TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132
 133 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 134 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 135 #include "AliTOFRunParams.h"
 136
 137 //extern TFile *gFile;
 138
 139 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 140
 141 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 142   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 143   fRunLoader(0),
 144   fTOFLoader(0),
 145   fTreeD(0),
 146   fTreeR(0),
 147   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 148   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 149   fNumberOfTofClusters(0),
 150   fVerbose(0),
 151   fDecoderVersion(0),
 152   fTOFcalib(calib),
 153   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 154 {
 155 //
 156 // Constructor
 157 //
 158
 159   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=0x0;
 160
 161   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 162   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 163     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 164   } else {
 165     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 166   }
 167
 168 }
 169
 170 //______________________________________________________________________________
 171
 172 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 173   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 174   fRunLoader(runLoader),
 175   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 176   fTreeD(0),
 177   fTreeR(0),
 178   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 179   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 180   fNumberOfTofClusters(0),
 181   fVerbose(0),
 182   fDecoderVersion(0),
 183   fTOFcalib(calib),
 184   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 185 {
 186 //
 187 // Constructor
 188 //
 189
 190   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=0x0;
 191
 192   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 193   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 194     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 195   } else {
 196     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 197   }
 198
 199 }
 200
 201 //------------------------------------------------------------------------
 202 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source) :
 203   TTask(source),
 204   fRunLoader(0),
 205   fTOFLoader(0),
 206   fTreeD(0),
 207   fTreeR(0),
 208   fDigits(source.fDigits),
 209   fRecPoints(source.fRecPoints),
 210   fNumberOfTofClusters(0),
 211   fVerbose(0),
 212   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 213   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 214   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 215 {
 216   // copy constructor
 217
 218   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=source.fTofClusters[ii];
 219
 220 }
 221
 222 //------------------------------------------------------------------------
 223 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 224 {
 225   // ass. op.
 226
 227   if (this == &source)
 228     return *this;
 229
 230   TTask::operator=(source);
 231   fDigits=source.fDigits;
 232   fRecPoints=source.fRecPoints;
 233   fVerbose=source.fVerbose;
 234   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 235   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 236   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 237   for (Int_t ii=0; ii<kTofMaxCluster; ii++) fTofClusters[ii]=source.fTofClusters[ii];
 238
 239   return *this;
 240
 241 }
 242 //______________________________________________________________________________
 243
 244 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 245 {
 246
 247   //
 248   // Destructor
 249   //
 250
 251   if (fDigits)
 252     {
 253       fDigits->Delete();
 254       delete fDigits;
 255       fDigits=0;
 256     }
 257   if (fRecPoints)
 258     {
 259       fRecPoints->Delete();
 260       delete fRecPoints;
 261       fRecPoints=0;
 262     }
 263
 264   if (fTofClusters || fNumberOfTofClusters) {
 265     for (Int_t ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++)
 266       if (fTofClusters[ii]) fTofClusters[ii]->Delete();
 267     fNumberOfTofClusters=0;
 268    }
 269
 270 }
 271 //______________________________________________________________________________
 272
 273 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 274 {
 275   //
 276   // Converts digits to recpoints for TOF
 277   //
 278
 279   TStopwatch stopwatch;
 280   stopwatch.Start();
 281
 282   Int_t inholes = 0;
 283
 284   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 285
 286   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 287   if (fTreeD == 0x0) {
 288     AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 289     return;
 290   }
 291
 292   fDigits->Clear();
 293   fTreeD->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 294   fTreeD->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 295
 296   ResetRecpoint();
 297
 298   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 299   if (fTreeR == 0x0)
 300     {
 301       fTOFLoader->MakeTree("R");
 302       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 303     }
 304
 305   Int_t bufsize = 32000;
 306   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 307
 308   fTreeD->GetEvent(0);
 309   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 310   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 311
 312   Int_t ii;
 313   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 314   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 315   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 316   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 317     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 318     dig[0]=d->GetSector();
 319     dig[1]=d->GetPlate();
 320     dig[2]=d->GetStrip();
 321     dig[3]=d->GetPadz();
 322     dig[4]=d->GetPadx();
 323
 324     /* check valid index */
 325     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 326
 327     // Do not reconstruct anything in the holes
 328     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 329       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 330         inholes++;
 331         continue;
 332       }
 333     }
 334
 335     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 336
 337     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 338     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 339     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 340     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 341     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 342     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 343     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 344     Double_t posClus[3];
 345     Double_t covClus[6];
 346     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 347     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 348     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 349     InsertCluster(tofCluster);
 350
 351   }
 352
 353   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 354
 355   CalibrateRecPoint();
 356   FillRecPoint();
 357
 358   fTreeR->Fill();
 359   ResetRecpoint();
 360
 361   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 362   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 363
 364   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 365                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 366   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 367
 368 }
 369
