1. Updated comments for batch submission
2. Script fo the epsilon scan submission
(Marian)

Adding possibility to calculate the 3D distortion maps
3D distortion maps obtained using the Poisson relaxation technique
M    AliTPCSpaceCharge3D.h
M    AliTPCSpaceCharge3D.cxx

(Marian)

Update scroipt , possible to use also the qsub
(MI)

Adding vertex constrain and the ITS to the space charge fluctuation studies.
Aim to study the tracking bias
(Marian)

o Add Qmax information

Adding the new calibration fits

cosmetics for TDR macros

Nicer plots

j

o update drawer

and another macro for SC distortions for TDR

Update the macros
Still probelm for pile-up)

cosmetics suggestions by Harry

bugfix: for correction of time bin Delta R was corrected wrongly (took ideal z before correction and corrected z afterwards, which can be different in average correction mode )

macros for space charge plots (MW)

modified final plotting macro: units, ranges, etc.

o adapt range

adding preliminary eta correction for T0 seed

o remove eps10

ITS refit efficiency added

o Fix sign problem for T0 seed determination
o Small modifications in Draw utility
o add macro to produce the final plots
o update consitency check macro

o fix

z correction for seed

Updating the effecftive multiplicity calculation using the official
ALICE numbers

New functions to visualize the fluctuation - for the TPCTDR

void MakeSpaceChargeFluctuationScan(Double_t scale, Int_t nfilesMerge, Int_t sign)

void DrawTrackFluctuation(){
void DrawTrackFluctuationZ()

o add possibility of long t0 seeds (over full seeding region)

o improve

o fix new ITS propagations in the tree
o add different reco and sim types in the macros

o limit vertex to +-10
o add realistic smearing of clusters (ITS,TPC,TRD)
o replace AliCluster with AliTrackPoint for ITS, TRD
o add track parameters at
  - TPC inner wall
  - between TPC inner wall and ITS last point
o add functionality to create a refitted track from ITS+TRD points for realistic covariance

Example macro to define the 1/pt resouttion
To be used for the standard TDR plots.

o adapt macro to set the rate

o Add setter for interaction rate in simple sim
o adapt macro for simulation and reconstruction

o remove a few printouts
o another bug fix

o updates for seeding and tracking

larger canvases for better pngs

Adding "standard" plots for fluctuation

corrected track comparison at ITS outer layer

Matching to external detectors:
- adding original and refitted tracks propagated to outer ITS layer
- adding plots in macro

 o latest updates

o implement seeding

- Start own free seeding (to be completed)
- modify drawing macro (adding nclus/nclusMC plot)

o remove some warnings
o add refit of TPCseed

use the standard tracking (fSeeds needs to be set)

o Make simulation factor 10 faster
o Add Simulation of Laser events
o Add visualisation of laser events, also for single layers, rods, bundles ...
o Fix warnings

adding next sector check (to be improved)

cluster to track association for free seeding (to be tuned)

Preparation for seeding efficiency/purity
- count number of seeds per input track (via cluster label)
- count number of clusters per seed (in debug streamer we have the one for the highest number of clusters)
- debug streamer with original track and seed
- TODO: cluster to track association etc.

- normalization to integral for SpaceCharge Map creation
- use seeding from AliTPCtracker: define fundtions public, use MakeSeed3 in Reconstruction
- no seeds obtained, needs debugging

o add simple macros from running simulation and reconstruction

o Change from AliTPCSpaceCharge3D to general AliTPCCorrection in sim/rec
o Add possibility to use TPCCorrection from lookup table in sim/rec (default now)
o fix warnings
o Add unique track ID in simulation (to prepare efficiency studies)

o add lookup tables

commit to fix original 63354 broken commit

Committing a file to replace 63348

o correct examples

o fix

Adding possibility to change the exponent of the radius dependence and the scaling of epsilon

o small updates
o add example to submitCreateLookup

o rename

o make LUT creation paralellisable
  - separate initialisation for LUT map in phi bins
  - add functions to create LUT only for 1 phi bin
  - add function to merge files with separate phi bins

o macros and scripts to paralellise lookup table creation

o adjust limits for Dz calculation close to the CE to not cross the CE

o rename Limits
o proper initialisation for default limits

o update correction/distortion integration
o fixes in lookup table creation
o remove protected in 3D

Added example file containing histograms of eta, pt and mult distributions.

