Modifying processing of Pressure sensors:
- if (fit || graph) --> ok
- else --> error
(following discussion with Haavard - see bug 58331)

Resolved problems with merging
2 classes missing in previous commit
(Marian)

Adding alarms and graphical representation of alarms
(Jens)
AliTPCcalibDB.cxx.diff Add loading of dataQA, adopt creation of GUI tree
AliTPCcalibDB.h.diff Add loading of dataQA, adopt creation of GUI tree
AliTPCcalibDButil.cxx.diff Add loading of reference data, creation of reference GUI tree
AliTPCcalibDButil.h.diff Add loading of reference data, creation of reference GUI tree
AliTPCCalibViewerGUI.h.diff Add getters to handle custom draw strings
AliTPCCalibViewerGUItime.cxx.diff Add getters to handle custom draw stings. Code cleanup.
AliTPCCalibViewerGUItime.h.diff Adopt gui tree / reference tree creation / loading
AliTPCMonitor.cxx.diff For root raw files add possibility to navigate to a certain event in the file
libTPCbase.pkg.diff Add AliTPCCalibQAChecker, AliTPCCalibViewerGUIAlarms
TPCbaseLinkDef.h.diff Add AliTPCCalibQAChecker, AliTPCCalibViewerGUIAlarms
AliTPCCalibQAChecker.cxx New class for calib data checking, mostly based on tree draw, but also histograms, graphs, numbers
AliTPCCalibQAChecker.h New class for calib data checking, mostly based on tree draw, but also histograms, graphs, numbers
AliTPCCalibViewerGUIAlarms.cxx New class. GUI interface for calibration alarms. Will be used in AMORE and offline.
AliTPCCalibViewerGUIAlarms.h New class. GUI interface for calibration alarms. Will be used in AMORE and offline.

bugfix: moving call to AliTPCcalibDB::SetExBField to DoInit() It was not executed any more, causing a seg fault in the ExB correction

bugfix: wrong result convention was used in r36516

bugfix: wrong mask was used for trigger pattern in CDH[6]

disable the CTP trigger pattern in the HLT simulation as this
needs some more work to be included in the trigger framework currently under development

allow names with the '-' character in items. This is a temporary solution like in r35411.
It has beendeactivated in r36097, but it turns out to be necessary again for the correct
evaluation of the trigger menu until the final concept is in place
See https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?58205

adding libAliHLTGlobal to unit test

adding the libPHOSUtils dependency for the libAliHLTGlobal

the track angle is checked before rotation a track, in order to avoid AliError() message from AliExternalTrackParam::Rotate()

bugfix: using correct detector string for the setup of the AliHLTCaloMapper class

eliminating further private copy of AliMagF and cleaning the header file includes where not neede anymore

bug fix: reconstruction crash when the output buffer size exceed

apply alignment to the geometry in TRD Clustizer and Tracker (Theo)

removing the generation of the local solenoidBz OCDB entry
removing default entry

removing all code regarding the solenoidBz OCDB entry formerly used
to propagate the field value from DCS to the components in the online
system. The framework now initializes the global AliMagF instance,
which is used by the components fot the field setup

remove option to pushback every n events (Theodor)

adding documentation of the field conventions
using the AliGRPManager again for verbose output
changing the default polarities (corresponding to positive fields):
  l3: positive -> 0
  dp: negative -> 1

too much memory was allocated for temp. arrays

- realistic input multiplier
- cosmetics

- vectors removed from the ITSTracker class, to avoid a continuous increase of the booked memory
- cleanup

compilation warning fixed

Corrected documentation explaing the polarities conventions. NO code change

adding common functionality for the magnetic field to the component interface

Bug fix in copy constructor and assignement operator (Matthias + me)

Add missing newline at the end

release a temporary memory at each event, to avoid continious memory increase

change an estimate of the output size

Protection against gMinuit deletion by third party added

bug fix: access to deleted pointer

do not use the AliGRPManager until bug
https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?58403 is fixed

adding macro to create a GRP entry for various field settings
usage:
    aliroot -b -q -l $ALICE_ROOT/HLT/exa/makeGRPObject.C'("default", "$PWD")'
    aliroot -b -q -l $ALICE_ROOT/HLT/exa/makeGRPObject.C'("off", "$PWD")'
    aliroot -b -q -l $ALICE_ROOT/HLT/exa/makeGRPObject.C'("l3=12000", "$PWD")'
    aliroot -b -q -l $ALICE_ROOT/HLT/exa/makeGRPObject.C # for help

