Updated file

bugfix: SliceTracker handles only input blocks of known data format (Kenneth)

code cleanup, coding rules, eff C++

correct handling of multiple output data types

Changes due to new PROOF (Marian)
Main problem - Objects - components could not be initialized
in SlaveBegin as fChain was not yet initialized

Storing the Altro mapping objects in the CDB. Macro to generate them from the ascii files in the mapping folder

Initialization of the calibration component in special function.
SlaveBegin can not be used as the fChain is not set
(different older PROOF)

(Marian)

Protection for AliESDevent (Marian)

Updated CDB entries. Keep only the forward mapping array persistent, the inverse one is created on demand.

Keep only the forward mapping array persistent, the inverse one is created on demand. Various minor changes

Fix array sizes.

Protection if the compiler is not gcc

Adding Solaris with CC

Unused array commented out

Provide return value if the function is not void

Initialization of data members

Track propagation and coordinate transformation moved into base class.
New common getters for track origin.

New functions implemented (Marian)

Int_t  AliXRDPROOFtoolkit::CheckTreeInFile(const char*fileName,const char*treeName, Int_t debugLevel, const char *branchName){
  //
  // Check the tree in file
  // fileName   - the name of the file with tree
  // treeName   - the name of file
  // debugLevel - 0 check the existance of the file -  1 make loop over entries
  // branchName - if debugLevel>0 the branch is chcecked
  //              if brnachName =0 the content of full tree is chcecked
  // return value = 0 - Check things  OK
  //               -1 - file not exist or not accesible
  //               -2 - file is zombie
  //    -3 - tree not present
  //               -4 - branch not present

Bool_t  AliXRDPROOFtoolkit::FilterList(const char*inputList, const char*fileList, Int_t checkLevel){
  //
  // Filter the list
  // inputList - list of original file names
  // fileList  - list of file to be checked
  //           - 0 - fileName
  //           - 1 - treeName (if * not checked)
  //           - 2 - fileName
  //                 ....
  // checkLevel - 0 - check only existance of the files and tree's +
  //                  simple file corruption
  //            > 1 - check the content of the tree -
  //                  (can crash as there do not exest exception handling in ROOT)
  // Output -  two streams are created - file with good entries
  // "%s.Good a,d file with bad entries %s.Bad
  //EXAMPLE:
  // AliXRDPROOFtoolkit::FilterList("ppgrid2.txt","AliESDs.root esdTree AliESDfriends.root * Kinematics.root *",1)

 one more bug fix

Improved log message

Protection added to AliShuttle::CopyFileLocally

Storing raw data tags properly

Port of changes from v4-07-Release and additional rule conformance

Map of CDB storages and list of CDB object Id's used for the reconstruction are
now written to the ESD tree's UserInfo.

The storage map (named "cdbMap") is a list of TObjString pairs. The key is "default" or the paths
for which the specific storages are accessed, e.g.:

key value
"default" "local://$ALICE_ROOT"
"TPC/Calib/*" "local://TPC_SPECIFIC"
...

The list of retrieved objects (named "cdbList") is made of the AliCDBId's of the retrieved data.

To get them:

TFile * f = new TFile("AliESDs.root");

TTree* tree = f->Get("esdTree");
TList* l = tree->GetUserInfo();

TList* ids = l->FindObject("cdbList");
ids->Print();

TMap* storages = l->FindObject("cdbMap");
storages->Print();

fix bug in OnlineLookup

names changed to lower case

Preprocessor with DCS

Fixed also smell detection

Add a warning for missing transformation matrix

Add a warning for missing transformation matrix

Record changes.

From Bertrand: Windows fixes.

Macros to produce bad modules map from ESD

bugfix: MAXHOSTNAMELEN not defined on macosx -> general fix

Temporary fix to allow tests with new SPD geometry

bugfix: dynamic_cast caused undefined symbol; sequence of writers written to raw files

updated handling of include paths

Removed call to SetOldRCUFormat, which is only needed for testbeam data

Further improvement of peak finding; more robust fit

Furter developement on the Shuttle:

- Shuttle now connects to the Grid as alidaq. The OCDB and Reference folders
are now built from /alice/data, e.g.:
/alice/data/2007/LHC07a/OCDB

the year and LHC period are taken from the Shuttle.
Raw metadata files are stored by GRP to:
/alice/data/2007/LHC07a/<runNb>/Raw/RunMetadata.root

- Shuttle sends a mail to DCS experts each time DP retrieval fails.

