Update of ITS-TPC alignment code (Mikolaj)

correct bug 67209

correct warnings

correct compilation break, third try

correct compilation break, second try

unnecessary include removed

compilation warning fixed

Coding conventions.

correct compilation break

Convertor from CATracker output to AliHLTTracksData added. It is needed by QA components.

trigger update (Rachid)

Trigger DCS OCDB parameters

I've updated the STEER/AliAODDimuon.cxx class, adding the definition of the azimuthal phi angle in Collins-Soper and Helicity and
correcting a small bug in the CosTheta helicity evaluation.
Roberta Arnaldi

Update on the trigger, new OCDB DCS trigger information, use ESDVZERO (Rachid)

Coding conventions

- fixing definition of high/low gain

- see previous commit

- added HLT logging to the digit maker

- small fix

- adding option to cut energy in the central crystal

Coding conventions

Fixed warning

small update

further fix for bug #66858 (PWG1 train problem for LHC10c data)

Fixing problems wrt the analysis train, bugs 67193 and 67223

bug fix in ordering the strip

PeakFinder update - from Per Thomas: private vs public methods (AliCaloPeakVectors); coding violations fixes (AliCaloRawAnalyzerPeakFinder, AliCaloRawAnalyzerComparison); deleting unused class (AliCaloRawAnalyzerPeakFinderV2)

fix for bug #66858] (PWG1 train problem for LHC10c data)

New QA plots added (L. Molnar)

Provide full path to the new library created after the compilation of the par file

restructured the class AliTRDv0Info
- filling of the V0 list relevant for TRD in AliTRDinfoGen
- open posibility to set V0 cuts in AliTRDinfoGen class
- connect V0 list to AliTRDcheckPID for performance monitoring

Bug in raw histo filling corrected

The ITS SA tracks are not anymore accepted for the V0 finding

- AliPhysicsSelection: protected writing of fHistBunchCrossing and fHistTriggerPattern
- AliBackgroundSelection: fixing warnings

Correct reference to AOD file in AliEventTag.

Few improvements:
- Using static constructor for TPC cuts
- Binomial (rather than poissonian) error on deadtime
- Fixing some warnings
- Removing some printout
- Adding pt distribution of tracks in the 2 samples used for rate normalization

Removing unused class AliHLTEMCALSharedMemoryInterface,
Use AliHLTCaloSharedMemoryInterface  instead which
implements exactly the same functionality.

Update

Prefer TURL when adding files to chain

Adding a protection against division by zero in Fcn1();
this fixes the bug report #66805.

Give a more meaningfull name to the default 3D View.

Removed blocker TOF DQM bug (F.Bellini)

removed the condition on the 10 TPC clusters after all.
a few more small corrections (Ionut)

included all the non-friends
histos that are necessary to make the monitoring plots we were
generating with the TRDmon task (Ionut).

Now PtBin() returns -1 if pt>maximum of all bins

Refactoring of handling of constants.
Constants used in array definitions etc.. is
defined in nested namespaces, instead of as class
memeber vraiables/constants.
This allows for porting of HLT/CALO constants
to offline without changing the  interface to the
HLT.

Added Fatal logmessage in the case
the constants handler cannot load an instance of
PHOS/EMCAL constants.

Removal of obsolet constant definitions

Removed dependency on PHOS + EMCAL headers

Removed class AliEMCALConstant
from build system

MC labels added for ITS tracks ?\127 ?\127?\127

Removed cout statement that was accidentally added
in the last commit.

Removing cout statement

Must have a default ctor to be streamable

Small changes and fixes (Carmelo)

Removing man-in-the-middle class
AliHLTPHOSRcuProcessor

Making the DoDeInit function non virtual
temporarily untill its implemented in all derived classes.

Removing redundant class
AliHLTPHOSProcessor and replcing it with
AliHLTCaloProcessor which provides exactly the
same functionality.

