TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include "TLinearFitter.h"
  40 #include "TClonesArray.h" // tmp
  41 #include <TTreeStream.h>
  42
  43 #include "AliLog.h"
  44 #include "AliMathBase.h"
  45 #include "AliCDBManager.h"
  46 #include "AliTracker.h"
  47
  48 #include "AliTRDpadPlane.h"
  49 #include "AliTRDcluster.h"
  50 #include "AliTRDseedV1.h"
  51 #include "AliTRDtrackV1.h"
  52 #include "AliTRDcalibDB.h"
  53 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  54 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  55 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  56 #include "AliTRDReconstructor.h"
  57 #include "AliTRDrecoParam.h"
  58 #include "AliTRDCommonParam.h"
  59
  60 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  61 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  62 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  63
  64 ClassImp(AliTRDseedV1)
  65
  66 //____________________________________________________________________
  67 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  68   :AliTRDtrackletBase()
  69   ,fReconstructor(0x0)
  70   ,fClusterIter(0x0)
  71   ,fExB(0.)
  72   ,fVD(0.)
  73   ,fT0(0.)
  74   ,fS2PRF(0.)
  75   ,fDiffL(0.)
  76   ,fDiffT(0.)
  77   ,fClusterIdx(0)
  78   ,fN(0)
  79   ,fDet(det)
  80   ,fPt(0.)
  81   ,fdX(0.)
  82   ,fX0(0.)
  83   ,fX(0.)
  84   ,fY(0.)
  85   ,fZ(0.)
  86   ,fS2Y(0.)
  87   ,fS2Z(0.)
  88   ,fC(0.)
  89   ,fChi2(0.)
  90 {
  91   //
  92   // Constructor
  93   //
  94   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
  95   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
  96   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
  97   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
  98   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
  99   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 100   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 101   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 102   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 103   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 104   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 105   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 106   // covariance matrix [diagonal]
 107   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 108   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 109   SetStandAlone(kFALSE);
 110 }
 111
 112 //____________________________________________________________________
 113 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 114   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 115   ,fReconstructor(0x0)
 116   ,fClusterIter(0x0)
 117   ,fExB(0.)
 118   ,fVD(0.)
 119   ,fT0(0.)
 120   ,fS2PRF(0.)
 121   ,fDiffL(0.)
 122   ,fDiffT(0.)
 123   ,fClusterIdx(0)
 124   ,fN(0)
 125   ,fDet(-1)
 126   ,fPt(0.)
 127   ,fdX(0.)
 128   ,fX0(0.)
 129   ,fX(0.)
 130   ,fY(0.)
 131   ,fZ(0.)
 132   ,fS2Y(0.)
 133   ,fS2Z(0.)
 134   ,fC(0.)
 135   ,fChi2(0.)
 136 {
 137   //
 138   // Copy Constructor performing a deep copy
 139   //
 140   if(this != &ref){
 141     ref.Copy(*this);
 142   }
 143   SetBit(kOwner, kFALSE);
 144   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 145 }
 146
 147
 148 //____________________________________________________________________
 149 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 150 {
 151   //
 152   // Assignment Operator using the copy function
 153   //
 154
 155   if(this != &ref){
 156     ref.Copy(*this);
 157   }
 158   SetBit(kOwner, kFALSE);
 159
 160   return *this;
 161 }
 162
 163 //____________________________________________________________________
 164 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 165 {
 166   //
 167   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 168   //
 169
 170   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 171
 172   if(IsOwner()) {
 173     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 174       if(!fClusters[itb]) continue;
 175       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 176       delete fClusters[itb];
 177       fClusters[itb] = 0x0;
 178     }
 179   }
 180 }
 181
 182 //____________________________________________________________________
 183 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 184 {
 185   //
 186   // Copy function
 187   //
 188
 189   //AliInfo("");
 190   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 191
 192   target.fReconstructor = fReconstructor;
 193   target.fClusterIter   = 0x0;
 194   target.fExB           = fExB;
 195   target.fVD            = fVD;
 196   target.fT0            = fT0;
 197   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 198   target.fDiffL         = fDiffL;
 199   target.fDiffT         = fDiffT;
 200   target.fClusterIdx    = 0;
 201   target.fN             = fN;
 202   target.fDet           = fDet;
 203   target.fPt            = fPt;
 204   target.fdX            = fdX;
 205   target.fX0            = fX0;
 206   target.fX             = fX;
 207   target.fY             = fY;
 208   target.fZ             = fZ;
 209   target.fS2Y           = fS2Y;
 210   target.fS2Z           = fS2Z;
 211   target.fC             = fC;
 212   target.fChi2          = fChi2;
 213
 214   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 215   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 216   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
 217   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 218   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 219   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 220   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 221   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t));
 222   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 223   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 224   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 225   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 226
 227   TObject::Copy(ref);
 228 }
 229
 230
 231 //____________________________________________________________
 232 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 233 {
 234 // Initialize this tracklet using the track information
 235 //
 236 // Parameters:
 237 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 238 //
 239 // Detailed description
 240 // The function sets the starting point and direction of the
 241 // tracklet according to the information from the TRD track.
