TRD/AliTRDalignment.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // An AliTRDalignment object contains the alignment data (3 shifts and 3     //
  20 // tilts) for all the alignable volumes of the TRD, i.e. for 18 supermodules //
  21 // and 540 chambers. The class provides simple tools for reading and writing //
  22 // these data in different formats, and for generating fake data that can be //
  23 // used to simulate misalignment.                                            //
  24 // The six alignment variables have the following meaning:                   //
  25 // shift in rphi                                                             //
  26 // shift in z                                                                //
  27 // shift in r                                                                //
  28 // tilt around rphi                                                          //
  29 // tilt around z                                                             //
  30 // tilt around r                                                             //
  31 // The shifts are in cm and the tilts are in degrees.                        //
  32 // The currently supported formats are:                                      //
  33 // - ascii                                                                   //
  34 // - root file containing a TClonesArray of alignment objects                //
  35 // - offline conditions database                                             //
  36 // - OCDB-like root file                                                     //
  37 // - geometry file (like misaligned_geometry.root)                           //
  38 //                                                                           //
  39 // Some examples of usage (in an aliroot session):                           //
  40 // AliTRDalignment a,b,c,d,e;                                                //
  41 // double xsm[]={0,0,0,-70,0,0};                                             //
  42 // double xch[]={0,0,-50,0,0,0};                                             //
  43 // a.SetSm(4,xsm);                                                           //
  44 // a.SetCh(120,xch);                                                         //
  45 // a.WriteAscii("kuku.dat");                                                 //
  46 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteRoot("kuku.root");           //
  47 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteDB("kukudb.root",0,0);       //
  48 // TGeoManager::Import("geometry.root");                                     //
  49 // a.WriteDB("local://$ALICE_ROOT/OCDB", "TRD/Align/Data", 0,0);                  //
  50 // TGeoManager::Import("geometry.root"); a.WriteGeo("kukugeometry.root");    //
  51 //                                                                           //
  52 // b.ReadAscii("kuku.dat");                                                  //
  53 // TGeoManager::Import("geometry.root"); c.ReadRoot("kuku.root");            //
  54 // TGeoManager::Import("geometry.root"); d.ReadDB("kukudb.root");            //
  55 // TGeoManager::Import("kukugeometry.root"); e.ReadCurrentGeo();             //
  56 //                                                                           //
  57 // e.PrintSm(4);                                                             //
  58 // e.PrintCh(120);                                                           //
  59 // a.PrintRMS();                                                             //
  60 // b.PrintRMS();                                                             //
  61 // e.PrintRMS();                                                             //
  62 //                                                                           //
  63 //                                                                           //
  64 // D.Miskowiec, November 2006                                                //
  65 //                                                                           //
  66 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  67
  68 #include <iostream>
  69 #include <fstream>
  70
  71 #include "TMath.h"
  72 #include "TFile.h"
  73 #include "TGeoManager.h"
  74 #include "TGeoPhysicalNode.h"
  75 #include "TClonesArray.h"
  76 #include "TString.h"
  77 #include "TFitter.h"
  78 #include "TMinuit.h"
  79
  80 #include "AliLog.h"
  81 #include "AliAlignObj.h"
  82 #include "AliAlignObjParams.h"
  83 #include "AliCDBManager.h"
  84 #include "AliCDBStorage.h"
  85 #include "AliCDBMetaData.h"
  86 #include "AliCDBEntry.h"
  87 #include "AliSurveyObj.h"
  88 #include "AliSurveyPoint.h"
  89
  90 #include "AliTRDalignment.h"
  91
  92 void trdAlignmentFcn(Int_t &npar, Double_t *gin, Double_t &f, Double_t *x, Int_t iflag);
  93
  94 ClassImp(AliTRDalignment)
  95
  96 //_____________________________________________________________________________
  97 AliTRDalignment::AliTRDalignment()
  98   :TObject()
  99   ,fComment()
 100   ,fRan(0)
 101 {
 102   //
 103   // constructor
 104   //
 105
 106   SetZero();
 107
 108   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 109     fSurveyX[i][j][k][l] = 0.0;
 110     fSurveyY[i][j][k][l] = 0.0;
 111     fSurveyZ[i][j][k][l] = 0.0;
 112     fSurveyEX[i][j][k][l] = 0.0;
 113     fSurveyEY[i][j][k][l] = 0.0;
 114     fSurveyEZ[i][j][k][l] = 0.0;
 115   }
 116
 117   // Initialize the nominal positions of the survey points
 118   // in the local frame of supermodule (where y is the long side,
 119   // z corresponds to the radius in lab, and x to the phi in lab).
 120   // Four survey marks are on each z-side of the supermodule.
