Adding functions to facilitate cross checks with Monte Carlo

Fixing number of centrality bins

Adding setting for background and efficiency error, fixing number of centrality bins, adding function to calculate total systematic error, adding centrality dependent efficiencies

Fixed fRunChanged after last commit (Marco, Marek)

Bug fix in the track phi assignment.
Protection added in the clustering.
Added macros for full simulation and cluster checks

More fixes for running on the grid

SUMMARY by A.Maire:
7 TeV analyses,
step forward on the selections (binning, Xi rejection, ...)
+ multiplicity issues : new estimator EstimateMultiplicity from Ruben

---------------------------
1. CheckCascade :
* Coverity defect (10256) :
       Prior tables in combined PID now hold 10 values instead of 5.
* Editions :
       - in THX titles, #Omega^{+} become #bar{#Omega}^{+}
       - in THX titles, #Xi^{+} become #bar{#Xi}^{+}
* New set of topological cuts :
       - towards optimisation in pp data at 7 TeV (Extra Loose)
* Pile-up :
       - change from IsPileupFromSPD to IsPileupFromSPDInMultBins (pile-up rejection = f(nb tracklets)
* Multiplicity:
       Introduction of "nITSandTPCtracksAndSPDtracklets" as another Multiplicity observable (AliESDEvent::EstimateMultiplicity)
       + control TH1F fHistEstimateITSTPCMultiplicityForTrigEvt
* fCFContCascadePIDXiMinus, XIPlus, OmegaMinus, OmegaPlus
       - new binning for the inv mass dimensions
       - Omega containers filled only if the corresponding | M(Xi) - 1.3217 | > 0.008 MeV/c^2
            e.g. (TMath::Abs( lInvMassXiPlus-1.3217 ) > 0.008)
* fCFContCascadeCuts :
       - Multiplicity dim = now prim. tracks or EstimateMult.
       - new manual binning for prim. track dimension,
       - Omega steps filled only if the corresponding | M(Xi) - 1.3217 | > 0.008 MeV/c^2
* Angular correlation :
       - Omega THnSparse filled only if the corresponding | M(Xi) - 1.3217 | > 0.008 MeV/c^2

2. macros/AddTaskCheckCascade
   --> Nothing

3. CheckPerformance
* Coverity defect (10256) :
       Prior tables in combined PID now hold 10 values instead of 5.
* Editions :
       - in THX titles, #Omega^{+} become #bar{#Omega}^{+}
       - in THX titles, #Xi^{+} become #bar{#Xi}^{+}
* New set of topological cuts :
       - towards optimisation in pp data at 7 TeV (New Loose)
* Pile-up :
       - change from IsPileupFromSPD to IsPileupFromSPDInMultBins (pile-up rejection = f(nb tracklets)
* Multiplicity :
       Introduction of "nITSandTPCtracksAndSPDtracklets" as another Multiplicity observable (AliESDEvent::EstimateMultiplicity)
* TH2F Mult. observable Vs True MC multiplicity
       - f2dHistRecoPrimTrckMultVsMCMult,
       - f2dHistRecoEstimateMultVsMCMult
* TH2F Pt(baryon daughter) Vs Pt(Casc)
       - f2dHistAsMCPtProtonVsPtXiMinus
       - f2dHistAsMCPtAntiProtonVsPtXiPlus
       - f2dHistAsMCPtProtonVsPtOmegaMinus
       - f2dHistAsMCPtAntiProtonVsPtOmegaPlus
* fCFContCascadePIDAsXiMinus, XIPlus, OmegaMinus, OmegaPlus
       - new binning for the inv mass dimensions
* fCFContAsCascadeCuts :
       - Multiplicity dim = now prim. tracks or EstimateMult.
       - new manual binning for prim. track dimension
       - Omega steps filled only if the corresponding | M(Xi) - 1.3217 | > 0.008 MeV/c^2

4. macros/AddTaskCheckPerformanceCascade
   --> Nothing

memory management

- increase the number of files that can be chained to 200 (from 20)

MC Primaries should be recorded before trigger selection

mods in AliReconstruction and AliReconstructor for the upgrade (Annalisa)

a) Implemented energy threshold on cells to be assigned to clusters
   In order to be fully consistent (ie before this gets ported to the
   release) the rec param should be updated to be zero.
   (it is 10 GeV right now the code used a hard coded value of zero)

b) Implemented switch (default off) to also use the energy gradient
   to decide whether a cell is considered to be neighbor or not.
   At the moment I am only playing with this option so it is not
   interfaced with the rec param.

