* fixed bug while getting leading jet candidate
* better protection for grid indices

compilation warnings corrected,
-Wshadow flag added to libAliHLTITS.pkg

Fix compilation warning.

From Mikolaj: Implementation of event / trigger selection mechanism
and GUI for AliEveEventManager.

Removing a circular dependence.

Track references for PMD

Moving AliTPCpidESD and AliTOFpidESD to libESD. This provides possibility for n-sigma cuts in the ESD analysis

Load some PWG4 and PWG3muon libraries needed to read the AOD from the Analysis Train

Moving AliTPCpidESD and AliTOFpidESD to libESD. This provides possibility for n-sigma cuts in the ESD analysis

init histogram arrays when they read for the Terminate execution

Minor fix in for run ranges file name and JDL.

Create ITS vertexer only if the local ITS reconstruction is active

Fixed warnings and coding conventions (Ludmila)

New version of the train macro. Some extra parameters can be set globally.

Updated list of files

Change name of output container to avoid conflict with AddTaskCheckCascade, within a train (A.Maire)

Fix compilation error on gcc 4.2

Obsolete files were removed

AliITSpidESD2 algorithm uses ITS dE/dx samples (corrected for track length) from ESD track (Biolcati, Prino)

Transition to the new RCU format

Jens

Obsolete classes removed

change chi2 calculation + minor changes

New class for dE/dx analysis (comparison with Bethe-Bloch, check of response functions) in ITS + example macro (F. Prino)

Newlines at EOF

In AliMUONErrorCounter:
Adding ClassDef and ClassImp macros.

1.The QA data created on demand according to the event species at filling time. 2.Bug fix in ZDC QA. 3.Replaced dynamic_cast with static_cast + check of class-name. 4. AliSimulation and AliReconstruction are using now the QA manager instance instead of a member (Yves + Cvetan)

MergeQA is now an intrinsic part of AliReconstruction

MergeQA is now an intrinsic part of AliReconstruction

Add only once "fdcodeH" to "fListOfHistos" as advised by A.Gheata and implemented by P.Ganoti.

Temporary fix until the code is rewritten correctly by the TPC experts.

- new plot in the PID checker (dQdt=f(t))
- documentation

more track matching plots/histograms added, also some cosmetics to the plots

Trigger Inputs added. Block id bit updated with the latest CTP readout.

Trigger Inputs extracted and added to output tree

Debug printf removed.

Second attempt to add UNICOR. In its present version it is
increadibly compatible with the ALICE computing rules.

Updated V0 cuts. (B. Hippolyte <hippolyt@in2p3.fr>)

Bug fixes (G.E. Bruno)

Update by Raphaelle

Corrected printing for the trigger input level.

revert to q-x plane fit for estimating pad row cross (asked by Dariusz)

update documenta

default hot channels file - no cell is hot

default directory is set correctly

hot channels reading and putting macros

AliTRDCalibraFillHisto
/////////////////////////

a/ Remove obsolete fMcmCorrectAngle variable
b/ No fCHName... in AliTRDCalibraVector set Nz, Nrphi and Group of PRD in Init
c/ Correct one bug in PRF
d/ Use TMath::Abs(cl->GetQ()) for average pulse height (but tracklet->Getdqdl(ic)n for gain, needs to correct from the angle)

AliTRDCalibraFit
/////////////////////

a/ CorrectTheError is member now of AliTRDCalibraVector
b/ TGraphError and TH1F are now members of AliTRDCalibraVector, change the Analyse function for AliTRDCalibraVector

AliTRDCalibraMode
/////////////////////

a/ Correct one bug UShort_t ->Int_t for GetXBins()

AliTRDCalibraVector
/////////////////////

Functions:
a/ FillVectorCH, PH, PRF: to build directly from scratch
b/ AddStatsPerDetectorCH, PH, PRF: to add stats of different calibration group in one chamber
c/ FindTheMaxEntries: to plot

Members:
d/ no name anymore but UChar_t
e/ TArrayF -> AliTRDPhInfo (UShort_t) of AliTRDPrfInfo (UChar_t)
f/ TArrayI -> AliTRDEntriesInfo (UShort_t)
g/ fStopFillCH for the max range of a UShort_t
h/ fHisto, fGraph, fCalVector to convert and add the stats

AliTRDEntriesInfo, AliTRDPhInfo ->AliTRDUshortInfo and AliTRDPrfInfo
///////////////////////////////////////////////////////////////////////

UShort_t and UChar_t containers for one chamber

in qaRec, AliTRDcalibration
/////////////////////////////////

AliAnalysisTask to run the offline calibration
Still has to change the input...

in qaRec, macros AliTRDcheckDET.C
//////////////////////////////////////

Macro to run the calibration task

updated source compilation files collection

removed obsolete commented methods

fixed warning

update treatment of PID weights in tracks

update to cut classes

Fix compiler warning

Second set of modifications in SDD DAs to handle ADC sampling frequency (F. Prino)

hot cell file added to the shuttle

Corrected the methods used to create and assign the TRD L0 and L1 trigger inputs.