 121   //               A           B
 122   //           ----o-----------o----        x |
 123   //           \                   /          |
 124   //            \                 /           |
 125   //             \               /            |
 126   //              \             /             |
 127   //               ---o-----o---              -------------->
 128   //                  C     D                              y
 129   //
 130   // For the purpose of this explanation lets define the origin such that
 131   // the supermodule occupies 0 < x < 77.9 cm. Then the coordinates (x,y)
 132   // are (in cm)
 133   // A (76.2,-30.25)
 134   // B (76.2,+30.25)
 135   // C ( 2.2,-22.5 )
 136   // D ( 2.2,+22.5 )
 137   //
 138
 139   double x[2] = {22.5,30.25};                   // lab phi, or tracking-y
 140   double y[2] = {353.0, -353.0};                // lab z; inc. 2 cm survey target offset
 141   double z[2] = {-(77.9/2.0-2.0),77.9/2.0-1.5}; // lab r, or better tracking-x
 142
 143   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 144     fSurveyX0[j][k][l] = -TMath::Power(-1,l) * x[k];
 145     fSurveyY0[j][k][l] = y[j];
 146     fSurveyZ0[j][k][l] = z[k];
 147   }
 148
 149   for (int i=0; i<1000; i++) {
 150     fIbuffer[i] = 0;
 151     fDbuffer[i] = 0.0;
 152   }
 153
 154 }
 155
 156 //_____________________________________________________________________________
 157 AliTRDalignment::AliTRDalignment(const AliTRDalignment& source)
 158   :TObject(source)
 159   ,fComment(source.fComment)
 160   ,fRan(source.fRan)
 161 {
 162   //
 163   // copy constructor
 164   //
 165
 166   for (int i=0; i<18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 167   for (int i=0; i<540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 168   for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 169     fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 170     fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 171     fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 172     fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 173     fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 174     fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 175   }
 176   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 177     fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 178     fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 179     fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 180   }
 181
 182 }
 183
 184 //_____________________________________________________________________________
 185 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator=(const AliTRDalignment &source)
 186 {
 187   //
 188   // assignment operator
 189   //
 190
 191   if (this != &source) {
 192     for (int i = 0; i <  18; i++) SetSm(i,source.fSm[i]);
 193     for (int i = 0; i < 540; i++) SetCh(i,source.fCh[i]);
 194     for (int i=0; i<18; i++) for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 195       fSurveyX[i][j][k][l] = source.fSurveyX[i][j][k][l];
 196       fSurveyY[i][j][k][l] = source.fSurveyY[i][j][k][l];
 197       fSurveyZ[i][j][k][l] = source.fSurveyZ[i][j][k][l];
 198       fSurveyEX[i][j][k][l] = source.fSurveyEX[i][j][k][l];
 199       fSurveyEY[i][j][k][l] = source.fSurveyEY[i][j][k][l];
 200       fSurveyEZ[i][j][k][l] = source.fSurveyEZ[i][j][k][l];
 201     }
 202     for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 203       fSurveyX0[j][k][l] = source.fSurveyX0[j][k][l];
 204       fSurveyY0[j][k][l] = source.fSurveyY0[j][k][l];
 205       fSurveyZ0[j][k][l] = source.fSurveyZ0[j][k][l];
 206     }
 207     fComment = source.fComment;
 208   }
 209
 210   return *this;
 211
 212 }
 213
 214 //_____________________________________________________________________________
 215 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator*=(double fac)
 216 {
 217   //
 218   // multiplication operator
 219   //
 220
 221   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] *= fac;
 222   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] *= fac;
 223
 224   return *this;
 225
 226 }
 227
 228 //_____________________________________________________________________________
 229 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator+=(const AliTRDalignment &source)
 230 {
 231   //
 232   // addition operator
 233   //
 234
 235   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fSm[i][j] += source.fSm[i][j];
 236   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) this->fCh[i][j] += source.fCh[i][j];
 237
 238   return *this;
 239
 240 }
 241
 242 //_____________________________________________________________________________
 243 AliTRDalignment& AliTRDalignment::operator-=(const AliTRDalignment &source)
 244 {
 245   //
 246   // subtraction operator
 247   //
 248
 249   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fSm[i][j] -= source.fSm[i][j];
 250   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) fCh[i][j] -= source.fCh[i][j];
 251
 252   return *this;
 253
 254 }
 255
 256 //_____________________________________________________________________________
 257 Bool_t AliTRDalignment::operator==(const AliTRDalignment &source) const
 258 {
 259   //
 260   // comparison operator
 261   //
 262
 263   Bool_t areEqual = 1;
 264
 265   for (int i = 0; i <  18; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fSm[i][j] == source.fSm[i][j]);
 266   for (int i = 0; i < 540; i++) for (int j = 0; j < 6; j++) areEqual &= (fCh[i][j] == source.fCh[i][j]);
 267
 268   return areEqual;
 269
 270 }
 271
 272 //_____________________________________________________________________________
 273 void AliTRDalignment::SetSmZero()
 274 {
 275   //
 276   // reset to zero supermodule data
 277   //
 278
 279   memset(&fSm[0][0],0,sizeof(fSm));
 280
 281 }
 282
 283 //_____________________________________________________________________________
 284 void AliTRDalignment::SetChZero()
 285 {
 286   //
 287   // reset to zero chamber data
 288   //
 289
 290   memset(&fCh[0][0],0,sizeof(fCh));
 291
 292 }
 293
 294 //_____________________________________________________________________________
 295 void AliTRDalignment::SetSmRandom(double a[6])
