]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/commitdiff
Reference to tracks forming the jet added.
authormorsch <morsch@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Wed, 6 May 2009 09:23:57 +0000 (09:23 +0000)
committermorsch <morsch@f7af4fe6-9843-0410-8265-dc069ae4e863>
Wed, 6 May 2009 09:23:57 +0000 (09:23 +0000)
(J. Klein)

JETAN/AliCdfJetFinder.cxx

index 7062e4955cd59df0f83a95b6d074a18869843ab1..04696753cf823cc8219bdc2bd59d3a635dc7c1a7 100644 (file)
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-
-//---------------------------------------------------------------------
-//
-//
-//---------------------------------------------------------------------
-#include <vector>
-#include <iostream>
-#include <Riostream.h>
-#include <TFile.h>
-#include <TCanvas.h>
-#include <TROOT.h>
-#include <TClonesArray.h>
-#include <TLorentzVector.h>
-#include <TH1F.h>
-#include <TH2F.h>
-#include <TBits.h>
-#include <TArrayF.h>
-#include "AliCdfJetFinder.h"
-#include "AliCdfJetHeader.h"
-#include "AliJetReader.h"
-#include "AliJetReaderHeader.h"
-#include "AliJet.h"
-#include "AliAODJet.h"
-#include "AliAODEvent.h"
-#include "TProfile.h"
-
-using namespace std ;
-
-struct varContainer // container for Particle variables
-  { // variables of container struct
-  Double_t  pt; Double_t eta; Double_t phi;
-  Int_t njet; // if jets are stored in varContainer nr_jet is multiplicity of jet
-  } ;
-
-ClassImp ( AliCdfJetFinder )
-
-//______________________________________________________________________________
-AliCdfJetFinder::AliCdfJetFinder():
-   AliJetFinder(),
-   fHistos(0)
-  {  /* Constructor */  }
-
-//______________________________________________________________________________
-AliCdfJetFinder::~AliCdfJetFinder()
-
-  {
-  // destructor
-  cout << "Calling the destructor ... " << endl ;
-  Reset();
-  cout << "Destructor called!" << endl;
-  }
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliCdfJetFinder::CreateOutputObjects(TList *histos)
-{
-  // Create the list of histograms. Only the list is owned.
-  fHistos = histos;
-
-  TH1F *h1 = new TH1F ("histo1", "no jets/event", 100, 0,20);
-  h1->SetStats(kTRUE);
-  h1->GetXaxis()->SetTitle("N_{jets}");
-  h1->GetYaxis()->SetTitle("#frac{dN}{dN_{jets}}");
-  h1->GetXaxis()->SetTitleColor(1);
-  h1->SetMarkerStyle(kFullCircle);
-  fHistos->Add(h1);
-
-  TH1F *h2 = new TH1F ("histo2", "no part/leading jet", 40, 0,40);
-  h2->SetStats(kTRUE);
-  h2->GetXaxis()->SetTitle("N_{leading}");
-  h2->GetYaxis()->SetTitle("#frac{dN}{dN_{leading}}");
-  h2->GetXaxis()->SetTitleColor(1);
-  h2->SetMarkerStyle(kFullCircle);
-  fHistos->Add(h2);
-
-  TProfile * h3 = new TProfile ("histo3","ProfileX of (pt,npart) of leading jets", 25, 0. ,25. , 0.,25. ) ;
-  h3->SetStats(kTRUE);
-  h3->GetXaxis()->SetTitle("P_{t}");
-  h3->GetYaxis()->SetTitle("N_{leading}");
-  h3->GetXaxis()->SetTitleColor(1);
-  h3->SetMarkerStyle(kFullCircle);
-  fHistos->Add(h3);
-
-  TH1F *h4 = new TH1F ("histo4", "Charge momentum distribution for leading jet", 500, 0 , 5);
-  fHistos->Add(h4);
-
-  TProfile *h5 = new TProfile ("histo5", "ProfileX of N_{charge} vs dphi leading jet", 100 , 0. , 200. , 0 , 100 );
-  fHistos->Add(h5);
-
-  TH1F *h6 = new TH1F ("histo6", " \"Transverse\" Pt Distribution ", 70, 0 , 14);
-  fHistos->Add(h6);
-
-
-//cout << "CreateOutputObjetcs done!" << endl ;
-}
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliCdfJetFinder::FindJets()
-  {
-  //cout << "Begining of FindJets ..." << endl ;
-  //1) Fill 1 array with momentum and initialise another array for indexes
-  //2) Run algorithm
-  //   2.1) Sort momentum array
-  //   2.2) loop over arrays of TLorentzVectors
-  //   2.3) flag as a possible jet
-  //3) fill AliAODJet list
-  Bool_t debug = kFALSE;
-
-  TRefArray *refs = 0;
-  Bool_t fromAod = !strcmp(fReader->ClassName(),"AliJetAODReader");
-  if (fromAod) { refs = fReader->GetReferences(); }
-
-  AliCdfJetHeader *header = (AliCdfJetHeader*)fHeader;
-  Double_t radius = header->GetRadius(); // get Radius from header
-//  cout << "Radius is : " << radius << endl ;
-
-  TClonesArray * vectArray = fReader->GetMomentumArray() ;