 242 //
 243 // Caution
 244 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 245 // chamber where the tracklet will be constructed
 246 //
 247
 248   Double_t y, z;
 249   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 250   Update(track);
 251   return kTRUE;
 252 }
 253
 254
 255 //_____________________________________________________________________________
 256 void AliTRDseedV1::Reset()
 257 {
 258   //
 259   // Reset seed
 260   //
 261   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 262   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 263   fClusterIdx=0;
 264   fN=0;
 265   fDet=-1;
 266   fPt=0.;
 267   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 268   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 269   fC=0.; fChi2 = 0.;
 270
 271   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 272   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 273   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 274   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 275   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 276   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 277   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 278   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 279   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 280   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 281   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 282   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 283   // covariance matrix [diagonal]
 284   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 285   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 286 }
 287
 288 //____________________________________________________________________
 289 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 290 {
 291   // update tracklet reference position from the TRD track
 292
 293   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 294   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 295   fPt = trk->Pt();
 296   Double_t norm =1./TMath::Sqrt(1. - fSnp*fSnp);
 297   fYref[1] = fSnp*norm;
 298   fZref[1] = fTgl*norm;
 299   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 300
 301   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 302   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 303   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 304 }
 305
 306 //_____________________________________________________________________________
 307 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 308 {
 309   //
 310   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 311   //
 312
 313   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 314   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 315     if (!fClusters[i]) continue;
 316     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 317       nused++;
 318     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 319       if(IsStandAlone()) nused++;
 320       else nshared++;
 321     }
 322   }
 323   SetNUsed(nused);
 324   SetNShared(nshared);
 325 }
 326
 327 //_____________________________________________________________________________
 328 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 329 {
 330   //
 331   // Use clusters
 332   //
 333   // In stand alone mode:
 334   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 335   // removed from the tracklet
 336   //
 337   // In barrel mode:
 338   // - Clusters which are used by another track become shared
 339   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 340   //
 341   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 342   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 343     if(!(*c)) continue;
 344     if(IsStandAlone()){
 345       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 346         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 347         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 348         (*c) = 0x0;
 349         fIndexes[ic] = -1;
 350         SetN(GetN()-1);
 351         continue;
 352       }
 353     } else {
 354       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 355         (*c)->SetShared();
 356         continue;
 357       }
 358     }
 359     (*c)->Use();
 360   }
 361 }
 362
 363
 364
 365 //____________________________________________________________________
 366 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 367 {
 368 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 369 //
 370 // Parameters:
 371 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 372 // Output:
 373 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 374 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 375 //
 376 // Detailed description
 377 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 378 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 379 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 380 //
 381 // The following effects are included in the calculation:
 382 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 383 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 384 // 3. cluster size
 385 //
 386
 387   Int_t nclusters[kNslices];
 388   memset(nclusters, 0, kNslices*sizeof(Int_t));
 389   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 390
 391   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 392
 393   AliTRDcluster *c = 0x0;
 394   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 395     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 396     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 397
 398     // Filter clusters for dE/dx calculation
 399
 400     // 1.consider calibration effects for slice determination
 401     Int_t slice;
 402     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 403       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 404     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 405
 406
 407     // 2. take sharing into account
 408     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 409
 410     // 3. take into account large clusters TODO
 411     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 412
 413     //CHECK !!!
 414     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 415     nclusters[slice]++;
 416   } // End of loop over clusters
 417
 418   //if(fReconstructor->GetPIDMethod() == AliTRDReconstructor::kLQPID){
 419   if(nslices == AliTRDpidUtil::kLQslices){
 420   // calculate mean charge per slice (only LQ PID)
 421     for(int is=0; is<nslices; is++){
 422       if(nclusters[is]) fdEdx[is] /= nclusters[is];
 423     }
 424   }
 425 }
 426
 427 //_____________________________________________________________________________
 428 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 429 {
 430   //
 431   // Cook 2 labels for seed
 432   //
 433
 434   Int_t labels[200];
 435   Int_t out[200];
 436   Int_t nlab = 0;
 437   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 438     if (!fClusters[i]) continue;
 439     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 440       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 441         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 442         nlab++;
 443       }
 444     }
 445   }
 446
 447   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 448   fLabels[0] = out[0];
 449   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 450 }
 451
 452
 453 //____________________________________________________________________
 454 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 455 {
 456 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 457 // the charge per unit length can be written as:
 458 // BEGIN_LATEX
 459 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 460 // END_LATEX
 461 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 462 // of the time bin.