 296 {
 297   //
 298   // generate random gaussian supermodule data with sigmas a
 299   //
 300
 301   double x[6];
 302   double xmax[6]={999, 0.6, 999, 999, 999, 999};
 303
 304   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 305     for (int j = 0; j < 6; j++) {
 306       do {x[j] = fRan.Gaus(0,a[j]);} while (TMath::Abs(x[j]) > xmax[j]);
 307     }
 308     SetSm(i,x);
 309     //PrintSm(i);
 310   }
 311
 312 }
 313
 314 //_____________________________________________________________________________
 315 void AliTRDalignment::SetChRandom(double a[6])
 316 {
 317   //
 318   // generate random gaussian chamber data with sigmas a
 319   //
 320
 321   double x[6];
 322
 323   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 324     fRan.Rannor(x[0],x[1]);
 325     fRan.Rannor(x[2],x[3]);
 326     fRan.Rannor(x[4],x[5]);
 327     for (int j = 0; j < 6; j++) x[j] *= a[j];
 328     SetCh(i,x);
 329     //PrintCh(i);
 330   }
 331
 332 }
 333
 334 //_____________________________________________________________________________
 335 void AliTRDalignment::SetSmFull()
 336 {
 337   //
 338   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 339   // expected from the mechanical precision
 340   //
 341
 342   double a[6];
 343
 344   a[0] = 0.3; // phi
 345   a[1] = 0.3; // z
 346   a[2] = 0.3; // r
 347   a[3] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 348   a[4] = 2.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 349   a[5] = 0.4/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 350
 351   SetSmRandom(a);
 352
 353 }
 354
 355 //_____________________________________________________________________________
 356 void AliTRDalignment::SetChFull()
 357 {
 358   //
 359   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 360   // expected from the mechanical precision
 361   //
 362
 363   double a[6];
 364
 365   a[0] = 0.1; // phi
 366   a[1] = 0.1; // z
 367   a[2] = 0.1; // r
 368   a[3] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 369   a[4] = 1.0/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 370   a[5] = 0.7/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 371
 372   SetChRandom(a);
 373
 374 }
 375
 376 //_____________________________________________________________________________
 377 void AliTRDalignment::SetSmResidual()
 378 {
 379   //
 380   // generate random gaussian supermodule data similar to the misalignment
 381   // remaining after full calibration
 382   // I assume that it will be negligible
 383   //
 384
 385   SetSmZero();
 386
 387 }
 388
 389 //_____________________________________________________________________________
 390 void AliTRDalignment::SetChResidual()
 391 {
 392   //
 393   // generate random gaussian chamber data similar to the misalignment
 394   // remaining after full calibration
 395   //
 396
 397   double a[6];
 398
 399   a[0] = 0.002; // phi
 400   a[1] = 0.003; // z
 401   a[2] = 0.007; // r
 402   a[3] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // phi
 403   a[4] = 0.3/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // z
 404   a[5] = 0.1/1000.0 / TMath::Pi()*180.0; // r
 405
 406   SetChRandom(a);
 407
 408 }
 409
 410 //_____________________________________________________________________________
 411 void AliTRDalignment::PrintSm(int i, FILE * const fp) const
 412 {
 413   //
 414   // print the supermodule data
 415   //
 416
 417   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 418          ,i,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2],fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
 419          ,0,GetSmName(i));
 420
 421 }
 422
 423 //_____________________________________________________________________________
 424 void AliTRDalignment::PrintCh(int i, FILE * const fp) const
 425 {
 426   //
 427   // print the chamber data
 428   //
 429
 430   fprintf(fp,"%4d   %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f   %6d  %s\n"
 431          ,i,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2],fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
 432          ,GetVoi(i),GetChName(i));
 433
 434 }
 435
 436 //_____________________________________________________________________________
 437 void AliTRDalignment::ReadAscii(const char * const filename)
 438 {
 439   //
 440   // read the alignment data from ascii file
 441   //
 442
 443   double x[6];      // alignment data
 444   int volid;        // volume id
 445   std::string syna; // symbolic name
 446   int j;            // dummy index
 447
 448   fstream fi(filename,fstream::in);
 449   if (!fi) {
 450     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 451     return;
 452   }
 453
 454   // supermodules
 455
 456   for (int i = 0; i < 18; i++) {
 457     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 458     if (j != i) AliError(Form("sm %d expected, %d found",i,j));
 459     if (volid != 0) AliError(Form("sm %d volume id %d expected, %d found",i,0,volid));
 460     std::string symnam = GetSmName(i);
 461     if (syna != symnam) AliError(Form("sm %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 462     SetSm(i,x);
 463   }
 464
 465   // chambers
 466
 467   for (int i = 0; i < 540; i++) {
 468     fi>>j>>x[0]>>x[1]>>x[2]>>x[3]>>x[4]>>x[5]>>volid>>syna;
 469     if (j != i) AliError(Form("ch %d expected, %d found",i,j));
 470     if (volid != GetVoi(i)) AliError(Form("ch %d volume id %d expected, %d found",i,GetVoi(i),volid));
 471     std::string symnam = GetChName(i);
 472     if (syna != symnam) AliError(Form("ch %d name %s expected, %s found",i,symnam.data(),syna.data()));
 473     SetCh(i,x);
 474   }
 475
 476   fi.close();
 477
 478 }
 479
 480 //_____________________________________________________________________________
 481 void AliTRDalignment::ReadCurrentGeo()
 482 {
 483   //
 484   // use currently loaded geometry to determine misalignment by comparing
 485   // original and misaligned matrix of the last node
 486   // Now, original, does not mean "ideal". It is the matrix before the alignment.
 487   // So, if alignment was applied more than once, the numbers extracted will
 488   // represent just the last alignment. -- check this!
