more fixes

Move class AliCaloNeuralNetworkFit from "EMCALrec" to "EMCALUtils" library, to avoid crashes in online QA.

Add PHOS way to calculate the cells position
Change way rebinning is done in case of replotting via the terminate.
Change binning of amplitude histograms to twice the energy histograms
Some cosmetic changes (extra or missing tabulation of some lines)
Remove some printf

Attached are the updates to fix the last two QA tasks (2472 and 2474).

Peter Christiansen

- corrected class name in error statement

additions to the toy model to test the methods with eta dependence and an extra check before sqrt()

Trigger input names added to ESD (Plamen)

- removed compilation warning

- corrected compilation warnings

Changes in the QA + control plots for secondries to be used for the corrections

code cleanup (Theo)

UPdated and corrected LASER DA

correcting output data block specification for TRD clusterizer and tracker (Theo)

add possibility to omit checking of trigger class (Theo)

adding a TRD histogram merger component which allows to run separate components on the partition level and merge them later

adding helper function to get super module from data specification (Theo)

new NN tune from Paola

Merge branch 'histos'

* histos:
  Removed excessive loggin statements
  Added histogram features, improved code
  removed cout statements

bugfixes

- problems with logging and real abs id fixed

- fixing problem in handling resizing of memory buffer

- getting real cell abs id

- checking if we have tracks matched

- fixing data type for calo clusters

Small update in macro for SDD drift speed visualization

Added tpc histos
enable update of async data independently of synced data

- removed obsolete argument -timebin

cleanup - removing old STU raw stream class

Default entry for TPC/Calib/HighVoltage

Updates to include list of active DDLs in AltroConfig OCDB entries

Run number stored in the noise histogram

Added histogram features, improved code

removed cout statements

setters for nonflow in either eta or pt range

Fix in GetMass(). Return the pion mass, if all the PID probabilities are equal. (Many thanks to M. van Leeuwen)

trigger class syntax accepts 8-10 items (allows us smooth transition to updated  cfg)

- removed the offline function call for calculating residuals
- replaced the hardcoded ntuple buffer size with respective argument

Fix in the usage of the magnetc field (A. Marin)

more strong protection from writing data

Correctly fill the MC information in tree (Diego)

Modify terminate to include histograms with clusters and cells global positions, and many other plotting arranges.
Change macro to plot QA histograms, now it executes the Terminate.

cosmetics

Recommiting these

-Created new base class for the Calo physics histogram producers.
-Tested on local chain.

Changed CaloHistoComponent to take caloCluster struct input

started enabling clusterStruct input

AliAnaCaloTrackReader: Put the geometry matrix for PHOS and EMCAL geometry pointers if gGeoManager does not exist, only if ESDs are read.
AliAnaPi0: Check with geometry methods the position of the impact of the particles in the calorimeter if the geometry matrix are set, if not use the AliFiducialCuts
AliAnaCalorimeterQA: Many new histograms related to the position of the clusters and cells of the calorimeters (some only filled for EMCAL, need fix for PHOS).
AliAnaPartCorrBaseClass: Check if the output event exists when looking for the AOD branches.

Add initial comment to trigger mapping methods.
Remove AliFatal and AliError when gGeoManager does not exist in ImactOnEMCAL and GetGlobal, this was necessary for loading the transformation matrices before but now they can be provided externally. Remove all code that was commented related to the load of the matrices.

from Svein - more missing includes for newer gcc

1. CheckCascade :
  * histos filled for Xi candidates around the Xi inv. mass peak (+- 12MeV/c2) : theta, eta, phi, pt(Xi), p(Xi), pt(Bach), p(Bach)
    (NB: noy yet available for Omega),
  * same fine binning for all inv mass plots, for Xi and Omega : 2-MeV/c2 bins,
  * introduction of an automated switch between Real and reco MC data for lAlephParam definition,
  * quality cuts (TPCrefit + 80TPCclus) activated by default;

2. CheckPerformanceCascade :
  * lAlephParam values for LHC09d10 MC prod (from A.Kalweit).

3. AddTaskCheckCascade + AddTaskCheckPerformanceCascade
  * protection in case of user redefinition of the "common output file name"
(A.Maire)

initialisation warning fixed

bug fixes in PHOS geometry

fix for compilation problems with newer gcc version - reported by Svein

Merge branch 'trackMatcher'

* trackMatcher:
  bugfixes

Added check that nClusters > 0

New directory structure for output not to mix run numbers from different productions

global selection is on again

corrected definitions for Chi2

Add protection on time stamp in macro to monitor SDD calibration

Updating macros to run reco+calibration.