-  if ( vectArray == 0 ) { cout << "Could not get the momentum array" << endl; return; }
-
-  Int_t nPart = vectArray->GetEntries()  ; // n particles in this event;
-  if ( nPart == 0 ) { if (debug) cout << "entries = 0 ; Event empty !!!" << endl ; return; }
-
-  Int_t nJets = 0; // n jets in this event
-
-  fJets->SetNinput ( nPart ) ; // number of input objects
-
-  varContainer **vectParticle = new varContainer* [nPart]; // container for Particles
-  varContainer **vectJet      = new varContainer* [nPart]; // container for Jets
-
-  Double_t *ptArray = new Double_t [nPart] ; // momentum array
-  Int_t   *idxArray = new Int_t    [nPart] ; // index array of sorted pts
-
-  // initialisation of momentum and index arrays
-  //  cout << "Filling idxArray && momArray for sorting " << endl;
-  for ( Int_t i = 0 ; i < nPart ; i++ )
-    {// SORTING STEP :: ptArray with data from TClonesArray of TLorentzVector
-    TLorentzVector * lv = (TLorentzVector*) vectArray->At(i);
-    // INITIALISATION of local arrays for temporary storage
-    varContainer *aParticle = new varContainer;
-    aParticle->pt   = lv->Pt();
-    aParticle->eta  = lv->Eta();
-    aParticle->phi  = lv->Phi();
-    aParticle->njet = -1;
-    vectParticle[i] = aParticle;
-
-    // initializing arrays
-    idxArray [i] = 0 ;
-     ptArray [i] = aParticle->pt ;
-    }
-
-  TMath::Sort ( nPart, ptArray, idxArray ) ; // get a sorted array of indexes with size = size of TClonesArray
-
-  Double_t  pt_jet = 0. ,
-           eta_jet = 0. ,
-           phi_jet = 0. ,
-           sum_eta = 0. ,
-           sum_phi = 0. ;  // jet variables
-
-  Int_t idxPtSort = 0 ,  // index of array of sorted pt indexes
-         npartJet = 0 ;  // number of particles in curent jet
-
-  TBits lkup_table ( nPart ) ;  // bit container of size npart
-
-  while ( lkup_table.CountBits(0) != (UInt_t)nPart )
-    { // loop over particles in event until all flags are set
-    UInt_t first_non_flagged = lkup_table.FirstNullBit(0) ; // set the index to the first NON flagged bit ; less conditions
-
-    npartJet = 0 ; // reseting number of particles in jet
-    pt_jet   = 0.;
-    eta_jet  = 0.;
-    phi_jet  = 0.;
-    sum_eta  = 0.;
-    sum_phi  = 0.;
-
-    for ( UInt_t i_part = first_non_flagged ; i_part < (UInt_t)nPart ; i_part++ )
-      {// iteration over particles in event
-      // reseting variables
-
-      // the loop is done over sorted array of pt
-      idxPtSort = idxArray[i_part] ;  // index entry of TLorentzVector from vect_arr
-
-      if ( lkup_table.TestBitNumber(i_part) == 1 ) { continue; } // if 4vector is already flagged skip it
-
-      //taking info from vectParticle ;
-      Double_t  pt_tmp = vectParticle[idxPtSort]->pt ;
-      Double_t eta_tmp = vectParticle[idxPtSort]->eta ;
-      Double_t phi_tmp = vectParticle[idxPtSort]->phi ;
-      if (debug) printf("   particle %d: pt=%g\n", i_part, pt_tmp);
-
-      // all angles are expressed in rad
-
-      if ( TMath::Abs(eta_tmp) > 0.9 )
-         {
-         lkup_table.SetBitNumber ( i_part, 1 ) ; // mark particle as used to be skipped
-         continue ;
-         }
-
-
-      if ( i_part == first_non_flagged )
-        {// this is first particle in event; leading particle
-        // initialise the jet variables with leading particle numbers
-
-        npartJet++; // incrementing counter of particles in jet (nparJet == 1) (leading particle)
-        pt_jet = pt_tmp ;
-        eta_jet = eta_tmp ;
-        phi_jet = phi_tmp ;
-        if (debug) printf("  first part in jet: npartjet=%d  pt_jet=%g\n", npartJet, pt_jet);
-
-        lkup_table.SetBitNumber ( i_part, 1 ) ; // flag the 4vector
-
-        vectParticle[idxPtSort]->njet = nJets ; // associate particle with current jet
-
-        continue ; // skip to next particle
-        }
-
-      // condition to be in jet
-      Double_t deta = eta_jet - eta_tmp ;
-      Double_t dphi = phi_jet - phi_tmp ;
-
-      if ( dphi < -TMath::Pi() ) { dphi = -dphi - 2.0 * TMath::Pi() ; }
-      if ( dphi >  TMath::Pi() ) { dphi = -dphi + 2.0 * TMath::Pi() ; }
-
-      Double_t r_computed = TMath::Sqrt ( deta * deta + dphi * dphi ) ;
