Preprocessor updated

Some prints commented

Addinf missing </pre> in a block of comments

Added commented line for activation the fast raw data decoder.

In CreateDigitMaker(): changed the tested option in capital letters.

Added function SetFastDecoder()

- The default value of useFastDecoder in ctor changed to kFALSE,
  added function SetFastDecoder()
- Adding info message when new HP decoder is selected (Artur)

added HLT (system) configuration. HLT.dif is now the HLT preprocessor config.

Update configuration for SHUTTLE: production mode

Change of the Q angular correction parameterization (Marian)

The code is now optimized. Errors trace back can be monitored (L.M.)

coding conventions and compilation warnings (Jenny)

Replace AliTRDRawStreamV2 by AliTRDRawStreamTB

New alias name for Pressure is fixed according with DCS people and A. Colla

Added function AliCDBManager::GetURI(const char* path). Returns the URIof the default or specific storage where the
object will be looked for.

Hijing generator properly described

Magic patch from Rene to have the DA working with ROOT I/O on DAQ machines

filter out additional compile defines to fit into rootcints 1024 char limit

Bug fix (A. Dainese)

Improved protection for reconstruction of raw data (F. Prino)

Updated version of SSD Detector Algorithms (S. Borysov)

Increase version number.

put correct value of T0 with 0 vertex

In RecoverResult(): replaced switch with if statements
to avoid compilation error on SL4.

Write to AliESDtrack info on status of track at each ITS layer + Possibility to read ITS dead modules (SPD, SDD, at the moment) from CDB. (A. Dainese)

new bugs fixed by Tomek

FillESD fills ESDCaloCluster and ESDCaloCells

ALTRO mappings gets from OCDB.

First version of Central Electrode DA

minor corrections, remove obsolete include file

avoid memory resident TTree, TPCEsdConverter added to example macros

updated histograms

Additional pritection. Do not delete the mapping, it is owned by another class

Using static CDB entry

switch on effC++ compilation flags by default (--enable-strict option)

Modifieng the path (Marian)

Adding the class AliTPCPreprocessorOnline (Lars)

//  Preprocessor class for HLT and DAQ                                        //
//  Possible usage: preprocess TPC calibration data                           //
//  to form needed for online viewing/visualizing TPC calibration data        //
//                                                                            //
//  On HLT or DAQ AliTPCPreprocessorOnline::AddComponent(...) is called,      //
//  whereas ... is either an AliTPCCalPad, or an AliTPCCalROC.                //
//  Their names have to be acording the naming convention for AliTPCCalPads   //
//  Special for CalROCs: Add '_ROC<ROC_Number>' to the name.                  //
//                                                                            //

- added general data type for ESD objects
- implemented switch in TPCEsdConverter to send ESD either directly or
  embedded into a tree. The first method though does not give any meaningful
  ESD so far (written via ROOTFileWriter)
- some trials to get rid of the TTree::Fill errors

AliTPCCalROC derives form TNamed (Marian, Lars)
Needed for AliTPCPreprocessorOnline to identify the objects
uing names

The angular correction calibration (Marian)

Possibility to register data - AliTPCselector*

Adding the angular effect calibration - AliTPCselectorTracksGain

(Marian)

Important bug fix. The trigger inputs were not reset inside the event loop, so the trigger class mask was completely wrong

Adding classes AliMUONVRawStreamTracker, AliMUONRawStreamTrackerHP
(Artur)

Adding the new high performance decoder.
The new decoder can be used during reconstruction by setting
the reconstruction option to "useFastDecoder".
(Artur)

data DCS fro new preprocessor

fill CBD by hands with new data

data for new preprocessor

preprocessor and data classes

Change UShort_t to Int_t for array size definition (necessary for Root streamer to work properly).