Correction on new Trigger commit, some casting from float to integer and some arrays correctly initialized was needed to avoid warnings or breaking the compilation.

Since there are some cuts which require to take informations from the event itself
(event if they then cut on tracks or pairs), then I added a pointer to current AliRsnEvent
which is assumed to be set up on it during the "LoopPair" method which makes the computations.

This required to propagate the corresponding setter in all classes which manage these cuts.

Moreover, I commented the "OpenFile" statement in AliRsnAnalysisSE, which seems to cause trouble
when running on PROOF clusters.

For ME analysis objects, I fixed a compilation error which appeared to me.

In AliRsnPair, I replaced static with dynamic casts to be more sure of how the histos are filled.

Remove usage of minuit in SDD DAs

Remove usage of minuit in SDD DAs

New Trigger Emulation and Trigger access from data (Rachid Guernane)

libEMCALbase.pkg, EMCALbaseLinkDef.h: add raw digit and STU raw stream decoder
libEMCALrec.pkg: include VZERO needed by trigger processor
libEMCALsim.pkg, EMCALsimLinkDef.h: add trigger classes

AliEMCALReconstructor* : invoque trigger processor (Rachid)

AliEMCALDigitizer.*: create trigger digits from tower digits (Rachid)

AliEMCALGeoUtils.*: add trigger mapping (Rachid)

AliEMCALRawUtils.*:modify Raw2Digits method to access FALTRO data (Rachid)

AliEMCALTriggerTRU.* TRU class

AliEMCALTriggerSTU.*: STU class

AliEMCALTriggerSTURawStream.*: STU data decoder

AliEMCALTriggerElectronics.*: Trigger processor

AliEMCALRawDigit.*: Elementary digit closest to raw data content

AliEMCALTriggerData.*: Trigger data for persistency

AliEMCALTriggerPatch.*: Object created by trigger algorithms (L0, L1)

AliEMCALTriggerBoard.*: Trigger electronic device base class

Normalization for RAW and RECP histograms (Melinda)

- Derive from AliAnalysisTaskSE
- Obtain ESDfriend from baseclass

- derive from AliAnalysisTaskSE
- Correct position of DefineOutput

Reduce pedestal value for sampling simulated digits to 0 since we work with 0 suppressed data.

Common access to ESDfriends

Missing * for pointer added.

Problem with overwriting memory corrected.

- fixing compilation warnings

- small bug fixes to fix problem with global coordinates

- loading geometry from CDB
- using AliPHOSGeoUtils to get global coordinates

- new definition of cluster to track residuals
- update pt plots

Error in ADCch2Phe called by Raw2SDigits method

set default back to real data with physics selection

Now the TPC clusterfinder produces a special compressed input for the CA tracker,
in order to reduce the network traffic.

changed inheritance to TaskSE

Minors

Added some new histograms, changed the BG calculation to z and multiplicity bin comparison, added new functionality to check v0s for mc info.

output of the slice tracker optimised

Protection added in the preprocessor

bsolete tracker output removed

Obsolete tracker output removed

Changed constness of the AliHLTCaloClusterDataStruct::GetTracksMatched function.

Merge branch 'trackMatcher'

* trackMatcher:
  -Tested and cleaned up
  -Added track matcher component
  Added AliHLTGlobalTrackMatcherComponent

Conflicts:
BASE/util/AliHLTCaloClusterDataStruct.h
BASE/util/AliHLTESDCaloClusterMaker.cxx
CALO/AliHLTCaloClusterAnalyser.cxx
PHOS/AliHLTPHOSGeometry.cxx

Events by default are selected.

Protections added in GetEvent method.

New task for D* efficiencies with CORRFW (Alessandro)

bug fixes

- adding EMCAL geometry class

- fixing compilation warnings

- changing format of matched tracks from TArrayI to Int_t in internal cluster struct.

- fixing bug in clusterisation
- proper handling of the data origin

- adding AliHLTEMCALDigitMakerComponent
- adding AliHLTEMCALClusterizerComponent to build system

- setting the data to be zero suppressed as default

- fixing small bug in the cluster analyser
- for now shipping local coordinates of the clusters

- fixes to the geometry classes