changes from gsi svn

fix coding violation RC11

Coding rule violations.

Coding rule violation corrected

Obsolete code removed

Coding rule violations corrected

Move the filling of the Ecross per cell histogram before the cut on Ecross is applied

- support raw data version 0xd (MEB)
- evaluate CRC falgs from GTU
- improve for readout order checking
- tracklet sorting available in rawstream
- labelling of raw GTU tracks in ESDs

adding optional messages for number of extracted clusters; no functional change

returning the number of clusters extracted from the block and added an optional info message steered vis verbosity member; no functional change

correcting a typo in the error message for invalid RCU trailer and including some more information

Packed occupancy together with the Cerenkov angle (Giacomo)

o updates (Giacomo, Pietro)

- implement copy constructor and assignment operator for AliTRDtrackGTU

Missing submission to rev 52361

Missing submission to rev 52361

Including the acceptance parameteriazation to be used while analyzing MC (generator level)

Missing submission to rev 52361

TObjArray is replaced by TList

Output is added

AliTRDdigitizer.cxx -> For the new name of the Nodata status in AliTRDCalChamberStatus

AliTRDcalibDB.cxx .h -> For the function related to the new status in AliTRDCalChamberStatus + the exb object with a protection against 100. I plan namely to put a default object with 100, which will indicate that the look up table as to be used. In AliTRDcalibDB, it takes the loop up take when the mean value is above 70...

AliTRDCalibChamberStatus.cxx .h -> calibration with tracks for chamber status of half chamber also

Cal/AliTRDCalChamberStatus.h .cxx -> change of definition of status, keeping the back compatibility.

AliTRDCalibTask.cxx .h -> Run the chamber status calibration + propagate the version and subersion number of the exb object used in the reconstruction

AliTRDCalibraFillHisto.cxx .h -> due to the new name of the status

AliTRDCaibraFit.cxx  -> some printf less

Restored compilation and functionallity (Ruben)

Remove decay photon tagging since it is done in AliAnaPi0EbE, add MC histogras for Eta decays

Data are not reset when method WriteVertices is called. Added debug histograms

adding centrality vs multiplicity correlation histogram

move method to get mother VCluster of a AODPWG4Particle to the base class to be used everywhere

New  clasess for cosmic reconstruction
(Xianguo)

AliTPCCosmicUtils.(.h,.cxx)       - toolkit with set of static function  used for
                                  - the cosmic track fit and for the visualization

AliTPCCCosmiTrackfit(.h,.cxx)     - track fit class (to be used in the user analysis task or in the cosmic tracker)

AliESDCosmicTrack(.h,.cxx)        - cosmic track class + snapshot of track at different extrapolation points

AliCosmicTracker.h                - The tracker for the refitting of the cosmic tracks, to be invoked during the
                                  - standard reconstruction in the AliTPCtrackerMI after the RefitInward

Modification of the AliESDEvent will be needed+
Adding the TClonesArray of AliESDCosmicTrack + all types of geterrs, setters, destructors and constructors

Fixing linkdef

Fixing CMake files

Obsolete files removed.

Getter for HMPID signal added.
Jens Wiechula <Jens.Wiechula@cern.ch>

Update
A. Toia

Fixed https://savannah.cern.ch/bugs/?88157

Recover recalibration and bad channels map from OADB when needed (Marcel, Deepa, Rongrong)

IMPORTANT Changing default 2009 and 2010 track cuts
Two cuts added:
chi2/cluster ITS < 36
chi2 of constrained TPC vs global track < 36

See discussion at:
https://indico.cern.ch/conferenceDisplay.py?confId=156171

fix in CopyLocalDataSet

protect against missing debug projection on radial direction

Moved to macros

Add a task to a train

Add correlatio matrix for tracklet case

Fixing mem. leak (thanks to Ruben)

Add parameter in AddTask macro.

Add parameter in AddTask macro. Add correlation matrix for events with reconstructed vertex

update resolution task for full monitoring of residuals at TRD entrance
extended/use AliTRDeventCuts (class by Markus) to steer event cuts
added bunch cross selection in AliTRDeventCuts
improve merging

bugfix 88038: inconsistent handling of reference counters in library manager

bugfix: calculation of the equipment size is different whether data cames from HLTOUT or directly from the parent raw reader. This only concerns a special reconstruction mode where raw data is read from HLT links, e.g. TPC AltroChannelSelection

update of histograms; using TH*D to avoid saturation (Alberica)

removing hardcoded selection of 10 HLT DDL links, which triggered now a bug causing partial readout of HLTOUT after increasing the number of HLT links from 10 to 28 in AliDAQ (bug #88138)

Initialize the array of test results before providing it to detector-specific Check

Apparently DAQ changed raw-data filenames conventions. Technical fix, should go also the release.

