cluster unfolding code from Cynthia

Modification for new Eve (Marian)

Adding new Task - Krypton calibration (Jacek)

Adding new Task  for Kr analysis (Jacek)

Bug fix - integer rounding  (Marian)

Add macro for TPC Krypton cluster analysis (Jacek)

Initialize the transformation matrixes (Marian)

Corrected the cooling bars positioning in the TOF supermodules where the holes in front of the PHOS detector are present (i.e. sector number 13, 14 and 15)

Remove inline statement in implementetion file  -
Does not work for exotic  compilers (Marian)

Test implementation of event pool based on TagAnalysis.

Ignore errors in ReadGeoMatrices  in  case the GeoManager is not
yet initialized.  (Rafaelle)

Fix to Form(...) call

From Alexandru:

The new stuff is to draw and analyse reconstructed data (TRD tracks
and tracklets) on the event display. The macro shows how the new
classes are used.

Updated geometry. Includes FMD named shapes

put back destructor

changed binning: accepts events in z +- 30cm and eta +- 3
new zero bin correction

Make sure proper ALICE geometry is initialized before calling AliFMDGeometry::Instance().

Configuration example for correlations of gamma and jets reconstructed  around leading

Analysis for particle-jet correlation added, jet reconstructed in this class, not with JETAN

From Christian Holm Christensen.

Attached is the code for the FMD event display in EVE.  The class
AliEveFMDLoader (in AliEveFMDLoader.h and AliEveFMDLoader.cxx) is a
singleton object that implements display of simulated hits, digits from
simulation, digits from raw data, and ESD data for the FMD.  The active
sensor areas are drawn using TEveGeoShape, and hits are drawn using
TEveBoxSet. The height and colour of the boxes depend on the current
palette range and the signal size of the appropriate kind.  The data is
structured according to the FMD hierarchy:

        FMD1 -+- FMD1i -+- FMD1i[ 0- 1] -+- FMD1i[0]
                        |                \- FMD1i[1]
                        +- FMD1i[ 2- 3] -+- FMD1i[2]
                        ...
                        +- FMD1i[18-19] -+- FMD1i[18]
                                         \- FMD1i[19]
        FMD2 -+- FMD2i -+- ...
              ...
              \- FMD2o -+- ...
        FMD3 -+- FMD3i -+- ...
              ...
              \- FMD3o -+- ...

The four attached scripts fmd_hits2.C, fmd_digits.C, fmd_raw.C, and
fmd_esd.C uses the AliEveFMDLoader instance to load and display
simulated hits, simulated digits, raw data, and ESD for the FMD.  The
script fmd_hits2.C could take the place of fmd_hits.C in
EVE/alice-macros.

Finally, the script display.C is my attempt at making some more
user-friendly navigation panels using ROOT's lightweight TControlBar
objects.

Init() added to interface.

Was wrong file.

correcting the scope of the storage

Update in the interface for HLT and for visualization

Update in the interface for HLT and for visualization

New data members to store reconstructed jet and background

Apply selection criterias
(Marian)

AOB branch referenced, delete not necessary, just clear. #includes-class changed

remove some shadows

From Alexandru:

I have performed a revision of the TRD code and I have attached here
all the classes which were modified (plus some new ones). I have also
included 2 macros which should be tutorial enough on how one can use
the TRD classes.

remove some warnings

Fixed compiler warnings

Typo in the name of the "HLTmode" parameter retrievd from the DAQ logbook corrected.

minor bugfixes (table names); get rid of warnings(Jenny)

Warning fixed

Fix shadowed declarations
(Javier)

- Small fix for shadowing variables

Change explicit user name to the $ALICE_ROOT path

Don't call stage function (Marian)

Use only alien for the output (Marian)

Use my defaults

Extended debug information (Marian)

Extended debug information for high StreamLevels (Marian)

New private method ReflectClusterAroundZAxisForLayer plus related data members to estimate combinatorial background  (G. Bruno)