 370 //______________________________________________________________________________
 371
 372 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 373 {
 374   //
 375   // Converts digits to recpoints for TOF
 376   //
 377
 378   TStopwatch stopwatch;
 379   stopwatch.Start();
 380
 381   Int_t inholes = 0;
 382
 383   if (digitsTree == 0x0) {
 384     AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 385     return;
 386   }
 387
 388   fDigits->Clear();
 389   digitsTree->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 390   digitsTree->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 391
 392   ResetRecpoint();
 393   Int_t bufsize = 32000;
 394   clusterTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 395
 396   digitsTree->GetEvent(0);
 397   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 398   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 399
 400   Int_t ii;
 401   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 402   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 403   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 404   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 405     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 406     dig[0]=d->GetSector();
 407     dig[1]=d->GetPlate();
 408     dig[2]=d->GetStrip();
 409     dig[3]=d->GetPadz();
 410     dig[4]=d->GetPadx();
 411
 412     /* check valid index */
 413     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 414
 415     // Do not reconstruct anything in the holes
 416     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 417       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 418         inholes++;
 419         continue;
 420       }
 421     }
 422
 423     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 424
 425     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 426     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 427     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 428     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 429     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 430     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 431     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 432
 433     Double_t posClus[3];
 434     Double_t covClus[6];
 435     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 436     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 437     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 438     InsertCluster(tofCluster);
 439
 440   }
 441
 442   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 443
 444   CalibrateRecPoint();
 445   FillRecPoint();
 446
 447   clusterTree->Fill();
 448   ResetRecpoint();
 449
 450   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 451                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 452   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 453
 454 }
 455 //______________________________________________________________________________
 456
 457 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 458                                            TTree *clustersTree)
 459 {
 460   //
 461   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 462   //
 463
 464   TStopwatch stopwatch;
 465   stopwatch.Start();
 466
 467   Int_t inholes = 0;
 468
 469   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 470
 471   ResetRecpoint();
 472
 473   Int_t bufsize = 32000;
 474   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 475
 476   TClonesArray * clonesRawData;
 477   Int_t dummy = -1;
 478
 479   Int_t detectorIndex[5];
 480   Int_t parTOF[7];
 481
 482   ofstream ftxt;
 483   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 484
 485   fTOFRawStream.Clear();
 486   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 487
 488   if (fDecoderVersion == 1) {
 489     AliInfo("Using New Decoder");
 490   }
 491   else if (fDecoderVersion == 2) {
 492     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 493   }
 494   else {
 495     AliInfo("Using Old Decoder");
 496   }
 497
 498   Int_t indexDDL = 0;
 499   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 500
 501     rawReader->Reset();
 502     if (fDecoderVersion == 1) {
 503       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 504     }
 505     else if (fDecoderVersion == 2) {
 506       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 507     }
 508     else  {
 509       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 510     }
 511
 512     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 513
 514     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 515
 516       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 517
 518       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 519       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 520
 521       if (fVerbose==2) {
 522         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 523         else         ftxt << " " << indexDDL;
 524         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 525         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 526         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 527         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 528         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 529         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 530       }
 531
 532       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 533                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 534       dummy = detectorIndex[3];
 535       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 536       detectorIndex[4] = dummy;
 537
 538       if (fVerbose==2) {
 539         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 540         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 541         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 542         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 543         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 544         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 545         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 546         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 547       }
 548
 549     /* check valid index */
 550     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 551
 552       // Do not reconstruct anything in the holes
 553       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 554         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 555           inholes++;
 556           continue;
 557         }
 558       }
 559
 560       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 561       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 562       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 563       parTOF[3] = 0;//raw data: no track of undecalib sim time
 564       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 565       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 566       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 567       Double_t posClus[3];
 568       Double_t covClus[6];
 569       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 570       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 571       Bool_t status=kTRUE;
 572       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 573       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 574       InsertCluster(tofCluster);
 575
 576       if (fVerbose==2) {
