Increased the default window for the TOF signal visualization

Increased the default window for the TOF signal visualization

protect QA agains non T objects

protect QA agains non TH objects

In AliITSRecoParam has been implemented the possibility of adding to the
ITS cluster errors an additional contribution to account for large
misalignments.
This is needed for tracking the cosmics in ITS alone,
and will be needed for tracking the cosmics in ITS+TPC.
The additional error can be added as:
AliITSRecoParam::SetClusterMisalError(XXXX);
where XXXX is the error in cm (few mm might be needed).
The error is then added for both y and z cluster coordinates.
(A. Dainese)

corrected resistir rods

Changes to perform cosmic tracking with June 2008 data. (A. Dainese)

new macros

bug fix in method IsOKForPlaneEff which cure anomalies for module at 90 degree (G. Bruno)

Bug fix related to an improper use of a TGeoXtru volume (E. Cattaruzza)

Dump the debug information for the ErrorParam only in case of "reasonable tracks"
(Marian Ivanov)

memory leak rectified

1. Adding protection against the "digital noise" clusters
function AliTPCclustererMI::AcceptCluster
For the moment the parameters of decision algorithm are hardwired
More flexible algorithm investigating the bits will be implemented in the future

2. Dump the signal if high StreamLevel

(Marian Ivanov)

Reference run number is added

Add sys. error to convariance matrices

Last overlaps (hopefully ...)

PMDda no more required, hence deleted

Corrected overlaps
corrected HV rod
updated resistor rod

Added new materials

Corrected overlaps found with 0,001 precision
(Bogdan)

Enable reading TPC only information for Kine reader

New version withe right table for monitorDeclareTable

Removed 20 small overlaps in SPD (M. Sitta)

Removing overlaps with TPC (M. Sitta)

introduce event browsing function.

Minjung correction for equipment id

Deleting of objects in TMap in destructor.

added new helper components to libAliHLTUtil (EsdCollector and AliHLTOUTPublisher) and related changes; minor code cleanup

Update for complying with train (first round)

bugfix: do not delete TClass objects in the dynamic handling of instances

bugfix: avoid underflow in numerical condition

Updating READMEgeometry:
Changed the precision for checking overlaps to 0.001 (was 0.01)

moved AliHLT reconstruction back to ::Reconstruct (using a temporary fix in AliReconstruction and awaiting the final AliLoader for HLT)

Switch on QA, as it seems it is not run by default anymore

Fixing overlaps in St1 geometry:
Shifted positions of special motifs and frame volume SQ12

silvermy - name change for DCS temperature alias, as suggested by Chiara Z

DDL map for June 2008 data taking. Added a modification forgotten in the previous commit

Changes needed for the analysis train (Mihaela)

Test suite for event-embedding (Adam).

AliEventInfo: rest of the getters. AliRecoParam: the getter becomes virtual and is implemented in a way that it will work when the detector has only one reco param.

silvermy@ornl.gov - use Reset instead of a 2nd RawReader - thanks Cvetan

Adding example how to submit jobs
(Marian)

Avoid some overlaps.

First prototype of the reco-param classes. Removal of static instance in the muon reconstructor.

Bug fixes and minor corrections

Initializing the index of the associated TOF cluster with -1.

silvermy@ornl.gov - some re-naming etc for DAQ DAs after discussion with Sylvain - thanks

Base DA changed to pick up only the SOD event

Some more overlaps

To correclty visualize the not-assigned/assigned/shared TOF clusters

SDD DDL maps for June 2008 data taking

Removed a cout statement

Adding example for coping of data (Marian)

Add hierarchical creation of destination directories for remote copies (Marian)

Base DA changed to be a monitoring DA and to pick up only the SOD event

First functional version to store detailed pid version on AOD level.
Filled in AliAnalysisTaskESDfilter for high pt tracks and fraction of low-pt (configurable) [Annalisa Mastroserio]

Protection against 0 pointer (Marian)

Additional debug information (Marian)

Added support for decay channel.

Use rapidity instead of eta at MC level.

Remove unneeded parameter. Protect against missing Hidden Info

Adding example on how to run on datasets

Fix includes

Correct z position saving

ProcessDCS() return kFALSE

Enable reading TPC only parameters as the main ones

Save also EventCut histograms

Adding Eta and Phi histograms

Adding new cut monitors

working with datasets

Just something left from v2...now clean

Take the trigger mask from the raw-data header in case CTP raw-data is not present.

Fixing overlaps in SC11, SC12, SC13, SC14 volumes.
(Bogdan)

Possible now again to save different output containers to the same file.

Script to read reconstructed events online from HLT PHOS at P2

Geometry checked and corrected with sampling option.

Using the new signature of SetQA and SetRunQA

Switch from TArrayI to TArrayS in the list of bad pixels in the SPD calibration object (H.Tydesjo, D. Elia)

Overlap found with sampling corrected.

Bug in calc. of Y() corrected.

Cleanup and working proof task

Minimize the interaction with the IO
Caching of the job information in the memory
Preparation for the Alien implementation
(Marian)

Removing staging script
Only staging shell script is generated (Marian)

Adding protection - in case of several agents try to write to the same directory
Identification using hostname  (Marian)

Modification of the calibration software
(better treatment of zerro suppressed data)
+
Modifications due to the new RCU firmware

(Jens Wiechula)

AliTPCCalibCE.cxx.diff      Added functionality to set the peak finding range, noise thresholds and specify whether the data are zero suppressed.
AliTPCCalibCE.h.diff        Added functionality to set the peak finding range, noise thresholds and specify whether the data are zero suppressed.
AliTPCCalibPulser.cxx.diff  Added functionality to specify whether the data are zero suppressed.
AliTPCCalibPulser.h.diff    Added functionality to specify whether the data are zero suppressed.
AliTPCMonitorAltro.h.diff   Added support for the new RCU firmware.
AliTPCMonitor.cxx.diff      Remove baseline and noise calculation to speed up code, fix problem reading zero suppressed data.

memory leak is rectified

Added reading of conditions.csv, the configuration file

Added support for strip range calib objects

fixed bugs in the container management

Bug fixed in deleting pointers.

Adding the setter for the detector PID (Annalisa)

Overlaps between dipole and hall corrected.

Small overlaps with SHIL corrected.

Adding TPC specific information about events

1. To be filled with information form RCU trailer(s)
2. Some of the variables to be used in reconstruction
(Marian, Magnus)

Small overlaps corrected.

1. Adding error registers 3 & 4. They contain the information about an address and block length mismatches. 2. Fix in order to remove the fake raw-data decoding errors in case of sparse readout (in case only RCU or Altro trailers are present).

updated documentation

introduced ALIHLTSYSTEM_PROFILING define for conditional framework profiling

added NDEBUG and DEBUG flags; check for latest dependencies in TRD and ITS; minor bugfix in module status printout

Small overlap in rb24 bellow corrected.