TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include "TLinearFitter.h"
  40 #include "TClonesArray.h" // tmp
  41 #include <TTreeStream.h>
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliMathBase.h"
  45 #include "AliCDBManager.h"
  46 #include "AliTracker.h"
  47
  48 #include "AliTRDpadPlane.h"
  49 #include "AliTRDcluster.h"
  50 #include "AliTRDseedV1.h"
  51 #include "AliTRDtrackV1.h"
  52 #include "AliTRDcalibDB.h"
  53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  56 #include "AliTRDrecoParam.h"
  57 #include "AliTRDCommonParam.h"
  58
  59 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  60 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  61 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  62
  63 ClassImp(AliTRDseedV1)
  64
  65 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterY = NULL;
  66 TLinearFitter *AliTRDseedV1::fgFitterZ = NULL;
  67
  68 //____________________________________________________________________
  69 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  70   :AliTRDtrackletBase()
  71   ,fkReconstructor(NULL)
  72   ,fClusterIter(NULL)
  73   ,fExB(0.)
  74   ,fVD(0.)
  75   ,fT0(0.)
  76   ,fS2PRF(0.)
  77   ,fDiffL(0.)
  78   ,fDiffT(0.)
  79   ,fClusterIdx(0)
  80   ,fErrorMsg(0)
  81   ,fN(0)
  82   ,fDet(det)
  83   ,fPt(0.)
  84   ,fdX(0.)
  85   ,fX0(0.)
  86   ,fX(0.)
  87   ,fY(0.)
  88   ,fZ(0.)
  89   ,fS2Y(0.)
  90   ,fS2Z(0.)
  91   ,fC(0.)
  92   ,fChi2(0.)
  93 {
  94   //
  95   // Constructor
  96   //
  97   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
  98   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
  99   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 100   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 101   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 102   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 103   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 104   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 105   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 106   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 107   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 108   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 109   // covariance matrix [diagonal]
 110   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 111   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 112   SetStandAlone(kFALSE);
 113 }
 114
 115 //____________________________________________________________________
 116 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 117   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 118   ,fkReconstructor(NULL)
 119   ,fClusterIter(NULL)
 120   ,fExB(0.)
 121   ,fVD(0.)
 122   ,fT0(0.)
 123   ,fS2PRF(0.)
 124   ,fDiffL(0.)
 125   ,fDiffT(0.)
 126   ,fClusterIdx(0)
 127   ,fErrorMsg(0)
 128   ,fN(0)
 129   ,fDet(-1)
 130   ,fPt(0.)
 131   ,fdX(0.)
 132   ,fX0(0.)
 133   ,fX(0.)
 134   ,fY(0.)
 135   ,fZ(0.)
 136   ,fS2Y(0.)
 137   ,fS2Z(0.)
 138   ,fC(0.)
 139   ,fChi2(0.)
 140 {
 141   //
 142   // Copy Constructor performing a deep copy
 143   //
 144   if(this != &ref){
 145     ref.Copy(*this);
 146   }
 147   SetBit(kOwner, kFALSE);
 148   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 149 }
 150
 151
 152 //____________________________________________________________________
 153 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 154 {
 155   //
 156   // Assignment Operator using the copy function
 157   //
 158
 159   if(this != &ref){
 160     ref.Copy(*this);
 161   }
 162   SetBit(kOwner, kFALSE);
 163
 164   return *this;
 165 }
 166
 167 //____________________________________________________________________
 168 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 169 {
 170   //
 171   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 172   //
 173
 174   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 175
 176   if(IsOwner()) {
 177     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 178       if(!fClusters[itb]) continue;
 179       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 180       delete fClusters[itb];
 181       fClusters[itb] = NULL;
 182     }
 183   }
 184 }
 185
 186 //____________________________________________________________________
 187 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 188 {
 189   //
 190   // Copy function
 191   //
 192
 193   //AliInfo("");
 194   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 195
 196   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
 197   target.fClusterIter   = NULL;
 198   target.fExB           = fExB;
 199   target.fVD            = fVD;
 200   target.fT0            = fT0;
 201   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 202   target.fDiffL         = fDiffL;
 203   target.fDiffT         = fDiffT;
 204   target.fClusterIdx    = 0;
 205   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
 206   target.fN             = fN;
 207   target.fDet           = fDet;
 208   target.fPt            = fPt;
 209   target.fdX            = fdX;
 210   target.fX0            = fX0;
 211   target.fX             = fX;
 212   target.fY             = fY;
 213   target.fZ             = fZ;
 214   target.fS2Y           = fS2Y;
 215   target.fS2Z           = fS2Z;
 216   target.fC             = fC;
 217   target.fChi2          = fChi2;
 218
 219   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 220   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 221   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
 222   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 223   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 224   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 225   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 226   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t));
 227   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 228   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 229   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 230   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 231
 232   TObject::Copy(ref);
 233 }
 234
 235
 236 //____________________________________________________________
 237 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 238 {
 239 // Initialize this tracklet using the track information
 240 //
 241 // Parameters:
 242 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 243 //
 244 // Detailed description
 245 // The function sets the starting point and direction of the
 246 // tracklet according to the information from the TRD track.