-
-      Bool_t in_jet = ( r_computed <= radius ) ? 1 : 0 ; // if r_computed is within jet_r in_jet == 1 else 0
-
-      if ( in_jet )
-        { // calculus of jet variables
-        npartJet++;  // incrementing counter of particles in jet
-
-        pt_jet += pt_tmp ;
-        sum_eta += (pt_tmp * eta_tmp) ;
-        sum_phi += (pt_tmp * phi_tmp) ;
-        eta_jet = sum_eta / pt_jet ;
-        phi_jet = sum_phi / pt_jet ;
-
-        lkup_table.SetBitNumber ( i_part, 1 ) ;  // flag the 4vector
-        vectParticle[idxPtSort]->njet = nJets ; // setting in particle list the associated jet
-        if (debug) printf("   particle added to jet: npartjet=%d  pt_jet=%g\n", npartJet, pt_jet);
-        continue ; // skip to next particle
-        }
-
-      }
-      // end of iteration over event; one jet definition
-
-    varContainer *aJet = new varContainer;
-    aJet->pt = pt_jet;
-    aJet->eta = eta_jet;
-    aJet->phi = phi_jet;
-    aJet->njet = npartJet;
-    vectJet[nJets++] = aJet;   // store the jet (from jet 0 to nJets-1 )
-    if (debug) printf("=== current jet: npartjet=%d  ptjet=%g\n", npartJet,pt_jet);
-
-       // writing aod information
-    Double_t px = 0., py = 0., pz = 0., en = 0.; // convert to 4-vector
-    px = pt_jet * TMath::Cos ( phi_jet ) ;
-    py = pt_jet * TMath::Sin ( phi_jet ) ;
-    pz = pt_jet / TMath::Tan ( 2.0 * TMath::ATan ( TMath::Exp ( -eta_jet ) ) ) ;
-    en = TMath::Sqrt ( px * px + py * py + pz * pz );
-
-    if (npartJet<2) continue;         // do not add jets with less than 2 particles
-    if (debug) cout << "Jet 4vect : " << "px = " << px << " ; py = " << py << " ; pz = " << pz << " ; E = " << en << endl;
-
-    AliAODJet jet (px, py, pz, en);
-//    cout << "Printing jet " << endl;
-    if (debug) jet.Print("");
-
-//    cout << "Adding jet ... " ;
-    AddJet(jet);
-//    cout << "added \n" << endl;
-
-//     if (fromAod)
-//       {
-//       for (Int_t parts = 0; parts < nPart; parts++ )
-//          { if (idx_jetT[parts] == nr_jet) {jet.AddTrack(refs->At(parts));} }
-//       }
-
-
-    }
-    // end of while loop over particles ; ends when all particles were flagged as used and all jets defined
-
-  /////////////////////////////////
-  ////   END OF EVENT PARSING   ///
-  /////////////////////////////////
-
-  Int_t   *jets_pt_idx = 0;     // sorted array of jets pt
-  Double_t    *jets_pt = 0;     // array of jets pts
-  Int_t leading_jet_index = -1 ;   // index of leading jet from vectJet
-  Int_t part_leadjet = 0 ;         // number of particles in leading jet
-  Double_t   pt_leadjet = 0. ; // pt  of leading jet
-  Double_t  eta_leadjet = 0. ; // eta of leading jet
-  Double_t  phi_leadjet = 0. ; // phi of leading jet
-  Int_t * idx_leadjet_part = 0;
-
-  if (nJets > 0)
-    { // if there is at least one jet in event
-    jets_pt_idx = new Int_t    [nJets] ;
-    jets_pt     = new Double_t [nJets] ;
-
-    // filing the idx_ptjets array
-    if (debug) printf("List of unsorted jets:\n");
-    for( Int_t i = 0 ; i < nJets ; i++ )
-      {
-      jets_pt_idx [i] = 0 ;
-      jets_pt [i] = vectJet[i]->pt ;
-      if (debug) cout << "   jet found: " << i << " npartjet=" << vectJet[i]->njet << "  jets_pt[i]= " << jets_pt [i] << endl;
-      }
-    TMath::Sort ( nJets, jets_pt , jets_pt_idx ) ; // sorting pt of jets
-
-    // selection of leading jet with nr of particles > 1
-    for( Int_t i = 0 ; i < nJets ; i++ )
-      {
-      if ( vectJet[ jets_pt_idx[i] ]->njet > 1 )
-        {
-        leading_jet_index = jets_pt_idx[i] ;
-        part_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->njet ; // number of particles in leading jet
-          pt_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->pt   ; // pt  of leading jet
-         eta_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->eta  ; // eta of leading jet
-         phi_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->phi  ; // phi of leading jet
-
-        cout << "Leading jet: npart = " << part_leadjet
-             << " ; pt  = " << pt_leadjet
-             << " ; phi = " << phi_leadjet