Removing obsolete class
AliHLTPHOSProcessor from build system.
Use AliHLTCaloProcessor instead which provides
exactly the same functionality.

Removing obsolete class from build system

PeakFinder update - from Per Thomas

Removing man-in-the-middle class
AliHLTCaloRcuProcessor

M      AliTPCcalibAlign.cxx              - filtering the debug output
M      AliTPCcalibCalib.cxx              - speed up refitting - longer steps
M      AliTPCcalibCosmic.cxx             - filtering debug output
M      AliTPCcalibTime.cxx               - index out of range fix
M      AliTPCCorrection.cxx              - track extepolation to vertex
M      AliTPCPreprocessorOffline.cxx     - updated example
M      AliTPCTracklet.cxx                - fix 1/pt for track segement fitting.

Marian

M      AliTPCkalmanAlign.cxx      - class to process the results of alignment - using kalman filter approach
M      AliTPCkalmanAlign.h
M      TPCcalibLinkDef.h          - using the new AliTPCkalmanAlign
M      libTPCcalib.pkg            -

marian

Removal of dead code

Defining constants static
and initialize them in the header file
on order to be able to use thme when initializing arrays in
other classes.

Using AliHLTCAloConstants insted of
      AliHLTCaloConstant.h

Added method

New class for DStar->D0pi cuts (Alessandro)

Remove files committed by mistake

Addition of Lc->V0+bachelor analysis (Zaida)

Addition of Lc->V0+bachelor analysis (Zaida)

Added method IsInFiducialAcceptance (Chiara Z)

The sigma cut used for noise generation can now be easily changed

Fixing a warning

Changed default OCDB from 2009 to 2010

Correcting a message

Updating comments

updated TPC cuts

- Add information in the trigger chamber efficiency object in order to take into account correlation between bending and non bending plane efficiency.
- Clean-up the OCDB object by removing accessory methods for efficiency calculation/display.
- Create new class (AliMUONTriggerChamberEfficiency) to handle the efficiency map stored in OCDB.
(Diego)

Fix for bug #67104 solving the following problems:

- Proper loading of reference tables and solving of a mapping problem (related to bug 66306 where the array now have the size as before but the mapping has changed to start from 0)
- TRD out from combined PID since we have only reference tables for electrons and pions
- Gain normalization factors to match the dEdx in simulation and real data to the gain values in the reference data coming from the testbeam

Markus

macros that use RAW mapping classes for translating between FEE/electronics indices and geometrical tower info

One step back.

Fix for report #66820 Request - remove Error message in AliESDtrack::GetTRDmomentum

M      AliTPCcalibDB.h          - GetDistortion not inline function
M      AliTPCcalibDB.cxx        - Bug fix - proper path to the OCDB entry
M      AliTPCCorrection.h       - MakeDistortionMap out of residual histograms
M      AliTPCCorrection.cxx
M      AliTPCGGVoltError.cxx    - Init transformation in Init and Update function

Marian.

protection against NULL pointer

Fix compilation problem in linux (Diego)

bug fix and small changed in the macros

new macro to run TPC MC performance

Added HLT/rec to enable use of AliHLTReconstructor object

-added AliHLTReconstructor object to online display macro

Store information to calculate the correlation between the bending and non-bending plane (Diego)

Protection against the zero magnetic field and cleanup in the corresponding component of fulltracker. If only MUON_TRK or MUON_TRG is only present do not attempt tracking, only send empty output blocks. (Indra)

Fix for report #66245: Verbose output from ITS

correcting log message argument after variable type change

first working version of the DCSPublisher
- event buffers for vertex coordinates added
- mean and rms calculation added
- dim services added to server

registration of AliHLTGlobalDCSPublisherComponent added

- start DIS serving added to server loop
- DIS update called on AliHLTDimService::Update
- service name prepended by server name

Add a merge function for the offline calibration train (Raphaelle)

removed RooFit usage (+ small change in the DebugTree class)