Updates to scripts.  Mostly documentation and some new functionalities

Use symbolic flags for phi acceptance

Script to draw occupancies

Added task to copy ESD header information to the AOD header.
Also make sure that scripts are installed

Luke's 1st commit of Analysis task

Move some methods to AliAODPidHF

Fix in impact parameter units

increased classdef

removing unused static member variables

Adding missing methods to fetch the data blocks creation time stamp.

New D0 pp 7 systematics (Andrea)

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

Fixing in/out tags in documentation

adding more functions to get data type definitions

removing unused classes

Changes for #82873: Module debugging broken (Christian)

Bug in TDC sum/diff histo filling corrected

Fix for #83850: Please consider deprecating CINTAUTOLINK

Fix for #83843: Misleading message at geometry initialization

changing access to data types of AliHLTTPCDefinition

removing obsolete data type definition fgkDDLPackedRawDataType; adding functions to get data types

replacing input data type

removing warning for deprecated data type

Do not connect to CDB in Terminate phase

Removing useless include

 read histograms for pass0 OCDB directly from the file

correct treatment of empty events

Bug fix

TRD changes for the makeOCDB.C

bug #84135: new CPass0 code - calibration and OCDB update

Adding the new filtering mask - https://savannah.cern.ch/bugs/?84135
(Raffaele)

Make sure that log scale is set, and the full range shown, even
if MakeImage is called multiple times.

alimdc-rpm target (Anshul)

Coveriry (used variable detUsed)

README - OCDB entries to be exported in Pass0

remove unused variable

+ New AliRoot revison
+ Add TOF and T0 calibration macros

Initialization of data members in the assignment operator

1) Added AliESDtrack and AliAODtrack to GetTOFBunchCrossing(double b=0), to calculate
the BCid from TOFsignal and track kinematics when the time integration info is missing
2) The time integration (kTIME) will be done for all tracks with kTPCin (before required kITSin)
The TOF pid will be done requesting kITSin (as before)

fixed treatment of Calib events

Initialization of data members

Added first go at a QA task

Added first go at a QA task

Fixes

Coverity fix

Uninitialized variables in CTOR

New class AliEMCALPIDResponse
Michael Weber

QA fix (Ruben)

New function to calculate the RMS by rejecting uncalibrated chambers + an additional mini-protection for CalcMean() (Julian)

First implementation of combined Bayesian PID (Pietro, ChiaraZ)

recPass0.C        - reconstruct everything
LoadLibraries.C   - load libraries for the PWG1-QA train
runCalibTrain.C   - do not print warnings

D*: added final 7 TeV errors; added pp 2.76 (Alessandro)

fixing containers

fixing containers

AliFatal when the number of cuts doesn't match the number of variables

QA modifications for DQM (Melinda, Annalisa)

- adding time information in NbyN clusterizer

break in case of wrong find command

Fixed Coverity issues

Fix for doxygen

- setting cluster time to time of maximum digit

TPC DQM update (Ruben, Peter C.)

- fixing major bug in clusterizer causing almost all events to contain only one cluster
- adding handling of cluster overlapping two modules in EMCAL

Doc fixes

Fix

Improved sharing

Documentation fixes

reduced number of bins in histgrams (M. Verweij)

reduced number of track cuts for QA task, changed binning for centrality

added explicit option for particle type

Cut on photon candidate clusters charge added

added virtual method in CALO to set the readout list individally in the derived classes of EMCAL and PHOS

Fix to select only slow triggers for 2.76 TeV pp

Doxygen documentation fixes

reverting from previous change.

Documentation fixes for doxygen

added EMCAL in the readout list

fixed bug that double conunted the seed cell

Documentation fixes for Doxygen

New AliPoissonCalculator class

Use new AliPoissonCalculator

Moved to scripts

Moved to trains sub-directory and specific trains moved into separate file

Added more diagnostics histogram

Re-organised scripts

Re-organised scripts

Coverity (Ruben)

Coverity fix

Changes for #83919: port to Realease T0 code for luminocity and satellite analysis

explicitly fix type of long constant
(needed for some compilers)

Added possibility to write to AOD the MC-matched signal candidates w/o reconstruction cuts

Coverity fix

Coverity fix

Coverity