 577         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 578         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 579         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 580         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 581         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 582         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 583         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 584       }
 585
 586     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 587
 588     clonesRawData->Clear("C");
 589
 590   } // closed loop on DDL index
 591
 592   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 593
 594   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 595
 596   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 597   FillRecPoint();
 598
 599   clustersTree->Fill();
 600
 601   ResetRecpoint();
 602
 603   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 604                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 605   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 606
 607 }
 608 //______________________________________________________________________________
 609
 610 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 611 {
 612   //
 613   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 614   //
 615
 616   TStopwatch stopwatch;
 617   stopwatch.Start();
 618
 619   Int_t inholes = 0;
 620
 621   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 622
 623   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 624
 625   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 626
 627   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 628
 629   if (fTreeR == 0x0){
 630     fTOFLoader->MakeTree("R");
 631     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 632   }
 633
 634   Int_t bufsize = 32000;
 635   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 636
 637   TClonesArray * clonesRawData;
 638
 639   Int_t dummy = -1;
 640
 641   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 642   Int_t parTOF[7];
 643   ofstream ftxt;
 644   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 645
 646   fTOFRawStream.Clear();
 647   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 648
 649   if (fDecoderVersion == 1) {
 650     AliInfo("Using New Decoder");
 651   }
 652   else if (fDecoderVersion == 2) {
 653     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 654   }
 655   else {
 656     AliInfo("Using Old Decoder");
 657   }
 658
 659   Int_t indexDDL = 0;
 660   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 661
 662     rawReader->Reset();
 663     if (fDecoderVersion == 1) {
 664       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 665     }
 666     else if (fDecoderVersion == 2) {
 667       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 668     }
 669     else {
 670       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 671     }
 672
 673     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 674
 675     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 676
 677       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 678
 679       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 680       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 681
 682       if (fVerbose==2) {
 683         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 684         else         ftxt << " " << indexDDL;
 685         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 686         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 687         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 688         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 689         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 690         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 691       }
 692
 693       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 694                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 695       dummy = detectorIndex[3];
 696       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 697       detectorIndex[4] = dummy;
 698
 699       if (fVerbose==2) {
 700         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 701         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 702         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 703         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 704         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 705         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 706         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 707         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 708       }
 709
 710     /* check valid index */
 711     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 712
 713       // Do not reconstruct anything in the holes
 714       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 715         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 716           inholes++;
 717           continue;
 718         }
 719       }
 720
 721       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 722       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 723       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 724       parTOF[3] = 0; //raw data: no track of the undecalib sim time
 725       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 726       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 727       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 728       Double_t posClus[3];
 729       Double_t covClus[6];
 730       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 731       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 732       Bool_t status=kTRUE;
 733       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 734       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 735       InsertCluster(tofCluster);
 736
 737       if (fVerbose==2) {
 738         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 739         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 740         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 741         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 742         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 743         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 744         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 745       }
 746
 747     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 748
 749     clonesRawData->Clear("C");
 750
 751   } // closed loop on DDL index
 752
 753   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 754
 755   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 756
 757   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 758   FillRecPoint();
 759
 760   fTreeR->Fill();
 761   ResetRecpoint();
 762
 763   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 764   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 765
 766   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 767                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 768   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 769
 770 }
 771 //______________________________________________________________________________
 772
 773 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 774 {
 775   //
 776   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 777   //
 778   //             (temporary solution)
 779   //
 780
 781   TStopwatch stopwatch;
 782   stopwatch.Start();
 783
 784   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 785
 786   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 787
 788   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 789   if (fTreeD)
 790     {
 791     AliInfo("TreeD re-creation");
 792     fTreeD = 0x0;
 793     fTOFLoader->MakeTree("D");