 247 //
 248 // Caution
 249 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 250 // chamber where the tracklet will be constructed
 251 //
 252
 253   Double_t y, z;
 254   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 255   Update(track);
 256   return kTRUE;
 257 }
 258
 259
 260 //_____________________________________________________________________________
 261 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
 262 {
 263 //
 264 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
 265 //
 266   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 267   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 268   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
 269   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
 270
 271   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 272   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 273   fClusterIdx=0;
 274   fErrorMsg = 0;
 275   fDet=-1;
 276   fPt=0.;
 277   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 278   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 279   fC=0.; fChi2 = 0.;
 280
 281   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 282   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 283   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 284   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 285   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 286   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 287   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 288   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 289   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 290   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 291   // covariance matrix [diagonal]
 292   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 293   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 294 }
 295
 296 //____________________________________________________________________
 297 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 298 {
 299   // update tracklet reference position from the TRD track
 300
 301   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 302   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 303   fPt = trk->Pt();
 304   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp));
 305   fYref[1] = fSnp*norm;
 306   fZref[1] = fTgl*norm;
 307   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 308
 309   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 310   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 311   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 312 }
 313
 314 //_____________________________________________________________________________
 315 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 316 {
 317   //
 318   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 319   //
 320
 321   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 322   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 323     if (!fClusters[i]) continue;
 324     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 325       nused++;
 326     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 327       if(IsStandAlone()) nused++;
 328       else nshared++;
 329     }
 330   }
 331   SetNUsed(nused);
 332   SetNShared(nshared);
 333 }
 334
 335 //_____________________________________________________________________________
 336 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 337 {
 338   //
 339   // Use clusters
 340   //
 341   // In stand alone mode:
 342   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 343   // removed from the tracklet
 344   //
 345   // In barrel mode:
 346   // - Clusters which are used by another track become shared
 347   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 348   //
 349   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 350   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 351     if(!(*c)) continue;
 352     if(IsStandAlone()){
 353       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 354         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 355         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 356         (*c) = NULL;
 357         fIndexes[ic] = -1;
 358         SetN(GetN()-1);
 359         continue;
 360       }
 361     } else {
 362       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 363         (*c)->SetShared();
 364         continue;
 365       }
 366     }
 367     (*c)->Use();
 368   }
 369 }
 370
 371
 372
 373 //____________________________________________________________________
 374 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 375 {
 376 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 377 //
 378 // Parameters:
 379 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 380 // Output:
 381 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 382 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 383 //
 384 // Detailed description
 385 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 386 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 387 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 388 //
 389 // The following effects are included in the calculation:
 390 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 391 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 392 // 3. cluster size
 393 //
 394
 395   Int_t nclusters[kNslices];
 396   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
 397   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 398
 399   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 400
 401   AliTRDcluster *c = NULL;
 402   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 403     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 404     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 405
 406     // Filter clusters for dE/dx calculation
 407
 408     // 1.consider calibration effects for slice determination
 409     Int_t slice;
 410     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 411       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 412     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 413
 414
 415     // 2. take sharing into account
 416     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 417
 418     // 3. take into account large clusters TODO
 419     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 420
 421     //CHECK !!!
 422     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 423     nclusters[slice]++;
 424   } // End of loop over clusters
 425
 426   //if(fkReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
 427   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
 428   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
 429     for(int is=0; is<nslices; is++){
 430       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
 431     }
 432   }
 433 }
 434
 435 //_____________________________________________________________________________
 436 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 437 {
 438   //
 439   // Cook 2 labels for seed
 440   //
 441
 442   Int_t labels[200];
 443   Int_t out[200];
 444   Int_t nlab = 0;
 445   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 446     if (!fClusters[i]) continue;
 447     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 448       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 449         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 450         nlab++;
 451       }
 452     }
 453   }
 454
 455   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 456   fLabels[0] = out[0];
 457   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 458 }
 459
 460
 461 //____________________________________________________________________
 462 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 463 {
 464 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 465 // the charge per unit length can be written as:
 466 // BEGIN_LATEX
 467 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 468 // END_LATEX
 469 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 470 // of the time bin.