Bug fix: using the mapping from CDB

Updates in the QAChecher (very rough test implemented)

Example macro to read ESDCaloClusters and ESDCaloCells

added configuration for HLT preprocessor. HLT system (FXS) config file moved to HLTsys.ldif;
preprocessor configuration put in HLT.ldif

Removing unnecessary includes

incorporated fitting procedure from testbeam analysis into AliRoot

corrected mapping of rows for testbeam

- bugfix TPCClusterFinder: set correct row no in list of active pads
- implemented ActivePad list output TPCClusterFinder for all (rawreader and
  processing) modes
- AltroChannelSelector generalized to allow also list of active hardware
  addresses, general data type {***:HWADDR16} added
- minor cosmetics

Bug fix related to reconstruction of simulated data in raw format (E. Fragiacomo)

Corrected HMP alias list

bug fix

test

Merge Jens and Christian changes

removed alias tpc_TP_359.Temperature (not used)

added members initialization and removed dummy copy constructor (Andrea)

Adding decsription of the macro MUONCheckDI.C
(Artur)

Fixing a memory leakin CreateQuadrant(): added deleting AliMUONSt1SpecialMotif
objects from specialMaps, as this is not done automatically.
(Thanks to Christian Klein-Boesing for reporting this.)

QA data maker for SDD with online flag and selected histograms for test with cosmic rays

Fixing memory leaks (Christian)

Correcting a printout

New file to be read during reconstruction

removal of old file

Initialization bug fixed.

Coding conventions...

Magic line from Rene in order to avoid I/O crash in case of inexisting ROOTSYS. The size of the histograms is reduced, because it was allocating too much memory

loading libANALYSIS.so

adding function to retrieve eta from tracklets

Adding the required documentation fields

Obsolete code

typo fixed: HMP_DET/HMP_ENV/HMP_ENV_TENV.actual.value

changed order of arguments to TMonaLisaWriter

updates for running beamtest analysis within AliRoot - minor bug fixes still need investigating

modification to read Altro mappings into AliEMCALRecParam and pass to AliEMCALRawUtils from AliEMCALReconstructor; add option to AliEMCALRawUtils to set old RCU format (for testbeam) or not

implemented copy constructor (protected)

added generation of trigger map

removing PWG0depHelper
moved dNdEta analysis to task

rewrote task, no defines needed anymore

adding contamination and mb-comparison study

adding trigger statistics

fading out dependent helper (AliPWG0depHelper)
moving from selectors to tasks

Adding a high performance decoder for DDL palyoad decoding of tracker DDL streams.
This will hopefully be moved to MUON/ soon, but we just could not wait any longer and require this code in the CVS now.

- AliAnalysisTask::OpenFile(i) opens and returns the file for the container
connected at task output slot <i>. Works also in PROOF mode now.
- Added kSpecialOutput user-settable flag to AliAnalysisDataContainer. Output
containers that are to be dumped to a special file will be copied in PROOF mode from each
slave to a default remote location specified via AliAnalysisManager::SetSpecialOutputLocation()
File names will be prepended with the host name of the slave they were produced on.
One needs to open the special file in MyTask::CreateOutputObjects():
   OpenFile(iout_slot)
The files on the slaves will be closed by the system in SlaveTerminate phase.

Ex:
MyAnalysis.C
{
   mgr = new AliAnalysisManager("demo","");
   mgr->SetSpecialOutputLocation("root://lxb0000.cern.ch//alien/alice/"); // xrootd location
   MyTask *task = new MyTask();
   mgr->AddTask(task);
   // Create output container to be written in file sptree.root
   AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("csp_tree", TTree::Class(), AliAnalysisManager::kOutputContainer, "sptree.root");
   coutput1->SetSpecialOutput();
   mgr->ConnectOutput(task,3,coutput1); // connect container to output #3 of MyTask
   ...
   mgr->StartAnalysis("proof", chain,...);
}

void MyTask::MyTask()
{
  ...
  DefineInput(3, TTree::Class());
  ...
}

void MyTask::CreateOutputObjects()
{
   ...
   TFile *f = OpenFile(3);
   ...
   fTreeOnOutput3 = new TTree(...)
}

void MyTask::Exec()
{
   ...   processing ...
   tree->Fill();
   PostData(3,tree);
}

Removing lines from the readme file

New data fields needed for calculating the hardware efficiency of ITS modules (Andrea)

Loading libPhysics needed in proof mode

Numerical protection (Marian)

- Added new input parameters in AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree *tree, Int_t nentries, Int_t firstentry)
- System info (CPU and memory usage) can be collected every N events using AliAnalysisManager::SetNSysInfo(N)
Works only in local case. Two plots drawn based on the syswatch.log file. The full tree saved in syswatch.root file

Removing libraries that are not needed by default. Saves about 100 MBytes at start-up

Better ordering of the data members. Saves 4 bytes/cluster

swicht to offline init

Removing par files