Updates needed for geant4.6 and fluka2004.

Updates needed for move to geant4.6

some minor changes to adpat for the situation when no digits or clusters avalbale

No need to filter out libNew

New MUON cocktail for slow simulations

New class AliGenMUONCocktail for muon signal generation added (G. Martinez)

First commit.

added print statement saying how many retries were needed.

close TAliEn result handle after OpenDir().

Fixing problems in the generation of HTML documentation

Fixing problems in the generation of HTML documentation

some more overlaps cured

Old neural and combined ITS tracking classes removed. New ones compliant with the NewIO will be added soon.

Old neural and combined tracking classes removed from compilation. New ones will added soon.

instead of a Fatal() at run time due to the calling of a not implemented
copy ctor or assignment operator, it is better not to provide an implementation
at all so that one gets a link time error, well before attempting to run the
code.

create a new AliEn directory per day (like for the physical files in CASTOR),
this to reduce the size of directories.
Added new method GetNetopt() in AliRawDB and AliRawCastorDB. Changing the
return value to <-n in AliRawCastorDB allows the writing with |n| streams
in parallel to rootd.

neatening

Neatening

skip corrupted events

Coding rule violations corrected

Re-initialize pkc1 and pkc2 after quenching.

Phi range from 0 to 360 (Jean-Pierre)

Copy contructor and operator = (Christian)

Fix coding convention violation

New MUON geometry definition. Removing debug option and updating Config_MUON_test.C (Ivana)

Comments from fortran source file copied as a class description

Coding Violations Removed

Replacing rindex by strrchr

Change to satisfy gcc 2.95.4)

Changes required by the new MUON geometry

Conding violations

adaptation to changes in AliTPCtrackerMI

New definition of the geometry based on builders and usign Ivana's envelop method (Ivana, Eric, Philippe, Gines)

New definition of the geometry based on builders and usign Ivana's envelop method (Ivana, Eric, Philippe, Gines)

Correction of phi range for generators: 0 < phi < 360

Compiler Warning Removed

Too Fast -> ESD modifications not yet commited

Too Fast -> ESD modifications not yet commited

Compiler Warning Removed (/* within comment)

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Bug corrected

Coding conventions

Coding Violations Corrected.

client server connection improved, interrupt handler for monitor process added

data consistency check monitoring added

batch mode for monitor process

check of data consistency

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

AliHBTParticle::fgDebug --> AliHBTParticle::GetDebug()

const X& X::operator=(const X&) --> X& X::operator=(const X&)

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding violations corrected

Increase precission of the vegas integration to avoid unphysical
fluctuations of the jet cross-section when shadowing is used.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Coding Violations Corrected.

Reduced convention violations

Reduced violations

Cleaning up coding conventions

Removed old jet finder classes

Moved old jetfinder files to the attic

Some fixes made to eliminate extrusions and overlaps

Revert one change (Sun,Alpha)

Corrections to obey the coding conventions (M.Ivanov)

Changes in order to obey to our coding conventions

Coding Violations Corrected. Two classes that were sitting in this file were moved to separate files.

Coding Violations Corrected.

Fixed names of histograms

Coding Violations Corrected. Two classes that were sitting in this file were moved to separate files.

Update to the current version in the Bergen CVS. Most important
changes concern the

Standard Tracker:
Added possibility to define where to set the track parameters:
A new boolean static data member AliLevel3::fSetTracks2FirstPoint has been added.
If this is true (default) the tracks are propagated to the first point
on the track (impact point in the TPC), and track parameters are updated
accordingly. In order to define the parameters at the vertex position, you
you can place the call AliLevel3::SetTracks2Vertex, and no propagation will
be done.

Fitting:
Removed obsolute code
Bugfix in the fitting routing in AliL3FitUtilities.
Small change in how the fit range in the padrow plane is estimated.

Compression:
Changed the track parameters in the compression scheme. There are now 5
floats (instead of 6) used to encode the properties of the helix. These
are defined (as before) in AliL3Models.h.

Adapting to the NewIO (M.Ivanov)

Parallel TPC tracking in the ESD schema (M.Ivanov)

Refit using already found clusters. Increasing the error in case of too big distance to the pad row in Z (M.Ivanov)

Missing constant included.

minor protections added

DataLoaders objects no longer saved as individual data members. fDataLoaders array is used instead

Adding signals for TRD and calorimeter physics

Conversion factor consistent with the slow points (Yu.Belikov)

corrections to obey coding conventions

Protection again hit in dead zone, new Sdigits -> Digits in AliRICHDigitizer

Particles are flagged for transport (done = 0).

EMCAL included in ESD

Added AliEMCALReconstructioner

Allow to treat a selected number of events

polish

Using new EMCAL version EMCAL_55_25

Correct typo

polish

Added the option to loop over a selected number of events, in preparation of ESD

New version of PMD digitizer (B.Nandi)