Remove dependecies on obsolete classes: AliTRDmcmTracklet, AliTRDarrayI or AliTRDarrayF

Some little changes in AliDecayerPythia::ForceHadronicD, in
order to force the following decay channels:
1. Lambda_c --> Lambda pi
2. Lambda_c --> Lambda(1520) pi (resonant for Lambda_c --> pKpi)
3. D0 --> K*0 pi pi (resonant for D0 --> 4 prongs)
(Rossella Romita <r.romita@gsi.de>)

Modifications to ITS standalone tracker: 1) improve efficiency at low pt for p-p 2) remove unwanted eta cut 3) possibility to reject noise clusters in SDD and SSD with a cut on cluster charge (F. Prino)

In AliMUONTrackerDDLDecoder:
Fixing bug in code that tried to recover from corrupt data.
(Artur)

Changes in trigger:
- Add initialization of Apt histograms in AliMUONTriggerLut (otherwise they
are "null" when created via AliMUONTriggerIO, eventhough they are not used
anymore)
- Modify the Compare function in AliMUONTriggerLut in oder to properly loop
over the TH3 bins
- Change destinations of GLOBAl and REGIONAL trigger configuration CDB files
in the AliMUONTriggerSubprocessor (the old destinations were not used, anyway,
when the calibration data was initialized) to the same locations were
identical objects are written by AliMUONCDB; remove old destinations in the
CDB (?)
- Add a new ROOT file for the trigger Look-Up-Table with all-pt and low-pt
cuts (the old one contains low-pt and high-pt cuts) to be used when the CDB
entry is created by hand using AliMUONCDB
- Update READMEtrigger with an explanation of the two LUT ROOT files
(Bogdan)

In mapping:
Moving kStation1 and kStation2 from AliMp::StationType;
(there is kept only one value for stations 1 and 2:
kStation12) into a new enum, AliMq::Station12Type.
This should prevent from eventual mixing of these
values with the new value kStation12, representing sector
stations type (analogue to kStation345).

Raw2SDigits() restored and improved.

Adding documentation for RPHI distortion and quadrant alignment
(Marian)

Moving the OCDB object and mag field from the selector's input list to the input-data file in PROOF. Tested with v4-16-Release and root 5-22-00 on CAF. The PROOF based reconstruction would need further fixes in the trunk to accomodate for the new mag field related changes in root and aliroot.

Implementation of possibility to run the preprocessors to test the DAs.
Change of the OCDB/Reference path (LHC period dependence removed).

removed one more cout

cleanup of some cout's

This is rather large upgrade of the analysis. The sharing correction has been improved, the particle cut moved to AliFMDAnalysisTaskDensity. Reading of MC data for comparison has been implemented in AliFMDAnalysisTaskDndeta and the scripts to run the analysis

Dependence on AliPHOSRecoParam removed.

print values for POI in QC in finish
in GFC loop from bin+1

Avoiding memory problems.

Changed Zero to SetToZero to avoid hiding of the base class method

Changed AliRunLoader::GetRunLoader() into AliRunLoader::Instance()
Moved Run Number from gAlice to AliRunLoader

track number corrected

Introduce decoding of configuration data

When calculating a*a-b*b the form (a-b)*(a+b) is usually more numerically stable.

Raw2SDigits() removed (nobody use it)

Fix in the copy constructor (M. Masera)

Typo corrected

Macros to do fast simulation of processes important for tuning of reconstruction.

Currently fast simulation of ionization digitization and cluster
finder - AliTPCclusterFast

And the edge effect in rphi testEdgeFit.C

(Marian)

Pile-up flagging (F.Prino)

Adding documentation for ExB calibration (Marian)

The present commit corresponds to an important change in the way the
Magnetic qField is used in AliRoot.

- Only one field will be supported, the Chebichev parametrisation
  developed by R.Shahoyan, with the name AliMagF. Different field
  strengths will be obtained by changing the scale factor for the
  dipole and the solenoid fields. Some highlights of these changes are
  here

- All other mag field classes and maps are deleted

- The field is accessed via a call to
  TGeoGlobalMagField::Instance()->Field(...) both in simulation and in
  reconstruction. This has involved changes in very many files in the
  following modules: ACORDE, BCM, EMCAL, EVE, FMD, HLT, HMPID, ITS,
  MONITOR, MUON, PHOS, PMD, PWG1, PWG3, RAW, STEER, STRUCT, T0, TOF,
  TPC, TRD, VZERO, ZDC, test.