-             << " ; eta = " << eta_leadjet
-             << endl ;
-        break ;
-        }
-      }
-      // end of selection of leading jet
-
-   // Filling an array with indexes of leading jet particles
-   idx_leadjet_part = new Int_t [part_leadjet] ;
-   Int_t counter = 0;
-   if (debug) printf("   Searching particles with jet index %d\n", leading_jet_index);
-   for( Int_t i = 0 ; i <nPart ; i++ )
-     {
-     if ( vectParticle[i]->njet == leading_jet_index )
-       {
-       idx_leadjet_part[counter++] = i ;
-       if (debug) cout << "   " << counter-1 << ": index=" << i << "  pt=" <<  vectParticle[i]->pt << endl;
-       }
-     }
-   if ( (counter-1) > part_leadjet ) { cout << " Counter > part_leadjet !!!!" << endl;}
-
-   }
-    // end of loop over DETECTED jets
-
-
-
-// Calculus of part distribution in leading jet
-Double_t z = 0. ;
-Double_t *z_part_ljet = new Double_t [ part_leadjet ] ; // array of z of particles in leading jet
-for( Int_t j = 0 ; j < part_leadjet ; j++ )
-  {
-  Double_t z_j = vectParticle[idx_leadjet_part[j]]->pt ;
-  z =  z_j / pt_leadjet ;
-  z_part_ljet [j] = z ;
-  cout << "idx_leadjet_part[j] = " << idx_leadjet_part[j]
-      << " p of particle = " << z_j
-      << " pt lead jet = " << pt_leadjet
-      << " Z = " << z << endl;
-  }
-
-
-/*
-Double_t dphi_partLJ = 0. ;
-Double_t dphiArray [nPart];
-for( Int_t part = 0 ; part < nPart ; part++ )
-  {
-  dphi_partLJ = phi_leadjet - phi_partT [part] ;
-
-  if ( dphi_partLJ < -TMath::Pi() ) { dphi_partLJ = -dphi_partLJ - 2.0 * TMath::Pi() ; }
-  if ( dphi_partLJ >  TMath::Pi() ) { dphi_partLJ = -dphi_partLJ + 2.0 * TMath::Pi() ; }
-
-  dphi_partLJ = TMath::Abs(dphi_partLJ) ;
-
-  dphiArray [part] = dphi_partLJ ;
-  }
-*/
-  // Fill nr_jet histogram
-  if (fHistos)
-    {
-//    printf("FILLING histograms\n");
-    TH1F *h_jets = (TH1F*)fHistos->FindObject("histo1");
-    if (h_jets) h_jets->Fill(nJets);
-
-    // There may be no leading jet with more that 2 particles !
-    TH1F *h_leadpart = (TH1F*)fHistos->FindObject("histo2");
-    if (part_leadjet && h_leadpart) h_leadpart->Fill(part_leadjet);
-
-    TProfile * h_prof = (TProfile*)fHistos->FindObject("histo3");
-    if (part_leadjet && h_prof) h_prof->Fill(pt_leadjet,part_leadjet);
-
-    TH1F *h_MD = (TH1F*)fHistos->FindObject("histo4");
-      for( Int_t k = 0  ; k < part_leadjet ; k++)
-        { h_MD->Fill( z_part_ljet[k] ); }
-
-
-//     TProfile *h_phi = (TProfile*)fHistos->At(4);
-//     for( Int_t k = 0  ; k < nPart ; k++)
-//       { h_phi->Fill( TMath::RadToDeg() * dphiArray [k] , nPart ) ; }
-
-
-//    TH1F *h_tpd = (TH1F*)fHistos->At(5);
-//     for( Int_t k = 0  ; k < nPart ; k++)
-//       {
-//       if ( (phi_partT[k] > (TMath::Pi()/3.)) && (phi_partT[k] < (2. * TMath::Pi()/3.)) )
-//         { h_tpd->Fill( pt_partT [k] ) ; }
-//       }
-
-
-    }
-
-
-  // CLEANING SECTION
-  for (Int_t i=0; i<nPart; i++) delete vectParticle[i];
-  delete [] vectParticle;
-  for (Int_t i=0; i<nJets; i++) delete vectJet[i];
-  delete [] vectJet;
-  delete [] ptArray;
-  delete [] idxArray;
-
-  if (z_part_ljet) delete [] z_part_ljet;
-  if (idx_leadjet_part) delete [] idx_leadjet_part;
-  if (jets_pt_idx) delete [] jets_pt_idx ;
-  if (jets_pt) delete [] jets_pt ;
-
-  vectArray->Delete() ; // TClonesArray of lorentz vectors
-  }
-// end of FindJets
-
-
-//______________________________________________________________________________
-void AliCdfJetFinder::FinishRun()
-{}
-
+/**************************************************************************\r
+ * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *\r
+ *                                                                        *\r
+ * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *\r
+ * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *\r
+ *                                                                        *\r
+ * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *\r
+ * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *\r
+ * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *\r
+ * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *\r
+ * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *\r
+ * about the suitability of this software for any purpose. It is          *\r
+ * provided "as is" without express or implied warranty.                  *\r
+ **************************************************************************/\r
+\r
+//---------------------------------------------------------------------\r
+//\r
+//\r
+//---------------------------------------------------------------------\r
+#include <vector>\r
+#include <iostream>\r
+#include <Riostream.h>\r
+#include <TFile.h>\r
+#include <TCanvas.h>\r
+#include <TROOT.h>\r
+#include <TClonesArray.h>\r
+#include <TLorentzVector.h>\r
+#include <TH1F.h>\r
+#include <TH2F.h>\r
+#include <TBits.h>\r
+#include <TArrayF.h>\r
+#include "AliCdfJetFinder.h"\r
+#include "AliCdfJetHeader.h"\r
+#include "AliJetReader.h"\r
+#include "AliJetReaderHeader.h"\r
+#include "AliJet.h"\r
+#include "AliAODJet.h"\r
+#include "AliAODEvent.h"\r
+#include "TProfile.h"\r
+\r
+using namespace std ;\r
+\r
+struct varContainer // container for Particle variables\r
+  { // variables of container struct\r
+  Double_t  pt; Double_t eta; Double_t phi;\r
+  Int_t njet; // if jets are stored in varContainer nr_jet is multiplicity of jet\r
+  } ;\r
+\r
+ClassImp ( AliCdfJetFinder )\r
+\r
+//______________________________________________________________________________\r
+AliCdfJetFinder::AliCdfJetFinder():\r
+   AliJetFinder(),\r
+   fHistos(0)\r
+  {  /* Constructor */  }\r
+\r
+//______________________________________________________________________________\r
+AliCdfJetFinder::~AliCdfJetFinder()\r
+\r
+  {\r
+  // destructor\r
+  cout << "Calling the destructor ... " << endl ;\r
+  Reset();\r
+  cout << "Destructor called!" << endl;\r
+  }\r
+\r
+//______________________________________________________________________________\r
+void AliCdfJetFinder::CreateOutputObjects(TList *histos)\r
+{\r
+  // Create the list of histograms. Only the list is owned.\r
+  fHistos = histos;\r
+\r
+  TH1F *h1 = new TH1F ("histo1", "no jets/event", 100, 0,20);\r
+  h1->SetStats(kTRUE);\r
+  h1->GetXaxis()->SetTitle("N_{jets}");\r
+  h1->GetYaxis()->SetTitle("#frac{dN}{dN_{jets}}");\r
+  h1->GetXaxis()->SetTitleColor(1);\r
+  h1->SetMarkerStyle(kFullCircle);\r
+  fHistos->Add(h1);\r
+\r
+  TH1F *h2 = new TH1F ("histo2", "no part/leading jet", 40, 0,40);\r
+  h2->SetStats(kTRUE);\r
+  h2->GetXaxis()->SetTitle("N_{leading}");\r
+  h2->GetYaxis()->SetTitle("#frac{dN}{dN_{leading}}");\r
+  h2->GetXaxis()->SetTitleColor(1);\r
+  h2->SetMarkerStyle(kFullCircle);\r
+  fHistos->Add(h2);\r
+\r
+  TProfile * h3 = new TProfile ("histo3","ProfileX of (pt,npart) of leading jets", 25, 0. ,25. , 0.,25. ) ;\r
+  h3->SetStats(kTRUE);\r
+  h3->GetXaxis()->SetTitle("P_{t}");\r
+  h3->GetYaxis()->SetTitle("N_{leading}");\r
+  h3->GetXaxis()->SetTitleColor(1);\r
+  h3->SetMarkerStyle(kFullCircle);\r
+  fHistos->Add(h3);\r
+\r
+  TH1F *h4 = new TH1F ("histo4", "Charge momentum distribution for leading jet", 500, 0 , 5);\r
+  fHistos->Add(h4);\r
+\r
+  TProfile *h5 = new TProfile ("histo5", "ProfileX of N_{charge} vs dphi leading jet", 100 , 0. , 200. , 0 , 100 );\r
+  fHistos->Add(h5);\r
+\r
+  TH1F *h6 = new TH1F ("histo6", " \"Transverse\" Pt Distribution ", 70, 0 , 14);\r
+  fHistos->Add(h6);\r
+\r
+\r
+//cout << "CreateOutputObjetcs done!" << endl ;\r
+}\r
+\r
+//______________________________________________________________________________\r
+void AliCdfJetFinder::FindJets()\r
+  {\r
+  //cout << "Begining of FindJets ..." << endl ;\r
+  //1) Fill 1 array with momentum and initialise another array for indexes\r
+  //2) Run algorithm\r
+  //   2.1) Sort momentum array\r
+  //   2.2) loop over arrays of TLorentzVectors\r
+  //   2.3) flag as a possible jet\r
+  //3) fill AliAODJet list\r
+  Bool_t debug = kFALSE;\r
+\r
+  TRefArray *refs = 0;\r
+  Bool_t fromAod = !strcmp(fReader->ClassName(),"AliJetAODReader");\r
+  if (fromAod) { refs = fReader->GetReferences(); }\r
+\r
+  AliCdfJetHeader *header = (AliCdfJetHeader*)fHeader;\r
+  Double_t radius = header->GetRadius(); // get Radius from header\r
+//  cout << "Radius is : " << radius << endl ;\r