-ToyMCTrack: added two new tclonesarray of AliCluster for ITS and TRD space points

-ToyMCEventGenerator: added generation of clusters for ITS (upgrade layout) and TRD (current layout)

-ToyMCEventGeneratorSimple: added possibility (::SetParametersToyGen(const Char_t* filename)) to assign file containing histograms of pt, eta and multiplicity distribution (root file containing histograms TH1F hPt, TH1F hEta, TH1I hMult)  to use for generation of tracks

-AliToyMCDrawer: added drawing of ITS points

bugfix: use time, when looking for next cluster, exception: kIdealTracking

Next Steps for tracking from seed of associated clusters:
- Cluster association to track by utilizing AliTPCtrackerRow::FindNearest2
- Implementation of GetSector for AliExternalTrackParam (needed for looking in correct sector for clusters)
- Counting of associated clusters per original track (output in debug streamer)
- Adding drawing option in QA macro
- TODO:
- Correct setting of AliTPCReconstructor?
- Define Search Road (how?)

o add first version of lookup table corrections
o small updates

First Steps for tracking from seed of associated clusters:
- GetFittedTrackFromSeedAllClusters gets seed and performs simple tracking
- go row by row and look for clusters in this row
- TODO: cluster association and selection

Implement AliTPCtracker::Clusters2Tracks() for all clusters in given time frame:
- add setters of inner and outer sectors AliTPCtrackerSector in AliTPCtracker.h
- tracking for all clusters in one time frame (given by nevts or input file)
- TODO:
    - check tracking configuration
- add clusters and original tracks to debug output (how?)

expanding the toy MC

First attempt to implement tracking from all clusters
- Filling arrays for inner and outer sectors
- Function for track fitting from given seeds (not completed)
- Use AliTPCtracker to associate clusters to tracks (not completed, how to do?)

added method RunSimulation2(const Bool_t equalspacing, const Int_t type, const Int_t nevents, const Int_t ntracks) which makes it possible to run both the simple toy sim and use ESD input either with equal bunch spacing or train structure where the number of events per crossing is drawn from a poisson dist.

equalSpacing true (false) = fixed freq (bunch train)
type == 0: toy
type==1: esd input

fixed bug that set visualization time to wrong value

o update readme with simple example

adding name strings for canvases and histograms, adding z0 resolution

robust drawing also for 2D, adding axis titles

robust drawing in TStatToolkit::DrawHistogram (1D only so far) and first drawing macro for track parameters (to be improved)

o add function to connect output trees

Bug fix. Adding the header files

o fixes

o update reco

added track ID also for the tracks from ESD input

added method RunSimulationBunchTrain(constInt_t nevents,const Int_t ntracks) to simulate bunch train structure. So far, all parameters are hardcoded. A bunch spacing of 50e-9, abort gap of 3 microseconds and even train spacing is used. Number of collisions in one crossing drawn from poisson dist.

This is only implemented for the simple toy event generation so far (no ESDs yet).

Visualization class. To use

 AliToyMCDrawer* draw = new AliToyMCDrawer()
 draw->SetFileName("path/to/toyMC.root")

 draw->FillEventArray(Int_t centerEventNumber)
or
 draw->FillEventArray(Double_t time)
   to display with a certain event in the center or at a certain time

 draw->DrawEvents(Bool_t both, Bool_t before)
   where "both" will display events before and after the middle event and
   before will show also events before (after) the middle event if true (false)
   when "both" is false

Drawer class header file

o make reconstruction macro compilable
o add first version of reconstruction class

ref X as na argument

Added possibility to use ESD input

to use:
   root -l macros/{loadlibs.C,ConfigOCDB.C}
   AliToyMCEventGeneratorSimple s
   s.SetInputESD("path/to/root_archive.zip")
   s.RunSimulationESD(nevents, ntracks)

   nevents sets the number of events with ntracks!=0 to be used
   ntracks sets the maximum number of tracks in each event to be used

AliToyMCEventGenerator would crash if a sector only gets one space point (TSpline3 crashes). Modified it to skip those sectors.

adding code to visualize the current drawing

Adding draw function
Marian.

Adding print function and constant getter to the array of sensors

Adding functions to calulate and store the space carge maps

Adding macros to visualize trending of distortions

o comment out printf

o update resolution test part

o add Propagate function with return value for debugging

o add function for track propagation and resolution comparison after refit

1) add debug streamer for failed seeding  2) default is no correction for A or C side (sign correction does not work)