Coverity fixes in QA and Pi0EbE
Pi0EbE: Add time per selected cluster and ncells per selected cluster histogram, remove diff time vs asymmetry histogram; Simplify code filling shower shape histograms, move to method
Electron: Add time histogram

Updates (Michael Weber)

removing unused code to correct compilation warning

adding histogram to monitor the number of failed cluster verifications; bugfix: correcting the sigmaY/Z^2 histograms by taking pad width and time pitch into account

better assignment of remaining clusters to tracks; minor bugfix in the calculation of the compression ratio: in verification mode the cluster id blocks had been wrongly taken into account

sorting the raw trackpoints in the array to be better consistent with loop over padrows, the unordered sequence caused in rare circumstances decoding errors due to misidentification of trackpoint ids with rows; adding fatal error message if pad or time of an associate cluster exceeds the range for the compressed format

recover the SM number, removed by mistake

Add histograms to study shower shape changes when modifying weight parameter for selected electrons or decay photons

Major refactoring of the class, many parts of the code moved to different methods, to make the code more readable
Methods to study logaritmic weight added

Reader: Add possibility to recalculate TOF of clusters after recalibration; CaloUtils: Add access methods to set eta-phi cuts for EMCAL track matching

forgotten lines in the member initialization list (thanks to Cvetan for noticing)

Fixes for the FMD train

Correction of additional compilation errors from the first compilation trial.

Correction of compilation errors from the first compilation trial.

Initial version of channel equalization DA for Pb-Pb data.

Macros to process the output of the PWG1 QA train for PHOS

added macro to read online readout information

update to TOF cpass0 task: provide monitoring information

update to macro to read online histos

update to macro to check active channels

added method to draw correlation graphs

Added analysis task for effiency studies (original by Veronica Canoa Roman). Now, different track types can be tested (global, TPC, ITS). It can be used to study nuclei and anti-nuclei transport, too.

Install scripts when ALIROOT does not point to sources

Make sure PWG2/FORWARD/analysis2 is in the macro path

bugfix: flags and running mode for HLTOUTComponent to run only one chain and write both digits and raw data with selected hltout-mode option

Using the AliHLTTPCDataCompressionDecoder in the offline cluster access through
a container class for TClonesArrays of AliTPCclusterMI.

The access interface AliHLTTPCClusterAccessHLTOUT::Execute propagates the
following return values in the optional 3rd parameter:
 * - >=0 success, number of clusters
 * - -ENODATA  no data in HLTOUT
 * - -EINVAL   invalid parameter/argument
 * - -ENOMEM   memory allocation failed
 * - -EACCESS  no access to HLTOUT
 * - -NODEV    internal error, can not get AliHLTSystem
 * - -ENOBUFS  internal error, can not get cluster array

AliHLTTPCDataCompressionComponent now forwards the cluster MC labels unchanged
since the mapping is done in the decoding.

Correcting the calculation of the compression factor, which was affected by the
additional cluster id data blocks.

Fixing mail configuration for DQM system.

add trigger monitor plot (infoGen)
fix range for monitoring Dpt/pt (resolution)

Selecting the offline V0s only.

enable keyword substitution

bugfix: corrected calculation of slice and partition from track point Id

adding const to function declaration

using AliCDBConnect task in test train of TRD

fix constantness definition for all compilers

remove unused data member fTimeList

bugfix

sort digits and track match updates

sort digits

Korrektion for
https://savannah.cern.ch/bugs/?func=detailitem&item_id=87177
A. Mastroserio

reducing memory consumption in mixed event mode

Updating FXS base folder for DQM FXS.

Updating database name for DQM mySQL.

e THnSparse structure to store MC residuals

event mixing as parameter

remove the destruction of the image array (this is created by the ctor)

centrality task runs over all events (before only over kMB)
pass number configurable
file event_stat.root registered with manager in add phys sel macro

Take into account SetNtestFiles() in the generated test.

defining chain 'TPC-hltout-compressionmonitor' to run the TPCDataCompressorMonitor component directly on recorded data in HLTOUT; removing all command line arguments from the TPC-compression configuration, initialize from OCDB

implementing reading of uncompressed HLT TPC raw clusters

changing default to -deflater-mode 1

Fixing typo (clang)

Bug fix (G. Luparello)

Coverity fixes

fix compilation warning suggested by Federico

bug fix - update to track cuts by Rongrong

Typo

Fixes for root trunk

Some fixes for the QA train:

- Event inspector writes run number to histogram file
- ForwardQA task does a little debugging - if enabled
- Energy fitter now produces another histogram with number
  of available, empty, low statistics, candidate, and
  actually fitted energy loss spectra
- Script to add task sets up output container in "trending.root"
- Sharing filter has more information in the output
- MC event inspector updated to fit interface
- Clean-up in ForwardAODConfig.C
- (Shell) script to get output of QA train

Some extra tests

Coverity fixes

Updating DQM FXS configuration.