- The modifications to account for the new field were done in the
  compilable code and in all the macro. These have now to be carefully
  tested by the authors.

- If your macros are creating the field, note that the field should be
  constructed as:

AliMagF* fld = new AliMagF(
const char *anyname,  // same as before, up to you
const char* anytitle, // same as before, ...
Int_t integ,          // same as before, geant
Double_t factorSol=1.,// scaling (including the sign) for the solenoid
Double_t factorDip=1.,// new parameter, scaling for dipole
Double_t fmax=15,     // same as before
BMap_t maptype = k5kG,// map type: choices are AliMagF::k5kG,
                    // AliMagF::k2kG and k5kGUniform
                    // the latter will provide former AliMagFC-like
                    // field: constant Bz for L3, BX parabolic in
                    // Z for dipole
const char* path="$(ALICE_ROOT)/data/maps/mfchebKGI_sym.root",
                    // parameterization file to use.
BeamType_t btype=kBeamTypepp, // used to define the field for ZDC,
                    // choices are: AliMagF::kBeamTypeAA,
                    // AliMagF::kBeamTypepp, liMagF::kNoBeamField
Double_t benergy=7000., // currently only 450, 5000 and 7000 are
                      //supported, will be changed soon
Bool_t compensator=kFALSE // this are compensator dipoles for the
                      // Muon dipole, most probably it will be
                      // eliminated soon, set it to kTRUE for
                      // the moment
);

- Note that in order to make the field available to Aliroot it should
  be registered by

TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(fld);

- The following lock will prevent the field from resetting:

TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();

- In the macros and in the code the field may be accessed via either
  direct call

TGeoGlobalMagField::Instance()->Field(const double* x,double *b)

  or casted to
AliMagF* fld = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();

  in case you need the methods like GetTPCInt().

- Since many classes use only Bz component, I've added a new method
  AliMagF::GetBz(const double* x) which computes the Bz w/o spending
  the time on Bx,By.

Moved old AliMagFCheb to AliMagF, small fixes/optimizations in field classes

AliGenMUONCocktailpp is used with modified values of the
different cross-sections, hidden (as much as possible) from the people
who will analyze afterwards the results, in order to see the accuracy
of the physics analysis when unknown cross sections are at the input of
the Monte-Carlo. By default the hardwired values are used, and only if
intentionally some env variables are defined the values will be
changed, without print-out in the log file (as default).
(Bogdan Vulpescu)

Avoid segmentation violation in Notify when MC event handler is used at the same time.

Possibility to set threshold in SZ runs

options to set markers etc.

Fixed the vertex calculation to use the right sign

Fix to Jan Fiete's bug report

Corrected dipole segmentation bug introduced during AliMagFCheb->AliMagWrapCheb conversion.

small fix

new equations for differntail flow

reorganized a bit

Additional protection (macosx with gfortran)

Bug fix: enlarged array size, corrected initialization (linuxia64gcc)

clean up so code is less verbose for each event

Updated to new argument system, added the functionality to find out the number of files to analyze automatically.

overloaded write method

macro and flowevent maker to run part of the code in root

Set of protections and bug fixes

Updated geometry

Code cleanup in AliITSDetTypeRec and vertexers + minor bug fix in AliITSVertexer3D (F. Prino)

TEveJetCone moved to root/eve (piggyback on sync with ROOT trunk).

Add a Reset funcion

Make the JF similar to PYCELL, increase fiducial region

Adding extra options to the hit reconstructor component to better control recovery from data corruption and skipping of data words with detected parity errors.
Fixing logging messages in AliHLTMUONTriggerReconstructor.

file needed for TestFast.C

AliRsnMCInfo:
- added a datamember to store MC first point of track (for MC DCA)
- added all setters/getters related to this
- added a method to "shift" this point by the amount
  of a reference point (primary vertex)

AliRsnDaughter:
- in method "PhiDeg" and "ThetaDeg" call their radiants counterparts
  (they are inline so the compilation will be the same, but is more readable)
- add user-friendly methods to set the "kink" index accordingly
- explicitly added and "Adopt" for a TParticle object, used also for AliMCParticle

AliRsnEvent:
- added the MonteCarlo primary vertex and getters/setters for it
- added a method to correct trach DCA's for primary vertex which will be possible only from here