+\r
+  TClonesArray * vectArray = fReader->GetMomentumArray() ;\r
+  if ( vectArray == 0 ) { cout << "Could not get the momentum array" << endl; return; }\r
+\r
+  Int_t nPart = vectArray->GetEntries()  ; // n particles in this event;\r
+  if ( nPart == 0 ) { if (debug) cout << "entries = 0 ; Event empty !!!" << endl ; return; }\r
+\r
+  Int_t nJets = 0; // n jets in this event\r
+\r
+  fJets->SetNinput ( nPart ) ; // number of input objects\r
+\r
+  varContainer **vectParticle = new varContainer* [nPart]; // container for Particles\r
+  varContainer **vectJet      = new varContainer* [nPart]; // container for Jets\r
+\r
+  Double_t *ptArray = new Double_t [nPart] ; // momentum array\r
+  Int_t   *idxArray = new Int_t    [nPart] ; // index array of sorted pts\r
+\r
+  // initialisation of momentum and index arrays\r
+  //  cout << "Filling idxArray && momArray for sorting " << endl;\r
+  for ( Int_t i = 0 ; i < nPart ; i++ )\r
+    {// SORTING STEP :: ptArray with data from TClonesArray of TLorentzVector\r
+    TLorentzVector * lv = (TLorentzVector*) vectArray->At(i);\r
+    // INITIALISATION of local arrays for temporary storage\r
+    varContainer *aParticle = new varContainer;\r
+    aParticle->pt   = lv->Pt();\r
+    aParticle->eta  = lv->Eta();\r
+    aParticle->phi  = lv->Phi();\r
+    aParticle->njet = -1;\r
+    vectParticle[i] = aParticle;\r
+\r
+    // initializing arrays\r
+    idxArray [i] = 0 ;\r
+     ptArray [i] = aParticle->pt ;\r
+    }\r
+\r
+  TMath::Sort ( nPart, ptArray, idxArray ) ; // get a sorted array of indexes with size = size of TClonesArray\r
+\r
+  Double_t  pt_jet = 0. ,\r
+           eta_jet = 0. ,\r
+           phi_jet = 0. ,\r
+           sum_eta = 0. ,\r
+           sum_phi = 0. ;  // jet variables\r
+\r
+  Int_t idxPtSort = 0 ,  // index of array of sorted pt indexes\r
+         npartJet = 0 ;  // number of particles in curent jet\r
+\r
+  TBits lkup_table ( nPart ) ;  // bit container of size npart\r
+\r
+  while ( lkup_table.CountBits(0) != (UInt_t)nPart )\r
+    { // loop over particles in event until all flags are set\r
+    UInt_t first_non_flagged = lkup_table.FirstNullBit(0) ; // set the index to the first NON flagged bit ; less conditions\r
+\r
+    npartJet = 0 ; // reseting number of particles in jet\r
+    pt_jet   = 0.;\r
+    eta_jet  = 0.;\r
+    phi_jet  = 0.;\r
+    sum_eta  = 0.;\r
+    sum_phi  = 0.;\r
+\r
+    for ( UInt_t i_part = first_non_flagged ; i_part < (UInt_t)nPart ; i_part++ )\r
+      {// iteration over particles in event\r
+      // reseting variables\r
+\r
+      // the loop is done over sorted array of pt\r
+      idxPtSort = idxArray[i_part] ;  // index entry of TLorentzVector from vect_arr\r
+\r
+      if ( lkup_table.TestBitNumber(i_part) == 1 ) { continue; } // if 4vector is already flagged skip it\r
+\r
+      //taking info from vectParticle ;\r
+      Double_t  pt_tmp = vectParticle[idxPtSort]->pt ;\r
+      Double_t eta_tmp = vectParticle[idxPtSort]->eta ;\r
+      Double_t phi_tmp = vectParticle[idxPtSort]->phi ;\r
+      if (debug) printf("   particle %d: pt=%g\n", i_part, pt_tmp);\r
+\r
+      // all angles are expressed in rad\r
+\r
+      if ( TMath::Abs(eta_tmp) > 0.9 )\r
+         {\r
+         lkup_table.SetBitNumber ( i_part, 1 ) ; // mark particle as used to be skipped\r
+         continue ;\r
+         }\r
+\r
+\r
+      if ( i_part == first_non_flagged )\r
+        {// this is first particle in event; leading particle\r
+        // initialise the jet variables with leading particle numbers\r
+\r
+        npartJet++; // incrementing counter of particles in jet (nparJet == 1) (leading particle)\r
+        pt_jet = pt_tmp ;\r
+        eta_jet = eta_tmp ;\r
+        phi_jet = phi_tmp ;\r
+        if (debug) printf("  first part in jet: npartjet=%d  pt_jet=%g\n", npartJet, pt_jet);\r
+\r
+        lkup_table.SetBitNumber ( i_part, 1 ) ; // flag the 4vector\r
+\r
+        vectParticle[idxPtSort]->njet = nJets ; // associate particle with current jet\r
+\r
+        continue ; // skip to next particle\r
+        }\r
+\r
+      // condition to be in jet\r
+      Double_t deta = eta_jet - eta_tmp ;\r