 463 // The following correction are applied :
 464 //   - charge : pad row cross corrections
 465 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 466 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 467 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 468 //
 469 //Begin_Html
 470 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 471 //End_Html
 472 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 473 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 474 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 475 //
 476   Float_t dq = 0.;
 477   // check whether both clusters are inside the chamber
 478   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 479   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 480     hasClusterInChamber = kTRUE;
 481     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 482   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 483     hasClusterInChamber = kTRUE;
 484     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 485   }
 486   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 487   if(dq<1.e-3) return 0.;
 488
 489   Double_t dx = fdX;
 490   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 491     Float_t x2(0.), x1(0.);
 492     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 493     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 494     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 495     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 496     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 497     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 498     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 499     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 500     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 501     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 502
 503     dx = .5*(x2 - x1);
 504   }
 505   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 506   if(dl) (*dl) = dx;
 507   return dq/dx;
 508 }
 509
 510 //____________________________________________________________
 511 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 512 {
 513 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 514 // BEGIN_LATEX
 515 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 516 // END_LATEX
 517 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 518 // The estimated variance of the momentum is given by:
 519 // BEGIN_LATEX
 520 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 521 // END_LATEX
 522 // which can be simplified to
 523 // BEGIN_LATEX
 524 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 525 // END_LATEX
 526 //
 527
 528   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 529   Double_t p2 = p*p;
 530   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 531   Double_t pt2 = fPt*fPt;
 532   if(err){
 533     Double_t s2 =
 534       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 535      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 536      +p2*pt2*fRefCov[6];
 537     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 538   }
 539   return p;
 540 }
 541
 542
 543 //____________________________________________________________________
 544 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 545 {
 546   if(!force) return &fProb[0];
 547   if(!CookPID()) return 0x0;
 548   return &fProb[0];
 549 }
 550
 551 //____________________________________________________________
 552 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 553 {
 554 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 555 //
 556 // Parameters
 557 //
 558 // Output
 559 //   returns pointer to the probability array and 0x0 if missing DB access
 560 //
 561 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 562 // - estimated momentum at tracklet reference point
 563 // - dE/dx measurements
 564 // - tracklet length
 565 // - TRD layer
 566 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 567 // - Neural Network [default] - option "nn"
 568 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 569
 570   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 571   if (!calibration) {
 572     AliError("No access to calibration data");
 573     return kFALSE;
 574   }
 575
 576   if (!fReconstructor) {
 577     AliError("Reconstructor not set.");
 578     return kFALSE;
 579   }
 580
 581   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 582   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fReconstructor->GetPIDMethod());
 583   if (!pd) {
 584     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 585     return kFALSE;
 586   }
 587   //AliInfo(Form("Method[%d] : %s", fReconstructor->GetRecoParam() ->GetPIDMethod(), pd->IsA()->GetName()));
 588
 589   // calculate tracklet length TO DO
 590   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 591   /// TMath::Sqrt((1.0 - fSnp[iPlane]*fSnp[iPlane]) / (1.0 + fTgl[iPlane]*fTgl[iPlane]));
 592
 593   //calculate dE/dx
 594   CookdEdx(fReconstructor->GetNdEdxSlices());
 595
 596   // Sets the a priori probabilities
 597   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) {
 598     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, GetPlane());
 599   }
 600
 601   return kTRUE;
 602 }
 603
 604 //____________________________________________________________________
 605 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 606 {
 607   //
 608   // Returns a quality measurement of the current seed
 609   //
 610
 611   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 612   return
 613       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 614     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 615     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 616     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 617 }
 618
 619 //____________________________________________________________________
 620 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 621 {
 622 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 623 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 624 //   cov[0] = Var(y)
 625 //   cov[1] = Cov(yz)
 626 //   cov[2] = Var(z)
 627 //
 628 // Details
 629 //
 630 // For the linear transformation
 631 // BEGIN_LATEX
 632 // Y = T_{x} X^{T}
 633 // END_LATEX
 634 //   The error propagation has the general form
 635 // BEGIN_LATEX
 636 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 637 // END_LATEX
 638 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 639 // at point x we consider:
 640 // BEGIN_LATEX
 641 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 642 // END_LATEX
 643 // and secondly to take into account the tilt angle
 644 // BEGIN_LATEX
 645 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 646 // END_LATEX
 647 //
 648 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 649 // BEGIN_LATEX