Coding rules (Fabio)

- removed ITS options
- added the centrality task for the case of Pb-Pb data
- modified the names of macros and scripts created while submitting a job to contain the name of the task
- updated ROOT and AliRoot versions for running on the GRID

Minor things

Fixed problem

Fixed problem

Some adds and removes

Mostly documentation changes.

Also added ability to choose dN/deta normalisation scheme

Possiblity to use MC primary vertex in IsSelected

Possiblity to use MC primary vertex in IsSelected

bug fix

Fixing Coding violations

o add parameter for MC

Add some more cuts

only access ocdb if really requested

Analysis classes to measure inclusive pi0 spectrum in pp collisions

fwd declaration

fix coverity

fix from multi input event handler (Alberto $ Martin)

fix coverity for PWG1/TRD

Removed obsolete scripts

Fixes for the creation of PAR files on Mac (Chiara, Gerri)

New data member (Renaud)

New static member function to define a trigger histogram.
New member function to check the validity of the event.

--This lne, and those below, will be ignored--

M    AliAODForwardMult.cxx
M    AliAODForwardMult.h

Declare needed branches

Declare needed branches

Coding conventions

Minor tweaks to get calo jobs running on the grid

Fix (Francesco, Gian Michele)

o Add task for setting up the pid object in a analysis independent (ESD, AOD) way

Fix (Renu)

randomize reaction plane

change memory management

Forgotten commit  - removing obsolete class

Coverity fixies
+
Removing obsolete class (AliExternalComparison)

Coverity fix.

Updates.
Francesco Prino
Annalisa Mastroserio

AliPIDResponse related
Jens Wiechula

Inherits from AliPIDResponse
Jens Wiechula

added some example cases

TPCbaseLinkDef.h       - removing obolete clases + adding new
CMakelibTPCbase.pkg    - removing obsolete clases
CMakelibTPCcalib.pkg   - removing obsolete clases

fix

Coverity fixies
(Marian)

Printing the warning about the "ESD mass" just once.

We must have pileup vertices here

abs id

changed a few histos, removed TH3

Coverity fix.

Implementation of the new ZDC timing cut, which now uses the corrected times stored in ESD. To be used in the pass2 of LHC10h.

remove sub function

new T0 QA from Alla

Fix coding conventions

fixed error in adding PWG2diffractiveLinkDef.h

added PWG2diffractiveLinkDef.h

fixing Coverity defects 16118 and 15959

fix for the problem with the last run
correction of the binning of some histograms
A. Toia

centrality file for OADB

correcting small memory leak, removing unnecessary pointer checks (Theo)

publishing V0 data block also if there are no candidates, adding info message

Minor fix

Fixed a few coding problems

RC and DQM wants to have t0 A vs C in the DQM shifter console.

Removal of some obsolete code, all this is now done in the reco.

Fix Coverity issues

Changed list of sources to be loaded

Fix delete

Fix Coverity

set the request to not do tracking in clusterizer

move setting of geometry matrices before the filling of the cluster arrays

coverity fix for TFF geometry method

make some methods virtual

make members protected

List of good runs in a separate macro

Default z vertex cut at 10 cm in analysis, not in candidates production

Analysis code for D0->4prong (Fabio)

Speed up (Francesco)

Updates for proper treatment of fQuality flag in centrality selection and for usage of the SelectionBit (Giacomo, Chiara, Renu)

Implemented possibility to compute efficiencies for D mesons with or without a fake daughter (ChiaraZ)

Coding conventions (O. Borysov)

PID information via InputHandlers and base class AliPIDResponse
Jens Wiechula

fix to the proper NSD

New base class AliPIDResponse
Jens Wiechula

Fix Coverity leaks

1. Coding violatation partial fixies
2. removing dummy functions IsXXXX

TPC PID response function.
Jens Wiechula

removing obsolete function DumpMaterialBudget
+
Coding violation

Code checker fixies

- fixing coverity

- fixing coverity