TPC/Upgrade/macros/spaceChargeFluctuation.sh

   1 #
   2 # shell scipt to
   3 #
   4 # argument 1 -  path to the aliroot iinitialization script
   5 # argument 2 -  action argument
   6 #               see   $ALICE_ROOT/TPC/Upgrade/macros/spaceChargeFluctuation.C
   7 #                if (mode==0) GenerateMapRawIons(arg0);
   8 #                if (mode==1) DoMerge();
   9 #                if (mode==2) spaceChargeFluctuationToyMC(arg0,arg1);
  10 # argument 3 -  according the C++ code
  11 export flucPath=$HOME/AliRoot/TPCdev/TPC/Upgrade/macros
  12
  13 source $1
  14 aliroot -b -q $HOME/NimStyle.C $ALICE_ROOT/TPC/Upgrade/macros/spaceChargeFluctuation.C+\($2,$3,$4,$5\)
  15 exit;
  16
  17
  18 #
  19 #Example usage hera (here we have 1000 nodes, but no acces to user disk)
  20 # (to install aliroot on hera, the best is to use the rsync)
  21 # jobs to be submitted form the lxsub0x
  22 export baliceTPC=/hera/alice/miranov/.baliceHera
  23 export flucPath=$HOME/AliRoot/TPCdev/TPC/Upgrade/macros/
  24 export batchCommand="qsub -cwd -l h_rt=24:0:0,h_rss=4G  "
  25 #
  26 #
  27 # Example usage local
  28 # jobs to be submitted form the lxb1001 or lxb1002
  29 #(here we have 80 nodes and user disk)
  30 #
  31 export baliceTPC=/u/miranov/.baliceTPC
  32 export flucPath=$HOME/AliRoot/TPCdev/TPC/Upgrade/macros/
  33 export batchCommand="qsub -cwd   "
  34 #
  35 # 0.) sumbmit jobs to process raw data and accumlate space charge
  36 #
  37 #
  38 prefix="/hera/alice/local/filtered/alice/data/"
  39 wdir=`pwd`
  40 for a in `tail -n 1900  rawAll.list`; do
  41     dname=`echo $a| sed s_"$prefix"__g| sed s_"/"_"\_"_g  | sed s_".root"__`
  42     echo $a $dname
  43     mkdir $wdir/$dname
  44     cd $wdir/$dname
  45     ln -sf $a raw.root
  46     $batchCommand    -o  filter.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  0  0 0
  47     cd $wdir
  48 done;
  49 #
  50 # 1.) submit merging jobs example
  51 #
  52 ls `pwd`/*/histo.root | grep -v dirmerge  > histo.list
  53 wdir=`pwd`
  54 split -l 50 -d  histo.list merge
  55 for a in `ls merge*`; do
  56     mkdir dir$a
  57     mv $a dir$a/histo.list
  58 done;
  59
  60 wdir=`pwd`
  61 for a in `ls -d dirmerge*`; do
  62     cd $wdir/$a
  63     $batchCommand    -o  filter.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  1  1 0
  64     cd $wdir
  65 done;
  66
  67
  68 #
  69 # 3.)  submit fluctuation code analysis
  70 #
  71
  72
  73 wdir=`pwd`
  74 for a in `ls -d dirmerge*`; do
  75     cd $wdir/$a
  76     $batchCommand    -o  filter.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  3  1000  10
  77     cd $wdir
  78 done;
  79
  80
  81 #
  82 # 4.)  submit fluctuation code dist scan
  83 #
  84 rm dir*/SpaceCharg*root
  85 rm dir*/filter*.log
  86 rm dir*/*.sh.e*
  87
  88 wdir=`pwd`
  89 for a in `ls -d dirmerge* | grep -v dirmergeAll`; do
  90     cd $wdir/$a
  91     $batchCommand    -o  filterFluc0.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 0 0
  92     $batchCommand    -o  filterFlucP.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 0 1
  93     $batchCommand    -o  filterFlucM.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 0 2
  94     cd $wdir
  95 done;
  96
  97 wdir=`pwd`
  98 ls $wdir/dirmerge*/fluct*.root| grep -v mergeAll >  $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list
  99 cd $wdir/dirmergeAll
 100 rm dir*/SpaceCharg*root
 101 rm dir*/filter*.log
 102 rm dir*/*.sh.e*
 103
 104 for idir in {0..100}; do
 105 mkdir $wdir/dirmergeAll/dir$idir
 106 cd  $wdir/dirmergeAll/dir$idir
 107 cp $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list $wdir/dirmergeAll/dir$idir/
 108 for i in {0..14..2} ; do
 109    $batchCommand    -o  filterFluc0$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 $i 0
 110    $batchCommand    -o  filterFlucP$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 $i 1
 111    $batchCommand    -o  filterFlucM$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 $i 2
 112 done;
 113 cd $wdir
 114 done
 115
 116 #
 117 # 4.b) submit the code for the epsilon scan
 118 #
 119 #example directory
 120 cd /hera/alice/miranov/SpaceCharge/Fluctuations/PbPbWithGain
 121 wdir=`pwd`
 122
 123 ls $wdir/dirmerge*/fluct*.root| grep -v mergeAll >  $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list
 124 cd $wdir/dirmergeAll
 125 for epsilon in {5,10,20}; do
 126    #create and clean  directories for epsilon
 127    mkdirhier  $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon
 128    rm -rf $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/*
 129    cp $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list  $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/
 130 done;
 131 #submit epsilon scan jobs
 132 for epsilon in {5,10,20}; do         # loop over epsilons
 133     for idir in {0..40}; do         # loop  create different random  ion pileup frames
 134        mkdir $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/dir$idir
 135        cd  $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/dir$idir
 136        cp $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/dir$idir/
 137        for i in {0..14..2} ; do         # specify differnt mulitpliicty of ions in pilepy frame run B0, B+, B-
 138           scaling=$(($epsilon/5))
 139           $batchCommand    -o  filterFluc0$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  $scaling $i 0
 140           $batchCommand    -o  filterFlucP$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  $scaling $i 1
 141           $batchCommand    -o  filterFlucM$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  $scaling $i 2
 142        done;
 143        cd $wdir
 144     done;
 145 done;
 146
 147
 148
 149
 150 #
 151 # 5.)  submit drawing jobs
 152 #
 153 wdir=`pwd`
 154 for a in `ls -d dirmerge*`; do
 155     cd $wdir/$a
 156     $batchCommand    -o  filterFluc.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  5  0 10000
 157     cd $wdir
 158 done;
 159
 160
 161
 162 #
 163 # 6.) make chain files
 164 #
 165 for i in 0  2 4 6 8 10 12 14 ; do
 166    ls `pwd`/dir*/SpaceChargeTrackFluc$i\_1.root > track$i\_1.list
 167    ls `pwd`/dir*/SpaceChargeTrackFluc$i\_0.root > track$i\_0.list
 168 done;