 650 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 651 // END_LATEX
 652 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 653 // BEGIN_LATEX
 654 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 655 // END_LATEX
 656 //
 657 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 658 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 659 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 660 //
 661 // Author :
 662 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 663 // Date : Jan 8th 2009
 664 //
 665
 666
 667   Double_t xr     = fX0-x;
 668   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 669   Double_t sz2    = fS2Z;
 670   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 671
 672   // insert systematic uncertainties
 673   if(fReconstructor){
 674     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 675     fReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 676     sy2 += sys[0];
 677     sz2 += sys[1];
 678   }
 679   // rotate covariance matrix
 680   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 681   Double_t correction = 1./(1. + t2);
 682   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 683   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 684   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 685
 686   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
 687 }
 688
 689 //____________________________________________________________
 690 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(Double_t *c, Double_t *d)
 691 {
 692 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 693 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 694 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 695 //
 696 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 697 // the following relation is used:
 698 // BEGIN_LATEX
 699 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 700 // END_LATEX
 701 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 702 // In case C is symmetric the followings are true:
 703 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 704 //   - V = V^{-1}
 705 //
 706 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 707 // Date   Mar 19 2009
 708
 709   Double_t L[2], // eigenvalues
 710            V[3]; // eigenvectors
 711   // the secular equation and its solution :
 712   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 713   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 714   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 715   Double_t Tr = c[0]+c[2],           // trace
 716           DET = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 717   if(TMath::Abs(DET)<1.e-20) return -1.;
 718   Double_t DD = TMath::Sqrt(Tr*Tr - 4*DET);
 719   L[0] = .5*(Tr + DD);
 720   L[1] = .5*(Tr - DD);
 721   if(L[0]<0. || L[1]<0.) return -1.;
 722
 723   // the sym V matrix
 724   // | v00   v10|
 725   // | v10   v11|
 726   Double_t tmp = (L[0]-c[0])/c[1];
 727   V[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
 728   V[1] = tmp*V[0];
 729   V[2] = V[1]*c[1]/(L[1]-c[2]);
 730   // the VD^{1/2}V is:
 731   L[0] = TMath::Sqrt(L[0]); L[1] = TMath::Sqrt(L[1]);
 732   d[0] = V[0]*V[0]*L[0]+V[1]*V[1]*L[1];
 733   d[1] = V[0]*V[1]*L[0]+V[1]*V[2]*L[1];
 734   d[2] = V[1]*V[1]*L[0]+V[2]*V[2]*L[1];
 735
 736   return 1.;
 737 }
 738
 739 //____________________________________________________________
 740 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(Double_t *c, Double_t *d)
 741 {
 742 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 743 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 744 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 745 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 746 //
 747 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 748 // Date   Mar 19 2009
 749
 750   Double_t Det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 751   if(TMath::Abs(Det)<1.e-20) return 0.;
 752   Double_t InvDet = 1./Det;
 753   d[0] = c[2]*InvDet;
 754   d[1] =-c[1]*InvDet;
 755   d[2] = c[0]*InvDet;
 756   return Det;
 757 }
 758
 759 //____________________________________________________________________
 760 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 761 {
 762   Int_t ic=0;
 763   while(ic<kNclusters && !fClusters[ic]) ic++;
 764   return fClusters[ic] ? fClusters[ic]->GetVolumeId() : 0;
 765 }
 766
 767
 768 //____________________________________________________________________
 769 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 770 {
 771 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 772 // The following information are used
 773 //  - detector index
 774 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 775 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 776 //
 777 // The following information is cached in the tracklet
 778 //   t0 (trigger delay)
 779 //   drift velocity
 780 //   PRF width
 781 //   omega*tau = tg(a_L)
 782 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 783 //
 784 // Author :
 785 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 786 // Date : Jan 8th 2009
 787 //
 788
 789   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 790   if(cdb->GetRun() < 0){
 791     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 792     return;
 793   }
 794
 795   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 796   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 797                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 798   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 799   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 800
 801   Int_t col = 70, row = 7;
 802   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 803   if(GetN()){
 804     Int_t ic = 0;
 805     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
 806     if(*c){
 807       col = (*c)->GetPadCol();
 808       row = (*c)->GetPadRow();
 809     }
 810   }
 811
 812   fT0    = t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row);
 813   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
 814   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
 815   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
 816   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
 817   fDiffT, fVD);
 818   SetBit(kCalib, kTRUE);
 819 }
 820
 821 //____________________________________________________________________
 822 void AliTRDseedV1::SetOwner()
 823 {
 824   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
 825
 826   if(TestBit(kOwner)) return;
 827   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 828     if(!fClusters[ic]) continue;
 829     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
 830   }
 831   SetBit(kOwner);
 832 }
 833
 834 //____________________________________________________________
 835 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
 836 {
 837 // Shortcut method to initialize pad geometry.