 471 // The following correction are applied :
 472 //   - charge : pad row cross corrections
 473 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 474 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 475 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 476 //
 477 //Begin_Html
 478 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 479 //End_Html
 480 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 481 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 482 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 483 //
 484   Float_t dq = 0.;
 485   // check whether both clusters are inside the chamber
 486   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 487   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 488     hasClusterInChamber = kTRUE;
 489     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 490   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 491     hasClusterInChamber = kTRUE;
 492     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 493   }
 494   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 495   if(dq<1.e-3) return 0.;
 496
 497   Double_t dx = fdX;
 498   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 499     Float_t x2(0.), x1(0.);
 500     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 501     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 502     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 503     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 504     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 505     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 506     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 507     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 508     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 509     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 510
 511     dx = .5*(x2 - x1);
 512   }
 513   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 514   if(dl) (*dl) = dx;
 515   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
 516   else return 0.;
 517 }
 518
 519 //____________________________________________________________
 520 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 521 {
 522 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 523 // BEGIN_LATEX
 524 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 525 // END_LATEX
 526 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 527 // The estimated variance of the momentum is given by:
 528 // BEGIN_LATEX
 529 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 530 // END_LATEX
 531 // which can be simplified to
 532 // BEGIN_LATEX
 533 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 534 // END_LATEX
 535 //
 536
 537   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 538   Double_t p2 = p*p;
 539   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 540   Double_t pt2 = fPt*fPt;
 541   if(err){
 542     Double_t s2 =
 543       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 544      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 545      +p2*pt2*fRefCov[6];
 546     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 547   }
 548   return p;
 549 }
 550
 551
 552 //____________________________________________________________________
 553 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 554 {
 555   if(!force) return &fProb[0];
 556   if(!CookPID()) return NULL;
 557   return &fProb[0];
 558 }
 559
 560 //____________________________________________________________
 561 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 562 {
 563 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 564 //
 565 // Parameters
 566 //
 567 // Output
 568 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access
 569 //
 570 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 571 // - estimated momentum at tracklet reference point
 572 // - dE/dx measurements
 573 // - tracklet length
 574 // - TRD layer
 575 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 576 // - Neural Network [default] - option "nn"
 577 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 578
 579   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 580   if (!calibration) {
 581     AliError("No access to calibration data");
 582     return kFALSE;
 583   }
 584
 585   if (!fkReconstructor) {
 586     AliError("Reconstructor not set.");
 587     return kFALSE;
 588   }
 589
 590   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 591   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
 592   if (!pd) {
 593     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 594     return kFALSE;
 595   }
 596
 597   // calculate tracklet length TO DO
 598   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
 599
 600   //calculate dE/dx
 601   CookdEdx(fkReconstructor->GetNdEdxSlices());
 602   AliDebug(4, Form("PID p[%f] dEdx[%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f] l[%f]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
 603
 604   // Sets the a priori probabilities
 605   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
 606     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
 607
 608   return kTRUE;
 609 }
 610
 611 //____________________________________________________________________
 612 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 613 {
 614   //
 615   // Returns a quality measurement of the current seed
 616   //
 617
 618   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 619   return
 620       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 621     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 622     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 623     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 624 }
 625
 626 //____________________________________________________________________
 627 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 628 {
 629 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 630 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 631 //   cov[0] = Var(y)
 632 //   cov[1] = Cov(yz)
 633 //   cov[2] = Var(z)
 634 //
 635 // Details
 636 //
 637 // For the linear transformation
 638 // BEGIN_LATEX
 639 // Y = T_{x} X^{T}
 640 // END_LATEX
 641 //   The error propagation has the general form
 642 // BEGIN_LATEX
 643 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 644 // END_LATEX
 645 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 646 // at point x we consider:
 647 // BEGIN_LATEX
 648 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 649 // END_LATEX
 650 // and secondly to take into account the tilt angle
 651 // BEGIN_LATEX
 652 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 653 // END_LATEX
 654 //
 655 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 656 // BEGIN_LATEX
 657 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 658 // END_LATEX
 659 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 660 // BEGIN_LATEX
 661 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 662 // END_LATEX
 663 //
 664 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 665 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 666 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 667 //
 668 // Author :
 669 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 670 // Date : Jan 8th 2009
 671 //
 672
 673
 674   Double_t xr     = fX0-x;
 675   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 676   Double_t sz2    = fS2Z;
 677   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 678
 679   // insert systematic uncertainties
 680   if(fkReconstructor){
 681     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 682     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 683     sy2 += sys[0];