+      Double_t dphi = phi_jet - phi_tmp ;\r
+\r
+      if ( dphi < -TMath::Pi() ) { dphi = -dphi - 2.0 * TMath::Pi() ; }\r
+      if ( dphi >  TMath::Pi() ) { dphi = -dphi + 2.0 * TMath::Pi() ; }\r
+\r
+      Double_t r_computed = TMath::Sqrt ( deta * deta + dphi * dphi ) ;\r
+\r
+      Bool_t in_jet = ( r_computed <= radius ) ? 1 : 0 ; // if r_computed is within jet_r in_jet == 1 else 0\r
+\r
+      if ( in_jet )\r
+        { // calculus of jet variables\r
+        npartJet++;  // incrementing counter of particles in jet\r
+\r
+        pt_jet += pt_tmp ;\r
+        sum_eta += (pt_tmp * eta_tmp) ;\r
+        sum_phi += (pt_tmp * phi_tmp) ;\r
+        eta_jet = sum_eta / pt_jet ;\r
+        phi_jet = sum_phi / pt_jet ;\r
+\r
+        lkup_table.SetBitNumber ( i_part, 1 ) ;  // flag the 4vector\r
+        vectParticle[idxPtSort]->njet = nJets ; // setting in particle list the associated jet\r
+        if (debug) printf("   particle added to jet: npartjet=%d  pt_jet=%g\n", npartJet, pt_jet);\r
+        continue ; // skip to next particle\r
+        }\r
+\r
+      }\r
+      // end of iteration over event; one jet definition\r
+\r
+    varContainer *aJet = new varContainer;\r
+    aJet->pt = pt_jet;\r
+    aJet->eta = eta_jet;\r
+    aJet->phi = phi_jet;\r
+    aJet->njet = npartJet;\r
+    vectJet[nJets++] = aJet;   // store the jet (from jet 0 to nJets-1 )\r
+    if (debug) printf("=== current jet: npartjet=%d  ptjet=%g\n", npartJet,pt_jet);\r
+\r
+       // writing aod information\r
+    Double_t px = 0., py = 0., pz = 0., en = 0.; // convert to 4-vector\r
+    px = pt_jet * TMath::Cos ( phi_jet ) ;\r
+    py = pt_jet * TMath::Sin ( phi_jet ) ;\r
+    pz = pt_jet / TMath::Tan ( 2.0 * TMath::ATan ( TMath::Exp ( -eta_jet ) ) ) ;\r
+    en = TMath::Sqrt ( px * px + py * py + pz * pz );\r
+\r
+    if (npartJet<2) continue;         // do not add jets with less than 2 particles\r
+    if (debug) cout << "Jet 4vect : " << "px = " << px << " ; py = " << py << " ; pz = " << pz << " ; E = " << en << endl;\r
+\r
+    AliAODJet jet (px, py, pz, en);\r
+//    cout << "Printing jet " << endl;\r
+    if (debug) jet.Print("");\r
+\r
+    if (fromAod) {\r
+      for (Int_t parts = 0; parts < nPart; parts++ ) { \r
+        if (vectParticle[parts]->njet == nJets-1) \r
+          jet.AddTrack(refs->At(parts));\r
+      }\r
+    }\r
+\r
+//    cout << "Adding jet ... " ;\r
+    AddJet(jet);\r
+//    cout << "added \n" << endl;\r
+\r
+    }\r
+    // end of while loop over particles ; ends when all particles were flagged as used and all jets defined\r
+\r
+  /////////////////////////////////\r
+  ////   END OF EVENT PARSING   ///\r
+  /////////////////////////////////\r
+\r
+  Int_t   *jets_pt_idx = 0;     // sorted array of jets pt\r
+  Double_t    *jets_pt = 0;     // array of jets pts\r
+  Int_t leading_jet_index = -1 ;   // index of leading jet from vectJet\r
+  Int_t part_leadjet = 0 ;         // number of particles in leading jet\r
+  Double_t   pt_leadjet = 0. ; // pt  of leading jet\r
+  Double_t  eta_leadjet = 0. ; // eta of leading jet\r
+  Double_t  phi_leadjet = 0. ; // phi of leading jet\r
+  Int_t * idx_leadjet_part = 0;\r
+\r
+  if (nJets > 0)\r
+    { // if there is at least one jet in event\r
+    jets_pt_idx = new Int_t    [nJets] ;\r
+    jets_pt     = new Double_t [nJets] ;\r
+\r
+    // filing the idx_ptjets array\r
+    if (debug) printf("List of unsorted jets:\n");\r
+    for( Int_t i = 0 ; i < nJets ; i++ )\r
+      {\r
+      jets_pt_idx [i] = 0 ;\r
+      jets_pt [i] = vectJet[i]->pt ;\r
+      if (debug) cout << "   jet found: " << i << " npartjet=" << vectJet[i]->njet << "  jets_pt[i]= " << jets_pt [i] << endl;\r
+      }\r
+    TMath::Sort ( nJets, jets_pt , jets_pt_idx ) ; // sorting pt of jets\r
+\r
+    // selection of leading jet with nr of particles > 1\r
+    for( Int_t i = 0 ; i < nJets ; i++ )\r
+      {\r
+      if ( vectJet[ jets_pt_idx[i] ]->njet > 1 )\r
+        {\r
+        leading_jet_index = jets_pt_idx[i] ;\r
+        part_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->njet ; // number of particles in leading jet\r