 838   if(!p) return;
 839   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
 840   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
 841   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
 842 }
 843
 844
 845 //____________________________________________________________________
 846 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *chamber, Bool_t tilt)
 847 {
 848 //
 849 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
 850 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
 851 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
 852 // 3. purge clusters
 853 // 4. truncated mean on z direction
 854 // 5. purge clusters
 855 //
 856 // Parameters
 857 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
 858 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
 859 // Output
 860 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
 861 //      -
 862 // Detailed description
 863 //
 864 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
 865 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
 866 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
 867 // BEGIN_LATEX
 868 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
 869 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
 870 // END_LATEX
 871 //
 872 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 873 // Debug  : level >3
 874
 875   Bool_t kPRINT = kFALSE;
 876   if(!fReconstructor->GetRecoParam() ){
 877     AliError("Seed can not be used without a valid RecoParam.");
 878     return kFALSE;
 879   }
 880   // Initialize reco params for this tracklet
 881   // 1. first time bin in the drift region
 882   Int_t t0 = 14;
 883   Int_t kClmin = Int_t(fReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
 884
 885   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
 886            s2yCl = 0.,
 887            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
 888            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
 889            t2    = GetTilt()*GetTilt();
 890   //define roads
 891   Double_t kroady = 1., //fReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
 892            kroadz = GetPadLength() * 1.5 + 1.;
 893   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
 894   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
 895   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
 896   Calibrate();
 897
 898   if(kPRINT) printf("AttachClusters() sy[%f] road[%f]\n", syRef, kroady);
 899
 900   // working variables
 901   const Int_t kNrows = 16;
 902   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
 903   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
 904   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
 905   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
 906   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
 907   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
 908   memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*));
 909
 910   // Do cluster projection
 911   AliTRDcluster *c = 0x0;
 912   AliTRDchamberTimeBin *layer = 0x0;
 913   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
 914   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
 915     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
 916     if(!Int_t(*layer)) continue;
 917     // get track projection at layers position
 918     dx   = fX0 - layer->GetX();
 919     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
 920     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
 921     // get standard cluster error corrected for tilt
 922     cp.SetLocalTimeBin(it);
 923     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
 924     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + t2*s2zCl)/(1.+t2);
 925     // get estimated road
 926     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
 927
 928     if(kPRINT) printf("  %2d dx[%f] yt[%f] zt[%f] sT[um]=%6.2f sy[um]=%6.2f syTilt[um]=%6.2f yRoad[mm]=%f\n", it, dx, yt, zt, 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady);
 929
 930     // select clusters
 931     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
 932     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
 933     Int_t n=0, idx[6];
 934     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
 935     for(Int_t ic = n; ic--;){
 936       c  = (*layer)[idx[ic]];
 937       dy = yt - c->GetY();
 938       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
 939       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
 940 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){
 941         printf("too large !!!\n");
 942         continue;
 943       }*/
 944       Int_t r = c->GetPadRow();
 945       if(kPRINT) printf("\t\t%d dy[%f] yc[%f] r[%d]\n", ic, TMath::Abs(dy), c->GetY(), r);
 946       clst[r][ncl[r]] = c;
 947       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
 948       yres[r][ncl[r]] = dy;
 949       ncl[r]++; ncls++;
 950
 951       if(ncl[r] >= kNcls) {
 952         AliWarning(Form("Cluster candidates reached buffer limit %d. Some may be lost.", kNcls));
 953         kBUFFER = kTRUE;
 954         break;
 955       }
 956     }
 957     if(kBUFFER) break;
 958   }
 959   if(kPRINT) printf("Found %d clusters\n", ncls);
 960   if(ncls<kClmin) return kFALSE;
 961
 962   // analyze each row individualy
 963   Double_t mean, syDis;
 964   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, nr = 0, lr=-1;
 965   for(Int_t ir=kNrows; ir--;){
 966     if(!(ncl[ir])) continue;
 967     if(lr>0 && lr-ir != 1){
 968       if(kPRINT) printf("W - gap in rows attached !!\n");
 969     }
 970     if(kPRINT) printf("\tir[%d] lr[%d] n[%d]\n", ir, lr, ncl[ir]);
 971     // Evaluate truncated mean on the y direction
 972     if(ncl[ir] > 3) AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean, syDis, Int_t(ncl[ir]*.8));
 973     else {
 974       mean = 0.; syDis = 0.;
 975       continue;
 976     }
 977
 978     if(fReconstructor->GetStreamLevel(AliTRDReconstructor::kTracker) > 3){
 979       TTreeSRedirector &cstreamer = *fReconstructor->GetDebugStream(AliTRDReconstructor::kTracker);
 980       TVectorD dy(ncl[ir], yres[ir]);
 981       UChar_t stat(0);
 982       if(IsKink()) SETBIT(stat, 0);
 983       if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 1);
 984       cstreamer << "AttachClusters"
 985           << "stat="   << stat
 986           << "det="    << fDet
 987           << "pt="     << fPt
 988           << "s2y="    << s2yTrk
 989           << "dy="     << &dy
 990           << "m="      << mean
 991           << "s="      << syDis
 992           << "\n";
 993     }
 994
 995     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
 996     if(kPRINT) printf("\tr[%2d] m[%f %5.3fsigma] s[%f]\n", ir, mean, TMath::Abs(mean/syDis), syDis);
 997     // select clusters on a 3 sigmaDistr level
 998     Bool_t kFOUND = kFALSE;
 999     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
1000       if(yres[ir][ic] - mean > 3. * syDis){
1001         clst[ir][ic] = 0x0; continue;
1002       }
1003       nrow[nr]++; kFOUND = kTRUE;
1004     }
1005     // exit loop
1006     if(kFOUND) nr++;
1007     lr = ir; if(nr>=3) break;
1008   }
1009   if(kPRINT) printf("lr[%d] nr[%d] nrow[0]=%d nrow[1]=%d nrow[2]=%d\n", lr, nr, nrow[0], nrow[1], nrow[2]);
1010
1011   // classify cluster rows
1012   Int_t row = -1;
1013   switch(nr){
1014   case 1:
1015     row = lr;
1016     break;
1017   case 2:
1018     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1019     if(nrow[0] > nrow[1]){ row = lr+1; lr = -1;}
1020     else{
1021       row = lr; lr = 1;
1022       nrow[2] = nrow[1];
1023       nrow[1] = nrow[0];
1024       nrow[0] = nrow[2];
1025     }
1026     break;
1027   case 3:
1028     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1029     break;
1030   }
1031   if(kPRINT) printf("\trow[%d] n[%d]\n\n", row, nrow[0]);
1032   if(row<0) return kFALSE;
1033
1034   // Select and store clusters
1035   // We should consider here :
1036   //  1. How far is the chamber boundary
1037   //  2. How big is the mean
1038   Int_t n = 0;
1039   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1040     Int_t jr = row + ir*lr;
1041     if(kPRINT) printf("\tattach %d clusters for row %d\n", ncl[jr], jr);
1042     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1043       if(!(c = clst[jr][ic])) continue;
1044       Int_t it = c->GetPadTime();
1045       // TODO proper indexing of clusters !!