 684     sz2 += sys[1];
 685   }
 686   // rotate covariance matrix
 687   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 688   Double_t correction = 1./(1. + t2);
 689   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 690   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 691   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 692
 693   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
 694 }
 695
 696 //____________________________________________________________
 697 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
 698 {
 699 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 700 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 701 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 702 //
 703 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 704 // the following relation is used:
 705 // BEGIN_LATEX
 706 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 707 // END_LATEX
 708 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 709 // In case C is symmetric the followings are true:
 710 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 711 //   - V = V^{-1}
 712 //
 713 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 714 // Date   Mar 19 2009
 715
 716   Double_t l[2], // eigenvalues
 717            v[3]; // eigenvectors
 718   // the secular equation and its solution :
 719   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 720   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 721   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 722   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
 723           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 724   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
 725   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
 726   l[0] = .5*(tr + dd);
 727   l[1] = .5*(tr - dd);
 728   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
 729
 730   // the sym V matrix
 731   // | v00   v10|
 732   // | v10   v11|
 733   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
 734   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
 735   v[1] = tmp*v[0];
 736   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
 737   // the VD^{1/2}V is:
 738   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
 739   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
 740   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
 741   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
 742
 743   return 1.;
 744 }
 745
 746 //____________________________________________________________
 747 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
 748 {
 749 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 750 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 751 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 752 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 753 //
 754 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 755 // Date   Mar 19 2009
 756
 757   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 758   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
 759   Double_t invDet = 1./det;
 760   d[0] = c[2]*invDet;
 761   d[1] =-c[1]*invDet;
 762   d[2] = c[0]*invDet;
 763   return det;
 764 }
 765
 766 //____________________________________________________________________
 767 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 768 {
 769   Int_t ic=0;
 770   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
 771   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
 772 }
 773
 774 //____________________________________________________________________
 775 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterY()
 776 {
 777   if(!fgFitterY) fgFitterY = new TLinearFitter(1, "pol1");
 778   fgFitterY->ClearPoints();
 779   return fgFitterY;
 780 }
 781
 782 //____________________________________________________________________
 783 TLinearFitter* AliTRDseedV1::GetFitterZ()
 784 {
 785   if(!fgFitterZ) fgFitterZ = new TLinearFitter(1, "pol1");
 786   fgFitterZ->ClearPoints();
 787   return fgFitterZ;
 788 }
 789
 790 //____________________________________________________________________
 791 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 792 {
 793 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 794 // The following information are used
 795 //  - detector index
 796 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 797 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 798 //
 799 // The following information is cached in the tracklet
 800 //   t0 (trigger delay)
 801 //   drift velocity
 802 //   PRF width
 803 //   omega*tau = tg(a_L)
 804 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 805 //
 806 // Author :
 807 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 808 // Date : Jan 8th 2009
 809 //
 810
 811   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 812   if(cdb->GetRun() < 0){
 813     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 814     return;
 815   }
 816
 817   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 818   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 819                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 820   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 821   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 822
 823   Int_t col = 70, row = 7;
 824   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 825   if(GetN()){
 826     Int_t ic = 0;
 827     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
 828     if(*c){
 829       col = (*c)->GetPadCol();
 830       row = (*c)->GetPadRow();
 831     }
 832   }
 833
 834   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
 835   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
 836   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
 837   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
 838   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
 839   fDiffT, fVD);
 840   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
 841
 842
 843   SetBit(kCalib, kTRUE);
 844 }
 845
 846 //____________________________________________________________________
 847 void AliTRDseedV1::SetOwner()
 848 {
 849   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
 850
 851   if(TestBit(kOwner)) return;
 852   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 853     if(!fClusters[ic]) continue;
 854     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
 855   }
 856   SetBit(kOwner);
 857 }
 858
 859 //____________________________________________________________
 860 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
 861 {
 862 // Shortcut method to initialize pad geometry.
 863   if(!p) return;
 864   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
 865   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
 866   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
 867 }
 868
 869
 870 //____________________________________________________________________
 871 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
 872 {
 873 //
 874 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
 875 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
 876 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
 877 // 3. purge clusters
 878 // 4. truncated mean on z direction
 879 // 5. purge clusters
 880 //
 881 // Parameters
 882 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
 883 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
 884 // Output
 885 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
 886 //      -
 887 // Detailed description
 888 //
 889 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
 890 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
 891 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