Updated filtering of the Goofie mesurements
Usage of the filtering for the moment in the CalibEnv -
for the moment just for visualization
(Marian)

new performance classes (Simone Schuchmann)

reading the CTP configuration in the initialization of the HLT reconstruction and
passing the trigger mask via the AliHLTTrigData structure to the components

files moved to TPC folder

correcting HLT logging: the pointers of the objects are only printed in debug mode

move all TPC related classes

inserting the correct trigger mask into the CDH of inserted empty data blocks

adding method to retrieve trigger mask from RawReader

added a protection against detector not definining the default event specie

change the name of a few histograms (adding hglobal)

Almost final version of scanning tools.

* AliEveEventManager
  Emit new signal NewEventDataLoaded() after the event-data is
  connected but before the macros are executed.

* AliEveTrackCounter
  Connect to AliEveEventManager::NewEventDataLoaded() to do the reset.
  Introduce 'Bool_t fAcitve' -- now that track and tracklet label is
  misused to store scanning results it is better that track-counting
  is not enabled by default.

* AliEveTrackCounterEditor
  Add Activate / Deactivate buttons and handlers.
  Remove histogram plotting code -- now in show_scan_results.C

* visscan_init.C
  Remove code for registration of tracks/tracklets to
  track-counter. This is now done in esd_tracks / esd_spd_tracklets.

* make_scan_results.C
  Create the scan-result tree from individual objects stored during
  scanning.

* show_scan_results.C
  Create canvases and plot basic stuff from the scan-result tree.

* esd_spd_tracklets.C
  Put tracklets into two containers -- Good/Bad.
  Register the tracklets to track-counter if it is active.

* esd_tracks.C
  In esd_tracks_by_category() register the containers to track-counter
  if it is active.

added the option to save or not the QA data objects

Fixing behaviour wrt DCS DPs related to pressure sensors:

- if the fit is there --> ok
- no fit, but run lasting less than 60 s (according to AliDCSSensorArray) and TGraph there for the
sensor --> ok
- in any other case, don't increase the count of the DCS DPs --> making GRP fail

Changing also kFitFraction from 0.7 to -1 (Haavard), but it will not have much effect with all the other changes...

Fixing printing bug.

update configuration analysis macros with last updates in the frame

An artifactual debug streamer removed ( there was a segmentation fault after a call of the streamer destructor )

folders to keep the wagons output in the common analysis file defined, do not clear cluster/track lists+

a macro with TPC,ITS, ITSSPD vertex, global vertex and v0's

extra check for the output size is added

- default cuts are tuned
- cosmetic

- bug fix: only TPC tracks were used in the vertex finder, now ITSin parameters are used when they are present.
- some cosmetic

- There was impossible to set solenoidBz value  from the configuration string. Now parameters from the configuartion string are set after the OCDB parameters.
- The order of filling of ESD tracks is changed: TPC, TPCOut, ITSOut, ITS.
  The ITSin parameters are stored in the ESDtrack itself, therefore they are lost when the UpdateParameters(..) is called next time.
  To keep the ITSin parameters in the ESD, one should set these parameters last.

Adding counter for TOKEN_LOST errors in AliMUONRawStreamTrackerHP.
Adding symmetric methods to AliMUONRawStreamTriggerHP, as found in AliMUONRawStreamTrackerHP for counting errors for whole events.

(Artur)

Cluster indices are published via AliKalmanTrack::GetClusterIndex()

remove mechanism to avoid dependencies on PHOS and EMCAL Utils

Release the error of DAQ FXS for physics run also

Common output file implemented in AddTaskUnicor.C

Use folder in ouput file: savannah 57874 (Markus)

setting pushback interval to 10 s and adding verbosity switch

enable writing of data for SOR and EOR events by default

dynamic adjustment of the output buffer size estimator
histogram publishing at EOR

module numbers incrementing properly, mapping database is used in the root file reading macro

adding functionality to downscale the publishing of TObjects in PushBack
The command line paramameter -pushback-period=<period> specifies the time
interval for the publishing. Especially important for histogramming
components which do not need to ship the data for ever event.