1046       fIndexes[it+kNtb*ir]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1047       fClusters[it+kNtb*ir] = c;
1048
1049       //printf("\tid[%2d] it[%d] idx[%d]\n", ic, it, fIndexes[it]);
1050
1051       n++;
1052     }
1053   }
1054
1055   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1056   if (n < kClmin){
1057     //AliWarning(Form("Not enough clusters to fit the tracklet %d [%d].", n, kClmin));
1058     return kFALSE;
1059   }
1060   SetN(n);
1061
1062   // Load calibration parameters for this tracklet
1063   Calibrate();
1064
1065   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1066   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1067   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1068     if(!fClusters[it]) continue;
1069     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1070     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1071     irp++;
1072   }
1073   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1074   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1075   return kTRUE;
1076 }
1077
1078 //____________________________________________________________
1079 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1080 {
1081 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1082 //   The primitive data are
1083 //   - list of clusters
1084 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1085 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1086 //   - track reference position and direction
1087 //   - momentum of the track
1088 //   - time bin length [cm]
1089 //
1090 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1091 //
1092   fReconstructor = rec;
1093   AliTRDgeometry g;
1094   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1095   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1096   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1097   fPad[3] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1098   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1099   //fTgl = fZref[1];
1100   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1101   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1102   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1103     if(!(*cit)) return;
1104     n++;
1105     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1106     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1107   }
1108   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1109   Fit();
1110   CookLabels();
1111   GetProbability();
1112 }
1113
1114
1115 //____________________________________________________________________
1116 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1117 {
1118 //
1119 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1120 //
1121 // Parameters :
1122 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on
1123 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1124 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity
1125 //            and a finner error parameterization estimation [default false]
1126 // Output :
1127 //  True if successful
1128 //
1129 // Detailed description
1130 //
1131 //            Fit in the xy plane
1132 //
1133 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1134 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1135 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1136 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1137 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1138 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1139 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1140 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1141 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1142 // inclination is given for TRD by:
1143 // BEGIN_LATEX
1144 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1145 // END_LATEX
1146 //
1147 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1148 // by projection i.e.
1149 // BEGIN_LATEX
1150 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1151 // END_LATEX
1152 // and also by the lorentz angle correction
1153 //
1154 //            Fit in the xz plane
1155 //
1156 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1157 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1158 // fit (see below).