 892 // BEGIN_LATEX
 893 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
 894 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
 895 // END_LATEX
 896 //
 897 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 898 // Debug  : level >3
 899
 900   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
 901     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
 902     return kFALSE;
 903   }
 904   // Initialize reco params for this tracklet
 905   // 1. first time bin in the drift region
 906   Int_t t0 = 14;
 907   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
 908
 909   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov);
 910   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
 911            s2yCl = 0.,
 912            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
 913            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
 914            t2    = GetTilt()*GetTilt();
 915   //define roads
 916   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
 917            kroadz = GetPadLength() * fkReconstructor->GetRecoParam()->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
 918   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
 919   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
 920   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
 921   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
 922   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
 923
 924   AliDebug(4, "");
 925   AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
 926
 927   // working variables
 928   const Int_t kNrows = 16;
 929   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
 930   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
 931   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
 932   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
 933   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
 934   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
 935   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
 936   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
 937
 938   // Do cluster projection
 939   AliTRDcluster *c = NULL;
 940   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
 941   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
 942   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
 943     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
 944     if(!Int_t(*layer)) continue;
 945     // get track projection at layers position
 946     dx   = fX0 - layer->GetX();
 947     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
 948     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
 949     // get standard cluster error corrected for tilt
 950     cp.SetLocalTimeBin(it);
 951     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
 952     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
 953     // get estimated road
 954     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
 955
 956     AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
 957
 958     AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
 959
 960     // select clusters
 961     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
 962     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
 963     Int_t n=0, idx[6];
 964     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
 965     for(Int_t ic = n; ic--;){
 966       c  = (*layer)[idx[ic]];
 967       dy = yt - c->GetY();
 968       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
 969       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
 970 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){
 971         printf("too large !!!\n");
 972         continue;
 973       }*/
 974       Int_t r = c->GetPadRow();
 975       AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
 976       clst[r][ncl[r]] = c;
 977       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
 978       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
 979       yres[r][ncl[r]] = dy;
 980       ncl[r]++; ncls++;
 981
 982       if(ncl[r] >= kNcls) {
 983         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
 984         kBUFFER = kTRUE;
 985         break;
 986       }
 987     }
 988     if(kBUFFER) break;
 989   }
 990   AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
 991   if(ncls<kClmin){
 992     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
 993     SetErrorMsg(kAttachClFound);
 994     return kFALSE;
 995   }
 996
 997   // analyze each row individualy
 998   Bool_t kRowSelection(kFALSE);
 999   Double_t mean[]={1.e3, 1.e3, 1.3}, syDis[]={1.e3, 1.e3, 1.3};
1000   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, rowId[] = {-1, -1, -1}, nr = 0, lr=-1;
1001   TVectorD vdy[3];
1002   for(Int_t ir=0; ir<kNrows; ir++){
1003     if(!(ncl[ir])) continue;
1004     if(lr>0 && ir-lr != 1){
1005       AliDebug(2, "Rows attached not continuous. Turn on selection.");
1006       kRowSelection=kTRUE;
1007     }
1008
1009     AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
1010     // Evaluate truncated mean on the y direction
1011     if(ncl[ir] < 4) continue;
1012     AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean[nr], syDis[nr], Int_t(ncl[ir]*.8));
1013
1014     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
1015     AliDebug(4, Form("  m_%d[%+5.3f (%5.3fs)] s[%f]", nr, mean[nr], TMath::Abs(mean[nr]/syDis[nr]), syDis[nr]));
1016     // remove outliers based on a 3 sigmaDistr level
1017     Bool_t kFOUND = kFALSE;
1018     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1019       if(yres[ir][ic] - mean[nr] > 3. * syDis[nr]){
1020         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
1021       }
1022       nrow[nr]++; rowId[nr]=ir; kFOUND = kTRUE;
1023     }
1024     if(kFOUND){
1025       vdy[nr].Use(nrow[nr], yres[ir]);
1026       nr++;
1027     }
1028     lr = ir; if(nr>=3) break;
1029   }
1030   if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
1031     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1032     UChar_t stat(0);
1033     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1034     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1035     cstreamer << "AttachClusters"
1036         << "stat="   << stat
1037         << "det="    << fDet
1038         << "pt="     << fPt
1039         << "s2y="    << s2yTrk
1040         << "r0="     << rowId[0]
1041         << "dy0="    << &vdy[0]
1042         << "m0="     << mean[0]
1043         << "s0="     << syDis[0]
1044         << "r1="     << rowId[1]
1045         << "dy1="    << &vdy[1]
1046         << "m1="     << mean[1]
1047         << "s1="     << syDis[1]
1048         << "r2="     << rowId[2]
1049         << "dy2="    << &vdy[2]
1050         << "m2="     << mean[2]
1051         << "s2="     << syDis[2]
1052         << "\n";
1053   }
1054
1055
1056   // analyze gap in rows attached
1057   if(kRowSelection){
1058     SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1059     Int_t rowRemove(-1);
1060     if(nr==2){ // select based on minimum distance to track projection
1061       if(TMath::Abs(mean[0])<TMath::Abs(mean[1])){
1062         if(nrow[1]>nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f < %f] but ncl[%d < %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1063       }else{
1064         if(nrow[1]<nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f > %f] but ncl[%d > %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1065         Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1066         Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1067       }
1068       rowRemove=1; nr=1;
1069     } else if(nr==3){ // select based on 2 consecutive rows