Copy and =operator implemented

Uninitilized variable (Marian)

Skip repeating entries (Marian)

Change cut setting in order to suppress noise background (Marian)

Adding function for fast random access to the simulated digits (Marian)

Speedup the code

AliTPCclusterKr.h
- Removed unneccessary Compress function

AliTPCclustererKr.cxx  AliTPCclustererKr.h
- Divide function FindClusterIO to two function
   - MakeCluster added
- GetThe size of array before loop
- Use uncheckedAt inside loop we konw the range
- Split and condition - Abs and Class Function called only once
- Use integer precission for local variables - (vtune warnings)

Adding unchecked function (Marian)

AliTPCclustererKr.h   -
use simple Tree for output

AliTPCclusterKr.cxx -
Removed memory leak -  fCluster->Delete()

AliTPCclustererKr.cxx -
Use uncheked access to the digits  - Speed up factor 5
Removed huge memory leak -
Delete maximaInSector->RemoveAt(it2);
Use local variables instead allocation on HEAP tmp pointer to the clusterKr

HLT data processing implemented.

Changes with time  coordinate (Marian)

Fixed some initialization warnings

AliTPCclustererKr.h  - Adding debugging histograms
AliTPCclusterKr.cxx  - Center of gravity changed
FindKrClusters.C     - Using OCDB

- Small fix in data ownership by containers

Changing DAQ logbook entry name time_start --> DAQ_time_start, time_end --> DAQ_time_end.

- New analysis mode implemented: StartAnalysis("mix"). Requires a AliVEventPool to be connected to the manager via SetEventPool(). Analysis manager steering the loop over pool bins and notifying all tasks via the method AliAnalysisTask::NotifyBinChange().

get rid of compilation warning

Moved AliPDG from libSTEER to libSTEERBase

Changing the format of the default object stored in /home/belikov/alice/aliroot_trunk/GRP/GRP/Data

The GRP CDB entry is not any more a TList, but a TMap

From Yura: Add HMPID.

TPC commissioning run week 21 (Kennth, Gaute, Jochen)
- compilation warnings corrected
- bugfix KryptonClusterFinder: creating hwaddress
- bugfix TPCKryptonClusterFinder and ClusterFinder: size of buffer not set
  to 0 for SOR and EOR events.
- TPCClusterDumpComponent updated: produce nicer output.
- Added a macro to test the KryptonClusterfinder, ClusterDump,
- ActivePads(from kryptonClusterFinder), ClusterHistogramComponent and
  HistogramHandler.

Change of interface.

 One more warning  fixed

Removing redundant declaration

- Make alignment test script work again
- Update misalignment macro description
(Javier)

 preprocessor stored DCS points in RefCDB

get rid of warnings

Warning Fixed

Warnings fixed

Method shadowing corrected.

Little change needed for the HMPID visualization.

fixed 2 warnings

In AliMUONGlobalCrateConfig:
- Corrected shadowed variables
- Adding missing initialization of data members in ctor

Warnings Fixed

Misprint corrected.

Coding conventions

ctor and assop

ctor and asingment

Object updated: parameters to treat bad channels

Bug fix (Class version number)

Do not exit with AliFatal when the AliITSRecoParam object is not retrieved in the OCDB, provided that it has been already set, e.g. in rec.C

remove some warnings (more to come)

Removed pointers to TClonesArray

correct typo

Updated Shuttle preprocessor for p-p collisions

Temporary patch to fix bug in shared
mameory handling.

In AliMUONRawStreamTriggerHP:
- Getting rid of warnings about shadowed method.
- Adding missing check for trigger scalar events.
(Artur)

clusters.C -- a new macro to display used/shared/non-used clusters. In tpc_clusters.C do not unload rec-points at the end.

Little changes needed for the visualization.

Possibility of reading AliAlignObj from OCDB (R. Grosso)

Protection against 0x0 in TList.

memory leaks

Clean shadowed declarations

Raw-reader should be reset.

Updating for gfortran

New line missing.