1159 //
1160 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1161 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1162 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1163 // of the z estimate is given by :
1164 // BEGIN_LATEX
1165 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1166 // END_LATEX
1167 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1168 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1169 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1170 //
1171 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1172 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1173 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1174 //   - no general model for the qx dependence
1175 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1176 //   - gain calibration dependence
1177 //
1178 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1179 //
1180 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1181 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1182 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1183 // BEGIN_LATEX
1184 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1185 // END_LATEX
1186 // and thus the radial position is:
1187 // BEGIN_LATEX
1188 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1189 // END_LATEX
1190 //
1191 //            Estimation of tracklet position error
1192 //
1193 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1194 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1195 // BEGIN_LATEX
1196 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1197 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1198 // END_LATEX
1199 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1200 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1201 // BEGIN_LATEX
1202 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1203 // END_LATEX
1204 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1205 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1206 //
1207 // Author
1208 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1209
1210   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1211
1212   const Int_t kClmin = 8;
1213
1214   // get track direction
1215   Double_t y0   = fYref[0];
1216   Double_t dydx = fYref[1];
1217   Double_t z0   = fZref[0];
1218   Double_t dzdx = fZref[1];
1219   Double_t yt, zt;
1220
1221   //AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1222   TLinearFitter  fitterY(1, "pol1");
1223   TLinearFitter  fitterZ(1, "pol1");
1224
1225   // book cluster information
1226   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1227
1228   Int_t n = 0;
1229   AliTRDcluster *c=0x0, **jc = &fClusters[0];
1230   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1231     xc[ic]  = -1.;
1232     yc[ic]  = 999.;
1233     zc[ic]  = 999.;
1234     sy[ic]  = 0.;
1235     if(!(c = (*jc))) continue;
1236     if(!c->IsInChamber()) continue;
1237
1238     Float_t w = 1.;
1239     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1240     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1241
1242     // cluster charge
1243     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1244     // pad row of leading
1245
1246     // Radial cluster position
1247     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1248     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1249     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1250
1251     // extrapolated track to cluster position
1252     yt = y0 - xc[n]*dydx;
1253     zt = z0 - xc[n]*dzdx;
1254
1255     // Recalculate cluster error based on tracking information
1256     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1257     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1258
1259     yc[n]   = fReconstructor->UseGAUS() ?
1260       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1261     zc[n]   = c->GetZ();
1262     //optional tilt correction
1263     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt));
1264
1265     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], TMath::Sqrt(sy[n]));
1266     fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1267     n++;
1268   }
1269   // to few clusters
1270   if (n < kClmin) return kFALSE;
1271
1272   // fit XY
1273   fitterY.Eval();
1274   fYfit[0] = fitterY.GetParameter(0);
1275   fYfit[1] = -fitterY.GetParameter(1);
1276   // store covariance
1277   Double_t *p = fitterY.GetCovarianceMatrix();
1278   fCov[0] = p[0]; // variance of y0
1279   fCov[1] = p[1]; // covariance of y0, dydx
1280   fCov[2] = p[3]; // variance of dydx
1281   // the ref radial position is set at the minimum of
1282   // the y variance of the tracklet
1283   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1284
1285   // fit XZ
1286   if(IsRowCross()){
1287 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1288     Float_t xMin = fX0;
1289     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1290     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1291     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1292       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1293       if(!(c = (*jc))) continue;
1294       if(!c->IsInChamber()) continue;
1295       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
1296       fX = fX0 - c->GetX();
1297     }
1298     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1299     // Error parameterization
1300     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1301     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1302
1303     // THE FIT X-Q PLANE METHOD
1304     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1305     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1306       if(!(c = (*jc))) continue;
1307       if(!c->IsInChamber()) continue;
1308       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1309       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1310       zc[n]   = c->GetZ();
1311       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1312       n--;
1313     }
1314     // fit XZ
1315     fitterZ.Eval();
1316     if(fitterZ.GetParameter(1)!=0.){
1317       fX = -fitterZ.GetParameter(0)/fitterZ.GetParameter(1);
1318       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1319       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1320       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1321       fX-=.055; // TODO to be understood
1322     }
1323
1324     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1325     // temporary external error parameterization
1326     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1327     // TODO correct formula
1328     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1329   } else {
1330     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1331     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1332   }
1333   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1334   return kTRUE;
1335 }
1336
1337
1338 /*
1339 //_____________________________________________________________________________
1340 void AliTRDseedV1::FitMI()
1341 {
1342 //
1343 // Fit the seed.
1344 // Marian Ivanov's version
1345 //
1346 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction.
1347 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1348 // dy = y - yt             (1)
1349 // the tilting correction is written :
1350 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1351 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1352 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1353 // from (1),(2),(3) and (4)
1354 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1355 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1356 // 1. use tilting correction for calculating the y
1357 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1358   const Float_t kRatio  = 0.8;
1359   const Int_t   kClmin  = 5;
1360   const Float_t kmaxtan = 2;
1361
1362   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1363                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1364                 return;              // Track inclined too much
1365         }
1366
1367   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1368   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing
1369   Int_t fNChange = 0;
1370
1371   Double_t sumw;
1372   Double_t sumwx;
1373   Double_t sumwx2;
1374   Double_t sumwy;
1375   Double_t sumwxy;
1376   Double_t sumwz;
1377   Double_t sumwxz;
1378
1379         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1380   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate
1381                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1382   Int_t    zouts[2*kNtb];
1383   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1384   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1385   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1386
1387   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1388   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1389
1390   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0;
1391   fN2 = 0;
1392   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1393     yres[i] = 10000.0;
1394     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1395     if(!c->IsInChamber()) continue;
1396     // Residual y
1397     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1398     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1399     fY[i] = c->GetY();
1400     fZ[i] = c->GetZ();
1401     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1402     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1403     fN++;
1404   }
1405
1406   if (fN < kClmin){
1407     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1408     return;
1409   }
1410   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1411   Float_t fZProb   = zouts[0];