 489   //
 490
 491   TGeoPNEntry *pne;
 492   TGeoHMatrix *ideSm[18];  // ideal
 493   TGeoHMatrix *misSm[18];  // misaligned
 494   for (int i = 0; i < 18; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i)))) {
 495
 496     // read misaligned and original matrices
 497
 498     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 499     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetSmName(i)));
 500     if (!node) continue;
 501     misSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 502     ideSm[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 503
 504     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 505
 506     TGeoHMatrix mat(ideSm[i]->Inverse());
 507     mat.Multiply(misSm[i]);
 508     double *tra = mat.GetTranslation();
 509     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 510     double pars[6];
 511     pars[0] = tra[0];
 512     pars[1] = tra[1];
 513     pars[2] = tra[2];
 514     if (TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 515     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 516     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 517     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 518     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 519     SetSm(i,pars);
 520
 521     // cleanup
 522
 523     delete ideSm[i];
 524     delete misSm[i];
 525   }
 526
 527   TGeoHMatrix *ideCh[540]; // ideal
 528   TGeoHMatrix *misCh[540]; // misaligned
 529   for (int i = 0; i < 540; i++) if ((pne = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i)))) {
 530
 531     // read misaligned and original matrices
 532
 533     TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 534     if (!node) AliError(Form("physical node entry %s has no physical node",GetChName(i)));
 535     if (!node) continue;
 536     misCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetNode(node->GetLevel())->GetMatrix());
 537     ideCh[i] = new TGeoHMatrix(*node->GetOriginalMatrix());
 538
 539     // calculate the local misalignment matrices as inverse misaligned times ideal
 540
 541     TGeoHMatrix mat(ideCh[i]->Inverse());
 542     mat.Multiply(misCh[i]);
 543     double *tra = mat.GetTranslation();
 544     double *rot = mat.GetRotationMatrix();
 545     double pars[6];
 546     pars[0] = tra[0];
 547     pars[1] = tra[1];
 548     pars[2] = tra[2];
 549     if(TMath::Abs(rot[0])<1e-7 || TMath::Abs(rot[8])<1e-7) {
 550       AliError("Failed to extract roll-pitch-yall angles!");
 551       return;
 552     }
 553     double raddeg = TMath::RadToDeg();
 554     pars[3] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[5],rot[8]);
 555     pars[4] = raddeg * TMath::ASin(rot[2]);
 556     pars[5] = raddeg * TMath::ATan2(-rot[1],rot[0]);
 557     SetCh(i,pars);
 558
 559     // cleanup
 560     delete ideCh[i];
 561     delete misCh[i];
 562   }
 563
 564   return;
 565
 566 }
 567
 568 //_____________________________________________________________________________
 569 void AliTRDalignment::ReadRoot(const char * const filename)
 570 {
 571   //
 572   // read the alignment data from root file
 573   //
 574
 575   TFile fi(filename,"READ");
 576
 577   if (fi.IsOpen()) {
 578     TClonesArray *ar = (TClonesArray*) fi.Get("TRDAlignObjs");
 579     ArToNumbers(ar);
 580     fi.Close();
 581   }
 582   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 583
 584   return;
 585
 586 }
 587
 588 //_____________________________________________________________________________
 589 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const filename)
 590 {
 591   //
 592   // read the alignment data from database file
 593   //
 594
 595   TFile fi(filename,"READ");
 596
 597   if (fi.IsOpen()) {
 598     AliCDBEntry  *e  = (AliCDBEntry *) fi.Get("AliCDBEntry");
 599     e->PrintMetaData();
 600     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 601     TClonesArray *ar = (TClonesArray *) e->GetObject();
 602     ArToNumbers(ar);
 603     fi.Close();
 604   }
 605   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 606
 607   return;
 608
 609 }
 610
 611 //_____________________________________________________________________________
 612 void AliTRDalignment::ReadDB(const char * const db, const char * const path,
 613                              int run, int version, int subversion)
 614 {
 615   //
 616   // read the alignment data from database
 617   //
 618
 619   AliCDBManager *cdb     = AliCDBManager::Instance();
 620   AliCDBStorage *storLoc = cdb->GetStorage(db);
 621   AliCDBEntry   *e       = storLoc->Get(path,run,version,subversion);
 622   if (e) {
 623     e->PrintMetaData();
 624     fComment.SetString(e->GetMetaData()->GetComment());
 625     TClonesArray  *ar      =  (TClonesArray *) e->GetObject();
 626     ArToNumbers(ar);
 627   }
 628 }
 629
 630 //_____________________________________________________________________________
 631 Bool_t AliTRDalignment::DecodeSurveyPointName(TString pna, Int_t &sm, Int_t &iz,
 632                                               Int_t &ir, Int_t &iphi) {
 633   // decode the survey point name and extract the sm, z, r and phi indices
 634
 635   if (pna(0,6)!="TRD_sm") {
 636     AliError(Form("unexpected point name: %s",pna.Data()));
 637     return kFALSE;
 638   }
 639   sm = atoi(pna(6,2).Data()); // supermodule number
 640   iz = -1;
 641   if (pna(8) == 'a') iz=0; // anticlockwise, positive z
 642   if (pna(8) == 'c') iz=1; // clockwise, negative z
 643   ir = -1;
 644   if (pna(9) == 'l') ir=0; // low radius
 645   if (pna(9) == 'h') ir=1; // high radius
 646   iphi = -1;
 647   if (pna(10) == '0') iphi = 0; // low phi within supermodule
 648   if (pna(10) == '1') iphi = 1; // high phi within supermodule
 649   if (sm>=0 && sm<18 && iz>=0 && iz<2 && ir>=0 && ir<2 && iphi>=0 && iphi<2) return kTRUE;
 650   AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 651   return kFALSE;
 652 }
 653
 654 //_____________________________________________________________________________
 655 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const char * const filename)
 656 {
 657   //
 658   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 659   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 660   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 661   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 662   //
 663   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 664   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 665   //
 666   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 667   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 668   //
 669   // l or h denote low radius and high radius holes
 670   //
 671   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 672   //
 673
 674   // read the survey file
 675
 676   fstream in(filename,fstream::in);
 677   if (!in) {
 678     AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
 679     return;
 680   }
 681
 682   // loop through the lines of the file until the beginning of data
 683
 684   TString title,date,subdetector,url,version,observations,system,units;
 685   while (1) {
 686     char pee=in.peek();
 687     if (pee==EOF) break;
 688     TString line;
 689     line.ReadLine(in);
 690     if (line.Contains("Title:"))        title.ReadLine(in);
 691     if (line.Contains("Date:"))         date.ReadLine(in);
 692     if (line.Contains("Subdetector:"))  subdetector.ReadLine(in);
 693     if (line.Contains("URL:"))          url.ReadLine(in);
 694     if (line.Contains("Version:"))      version.ReadLine(in);
 695     if (line.Contains("Observations:")) observations.ReadLine(in);
 696     if (line.Contains("System:"))       system.ReadLine(in);
 697     if (line.Contains("Units:"))        units.ReadLine(in);
 698     if (line.Contains("Data:"))         break;
 699   }
 700
 701   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 702
 703   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 704   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 705   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 706   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 707   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 708   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 709   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 710   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 711
 712   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 713     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 714     return;
 715   }
 716   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 717   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 718   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 719   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 720   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 721   else {
 722     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 723     return;
 724   }
 725   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 726     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 727     return;
 728   }
 729
 730   // scan the rest of the file which should contain list of surveyed points
 731   // for every point, decode the point name and store the numbers in the right
 732   // place in the arrays fSurveyX etc.