Copy-paste error corrected

hot cell search method added

Updated list of files/classes

correcting the run range of the default SolenoidBz object

One more warning corrected.

Correct initialization of data members

hot cell class added

Fixed initializations.

Set the running environment before the setup of the CDB in oder to provide
proper logging functionality

Max number of inputs increased to 60

1. The QA-manager is deleted within the SlaveTerminate method in order to prevent PROOF from returning back all the QA image objects (canvases,pads). 2. The ESD tags are not created in case of PROOF-based reco.

Destroy method in case we decide to switch to the QA-manager singleton in AliReconstruction

set specific storage for the GRP entry to the local directory folowing the policy of the normal simulation

bugfix: move access of AliTPCcalibDB to DoInit. Otherwise the instance
is created before the OCDB is set up in the online system

Fixed warnings (Markus)

Fixed warnings, coding conventions, updates (Ionut, Ludmila)

Correcting the comment

Making the numerical protections against 0 magnetic field work correctly (thanks to Ruben)

Add macro for the LRC (Andrey Ivanov)

Added a check for the existence of OCDB entries used by AliTPCTransform. These are TPC/Calib/PadTime0 and TPC/Calib/Partameters, and are used for t0 and drift corrections.

Updated documentation.

First set of modifications to handle in SDD DAs the information about ADC sampling frequency (F. Prino)

From Davide Caffarri: fix coding convention violations and some other minor corrections.

Backward compatibility (thanks to Ruben for spotting the problem)

1. Adding possibility to mask the transforamtion in Dump procedure
2. Monitoring of the RMSy and RMSz in QA plots

(Marian)

AliTPCTransformation.h AliTPCTransformation.cxx
Adding new formula - Z rotation
+
Using of parameters in transformations -Lx,Ly,Rz
+  // param[0]= n  - cos(n *alpha)
+  // param[1]= n  - sin(n *alpha)
+  // param[2]     - indication - 0 - the same for IROC OROC 1 - opposite

(Marian)

GetBZ (using in real tracking) was returning hardwired 5kGauss for +30kA etc. Changed to fitted Bz value at xyz=0,0,0

Putting some order on usage of the sign of B field in reconstruction.

Added possibility to resume merging (automatic).
Added possibility to specify the number of runs to be processed per master job via SetNrunsPerMaster().

new round of documentation
- cluster position reconstruction
- cluster error parameterization

In AliMUONTrackReconstructorK:
  - Correct computation of local chi2 at first cluster.
In AliMUONQADataMakerRec:
  - change computation of local chi2 (X,Y) at cluster.
  - add histo of local chi2 (~0.5*(chi2_X+chi2_Y)) at cluster (this is what
    is used to select clusters during the track improvement at the end of
    the tracking procedure).
  - add histo of ThetaX and ThetaY angles of the reconstructed track (not
    corrected for MCS in absorber)
  - move summary histograms in the no-expert list
(Philippe P.)

Any path structure in alien is now supported (Andrea R)

In AliMUONPedestal.cxx:
Adding missing newline at the end of file

new ratio plots to compare

Always return kTRUE as the reconstruction status of the smeared MC primary vertex (F.Prino)

matching new names

Set title of vertex created with AliITSVertexerFast (to be used to check the vertex status)

Use Riostream.h instead of iostream.h

Updating dEdx treatment during tracking (F.Prino)

changed axis titles in QA plots

Updated list of files

New analysis added, Neutral meson invariant mass measurement: pi0, eta, omega,
and temporal class for Calorimeters QA analysis, to be moved to QA frame.

AliTOFFEEReader modified in order to deal also with TOFFEElight data. The methods LoadFEElightConfigand ParseFEElightConfig provide the same functionalities as LoadFEEConfig and ParseFEEConfig, but shall be used when dealing with a TOFFEElight object. An input TOFFEElight file has been added as well in order to carry out test. The file has been created on the basis of a TOFFEE (see complete file name) file, reading and parsing it with AliTOFFEEReader, then creating the TOFFEElight file using the CreateFEElightConfig function.

 better picture for the documentation
--This line, and thos  below, will be ignored--

M    clusterSigmaMethod.gif

- developed calibration algorithms
- documentation

- adjusted error parameterization
- default to LUT r-phi method
- documentation