 794     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 795     }
 796
 797   Int_t bufsize = 32000;
 798   fDigits->Clear();
 799   fTreeD->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 800
 801   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 802
 803   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 804
 805   TClonesArray * clonesRawData;
 806
 807   Int_t dummy = -1;
 808
 809   Int_t detectorIndex[5];
 810   Int_t digit[4];
 811
 812   fTOFRawStream.Clear();
 813   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 814
 815   if (fDecoderVersion == 1) {
 816     AliInfo("Using New Decoder");
 817   }
 818   else if (fDecoderVersion == 2) {
 819     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 820   }
 821   else {
 822     AliInfo("Using Old Decoder");
 823   }
 824
 825   Int_t indexDDL = 0;
 826   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 827
 828     rawReader->Reset();
 829     if (fDecoderVersion == 1) {
 830       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 831     }
 832     else if (fDecoderVersion == 2) {
 833       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 834     }
 835     else {
 836       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 837     }
 838
 839     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 840
 841     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 842
 843       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 844
 845       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 846       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 847
 848       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 849                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 850       dummy = detectorIndex[3];
 851       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 852       detectorIndex[4] = dummy;
 853
 854       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 855       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 856       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 857       digit[3] = 0;
 858
 859       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 860
 861       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 862       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 863       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 864
 865     } // while loop
 866
 867     clonesRawData->Clear("C");
 868
 869   } // DDL Loop
 870
 871   fTreeD->Fill();
 872
 873   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 874   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 875
 876   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 877                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 878
 879 }
 880
 881 //______________________________________________________________________________
 882
 883 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 884 {
 885   //
 886   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 887   //
 888   //
 889
 890   TStopwatch stopwatch;
 891   stopwatch.Start();
 892
 893   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 894
 895   if (!digitsTree)
 896     {
 897     AliError("No input digits Tree");
 898     return;
 899     }
 900
 901   Int_t bufsize = 32000;
 902   digitsTree->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 903
 904   TClonesArray * clonesRawData;
 905   Int_t dummy = -1;
 906
 907   Int_t detectorIndex[5];
 908   Int_t digit[4];
 909
 910   fTOFRawStream.Clear();
 911   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 912
 913   if (fDecoderVersion == 1) {
 914     AliInfo("Using New Decoder");
 915   }
 916   else if (fDecoderVersion == 2) {
 917     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 918   }
 919   else {
 920     AliInfo("Using Old Decoder");
 921   }
 922
 923   Int_t indexDDL = 0;
 924   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 925
 926     rawReader->Reset();
 927     if (fDecoderVersion == 1) {
 928       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 929     }
 930     else if (fDecoderVersion == 2) {
 931       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 932     }
 933     else {
 934       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 935     }
 936
 937     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 938
 939     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 940
 941       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 942
 943       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 944       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 945
 946       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 947                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 948       dummy = detectorIndex[3];
 949       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 950       detectorIndex[4] = dummy;
 951
 952       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 953       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 954       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 955       digit[3] = 0;
 956
 957       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 958
 959       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 960       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 961       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 962
 963     } // while loop
 964
 965     clonesRawData->Clear("C");
 966
 967   } // DDL Loop
 968
 969   digitsTree->Fill();
 970
 971   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 972   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 973                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 974
 975 }
 976 //______________________________________________________________________________
 977
 978 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
 979   //---------------------------------------------------------------------------//
 980   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
 981   //---------------------------------------------------------------------------//
 982   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
 983     AliError("Too many clusters !");
 984     return 1;
 985   }
 986
 987   if (fNumberOfTofClusters==0) {
 988     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
 989     return 0;
 990   }
 991
 992   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
 993   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
 994   fTofClusters[ii] = tofCluster;
 995   fNumberOfTofClusters++;
 996
 997   return 0;
 998
 999 }
1000 //_________________________________________________________________________
1001
1002 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
1003   //--------------------------------------------------------------------
1004   // This function returns the index of the nearest cluster in z
1005   //--------------------------------------------------------------------
1006   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
1007   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
1008   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
1009   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
1010   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
1011     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
1012     else e=m;
1013   }
1014
1015   return m;
1016
1017 }
1018 //_________________________________________________________________________
1019
1020 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
1021 {
1022   //
1023   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1024   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1025   // i.e. fRecPoints.