 733
 734   while (1) {
 735     TString pna; // point name
 736     char type, target;
 737     double x,y,z,precision;
 738
 739     in >> pna >> x >> y >> z >> type >> target >> precision;
 740     if (in.fail()) break;
 741     Int_t i,j,k,l;
 742     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 743       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*x;
 744       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*y;
 745       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*z;
 746       fSurveyEX[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 747       fSurveyEY[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 748       fSurveyEZ[i][j][k][l] = precision/10; // "precision" is supposed to be in mm
 749       // if, at some point, separate precision numbers for x,y,z show up in the
 750       // survey reports the function will fail here
 751       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 752              pna.Data(), i, j, k, l,
 753              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 754              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 755     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 756   }
 757   in.close();
 758   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+version+" "+observations;
 759   info.ReplaceAll("\r","");
 760   fComment.SetString(info.Data());
 761
 762 }
 763
 764 //_____________________________________________________________________________
 765 void AliTRDalignment::ReadSurveyReport(const AliSurveyObj * const so)
 766 {
 767   //
 768   // Read survey report and store the numbers in fSurveyX, fSurveyY, fSurveyZ,
 769   // and fSurveyE.  Store the survey info in the fComment.
 770   // Each supermodule has 8 survey points. The point names look like
 771   // TRD_sm08ah0 and have the following meaning.
 772   //
 773   // sm00..17 mean supermodule 0 through 17, following the phi.
 774   // Supermodule 00 is between phi=0 and phi=20 degrees.
 775   //
 776   // a or c denotes the anticlockwise and clockwise end of the supermodule
 777   // in z. Clockwise end is where z is negative and where the muon arm sits.
 778   //
 779   // l or h denote low radius and high radius holes
 780   //
 781   // 0 or 1 denote the hole at smaller and at larger phi, respectively.
 782   //
 783
 784   // read and process the data from the survey object
 785
 786   Int_t size = so->GetEntries();
 787   printf("-> %d\n", size);
 788
 789   TString title        = so->GetReportTitle();
 790   TString date         = so->GetReportDate();
 791   TString subdetector  = so->GetDetector();
 792   TString url          = so->GetURL();
 793   TString report       = so->GetReportNumber();
 794   TString version      = so->GetReportVersion();
 795   TString observations = so->GetObservations();
 796   TString system       = so->GetCoordSys();
 797   TString units        = so->GetUnits();
 798
 799   // check what we found so far (watch out, they have \r at the end)
 800
 801   std::cout<<"title .........."<<title<<std::endl;
 802   std::cout<<"date ..........."<<date<<std::endl;
 803   std::cout<<"subdetector ...."<<subdetector<<std::endl;
 804   std::cout<<"url ............"<<url<<std::endl;
 805   std::cout<<"version ........"<<version<<std::endl;
 806   std::cout<<"observations ..."<<observations<<std::endl;
 807   std::cout<<"system ........."<<system<<std::endl;
 808   std::cout<<"units .........."<<units<<std::endl;
 809
 810   if (!subdetector.Contains("TRD")) {
 811     AliWarning(Form("Not a TRD survey file, subdetector = %s",subdetector.Data()));
 812     return;
 813   }
 814   double tocm = 0; // we want to have it in cm
 815   if (units.Contains("mm"))      tocm = 0.1;
 816   else if (units.Contains("cm")) tocm = 1.0;
 817   else if (units.Contains("m"))  tocm = 100.0;
 818   else if (units.Contains("pc")) tocm = 3.24078e-15;
 819   else {
 820     AliError(Form("unexpected units: %s",units.Data()));
 821     return;
 822   }
 823   if (!system.Contains("ALICEPH")) {
 824     AliError(Form("wrong system: %s, should be ALICEPH",system.Data()));
 825     return;
 826   }
 827
 828   // for every survey point, decode the point name and store the numbers in
 829   // the right place in the arrays fSurveyX etc.