Bug #88017: Adding the equalization factors to AOD/VEvent.

Bad channels and recalibration factors.
Gustavo Conesa

Updates for EMCAL

AliAnalysisTaskFastEmbedding:
- add event selection
- new random selection of extra AODs and events, taking into account the number of events in AODs
- additional mc information (pt hard, x-section, etc.)

AliAnalysisTaskJetResponseV2:
- add trigger exclude mask (e.g. jets with track pT > 100 GeV)
- add pt hard bin
- keep negative jet pT (after background subtraction)

new histograms depending on fired L1 trigger

increasing track depth to 50k

Changes for #88113 Request to add new TPC-PID information to AliESDtrack and a new class to ESD

correct macro

Fixing memory leak (delete[] fImage)

Fix for #77321: request to store friends for TRD-triggered events

Modified cut on one of the decay daughter angles (Gian Michele)

Checks on the return value of AliExternalTrackParam::Rotate() added

dE/dx versus eta corrections

Added protection on radius of secondary vertex to avoid track propagation trhough beam pipe

Protection against initialization of alpha with value outside +-pi (Marco van Leeuwen)

Initial version of the QA task for Pb-Pb triggers and VZERO (Raphael).

fixed macro

macro to add AOD output handler

Corrected printout.

Necessary for the latest ubuntu

Make the raw OCDB more obvious in the data source tab

Adding the location of GL and GLU

WriteFriends may clean esdFriends, moved in-reco Analysis before it.

Jends : update of on-line monitor to cope with the Monitoring Bit

Moved in-reco analysis call before event reset; clean delete of fAnalysis

README is added.
Reaction plane task is removed from PHOSPbPb.C

QA task for pi0 parameters in PbPb runs in PHOS

Change definition of bad cluster, remove not anymore useful histograms

Adding explicit linking of GL GLU

reduce memory consumption (Alexander Kalweit, Marian Ivanov)

OCDB is updated also if the vertex is not compatible with MeanVertexSPD (Davide)

Restored functionallity

Macro to cross-check the trigger setup.

missing breaks inserted
bug #88061, Missing "break"

Fixing memory leak when running with a centrality train

Move exotic cell rejection methods from AliAnalysisTaskEMCALClusterize to AliEMCALRecoUtils
IsExoticCluster now checks if the cell with highest energy is exotic
EMCALPi0CalibSelection: Add time calibration histograms, and bad cluster rejection
AliCaloTrackReader: Add getter for list of clusters under use

Introduction of V0 equalization factors in the ESD and their filling inside the V0 reconstructor. The AOD code will follow.

fix in destructor: histos owned by the output were deleted (Ruben)

Reverting some changes since MFT is not yet built, there is no DAQ association, inputs, etc.

Added AliAnalysisAlien::AddAdditionalLibrary to add individual libs. Added AliAnalysisAlien::SetRegisterExcludes to exclude some file from being registered and merged. Note that AliAnalysisAlien::SetMergeExcludes applies now to merging only.

Updates in SDD calibration macro: 1) better treatment of the edges, 2) when statistic on module is low, residuals fitted with pol1 and dummy map is created (Ruben)

i) Adding the centrality train for the MC (taking the impact parameter from the header) ii) Adding the MC-ESD analysis option (analyzing ESDs and going back to the stack) iii) Adding the relevant macros for the MC case iv) Adding the possibility to run a multiplicity dependence analysis (in pp)

from Marco :
- small bugfixes
- removed comment
- coverity fix

Removing the tasks from the digitization (Ruben)

Interface for setting up custom monitoring lib policy (Requested by Jens).

Restore independence of libEMCALRecoUtils on libSTEER

memory leak in the unpacking of compressed HLT TPC clusters fixed

Adding the possibility to switch off the centrality usage (pp case) + addition of the steering and the AddTask macros to be used for teh pp analysis

Fixed typo (Yuri)

Fixing unused parameter warning