1026   //
1027
1028   Int_t ii, jj;
1029
1030   Int_t detectorIndex[5];
1031   Int_t parTOF[7];
1032   Int_t trackLabels[3];
1033   Int_t digitIndex = -1;
1034   Bool_t status=kTRUE;
1035
1036   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
1037
1038   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1039
1040     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1041     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1042     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1043     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1044     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1045     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1046     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1047     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1048     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1049     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1050     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1051     Double_t posClus[3];
1052     Double_t covClus[6];
1053     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1054     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1055     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1056
1057     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1058                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1059                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1060                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1061                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1062                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1063                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1064                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1065                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1066                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1067                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1068                      status, digitIndex));
1069
1070   } // loop on clusters
1071
1072 }
1073
1074 //_________________________________________________________________________
1075
1076 /*
1077  * OLD CALIBRATE REC POINTS FUNCTION
1078  */
1079
1080 #if 0
1081 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1082 {
1083   //
1084   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1085   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1086   // i.e. fRecPoints.
1087   //
1088
1089   Int_t ii, jj;
1090
1091   Int_t detectorIndex[5];
1092   Int_t digitIndex = -1;
1093   Double_t tToT;
1094   Double_t timeCorr;
1095   Int_t   tdcCorr;
1096   Float_t tdcLatencyWindow;
1097   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1098
1099   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1100   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1101   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1102
1103   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1104   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1105   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1106   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1107   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1108   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1109
1110   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1111   Int_t calibration = -1;
1112   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1113     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1114     calibration = 1;
1115   } else {
1116     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1117     calibration = 0 ;
1118   }
1119
1120   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1121     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1122     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1123
1124     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1125
1126     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1127     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1128     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1129     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1130     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1131
1132     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1133
1134     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1135     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1136       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1137       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1138     }
1139     else {
1140       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1141     }
1142     // Get Rough channel online equalization
1143     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1144     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1145     // Get Refined channel offline calibration parameters
1146     if (calibration ==1){
1147       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1148       Double_t par[6];
1149       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1150         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1151      }
1152       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1153       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1154       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1155       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1156
1157       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1158       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1159       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1160
1161       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1162       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1163     }
1164     else {
1165       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1166     }
1167     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1168     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1169     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1170     timeCorr*=1.E3;
1171     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1172
1173     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1174      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1175      * is in ps.
1176      *
1177      * the following corrections are performed in this way:
1178      *
1179      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1180      *
1181      */
1182
1183     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1184     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1185     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1186     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1187     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1188
1189     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1190     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1191     /* L0L1-latency correction */
1192     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1193     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1194     timeCorr += ctpLatency;
1195     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1196     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1197     /* T0 correction (from OCDB) */
1198     timeCorr -= t0;
1199
1200     /*
1201      * end of furhter corrections
1202      */
1203
1204     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1205     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1206   } // loop on clusters
1207
1208 }
1209 #endif
1210
1211 //_________________________________________________________________________
1212
1213 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1214 {
1215   //
1216   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1217   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1218   // i.e. fRecPoints.