 830
 831   TObjArray *points = so->GetData();
 832   for (int ip = 0; ip<points->GetEntries(); ++ip) {
 833     AliSurveyPoint *po = (AliSurveyPoint *) points->At(ip);
 834     TString pna = po->GetPointName();
 835     Int_t i,j,k,l;
 836     if (DecodeSurveyPointName(pna,i,j,k,l)) {
 837       fSurveyX[i][j][k][l] = tocm*po->GetX();
 838       fSurveyY[i][j][k][l] = tocm*po->GetY();
 839       fSurveyZ[i][j][k][l] = tocm*po->GetZ();
 840       fSurveyEX[i][j][k][l] = po->GetPrecisionX()/10; // "precision" is supposed to be in mm
 841       fSurveyEY[i][j][k][l] = po->GetPrecisionY()/10;
 842       fSurveyEZ[i][j][k][l] = po->GetPrecisionZ()/10;
 843       printf("decoded %s %02d %d %d %d  %8.2f %8.2f %8.2f %6.2f %6.2f %6.2f\n",
 844              pna.Data(), i, j, k, l,
 845              fSurveyX[i][j][k][l], fSurveyY[i][j][k][l], fSurveyZ[i][j][k][l],
 846              fSurveyEX[i][j][k][l], fSurveyEY[i][j][k][l], fSurveyEZ[i][j][k][l]);
 847     } else AliError(Form("cannot decode point name: %s",pna.Data()));
 848   }
 849
 850   TString info = "Survey "+title+" "+date+" "+url+" "+report+" "+version+" "+observations;
 851   info.ReplaceAll("\r","");
 852   fComment.SetString(info.Data());
 853 }
 854
 855 //_____________________________________________________________________________
 856 double AliTRDalignment::SurveyChi2(int i, const double * const a) {
 857
 858   //
 859   // Compare the survey results to the ideal positions of the survey marks
 860   // in the local frame of supermodule. When transforming, use the alignment
 861   // parameters a[6]. Return chi-squared.
 862   //
 863
 864   if (!IsGeoLoaded()) return 0;
 865   printf("Survey of supermodule %d\n",i);
 866   AliAlignObjParams al(GetSmName(i),0,a[0],a[1],a[2],a[3],a[4],a[5],0);
 867
 868   TGeoPNEntry      *pne  = gGeoManager->GetAlignableEntry(GetSmName(i));
 869   if (!pne) AliError(Form("no such physical node entry: %s",GetSmName(i)));
 870   TGeoPhysicalNode *node = pne->GetPhysicalNode();
 871   if (!node) {
 872     AliWarning(Form("physical node entry %s has no physical node; making a new one",GetSmName(i)));
 873     node = gGeoManager->MakeAlignablePN(pne);
 874   }
 875
 876   //  al.ApplyToGeometry();
 877   //  node = pne->GetPhysicalNode(); // changed in the meantime
 878   //  TGeoHMatrix *ma = node->GetMatrix();
 879
 880   // a less destructive method (it does not modify geometry), gives the same result:
 881
 882   TGeoHMatrix *ma = new TGeoHMatrix();
 883   al.GetLocalMatrix(*ma);
 884   ma->MultiplyLeft(node->GetMatrix()); // global trafo, modified by a[]
 885
 886   double chi2=0;
 887   printf("              sm   z   r  phi    x (lab phi)  y (lab z)   z (lab r)   all in cm\n");
 888   for (int j=0; j<2; j++) for (int k=0; k<2; k++) for (int l=0; l<2; l++) {
 889     if (fSurveyEX[i][j][k][l] == 0.0
 890         && fSurveyEY[i][j][k][l] == 0.0
 891         && fSurveyEZ[i][j][k][l] == 0.0) continue; // no data for this survey point
 892     double master[3] = {fSurveyX[i][j][k][l],fSurveyY[i][j][k][l],fSurveyZ[i][j][k][l]};
 893     double local[3];
 894     ma->MasterToLocal(master,local);
 895     double dx = local[0]-fSurveyX0[j][k][l];
 896     double dy = local[1]-fSurveyY0[j][k][l];
 897     double dz = local[2]-fSurveyZ0[j][k][l];
 898     chi2 += dx*dx/fSurveyEX[i][j][k][l]/fSurveyEX[i][j][k][l];
 899     chi2 += dy*dy/fSurveyEY[i][j][k][l]/fSurveyEY[i][j][k][l];
 900     chi2 += dz*dz/fSurveyEZ[i][j][k][l]/fSurveyEZ[i][j][k][l];
 901     printf("local survey %3d %3d %3d %3d %12.3f %12.3f %12.3f\n",i,j,k,l,local[0],local[1],local[2]);
 902     printf("local ideal                  %12.3f %12.3f %12.3f\n",fSurveyX0[j][k][l],
 903            fSurveyY0[j][k][l],fSurveyZ0[j][k][l]);
 904     printf("difference                   %12.3f %12.3f %12.3f\n",dx,dy,dz);
 905   }
 906   printf("chi2 = %.2f\n",chi2);
 907   return chi2;
 908 }
 909
 910 //_____________________________________________________________________________
 911 void trdAlignmentFcn(int &npar, double *g, double &f, double *par, int iflag) {
 912
 913   //
 914   // Standard function as needed by Minuit-like minimization procedures.
 915   // For the set of parameters par calculates and returns chi-squared.
 916   //
 917
 918   // smuggle a C++ object into a C function
 919   AliTRDalignment *alignment = (AliTRDalignment*) gMinuit->GetObjectFit();
 920
 921   f = alignment->SurveyChi2(par);
 922   if (iflag==3) {}
 923   if (npar) {}
 924   if (g) {} // no warnings about unused stuff...