Fixed bug in raw data unpacking; Added pedestal to signal fit; Added logic to deal with high/low gain

In case of online, one has to create the calibration object first

New QA classes by Sylwester

CDB base folder is now created recursively if needed

Adding new function (Marian)

 AliXRDPROOFtoolkit::XRDCopyDir(const char * idir, const char * files, const char *odir, Bool_t zip){
  //
  // idir  - input directory
  // odir  - output directory
  // files - the list of files to be coppied
  // zip   - not supported yet
  //
  // Example :
  //
  // idir ="root://gsiaf.gsi.de:1094//sma/sim/v4-05-Rev-03/pp/0000";
  // odir ="root://lxgrid2.gsi.de:1094//miranov/test/pp/0000";
  // char *files="AliESDs.root AliESDfriend.root Kinematics.root";

correction in usage example

Removal of obsolete error message

Replacing AliFatal by an AliError in GetIndex to avoid a crash in case of a corrupted input file in Shuttle (Laurent)

DAQ Detector Algorithm with documentation

Coding conventions

Coding conventions, removing compilation warnings

Coding conventions, removing compilation warnings, consistent usage of const

Improved managing of temporary folders, which weren't correctly handled.
Resolved bug introduced in StoreReferenceFile, which caused SPD preprocessor fail.

Updated GRP preprocessor (to be validated with Panos)

- HOMER library manager completed
- pure virtual interface for HOMER reader and writer added
- HLTOUT component completed (untested)
- fixes in documentation

Corrected upper limit for material indices.

Switch of delta-rays with -1. instead of high threshold.

Provide a special IO ctor for the parameter singleton classes

PHOS altro mappings stored in the CDB

Macro to create the PHOS altro mapping from the ascii files and store it in CDB. The corresponding CDB directory is added

TPC altro mappings stored in the CDB

Macro to create the TPC altro mapping from the ascii files and store it in CDB. The corresponding CDB directory is added

Obsolete code. The mapping classes are in the RAW package

Changes needed in order to enable the root i/o for the altro mapping objects.

Special particles added in AddParticlesToPdgDataBase()

Correct time for primary ionisation steps.

Update by Raphaelle

Online LookUpTable the same as offline

bugfix: modules can be disabled manually

Coding violation  reduction  (Stefan)

Minors...Just ordering the libraries

enabled automatic LinkDef generation

Using symbolic particle types everywhere

added agent for AliHLTComp library

Updating the class id for I/O

coding violation fixed

Increasing Class version

Removing newling

Added QA for Raws

added framework for libAliHLTComp

added HLTOUT treatment for HLTReconstruction

minor corrections for consitent header files

further work on HLTOUT component;CDH and HLT OUT Event header;bugfixes in AliHLTOUTHomerBuffer

coding violation fixes

- compined HLT/AliRoot build system adapted to phos and trd library
- minor corrections/enhancement in HLT build system

Coding violation removal (Marian)

Eliminating coding violations (Marian)

Improving error message

New function StoreRunMetadataFile added to TestShuttle package
This function can be used by GRP only. It stores raw data tags merged file to the
raw data folder (e.g. /alice/data/2008/LHC08a/000099999/Raw).

New function StoreRunMetadataFile added to preprocessor and Shuttle interface
This function can be used by GRP only. It stores raw data tags merged file to the
raw data folder (e.g. /alice/data/2008/LHC08a/000099999/Raw).

KNOWN ISSUES:

1. Shuttle cannot write to /alice/data/ because it belongs to alidaq. Tag file is stored in /alice/simulation/... for the time being.
2. Due to a bug in TAlien::Mkdir, the creation of a folder in recursive mode (-p option) does not work. The problem
has been corrected in the root package on the Shuttle machine.

New function StoreRunMetadataFile added to preprocessor and Shuttle interface
This function can be used by GRP only. It stores raw data tags merged file to the
raw data folder (e.g. /alice/data/2008/LHC08a/000099999/Raw).

KNOWN ISSUES:

1. Shuttle cannot write to /alice/data/ because it belongs to alidaq. Tag file is stored in /alice/simulation/... for the time being.
2. Due to a bug in TAlien::Mkdir, the creation of a folder in recursive mode (-p opiton) does not work. The problem
has been corrected in the root package on the Shuttle machine.

Eliminate coding violation (Marian)

introducing the all-MODULE target by default

libpthread is now need by root 5-17/04

Minor changes needed to generate pedestal for calibration

Updated DA for STANDALONE PEDESTAL runs

New class for particle selection

Corrected coding violations

macro added: library checks specific to each HLT module

AliT0Parameters fro online lookuptable