Fix in ImportWrappers that changes correctly the current directory to the file pointed by the current container to be imported

Coverity fix

Creating TDC calibration objects ONLY in PHYSICS run

Coverity fix.

adding protection for negative array index

bug fix VZERO Eventplane

Fix for daqDA-<det>.exe

Changes for #87282 Request for committing to trunk + port to v5-01 (TRD PID with AODs)

make iterattion to next cluster structure better suited for decoding

Protection against missing DPs. Recently we got some runs where the RDB manager got overloaded leading to missing DPs. From now on in these case the preprocessor will fail. To be ported to the release once the nightly test is passed.

Manager debug level for the generated test in sync with the current manager setting.

Fixed return value going out of scope (Jan-Fiete)

increasing mixed event buffer

removing obsolete tasks

removing obsolete tasks

Removing obsolete tasks (see the tasks in PWG2/SPECTRA/LambdaK0PbPb/ instead)

Cosmetic changes

An example of a c*tau analysis using ESDs

update (Chiara)

moving decoding of compressed TPC data to generic class

Using both CPHI7-I and CPHI7-B in LHC11d and as default

add possibility to plot Sigma besides Mean

- correction of error message

Implementing the possibility of loading the CDB as a snapshot in two ways:
1) you suppose you have it locally, in ./OCDB. That will be the case if you untar a CDB tarball.
2) you suppose you can find in some place in alien a root file containing both a map of the
   CDB entries and a list of the corresponding Ids (for the UserInfo)

1) is triggered by using:
cdb->SetDefaultStorage("snapshot://*) where one would put instead of "*" the original alien
location from where the tarball has been built.

2) is triggered by the call:
reco->SetFromCDBSnapshot(filename)
where filename is the name of the file containing the entries map and the ids
list.

1) is implemented in AliCDBLocal and AliCDBLocalParam changes
2) is implemented in AliReconstruction and AliCDBManager changes. For 2) also
the macro macros/MakeCDBSnapshot.C is added, as an example of how to produce
the snapshot file.

Additionally two coding conventions fixed in AliCDBManager (adding const to two parameters).

TPC BB parameterization added for LHC11a data

New class added.

New class for Lambda_c studies
Annalisa.Mastroserio@cern.ch

adding configuration TPC-compression-monitoring; removing mode parameter for TPC-compression-huffman-trainer to be more flexible in the generation of the huffman table

bugfix: clean monitoring container only after it has been archived; adding option -cluster-verification to switch verification mode of TPCDataCompressor; bugfix in capacity check for cluster id data block

Fix for generating the train from AliAnalysisTaskCfg. Fix for copying local datasets (Jan-Fiete)

adding an interface to fill different types of containers from the compressed cluster data; adding monitoring histograms; adding comparision with original HW cluster data

macros to add AOD and MC handler

Corrected initialisation of
fBCID(AliVTrack::kTOFBCNA)

...also histos are now correctly booked

Corrected DA

There are two modification:
-  [2011 OCDB-OADB synchronization]: it's the port of  a OCDB modification committed the past week so that survey11 collection corresponds to the OCDB content (as
it should)
- [new collection with GetObject_by_run access]: added the  new collection  'EmcalMatrices'. It's the general collection where all the official matrices are stored:
there is an object per year (as for OCDB), the validity ranges are the same as for OCDB. So, now the sets of matrices can be obtained "by run number" (getting the
official set for that run) or   "by collection name" (still there for back-compatibility, but also to  keep some  modified alignment sets used for test  and
systematics studies)

Marco Bregant

Adding Hans Beck to the list of responsibles.

update HLT cluster reading

Changes for #87331: Combined commit MUON+HLT

AliMUONDigitCalibrator

  Simplified the ctors interface (removed a default parameter)

AliMUONReconstructor

  Propagate AliMUONDigitCalibrator interface change
  Change order of delete calls in the destructors (to avoid access dead OCDB objects in dtor of calibrator)

AliMUONTrackerDataMaker

  Propagate AliMUONDigitCalibrator interface change

AliMUON

  Propagate changes in AliMUONDigitizerV3 (e.g. pass the recoparams when creating the digitizer)

AliMUONVDigit
AliMUONRealDigit
AliMUONDigit

All digits now have the ChargeInFC method defined

AliMUONDigitizerV3

  Now uses the RecoParams to know how to decalibrate.
  Now assumes that all digits to be decalibrated have their charge in fC, as it should be...

AliMUONSDigitizerV2
AliMUONResponseV0

  Simulated charges are now in fC.

runSimulation.C
runReconstruction.C
AlirootRun_MUONtest.sh

  One more step towards removal of specific OCDB storages for simulations : take
  MUON/Calib/Gains from raw OCDB.
  Added an option "-b anchorRunNumber" to AlirootRun_MUONtest.sh in order to test realistic simulations
  (i.e. using an anchor run). Note that this option references a couple of "private" OCDB files. This is
  only an interim solution...

Config.C

  Added a parameter to know when we're doing realistic simulations, in which case we must
  instantiante the ITS to get the correct propagation of the simulated vertex to the reconstruction.

AliMUONRecoParam.cxx

  Added eventspecie to Print()

Laurent