1070       if(rowId[1]==rowId[0]+1 && rowId[1]!=rowId[2]-1){
1071         nr=2;rowRemove=2;
1072       } else if(rowId[1]!=rowId[0]+1 && rowId[1]==rowId[2]-1){
1073         Swap(nrow[0],nrow[2]); Swap(rowId[0],rowId[2]);
1074         Swap(mean[0],mean[2]); Swap(syDis[0],syDis[2]);
1075         nr=2; rowRemove=2;
1076       }
1077     }
1078     if(rowRemove>0){nrow[rowRemove]=0; rowId[rowRemove]=-1;}
1079   }
1080   AliDebug(4, Form("  Ncl[%d[%d] + %d[%d] + %d[%d]]", nrow[0], rowId[0],  nrow[1], rowId[1], nrow[2], rowId[2]));
1081
1082   if(nr==3){
1083     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1084     SetErrorMsg(kAttachRow);
1085     const Float_t am[]={TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), TMath::Abs(mean[2])};
1086     AliDebug(4, Form("complex row configuration\n"
1087       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1088       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1089       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1090       , rowId[0], nrow[0], am[0], syDis[0]
1091       , rowId[1], nrow[1], am[1], syDis[1]
1092       , rowId[2], nrow[2], am[2], syDis[2]));
1093     Int_t id[]={0,1,2}; TMath::Sort(3, am, id, kFALSE);
1094     // backup
1095     Int_t rnn[3]; memcpy(rnn, nrow, 3*sizeof(Int_t));
1096     Int_t rid[3]; memcpy(rid, rowId, 3*sizeof(Int_t));
1097     Double_t rm[3]; memcpy(rm, mean, 3*sizeof(Double_t));
1098     Double_t rs[3]; memcpy(rs, syDis, 3*sizeof(Double_t));
1099     nrow[0]=rnn[id[0]]; rowId[0]=rid[id[0]]; mean[0]=rm[id[0]]; syDis[0]=rs[id[0]];
1100     nrow[1]=rnn[id[1]]; rowId[1]=rid[id[1]]; mean[1]=rm[id[1]]; syDis[1]=rs[id[1]];
1101     nrow[2]=0;          rowId[2]=-1; mean[2] = 1.e3; syDis[2] = 1.e3;
1102     AliDebug(4, Form("solved configuration\n"
1103       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1104       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1105       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1106       , rowId[0], nrow[0], mean[0], syDis[0]
1107       , rowId[1], nrow[1], mean[1], syDis[1]
1108       , rowId[2], nrow[2], mean[2], syDis[2]));
1109     nr=2;
1110   } else if(nr==2) {
1111     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1112     if(nrow[1] > nrow[0]){ // swap row order
1113       Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1114       Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1115     }
1116   }
1117
1118   // Select and store clusters
1119   // We should consider here :
1120   //  1. How far is the chamber boundary
1121   //  2. How big is the mean
1122   Int_t n(0); Float_t dyc[kNclusters]; memset(dyc,0,kNclusters*sizeof(Float_t));
1123   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1124     Int_t jr(rowId[ir]);
1125     AliDebug(4, Form("  Attaching Ncl[%d]=%d ...", jr, ncl[jr]));
1126     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1127       if(!blst[jr][ic])continue;
1128       c = clst[jr][ic];
1129       Int_t it(c->GetPadTime());
1130       Int_t idx(it+kNtb*ir);
1131       if(fClusters[idx]){
1132         AliDebug(4, Form("Many cluster candidates on row[%2d] tb[%2d].", jr, it));
1133         // TODO should save also the information on where the multiplicity happened and its size
1134         SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
1135         // TODO should also compare with mean and sigma for this row
1136         if(yres[jr][ic] > dyc[idx]) continue;
1137       }
1138
1139       // TODO proper indexing of clusters !!
1140       fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1141       fClusters[idx] = c;
1142       dyc[idx]        = yres[jr][ic];
1143       n++;
1144     }
1145   }
1146   SetN(n);
1147
1148   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1149   if (GetN() < kClmin){
1150     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", GetN(), kClmin, n));
1151     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1152     return kFALSE;
1153   }
1154
1155   // Load calibration parameters for this tracklet
1156   Calibrate();
1157
1158   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1159   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1160   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1161     if(!fClusters[it]) continue;
1162     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1163     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1164     irp++;
1165   }
1166   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1167   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1168   return kTRUE;
1169 }
1170
1171 //____________________________________________________________
1172 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1173 {
1174 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1175 //   The primitive data are
1176 //   - list of clusters
1177 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1178 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1179 //   - track reference position and direction
1180 //   - momentum of the track
1181 //   - time bin length [cm]
1182 //
1183 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1184 //
1185   fkReconstructor = rec;
1186   AliTRDgeometry g;
1187   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1188   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1189   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1190   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1191   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1192   //fTgl = fZref[1];
1193   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1194   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1195   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1196     if(!(*cit)) return;
1197     n++;
1198     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1199     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1200   }
1201   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1202   Fit();
1203   CookLabels();
1204   GetProbability();
1205 }
1206
1207
1208 //____________________________________________________________________
1209 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1210 {
1211 //
1212 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1213 //
1214 // Parameters :
1215 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on
1216 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1217 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity
1218 //            and a finner error parameterization estimation [default false]
1219 // Output :
1220 //  True if successful
1221 //
1222 // Detailed description
1223 //
1224 //            Fit in the xy plane
1225 //
1226 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1227 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1228 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1229 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1230 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1231 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1232 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1233 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1234 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1235 // inclination is given for TRD by:
1236 // BEGIN_LATEX
1237 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1238 // END_LATEX
1239 //
1240 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1241 // by projection i.e.
1242 // BEGIN_LATEX
1243 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1244 // END_LATEX
1245 // and also by the lorentz angle correction
1246 //
1247 //            Fit in the xz plane
1248 //
1249 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1250 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1251 // fit (see below).