+          pt_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->pt   ; // pt  of leading jet\r
+         eta_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->eta  ; // eta of leading jet\r
+         phi_leadjet = vectJet[ leading_jet_index ]->phi  ; // phi of leading jet\r
+\r
+        cout << "Leading jet: npart = " << part_leadjet\r
+             << " ; pt  = " << pt_leadjet\r
+             << " ; phi = " << phi_leadjet\r
+             << " ; eta = " << eta_leadjet\r
+             << endl ;\r
+        break ;\r
+        }\r
+      }\r
+      // end of selection of leading jet\r
+\r
+   // Filling an array with indexes of leading jet particles\r
+   idx_leadjet_part = new Int_t [part_leadjet] ;\r
+   Int_t counter = 0;\r
+   if (debug) printf("   Searching particles with jet index %d\n", leading_jet_index);\r
+   for( Int_t i = 0 ; i <nPart ; i++ )\r
+     {\r
+     if ( vectParticle[i]->njet == leading_jet_index )\r
+       {\r
+       idx_leadjet_part[counter++] = i ;\r
+       if (debug) cout << "   " << counter-1 << ": index=" << i << "  pt=" <<  vectParticle[i]->pt << endl;\r
+       }\r
+     }\r
+   if ( (counter-1) > part_leadjet ) { cout << " Counter > part_leadjet !!!!" << endl;}\r
+\r
+   }\r
+    // end of loop over DETECTED jets\r
+\r
+\r
+\r
+// Calculus of part distribution in leading jet\r
+Double_t z = 0. ;\r
+Double_t *z_part_ljet = new Double_t [ part_leadjet ] ; // array of z of particles in leading jet\r
+for( Int_t j = 0 ; j < part_leadjet ; j++ )\r
+  {\r
+  Double_t z_j = vectParticle[idx_leadjet_part[j]]->pt ;\r
+  z =  z_j / pt_leadjet ;\r
+  z_part_ljet [j] = z ;\r
+  cout << "idx_leadjet_part[j] = " << idx_leadjet_part[j]\r
+      << " p of particle = " << z_j\r
+      << " pt lead jet = " << pt_leadjet\r
+      << " Z = " << z << endl;\r
+  }\r
+\r
+\r
+/*\r
+Double_t dphi_partLJ = 0. ;\r
+Double_t dphiArray [nPart];\r
+for( Int_t part = 0 ; part < nPart ; part++ )\r
+  {\r
+  dphi_partLJ = phi_leadjet - phi_partT [part] ;\r
+\r
+  if ( dphi_partLJ < -TMath::Pi() ) { dphi_partLJ = -dphi_partLJ - 2.0 * TMath::Pi() ; }\r
+  if ( dphi_partLJ >  TMath::Pi() ) { dphi_partLJ = -dphi_partLJ + 2.0 * TMath::Pi() ; }\r
+\r
+  dphi_partLJ = TMath::Abs(dphi_partLJ) ;\r
+\r
+  dphiArray [part] = dphi_partLJ ;\r
+  }\r
+*/\r
+  // Fill nr_jet histogram\r
+  if (fHistos)\r
+    {\r
+//    printf("FILLING histograms\n");\r
+    TH1F *h_jets = (TH1F*)fHistos->FindObject("histo1");\r
+    if (h_jets) h_jets->Fill(nJets);\r
+\r
+    // There may be no leading jet with more that 2 particles !\r
+    TH1F *h_leadpart = (TH1F*)fHistos->FindObject("histo2");\r
+    if (part_leadjet && h_leadpart) h_leadpart->Fill(part_leadjet);\r
+\r
+    TProfile * h_prof = (TProfile*)fHistos->FindObject("histo3");\r
+    if (part_leadjet && h_prof) h_prof->Fill(pt_leadjet,part_leadjet);\r
+\r
+    TH1F *h_MD = (TH1F*)fHistos->FindObject("histo4");\r
+      for( Int_t k = 0  ; k < part_leadjet ; k++)\r
+        { h_MD->Fill( z_part_ljet[k] ); }\r
+\r
+\r
+//     TProfile *h_phi = (TProfile*)fHistos->At(4);\r
+//     for( Int_t k = 0  ; k < nPart ; k++)\r
+//       { h_phi->Fill( TMath::RadToDeg() * dphiArray [k] , nPart ) ; }\r
+\r
+\r
+//    TH1F *h_tpd = (TH1F*)fHistos->At(5);\r
+//     for( Int_t k = 0  ; k < nPart ; k++)\r
+//       {\r
+//       if ( (phi_partT[k] > (TMath::Pi()/3.)) && (phi_partT[k] < (2. * TMath::Pi()/3.)) )\r
+//         { h_tpd->Fill( pt_partT [k] ) ; }\r
+//       }\r
+\r
+\r
+    }\r
+\r
+\r
+  // CLEANING SECTION\r
+  for (Int_t i=0; i<nPart; i++) delete vectParticle[i];\r
+  delete [] vectParticle;\r
+  for (Int_t i=0; i<nJets; i++) delete vectJet[i];\r
+  delete [] vectJet;\r
+  delete [] ptArray;\r
+  delete [] idxArray;\r
+\r
+  if (z_part_ljet) delete [] z_part_ljet;\r
+  if (idx_leadjet_part) delete [] idx_leadjet_part;\r
+  if (jets_pt_idx) delete [] jets_pt_idx ;\r
+  if (jets_pt) delete [] jets_pt ;\r
+\r
+  vectArray->Delete() ; // TClonesArray of lorentz vectors\r
+  }\r
+// end of FindJets\r
+\r
+\r
+//______________________________________________________________________________\r
+void AliCdfJetFinder::FinishRun()\r
+{}\r
+\r