1219   //
1220
1221   Int_t detectorIndex[5];
1222   Double_t time, tot, corr;
1223   Int_t deltaBC, l0l1, tdcBin;
1224   for (Int_t ii = 0; ii < fNumberOfTofClusters; ii++) {
1225     for(Int_t jj = 0; jj < 5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1226
1227     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1228
1229     /* check channel enabled */
1230     if (!fTOFcalib->IsChannelEnabled(index)) fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE);
1231
1232     /* get cluster info */
1233     time = fTofClusters[ii]->GetTDC() * AliTOFGeometry::TdcBinWidth(); /* ps */
1234     tot = fTofClusters[ii]->GetToT() * AliTOFGeometry::ToTBinWidth() * 1.e-3; /* ns */
1235     deltaBC = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();
1236     l0l1 = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();
1237
1238     /* get correction */
1239     corr = fTOFcalib->GetTimeCorrection(index, tot, deltaBC, l0l1, timestamp); /* ps */
1240     AliDebug(2, Form("calibrate index %d: time=%f (ps) tot=%f (ns) deltaBC=%d l0l1=%d timestamp=%d corr=%f (ps)", index, time, tot, deltaBC, l0l1, timestamp, corr));
1241
1242     /* apply time correction */
1243     time -= corr;
1244
1245     /* convert in TDC bins and set cluster */
1246     //tdcBin = (Int_t)(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1247     tdcBin = TMath::Nint(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1248     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcBin);
1249
1250   } // loop on clusters
1251
1252 }
1253
1254 //______________________________________________________________________________
1255
1256 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1257 {
1258   //
1259   // Clear the list of reconstructed points
1260   //
1261
1262   fNumberOfTofClusters = 0;
1263   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1264
1265 }
1266 //______________________________________________________________________________
1267
1268 void AliTOFClusterFinder::Load()
1269 {
1270   //
1271   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1272   //
1273
1274   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1275   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1276
1277 }
1278 //______________________________________________________________________________
1279
1280 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1281 {
1282   //
1283   // Load TOF.RecPoints.root file
1284   //
1285
1286   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1287
1288 }
1289 //______________________________________________________________________________
1290
1291 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1292 {
1293   //
1294   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1295   //
1296
1297   fTOFLoader->UnloadDigits();
1298   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1299
1300 }
1301 //______________________________________________________________________________
1302
1303 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1304 {
1305   //
1306   // Unload TOF.RecPoints.root file
1307   //
1308
1309   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1310
1311 }
1312 //-------------------------------------------------------------------------
1313 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1314
1315   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1316   //
1317   // Detector numbering scheme
1318   Int_t nSector = 18;
1319   Int_t nPlate  = 5;
1320   Int_t nStripA = 15;
1321   Int_t nStripB = 19;
1322   Int_t nStripC = 19;
1323
1324   Int_t isector =ind[0];
1325   if (isector >= nSector)
1326     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1327   Int_t iplate = ind[1];
1328   if (iplate >= nPlate)
1329     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1330   Int_t istrip = ind[2];
1331
1332   Int_t stripOffset = 0;
1333   switch (iplate) {
1334   case 0:
1335     stripOffset = 0;
1336     break;
1337   case 1:
1338     stripOffset = nStripC;
1339     break;
1340   case 2:
1341     stripOffset = nStripC+nStripB;
1342     break;
1343   case 3:
1344     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1345     break;
1346   case 4:
1347     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1348     break;
1349   default:
1350     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1351     break;
1352   };
1353
1354   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1355                stripOffset +
1356                istrip;
1357
1358   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1359   return volIndex;
1360 }
1361 //
1362 //-------------------------------------------------------------------------
1363 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1364
1365   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1366   //
1367   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1368   //
1369   //
1370   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1371   //
1372   //
1373   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1374   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1375   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1376   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1377
1378   // -----------------------------------------------------   |
1379   // x <-----------------------------------------------------
1380
1381   /*
1382   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1383   Float_t localY = 0;
1384   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1385   */
1386   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1387   Float_t localY = 0;
1388   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1389   //move to the tracking ref system
1390
1391   Double_t lpos[3];
1392   lpos[0] = localX;
1393   lpos[1] = localY;
1394   lpos[2] = localZ;
1395
1396   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1397   // Get The position in the track ref system
1398   Double_t tpos[3];
1399   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1400   pos[0] = tpos[0];
1401   pos[1] = tpos[1];
1402   pos[2] = tpos[2];
1403
1404   //Get The cluster covariance in the track ref system
1405   Double_t lcov[9];
1406
1407   //cluster covariance in the local system:
1408   // sx2   0   0
1409   // 0     0   0
1410   // 0     0   sz2
1411
1412   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1413   lcov[1] = 0;
1414   lcov[2] = 0;
1415   lcov[3] = 0;
1416   lcov[4] = 0;
1417   lcov[5] = 0;
1418   lcov[6] = 0;
1419   lcov[7] = 0;
1420   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1421
1422   //cluster covariance in the tracking system:
1423   TGeoHMatrix m;
1424   m.SetRotation(lcov);
1425   m.Multiply(l2t);
1426   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1427   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1428   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1429   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1430   cov[5] = tcov[8];
1431
1432   return;
1433
1434 }