 925
 926 }
 927
 928 //_____________________________________________________________________________
 929 void AliTRDalignment::SurveyToAlignment(int i, const char * const flag) {
 930
 931   //
 932   // Find the supermodule alignment parameters needed to make the survey
 933   // results coincide with the ideal positions of the survey marks.
 934   // The string flag should look like "101000"; the six characters corresponds
 935   // to the six alignment parameters and 0/1 mean that the parameter should
 936   // be fixed/released in the fit.
 937
 938   if (strlen(flag)!=6) {
 939     AliError(Form("unexpected flag: %s",flag));
 940     return;
 941   }
 942
 943   printf("Finding alignment matrix for supermodule %d\n",i);
 944   fIbuffer[0] = i; // store the sm number in the buffer so minuit can see it
 945
 946   TFitter fitter(100);
 947   gMinuit->SetObjectFit(this);
 948   fitter.SetFCN(trdAlignmentFcn);
 949   fitter.SetParameter(0,"dx",0,0.5,0,0);
 950   fitter.SetParameter(1,"dy",0,0.5,0,0);
 951   fitter.SetParameter(2,"dz",0,0.5,0,0);
 952   fitter.SetParameter(3,"rx",0,0.1,0,0);
 953   fitter.SetParameter(4,"ry",0,0.1,0,0);
 954   fitter.SetParameter(5,"rz",0,0.1,0,0);
 955
 956   for (int j=0; j<6; j++) if (flag[j]=='0') fitter.FixParameter(j);
 957
 958   double arglist[100];
 959   arglist[0] = 2;
 960   fitter.ExecuteCommand("SET PRINT", arglist, 1);
 961   fitter.ExecuteCommand("SET ERR", arglist, 1);
 962   arglist[0]=50;
 963   //fitter.ExecuteCommand("SIMPLEX", arglist, 1);
 964   fitter.ExecuteCommand("MINIMIZE", arglist, 1);
 965   fitter.ExecuteCommand("CALL 3", arglist,0);
 966   double a[6];
 967   for (int j=0; j<6; j++) a[j] = fitter.GetParameter(j);
 968   SetSm(i,a);
 969   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParameter(j));
 970   printf("\n");
 971   for (int j=0; j<6; j++) printf("%10.3f ",fitter.GetParError(j));
 972   printf("\n");
 973
 974 }
 975
 976 //_____________________________________________________________________________
 977 void AliTRDalignment::ReadAny(const char * const filename)
 978 {
 979   //
 980   // read the alignment data from any kind of file
 981   //
 982
 983   TString fist(filename);
 984   if (fist.EndsWith(".txt")) ReadAscii(filename);
 985   if (fist.EndsWith(".dat")) ReadAscii(filename);
 986   if (fist.EndsWith(".root")) {
 987     if (fist.Contains("Run")) ReadDB(filename);
 988     else ReadRoot(filename);
 989   }
 990
 991 }
 992
 993 //_____________________________________________________________________________
 994 void AliTRDalignment::WriteAscii(const char * const filename) const
 995 {
 996   //
 997   // store the alignment data on ascii file
 998   //
 999
1000   FILE *fp = fopen(filename, "w");
1001   if (!fp) {
1002     AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1003     return;
1004   }
1005
1006   PrintSm(fp);
1007   PrintCh(fp);
1008
1009   fclose(fp);
1010
1011 }
1012
1013 //_____________________________________________________________________________
1014 void AliTRDalignment::WriteRoot(const char * const filename)
1015 {
1016   //
1017   // store the alignment data on root file
1018   //
1019
1020   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1021   NumbersToAr(ar);
1022   TFile fo(filename,"RECREATE");
1023   if (fo.IsOpen()) {
1024     fo.cd();
1025     fo.WriteObject(ar,"TRDAlignObjs","kSingleKey");
1026     fo.Close();
1027   }
1028   else AliError(Form("cannot open output file %s",filename));
1029
1030   delete ar;
1031
1032 }
1033
1034 //_____________________________________________________________________________
1035 void AliTRDalignment::WriteDB(const char * const filename, int run0, int run1)
1036 {
1037   //
1038   // dumping on a DB-like file
1039   //
1040
1041   TClonesArray   *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1042   NumbersToAr(ar);
1043   const Char_t *path = "TRD/Align/Data";
1044   AliCDBId id(path,run0,run1);
1045   AliCDBMetaData *md = new AliCDBMetaData();
1046   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1047   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1048   AliCDBEntry    *e  = new AliCDBEntry(ar, id, md);
1049   TFile fi(filename,"RECREATE");
1050   if (fi.IsOpen()) {
1051     e->Write();
1052     fi.Close();
1053   }
1054   else AliError(Form("cannot open input file %s",filename));
1055
1056   delete e;
1057   delete md;
1058   delete ar;
1059
1060   return;
1061
1062 }
1063
1064 //_____________________________________________________________________________
1065 void AliTRDalignment::WriteDB(char * const db, const char * const path, int run0, int run1)
1066 {
1067   //
1068   // store the alignment data in database
1069   //
1070
1071   TClonesArray   *ar      = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1072   NumbersToAr(ar);
1073   AliCDBManager  *cdb     = AliCDBManager::Instance();
1074   AliCDBStorage  *storLoc = cdb->GetStorage(db);
1075   AliCDBMetaData *md      = new AliCDBMetaData();
1076   md->SetResponsible("Dariusz Miskowiec");
1077   md->SetComment(fComment.GetString().Data());
1078   AliCDBId id(path,run0,run1);
1079   storLoc->Put(ar,id,md);