Adding scripts directory including:
- macros for extracting and plotting detector digits
- program for plotting Geant4 cuts
(Eva, Ivana)

changed the names of the histograms, requested by AMORE

* hmpid_digits.C, hmpid_raw.C
  With Giacomo Volpe: new macros for display of HMPID digits and raw.

* geom_hmpid.C
  Update for changed HMPID geometry.

* hmpid_clusters.C
  Remove unnecessary argument and check.

* visscan_init.C
  Add hmpid_raw/digits, tof_raw/digits and tpc_digits to the data selection.
  All disabled by default.

 The ANALYSIS one is a modification of the AliXMLCollection which adds
support for empty event lists (with the current code it crashes for an
empty evlist).
  The STEER one is to add two new functions to the ESDInputHandler, one
to calculate the cut summary for the given list, the other to count
"empty" files, that is files with no events selected.
(A. Kisiel)

A few fixes, including new methods needed by AMORE

New method's name for the CF manager (Xavier)

Bug fix for the fitting at the SHUTTLE of the average pulse height

In MUONChamberMaterialBudget.C
- Use the name of the mother volumes instead of the position to select
  material belonging to a given chamber
- The resolution can be changed by changing the sementation level:
  resolution = 1 cm / segmentationLevel
(Philippe P.)

Bug fix in proof mode when using folders.

correction for non-uniform acceptance for 2nd and 4th order differential flow

Possibility to skip also SPD layers when track is out of the z acceptance. Feature already enabled for SDD and SSD (A. Dainese)

Reset() part of the interface.

PMD/Calib/Mapping is put as the Inputfile

extending unit test: adding check for magnetic field setup from the external interface

Adding common handling for the magnetic field settings tothe component interface
Components will use the AliMagF instance in the future. This instance is set up
by the framework
1) AliRoot: AliReconstruction, AliSimulation or explicitely in the macro
2) online environment: AliMagF initialized via the GRPManager from the ExternalInterface

This change will soon make all private code regarding setup of AliMagF obsolete in the
HLT code. Furthermore the SolenoidBz OCDB entry will be removed.

A block of ITSOut tracks is produced in addition to the ITS tracks ( ITSOut tracks are needed for the TPC calibration )

- new AliHLTDataTypeOriginITSOut created

- GlobalESDConverter adds ITSOut parameters to the esd tracks

- now ITS tracks contain indixes of the associated ITS clusters (but these indices are not yet stored in the ESD tracks )

Undo previous commit

Undo previous commit

promoted 2 methods to public needed by AMORE

A few fixes, including new methods needed by AMORE

correcting info messages on loaded GPU library (David)

bugfixes by Theodor and Raphaelle
- suppress empty histograms if no tracks were found (fix according to the current shuttle behavior)
- print the object size and not the pointer size
- correct value of min entries for vdrift calculation

* show_scan_results.C
  New macro - build tree from scan results on individual events.

* esd_spd_tracklets.C
  From Domenico - add cuts to mark "bad" tracklets at load time.

* AliEveTrackCounter
  Store scan results by writing ESD track container and AliMultiplicity
  into scan_results.root.
  Display the results by running show_scan_results.C and then
  calling TTree::Draw() commands on the created tree.
  Probably the drawing function should also be a macro.

Consolidation of the classes used to get the calibration data stores from OCDB and ASCII files/string.

This is particularly important for AmoreMCH.
Note that AliMUONTrackerIO has been improved as well (e.g. we no longer have multiple temporary TString objects)
While doing so, two bugs were corrected :

- Bug fix : corrected the interpretation of the HV switches (important both for QA and reco)

- Bug fix : corrected the display of the config in mchview which was wrong (again, important for AmoreMCH)

Removed the obsolete AliTOFv5T0 class from the to-be-compiled classes list

Possibility to use a rec.C file outside the aliroot distribution folder. To be used as soon as we switch to aliroot RPM installation at P2. In this way one allows changes to the reco macro without touching the aliroot installtion done by DAQ. The macro location and name are defined by ONLINERECO_MACRO env. In case the env is not there, the standard rec.C from MONITOR is used.

Completing the fix

Modifying status when pp goes in time out during DCS DPs retrieval.

Warnings

Adapting to CORRFW changes (Chiara)

Technical fix for #58138: VZERO breaks in AliVZEROTrending::~AliVZEROTrending()

Typo

Adding other par files

I have added Chic_1 and Chic_2 production in the muon cocktail.
Philippe Crochet <crochet@clermont.in2p3.fr>