1412   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1413   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1414     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1415     return;
1416   }
1417
1418   // Z distance bigger than pad - length
1419   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1420
1421   Int_t  breaktime = -1;
1422   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1423   Int_t  cumul[kNtb][2];
1424   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1425
1426   if (zouts[3] >= 3) {
1427
1428     //
1429     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1430     // with maximal number of accepted clusters
1431     //
1432     fNChange = 1;
1433     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1434       cumul[i][0] = counts[0];
1435       cumul[i][1] = counts[1];
1436       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1437       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1438     }
1439     Int_t  maxcount = 0;
1440     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1441       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1442       Int_t before = cumul[i][1];
1443       if (after + before > maxcount) {
1444         maxcount  = after + before;
1445         breaktime = i;
1446         mbefore   = kFALSE;
1447       }
1448       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1449       before = cumul[i][0];
1450       if (after + before > maxcount) {
1451         maxcount  = after + before;
1452         breaktime = i;
1453         mbefore   = kTRUE;
1454       }
1455     }
1456     breaktime -= 1;
1457   }
1458
1459   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1460     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1461     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1462   }
1463
1464   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1465       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1466     //
1467     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction
1468     //
1469     fNChange = 0;
1470     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1471       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1472     }
1473   }
1474
1475   if (fNChange > 0) {
1476     //
1477     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1478     //
1479     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1480       if (!fClusters[i]) continue;
1481       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1482       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1483       // Residual y
1484       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1485       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1486 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1487 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1488 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1489       }
1490     }
1491   }
1492
1493   Double_t yres2[kNtb];
1494   Double_t mean;
1495   Double_t sigma;
1496   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1497     if (!fClusters[i]) continue;
1498     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1499     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1500     yres2[fN2] = yres[i];
1501     fN2++;
1502   }
1503   if (fN2 < kClmin) {
1504                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1505     fN2 = 0;
1506     return;
1507   }
1508   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1509   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1510     sigma = sigmaexp;
1511   }
1512   //Float_t fSigmaY = sigma;
1513
1514   // Reset sums
1515   sumw   = 0;
1516   sumwx  = 0;
1517   sumwx2 = 0;
1518   sumwy  = 0;
1519   sumwxy = 0;
1520   sumwz  = 0;
1521   sumwxz = 0;
1522
1523   fN2    = 0;
1524   Float_t fMeanz = 0;
1525   Float_t fMPads = 0;
1526   fUsable = 0;
1527   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1528     if (!fClusters[i]) continue;
1529     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1530     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1531     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1532     SETBIT(fUsable,i);
1533     fN2++;
1534     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1535     Float_t weight = 1.0;
1536     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1537     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1538
1539
1540     Double_t x = fX[i];
1541     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1542
1543     sumw   += weight;
1544     sumwx  += x * weight;
1545     sumwx2 += x*x * weight;
1546     sumwy  += weight * yres[i];
1547     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1548     sumwz  += weight * fZ[i];
1549     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1550
1551   }
1552
1553   if (fN2 < kClmin){
1554                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1555     fN2 = 0;
1556     return;
1557   }
1558   fMeanz = sumwz / sumw;
1559   Float_t correction = 0;
1560   if (fNChange > 0) {
1561     // Tracklet on boundary
1562     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1563     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1564   }
1565
1566   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1567   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1568   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1569
1570   fS2Y = 0;
1571   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1572     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1573     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1574     fS2Y += delta*delta;
1575   }
1576   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1577         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1578         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1579
1580   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1581   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1582 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1583 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1584 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1585   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1586
1587   UpdateUsed();
1588 }*/
1589
1590 //___________________________________________________________________
1591 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1592 {
1593   //
1594   // Printing the seedstatus
1595   //
1596
1597   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1598   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1599   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1600
1601   Double_t cov[3], x=GetX();
1602   GetCovAt(x, cov);
1603   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1604   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1605   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1606
1607
1608   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1609
1610   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1611   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1612     if(!(*jc)) continue;
1613     (*jc)->Print(o);
1614   }
1615 }
1616
1617
1618 //___________________________________________________________________
1619 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1620 {
1621   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1622   // as the given one
1623
1624   if(!o) return kFALSE;
1625   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1626   if(!inTracklet) return kFALSE;
1627
1628   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1629     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1630     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1631   }
1632
1633   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1634   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1635   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1636
1637   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1638 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1639 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1640 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1641     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1642   }
1643 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1644
1645   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1646     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1647     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1648     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1649   }
1650
1651 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1652   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1653   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1654   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1655   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1656   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1657
1658   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1659   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1660   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1661   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1662
1663   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1664   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1665   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1666
1667   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1668     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1669     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1670     if (curCluster && inCluster){
1671       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1672         curCluster->Print();
1673         inCluster->Print();
1674         return kFALSE;
1675       }
1676     } else {
1677       // if one cluster exists, and corresponding
1678       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1679       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1680     }
1681   }
1682   return kTRUE;
1683 }
1684