AliRsnCut:
- added track cut on MC impact parameter
- added track cut on kink daughter/mother
- corrected typo in cut on transverse momentum MC
- added event cut on Vz primary vertex
- added a method to know if the analyzed pair is made of the same tracks (e.g.: pi+pi+ k+k+ etc)
- added a method to know if the object is being used for mixing
- removed all methods which refer to event buffer and event matching search
- removed management of event mixing which is moved to analysis task

AliRsnPair:
- removed option "kTruePairs" (replaced with true pairs cut)
- removed "mixNum" value in constructor (mixing is managed at level of AnalysisTask object)
- removed unused "Init" method
- changed arguments of "ProcessPair" method to two AliRsnEvent (event buffer is not here any longer)
- removed "mixing cut" and everything referring to it

AliRsnReader:
- moved conversion methods from source to AliRsnDaughter here
- added an AliESDtrackCuts data-member for primary cuts (optionally used) and getters/setters for it

AliRsnAnalysisSE:
- added management of event mixing at the level of this object

AliRsnFunction:
- removed weighted filling of histograms
- added possibility to create bins for many variables (separately)

Bug fix (A. Maire)

analysis mode to start the analysis with analysis frame is not -grid- but -local- now

Remove class AliAnaCaloTriggerMC, not needed

1)Terminate() method implemented in the frame. Simple examples on what to do with it put in AliAnaExample and AliAnaPi0
2)New class AliMCAnalysisUtils, extracted method CheckOrigin from AliCaloPID, added some other MC generator utilities
3)Event number can be accessed in the analysis classes with method GetEventNumber
4)AliAnaCaloTrigger derives now from AliAnalysisTaskSE, MC additional information done in AliAnaCaloTriggerMC moved here

Including appropriate header

Corrected the vertex finding for the hits and primaries

Remove dependcies on obsolete data structures

Adding extra protection code to prevent seg-faults when processing online data. (Indra)
Added option to RunChain.C to use the raw reader publisher component rather than just a plain file publisher.

Fixing correctly previous problem

Fix to GetVertex

same modifications as in ppbench

allow to set the number of events throub an env variable

allow to set the number of events throub an env variable

allow to set the number of events throub an env variable

updrated the class version (forgot to do so after changing the QA data members)

updates of the PID reference data calibration (Alex W)
  - training with a pretrained network
  - steering macros

Updated to be in accord with AliFMDInput

Updated to be in accord with AliFMDInput

committed the wrong file previously

creates recraw if not exist

Need to include virtual class

fixed bugs with underflows

Compilation breaking fixing (Artur)

From Ivana: update for cahnges in MUON.

In mapping:
Introduced new methods in AliMpSegmentation class for access
to AliMpSector, AliMpSlat and AliMpTrigger objects,
and replaced code where these objects are accessed via
unsafe casting AliMpVSegmentation with use of these new functions.
(Ivana, Laurent)

added protection in case the QA object list is not initialized

added protection in case the QA object list is not initialized

Clean up

Clean up

Clean up

Clean up

Clean up

enabled QA

Reco parameters were adjusted to make consistent a reconstruction
of simulated digits and simulated raw data

improved the style histograms

Adding the Q dependent resolution picture (Marian)

Fix according to new entry in DAQ logbook.

Adding the possibility to run the analysis in eta-pT or y-pT (better for the corrections)

fixed a memory leak

New Analysis task for association of kine and ESD tracks a la RecoCheck (Artur)

further updates Q cumulants

Update of raw data simulation by WooJin

Cleaning up files, added documentation. Added ntuple for v0s.

Adding the resolution picures (Marian)

Jens changes - common base class for the Raw data calibration

AliTPCCalibCE.cxx.diff          Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibCE.h.diff            Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibPedestal.cxx.diff    Include usage of base class
AliTPCCalibPedestal.h.diff      Include usage of base class
AliTPCCalibPulser.cxx.diff      Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibPulser.h.diff        Include usage of base class, add possibility to set peak integration range for COG determination
AliTPCCalibRawBase.cxx          Base class for raw data processing, to be used in the basic calibration components
AliTPCCalibRawBase.h            Base class for raw data processing, to be used in the basic calibration components
AliTPCcalibLaser.cxx.diff       Added common IROC/OROC linear fit model, added rotation of associated track the laser track ref. frame
libTPCbase.pkg.diff             Added raw data calibration base class
TPCbaseLinkDef.h.diff           Added raw data calibration base class

Adding the description of real data (Marian)