theta, eta
1766   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1767   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1768   //  nphi      bins in phi
1769   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1770   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1771   //  rmin      minimum radius
1772   //  rmax      maximum radius
1773   //
1774   //
1775   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1776   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1777   //
1778   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1779   //Begin_Html
1780   /*
1781     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1782   */
1783   //End_Html
1784   //Begin_Html
1785   /*
1786     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1787   */
1788   //End_Html
1789   //Begin_Html
1790   /*
1791     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1792   */
1793   //End_Html
1794   //
1795
1796   // check if initialisation has been done
1797   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1798   //Save current generator
1799   AliGenerator *gen=Generator();
1800
1801   // Set new generator
1802   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1803   ResetGenerator(gener);
1804   //
1805   // Configure Generator
1806   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1807   gener->SetZMax(zmax);
1808   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1809   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1810
1811
1812   //Create Lego object
1813   fLego = new AliLego("lego",gener);
1814
1815   //Prepare MC for Lego Run
1816   gMC->InitLego();
1817
1818   //Run Lego Object
1819
1820   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1821
1822   // Create only the Root event Tree
1823   MakeTree("E");
1824
1825   // End of this run, close files
1826   FinishRun();
1827   // Restore current generator
1828   ResetGenerator(gen);
1829   // Delete Lego Object
1830   delete fLego; fLego=0;
1831 }
1832
1833 //_____________________________________________________________________________
1834 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1835 {
1836   //
1837   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1838   // the run
1839   //
1840   fConfigFunction=config;
1841 }
1842
1843 //_____________________________________________________________________________
1844 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1845 {
1846   //
1847   // Set current track number
1848   //
1849   fCurrent = track;
1850 }
1851
1852 //_____________________________________________________________________________
1853 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1854                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1855                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1856 {
1857   //
1858   // Load a track on the stack
1859   //
1860   // done     0 if the track has to be transported
1861   //          1 if not
1862   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1863   // pdg    particle code
1864   // pmom     momentum GeV/c
1865   // vpos     position
1866   // polar    polarisation
1867   // tof      time of flight in seconds
1868   // mecha    production mechanism
1869   // ntr      on output the number of the track stored
1870   //
1871   TClonesArray &particles = *fParticles;
1872   TParticle *particle;
1873   Float_t mass;
1874   const Int_t kfirstdaughter=-1;
1875   const Int_t klastdaughter=-1;
1876   const Int_t kS=0;
1877   //  const Float_t tlife=0;
1878
1879   //
1880   // Here we get the static mass
1881   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1882   // if the calculated mass is required
1883   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1884   // used in the MC is not the same of the PDG database
1885   //
1886   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1887   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1888                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1889
1890   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f kS %d m %s\n",
1891   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],kS,mecha);
1892
1893   particle=new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg,kS,parent,-1,kfirstdaughter,
1894                                              klastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1895                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1896   particle->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1897   particle->SetWeight(weight);
1898   particle->SetUniqueID(mech);
1899   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1900   //  Declare that the daughter information is valid
1901   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1902   //  Add the particle to the stack
1903   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1904
1905   if(parent>=0) {
1906     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1907     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1908     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1909   } else {
1910     //
1911     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1912     fHgwmk=fNtrack;
1913     //
1914     // Set also number if primary tracks
1915     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1916     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1917   }
1918   ntr = fNtrack++;
1919
1920 /*
1921   //
1922   // Here we get the static mass
1923   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1924   // if the calculated mass is required
1925   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1926   // used in the MC is not the same of the PDG database
1927   //
1928   Float_t mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1929   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1930                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1931
1932   SetTrack(done, parent, pdg, pmom[0], pmom[1], pmom[2], e,
1933            vpos[0], vpos[1], vpos[2], tof, polar[0],polar[1],polar[2],
1934            mech, ntr, weight);
1935 */
1936 }
1937
1938 //_____________________________________________________________________________
1939 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1940                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1941                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1942                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1943                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1944 {
1945   //
1946   // Load a track on the stack
1947   //
1948   // done        0 if the track has to be transported
1949   //             1 if not
1950   // parent      identifier of the parent track. -1 for a primary
1951   // pdg         particle code
1952   // kS          generation status code
1953   // px, py, pz  momentum GeV/c
1954   // vx, vy, vz  position
1955   // polar       polarisation
1956   // tof         time of flight in seconds
1957   // mech        production mechanism
1958   // ntr         on output the number of the track stored
1959   //
1960   // New method interface:
1961   // arguments were changed to be in correspondence with TParticle
1962   // constructor.
1963   // Note: the energy is not calculated from the static mass but
1964   // it is passed by argument e.
1965
1966   TClonesArray &particles = *fParticles;
1967
1968   const Int_t kS=0;
1969   const Int_t kFirstDaughter=-1;
1970   const Int_t kLastDaughter=-1;
1971
1972   TParticle* particle
1973     = new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg, kS, parent, -1,
1974                                         kFirstDaughter, kLastDaughter,
1975                                         px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof);
1976
1977   particle->SetPolarisation(polx, poly, polz);
1978   particle->SetWeight(weight);
1979   particle->SetUniqueID(mech);
1980
1981   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1982
1983   //  Declare that the daughter information is valid
1984   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1985   //  Add the particle to the stack
1986   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1987
1988   if(parent>=0) {
1989     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1990     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1991     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1992   } else {
1993     //
1994     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1995     fHgwmk=fNtrack;
1996     //
1997     // Set also number if primary tracks
1998     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1999     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2000   }
2001   ntr = fNtrack++;
2002 }
2003
2004 //_____________________________________________________________________________
2005 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
2006 {
2007     //
2008     // Set high water mark for last track in event
2009     fHgwmk=fNtrack-1;
2010     //
2011     // Set also number if primary tracks
2012     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2013     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2014 }
2015
2016 //_____________________________________________________________________________
2017 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
2018 {
2019   //
2020   // flags a track to be kept
2021   //
2022   fParticleMap->At(track)->SetBit(kKeepBit);
2023 }
2024
2025 //_____________________________________________________________________________
2026 void AliRun::StepManager(Int_t id)
2027 {
2028   //
2029   // Called at every step during transport
2030   //
2031
2032   //
2033   // --- If lego option, do it and leave
2034   if (fLego)
2035     fLego->StepManager();
2036   else {
2037     Int_t copy;
2038     //Update energy deposition tables
2039     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
2040
2041     //Call the appropriate stepping routine;
2042     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
2043     if(det) {
2044       fMCQA->StepManager(id);
2045       det->StepManager();
2046     }
2047   }
2048 }
2049
2050 //_____________________________________________________________________________
2051 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
2052 {
2053    // Stream an object of class AliRun.
2054
2055    if (R__b.IsReading()) {
2056       if (!gAlice) gAlice = this;
2057
2058       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
2059       //
2060       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
2061
2062       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
2063       if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &gAliHeader);
2064       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
2065       fTreeE->GetEntry(0);
2066
2067       gRandom = fRandom;
2068    } else {
2069       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
2070    }
2071 }
2072