1252 //
1253 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1254 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1255 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1256 // of the z estimate is given by :
1257 // BEGIN_LATEX
1258 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1259 // END_LATEX
1260 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1261 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1262 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1263 //
1264 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1265 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1266 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1267 //   - no general model for the qx dependence
1268 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1269 //   - gain calibration dependence
1270 //
1271 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1272 //
1273 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1274 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1275 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1276 // BEGIN_LATEX
1277 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1278 // END_LATEX
1279 // and thus the radial position is:
1280 // BEGIN_LATEX
1281 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1282 // END_LATEX
1283 //
1284 //            Estimation of tracklet position error
1285 //
1286 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1287 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1288 // BEGIN_LATEX
1289 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1290 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1291 // END_LATEX
1292 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1293 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1294 // BEGIN_LATEX
1295 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1296 // END_LATEX
1297 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1298 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1299 //
1300 // Author
1301 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1302
1303   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1304
1305   const Int_t kClmin = 8;
1306
1307   // get track direction
1308   Double_t y0   = fYref[0];
1309   Double_t dydx = fYref[1];
1310   Double_t z0   = fZref[0];
1311   Double_t dzdx = fZref[1];
1312   Double_t yt, zt;
1313
1314   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1315   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1316
1317   // book cluster information
1318   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1319
1320   Int_t n = 0;
1321   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1322   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1323     xc[ic]  = -1.;
1324     yc[ic]  = 999.;
1325     zc[ic]  = 999.;
1326     sy[ic]  = 0.;
1327     if(!(c = (*jc))) continue;
1328     if(!c->IsInChamber()) continue;
1329
1330     Float_t w = 1.;
1331     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1332     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1333
1334     // cluster charge
1335     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1336     // pad row of leading
1337
1338     // Radial cluster position
1339     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1340     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1341     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1342
1343     // extrapolated track to cluster position
1344     yt = y0 - xc[n]*dydx;
1345     zt = z0 - xc[n]*dzdx;
1346
1347     // Recalculate cluster error based on tracking information
1348     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1349     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1350
1351     yc[n]   = fkReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS() ?
1352       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1353     zc[n]   = c->GetZ();
1354     //optional tilt correction
1355     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt));
1356
1357     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1358     if(IsRowCross()) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1359     n++;
1360   }
1361
1362   // to few clusters
1363   if (n < kClmin) return kFALSE;
1364
1365   // fit XY
1366   if(!fitterY.Eval()){
1367     SetErrorMsg(kFitFailed);
1368     return kFALSE;
1369   }
1370   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1371   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1372   // store covariance
1373   Double_t p[3];
1374   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1375   fCov[0] = p[1]; // variance of y0
1376   fCov[1] = p[2]; // covariance of y0, dydx
1377   fCov[2] = p[0]; // variance of dydx
1378   // the ref radial position is set at the minimum of
1379   // the y variance of the tracklet
1380   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1381   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
1382   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
1383     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
1384     SetErrorMsg(kFitOutside);
1385     return kFALSE;
1386   }
1387
1388   // collect second row clusters
1389   Int_t m(0);
1390   if(IsRowCross()){
1391 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1392     Float_t xMin = fX0;
1393     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1394     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1395     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1396       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1397       if(!(c = (*jc))) continue;
1398       if(!c->IsInChamber()) continue;
1399       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
1400       fX = fX0 - c->GetX();
1401     }
1402     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1403     // Error parameterization
1404     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1405     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1406
1407     // THE FIT X-Q PLANE METHOD
1408     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1409     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1410       if(!(c = (*jc))) continue;
1411       if(!c->IsInChamber()) continue;
1412       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1413       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1414       zc[n]   = c->GetZ();
1415       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1416       n--;m++;
1417     }
1418   }
1419   // fit XZ
1420   if(m && IsRowCross()){
1421     fitterZ.Eval();
1422     if(fitterZ.GetFunctionParameter(1)!=0.){
1423       fX = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1424       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1425       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1426       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1427       fX-=.055; // TODO to be understood
1428     }
1429
1430     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1431     // temporary external error parameterization
1432     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1433     // TODO correct formula
1434     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1435   } else {
1436     if(IsRowCross() && !m){
1437       AliDebug(1, "Tracklet crossed row but no clusters found in neighbor row.");
1438     }
1439     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1440     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1441   }
1442   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1443   return kTRUE;
1444 }
1445
1446
1447 /*
1448 //_____________________________________________________________________________
1449 void AliTRDseedV1::FitMI()
1450 {
1451 //
1452 // Fit the seed.
1453 // Marian Ivanov's version
1454 //
1455 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction.
