An order in the loop changed to avoid an occasional rewriting.

preserve event count during output of high level tracks (only used for
debug) (Theodor)

minor update of HLT TRD macros (Theodor)
- don't use std::sort in CINT, as it has issues
- use same defaults for all macros

New class.
Author LOPEZ Xavier <lopez@clermont.in2p3.fr>

New reader for the pedestal run and vdrift (Julian) and some bug fixing (Raphaelle)

If nothing calculated in the current run, use HG/LG ratio from the previous one.

Possibility to filter the ESD friends and add objects to AliESDfriends.root. Major change in AliESDfriendsTrack where the ITS, TPC and TRD arrays of indices became pointers. They are filled only on demand (Chiara)

Fixed bug with module numeration; added prtection against low statistics histograms.

Only selected events are written to AOD.

Fix small printout bug; fix OFFLINE mode run number

- updated OCDB entry to contain the new argument -charge-threshold 10

- created argument for setting the charge threshold (-charge-threshold), default is 10

Change the mass hypothesis for the local copy of a V0, not for the original V0.

Possibility to skip the first n events in a file.

Fix local mask calculation logic for subsequent FET and MT runs

Returns 1 in case algorithm has not converged.

update from Per Thomas

fix coding rules

sorry - SetFittingAlgorithm call was needed with latest trunk, but should be treated with caution

start using AliCaloRawAnalyzer for all methods

Track matching returned to AliPHOSTracker

Using FIRSTYEAR for EMCAL

Protection against too small sigma added.

Added infos in ntuple: triggered containes the response of AliPhysicsSelection, if used; added dphiSPD; added variables for re-computed TRK And TPC vertices without (nc) and with (c) diamond constraint

Fixes for bug #61900: Restore capaibility to chooses ITS PID method (Marco)

Minor fix

Fix for bug #60504: Error in AliEMCALRawUtils causing a interruption of simulation. The problem was in a missing delete, the number of opened files was too high

The flag of AliESDRun beam energy format was set only once, in the SlaveBegin. Moved to ProcessEvent

Keep the syswatch from the simulation

Remove Calib/FEE/

graphs for amplitude calibration for runs from 104890

Coding viloations fixed.

Modifying build files according to recent changes

Coding violation fixing
(Marian)

Removing the coding violation
(Jens Wiechula)

Changes needed for the global track matching with PHOS (D. Peressounko)

Forgotten increas in the ClassDef.

Coding conventions

Bug fix for https://savannah.cern.ch/bugs/?61603

Adding / modifying three algorithms to the HLT processing
and raw data extraction: 1) LMS (Least Mean Square Fit),
2) Crude ( amp = max - pedestal), 3) PeakFinder (Amp = optimum weight of the samples )

Adding / removing files to the build system

Changing the linkdef file according to recent changes

Modifed the "mother of all"  PHOS/EMCAL raw data analysis component
to use the new RawAnalyzer in off-line  / HLT

Moved to  the aliroot/EMCAL directory and therefore
deleted here.

The RawAnalyzer classes are moved to the aliroot/EMCAL
directory  in order to be made available also for
off-line.

Reoving  "Man in the middle" classes. The ChiSquare  (or LMS)
is conceptually the same for EMCAL and PHOS and is implemented
as a common "Calo" class (currently in the aliroot/EMCAL directory)

Removing man in the middle classes.  They will be implemnted
in their specialized PHOS / EMCAL versions

Removing "Man in the Middle"  classes AliHLTCaloRawAnalyzerCrudeComponent.h/cxx
They will be implemented in their respectively EMCAL/PHOS  specializations
which require the  detector specific parameters such as the trigger info an geometry to be known.

Removing unused code

Fixing coding violations.

Updated documentation (reference data for validation) in SDD DAs

more cut options

 added option for running with AliAnalyisTaskTaggedPhoton

Changed directroy naming for common out output

 Modifications in AliAnaOmegaToPi0Gamma:

1) Change the bins, min and max in accordance with PWG4 function GetHistoPtBins etc
2) add two pt cuts: fPi0OverOmegaPtCut and fGammaOverOmegaPtCut
3) change the code of vertex z cut
4) add analysis to train wagon

Correct update of sigma.

Added Analysis of forward, away and transverse zone as a function of pt of the jet. (Arian)

Updated geometry

added possiblity to select on bunch crossing IDs

Clustering with free sigma added.

Make sure that 3D view rotates around origin.

Updated list of libraries

Add Two Track resolution test class

Setter for K
Histos for responsibilities.

Correction in the distance definition.

update from Per Thomas - mainly renaming classes

Fix in the file open option

Corrections for randomized event.

some changes to run on deltaAODs, added PWG4 to directory (omega3pi)

 running on mc adding extra histograms

AliTPCtrackerMI.cxx
1.) Applying the cut to reject kink candidate with small direction changes
2.) Make order in StreamLevel to dump reconstruction debug information
    (Do not dump anything for the defual recosntruction production)

AliTPCRecoParam.h AliTPCRecoParam.cxx AliTPCtrack.cxx

1.) Possibility to switch off outer detectors form the refit
2.) Adding the chi2 cut on the change of the track angle to accept kink
    (Important to reduce amount of fake kink candidates)

AliTPCtrackerMI.cxx
1.) Applying the cut to reject kink candidate with small direction changes
2.) Make order in StreamLevel to dump reconstruction debug information
    (Do not dump anything for the defual recosntruction production)

Added modification in the particle correlations tasks proposed by Gustavo

clean up

Keeping the information after the first pass through TPC (M. Ivanov)

added trigger selections and more variables in the output (Marta)

Some new plots added.
- 2-cluster correlation
- sumPt

In AliMUONTriggerEfficiencyCells:
 - Allow the initialization from the output file of the analysis task.
 - Fix bug in destructor.
(Diego)

Added possibility to connect task containers to the file managed by the output handler.

Removing obsolete objects Mapping, DDLStore from OCDB.

Add functionality for local masks calculation

bug fix

Fix bug in WriteLocalMasks, use same iteration as in ReadLocalMasks

AddTaskJets: added some extra jet finders (kt with different R parmaters) TaskJetsSpectrum: Flag to swtich on and off physicsselection, Train: Added KMeans task

allow to select events with AliPhysicsSelection directly, added some control histos counting the number of jets above threshold, only store generated jets histos inc case we have a generated jet branch set

peak finder code from Per Thomas/Yale

Neural Net signal fitter code from Paola/Catania

Fixes to obey coding conventions

Added protection in AliHMPIDParam::FindTemp() in case tLow is equal to tHigh

Add a RecoParameter to switch off the check of triggered sub-detectors in the tracker

Fix bug in the calculation of true d0 for MC analysis

changes by Diego

Possibility to select the injector lines to be used in drift speed calculation (F. Prino)

to use AliPhysicsSelection class

update for LYZ

Mihaela: New version of analysis train macro

Correct time at vertex for beam-gas simulations.

Time at vertex corrected.

Update.

Enlarge error on Zvertex when more than 1 peak is found (F. Prino)