1080   md->Delete();
1081   delete ar;
1082
1083 }
1084
1085 //_____________________________________________________________________________
1086 void AliTRDalignment::WriteGeo(char *filename)
1087 {
1088   //
1089   // apply misalignment to current geometry and store the
1090   // resulting geometry on a root file
1091   //
1092
1093   TClonesArray *ar = new TClonesArray("AliAlignObjParams",10000);
1094   NumbersToAr(ar);
1095   delete ar;
1096   gGeoManager->Export(filename);
1097
1098 }
1099
1100 //_____________________________________________________________________________
1101 double AliTRDalignment::GetSmRMS(int xyz) const
1102 {
1103   //
1104   // rms fSm[][xyz]
1105   //
1106
1107   double s1 = 0.0;
1108   double s2 = 0.0;
1109   for (int i = 0; i < 18; i++) {
1110     s1 += fSm[i][xyz];
1111     s2 += fSm[i][xyz]*fSm[i][xyz];
1112   }
1113   double rms2 = s2/18.0 - s1*s1/18.0/18.0;
1114
1115   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1116
1117 }
1118
1119 //_____________________________________________________________________________
1120 double AliTRDalignment::GetChRMS(int xyz) const
1121 {
1122   //
1123   // rms fCh[][xyz]
1124   //
1125
1126   double s1 =0.0;
1127   double s2 =0.0;
1128   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1129     s1 += fCh[i][xyz];
1130     s2 += fCh[i][xyz]*fCh[i][xyz];
1131   }
1132   double rms2 = s2/540.0 - s1*s1/540.0/540.0;
1133
1134   return rms2>0 ? sqrt(rms2) : 0.0;
1135
1136 }
1137
1138 //_____________________________________________________________________________
1139 void AliTRDalignment::PrintSmRMS() const
1140 {
1141   //
1142   // dump rms of fSm
1143   //
1144
1145   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  supermodule rms\n"
1146         ,GetSmRMS(0),GetSmRMS(1),GetSmRMS(2),GetSmRMS(3),GetSmRMS(4),GetSmRMS(5));
1147
1148 }
1149
1150 //_____________________________________________________________________________
1151 void AliTRDalignment::PrintChRMS() const
1152 {
1153   //
1154   // dump rms of fCh
1155   //
1156
1157   printf("       %11.4f %11.4f  %11.4f      %11.5f  %11.5f  %11.5f  chamber rms\n"
1158         ,GetChRMS(0),GetChRMS(1),GetChRMS(2),GetChRMS(3),GetChRMS(4),GetChRMS(5));
1159
1160 }
1161
1162 //_____________________________________________________________________________
1163 void AliTRDalignment::ArToNumbers(TClonesArray * const ar)
1164 {
1165   //
1166   // for each of the alignment objects in array ar extract the six local
1167   // alignment parameters; recognize by name to which supermodule or chamber
1168   // the alignment object pertains; set the respective fSm or fCh
1169   //
1170
1171   ar->Sort();
1172   if (!IsGeoLoaded()) return;
1173   for (int i = 0; i < ar->GetEntries(); i++) {
1174     AliAlignObj *aao = (AliAlignObj *) ar->At(i);
1175     aao->ApplyToGeometry();
1176   }
1177   SetZero();
1178   ReadCurrentGeo();
1179
1180 }
1181
1182 //_____________________________________________________________________________
1183 void AliTRDalignment::NumbersToAr(TClonesArray * const ar)
1184 {
1185   //
1186   // build array of AliAlignObj objects based on fSm and fCh data
1187   // at the same time, apply misalignment to the currently loaded geometry
1188   // it is important to apply misalignment of supermodules before creating
1189   // alignment objects for chambers
1190   //
1191
1192   if (!IsGeoLoaded()) return;
1193   TClonesArray &alobj = *ar;
1194   int nobj = 0;
1195   for (int i = 0; i <  18; i++) {
1196       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetSmName(i)
1197                                         ,0
1198                                         ,fSm[i][0],fSm[i][1],fSm[i][2]
1199                                         ,fSm[i][3],fSm[i][4],fSm[i][5]
1200                                         ,0);
1201     ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1202     nobj++;
1203   }
1204
1205   for (int i = 0; i < 540; i++) {
1206     if (gGeoManager->GetAlignableEntry(GetChName(i))) {
1207       new(alobj[nobj]) AliAlignObjParams(GetChName(i)
1208                                          ,GetVoi(i)
1209                                          ,fCh[i][0],fCh[i][1],fCh[i][2]
1210                                          ,fCh[i][3],fCh[i][4],fCh[i][5]
1211                                          ,0);
1212       ((AliAlignObj *) alobj[nobj])->ApplyToGeometry();
1213       nobj++;
1214     }
1215   }
1216   AliInfo("current geometry modified");
1217
1218 }
1219
1220 //_____________________________________________________________________________
1221 int AliTRDalignment::IsGeoLoaded()
1222 {
1223   //
1224   // check whether a geometry is loaded
1225   // issue a warning if geometry is not ideal
1226   //
1227
1228   if (gGeoManager) {
1229     if (gGeoManager->GetListOfPhysicalNodes()->GetEntries()) AliWarning("current geometry is not ideal");
1230     return 1;
1231   } else {
1232     AliError("first load geometry by calling TGeoManager::Import(filename)");
1233     return 0;
1234   }
1235
1236 }
1237
1238 //_____________________________________________________________________________