1456 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1457 // dy = y - yt             (1)
1458 // the tilting correction is written :
1459 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1460 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1461 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1462 // from (1),(2),(3) and (4)
1463 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1464 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1465 // 1. use tilting correction for calculating the y
1466 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1467   const Float_t kRatio  = 0.8;
1468   const Int_t   kClmin  = 5;
1469   const Float_t kmaxtan = 2;
1470
1471   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1472                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1473                 return;              // Track inclined too much
1474         }
1475
1476   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1477   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing
1478   Int_t fNChange = 0;
1479
1480   Double_t sumw;
1481   Double_t sumwx;
1482   Double_t sumwx2;
1483   Double_t sumwy;
1484   Double_t sumwxy;
1485   Double_t sumwz;
1486   Double_t sumwxz;
1487
1488         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1489   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate
1490                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1491   Int_t    zouts[2*kNtb];
1492   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1493   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1494   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1495
1496   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1497   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1498
1499   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0;
1500   fN2 = 0;
1501   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1502     yres[i] = 10000.0;
1503     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1504     if(!c->IsInChamber()) continue;
1505     // Residual y
1506     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1507     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1508     fY[i] = c->GetY();
1509     fZ[i] = c->GetZ();
1510     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1511     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1512     fN++;
1513   }
1514
1515   if (fN < kClmin){
1516     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1517     return;
1518   }
1519   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1520   Float_t fZProb   = zouts[0];
1521   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1522   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1523     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1524     return;
1525   }
1526
1527   // Z distance bigger than pad - length
1528   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1529
1530   Int_t  breaktime = -1;
1531   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1532   Int_t  cumul[kNtb][2];
1533   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1534
1535   if (zouts[3] >= 3) {
1536
1537     //
1538     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1539     // with maximal number of accepted clusters
1540     //
1541     fNChange = 1;
1542     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1543       cumul[i][0] = counts[0];
1544       cumul[i][1] = counts[1];
1545       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1546       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1547     }
1548     Int_t  maxcount = 0;
1549     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1550       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1551       Int_t before = cumul[i][1];
1552       if (after + before > maxcount) {
1553         maxcount  = after + before;
1554         breaktime = i;
1555         mbefore   = kFALSE;
1556       }
1557       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1558       before = cumul[i][0];
1559       if (after + before > maxcount) {
1560         maxcount  = after + before;
1561         breaktime = i;
1562         mbefore   = kTRUE;
1563       }
1564     }
1565     breaktime -= 1;
1566   }
1567
1568   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1569     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1570     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1571   }
1572
1573   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1574       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1575     //
1576     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction
1577     //
1578     fNChange = 0;
1579     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1580       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1581     }
1582   }
1583
1584   if (fNChange > 0) {
1585     //
1586     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1587     //
1588     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1589       if (!fClusters[i]) continue;
1590       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1591       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1592       // Residual y
1593       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1594       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1595 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1596 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1597 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1598       }
1599     }
1600   }
1601
1602   Double_t yres2[kNtb];
1603   Double_t mean;
1604   Double_t sigma;
1605   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1606     if (!fClusters[i]) continue;
1607     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1608     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1609     yres2[fN2] = yres[i];
1610     fN2++;
1611   }
1612   if (fN2 < kClmin) {
1613                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1614     fN2 = 0;
1615     return;
1616   }
1617   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1618   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1619     sigma = sigmaexp;
1620   }
1621   //Float_t fSigmaY = sigma;
1622
1623   // Reset sums
1624   sumw   = 0;
1625   sumwx  = 0;
1626   sumwx2 = 0;
1627   sumwy  = 0;
1628   sumwxy = 0;
1629   sumwz  = 0;
1630   sumwxz = 0;
1631
1632   fN2    = 0;
1633   Float_t fMeanz = 0;
1634   Float_t fMPads = 0;
1635   fUsable = 0;
1636   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1637     if (!fClusters[i]) continue;
1638     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1639     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1640     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1641     SETBIT(fUsable,i);
1642     fN2++;
1643     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1644     Float_t weight = 1.0;
1645     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1646     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1647
1648
1649     Double_t x = fX[i];
1650     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1651
1652     sumw   += weight;
1653     sumwx  += x * weight;
1654     sumwx2 += x*x * weight;
1655     sumwy  += weight * yres[i];
1656     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1657     sumwz  += weight * fZ[i];
1658     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1659
1660   }
1661
1662   if (fN2 < kClmin){
1663                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1664     fN2 = 0;
1665     return;
1666   }
1667   fMeanz = sumwz / sumw;
1668   Float_t correction = 0;
1669   if (fNChange > 0) {
1670     // Tracklet on boundary
1671     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1672     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1673   }
1674
1675   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1676   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1677   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1678
1679   fS2Y = 0;
1680   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1681     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1682     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1683     fS2Y += delta*delta;
1684   }
1685   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1686         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1687         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1688
1689   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1690   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1691 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1692 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1693 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1694   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1695
1696   UpdateUsed();
1697 }*/
1698
1699 //___________________________________________________________________
1700 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1701 {
1702   //
1703   // Printing the seedstatus
1704   //
1705
1706   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1707   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1708   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1709
1710   Double_t cov[3], x=GetX();
1711   GetCovAt(x, cov);
1712   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1713   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1714   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1715   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
1716   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
1717   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
1718
1719   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1720
1721   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1722   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1723     if(!(*jc)) continue;
1724     (*jc)->Print(o);
1725   }
1726 }
1727
1728
1729 //___________________________________________________________________
1730 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1731 {
1732   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1733   // as the given one
1734
1735   if(!o) return kFALSE;
1736   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1737   if(!inTracklet) return kFALSE;
1738
1739   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1740     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1741     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1742   }
1743
1744   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1745   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1746   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1747
1748   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1749 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1750 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1751 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1752     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1753   }
1754 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1755
1756   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1757     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1758     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1759     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1760   }
1761
1762 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1763   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1764   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1765   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1766   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1767   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1768
1769   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1770   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1771   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1772   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1773
1774   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1775   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1776   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1777
1778   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1779     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1780     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1781     if (curCluster && inCluster){
1782       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1783         curCluster->Print();
1784         inCluster->Print();
1785         return kFALSE;
1786       }
1787     } else {
1788       // if one cluster exists, and corresponding
1789       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1790       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1791     }
1792   }
1793   return kTRUE;
1794 }
1795