Remove t0 again from global calibration

New TRD raw data reader (v1 + v2) by Christian

Use of AliMpSectorSegmentation changed to AliMpVSegmentation
as there is no dependence on sector.

Applying ManuMask in motif position test

- All mapping enums within namespace (AliMp).
- Cathod types now defined via AliMpCathodType.

Changes for using the functionality of AliPHOSRawDecoder
and AliPHOSRawDigiProducer

Fixing memory leak: correct deletion of TObjArrays and their contents.
(Sasha)

Remove t0 again from global calibration

kBSemiElectronic and kBSemiMuonic added.

call to MUONTriggerEfficiency corrected (Philippe)

adapted for reading Digits or RecPoints (Philippe)

remove LoOutput (Philippe)

bug fixed & correct handling of local empty slots and copy cards (Christian)

Moving MUON.Digits.root file into MUON.Digit directory after simulation
(Gines)

Adapting Reconstruct(AliRunLoader* runLoader, AliRawReader* rawReader) for doing
reconstruction without MUON.Digits information
(Gines)

New method SetContainerData for allocation of memory when output on tree
is not needed.
(Gines)

Additional protection (Alberto)

Code error is added to the raw data error log class

reading - writing CDB

Added the class AliHLTPHOSFileWriter to the build system.

HLT component for writing analyzed raw data to files

Bug fix. The peakfinder vectors was set using pointer in the
AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinderComponent.cxx class but the arrays
contining the vector values was only temporary variables
in the constructor. With the bug fix the Peakfinder vectors
are initialized in the AliHLTPHOSRawAnalyzerPeakFinder class
and the array elemts are copied one by one. The vectors are set only during
initialization so there are no overhed for the online processing

Some chnages was done to the DoEvent function, more inellignet algorithms
for processing of event data in order to improve performance.

Added som debugg information (and removed it later)

Removed some obsolete code

Cosmetic changes

Removing object files hat was added by mistake

Simple Online display that fetches events from the HLT stream and make lego plots
of cell energies for 5 modules. Mainly intended for debugging purphoses

Modifed the event time to perfor performance. Achived 140 events/sec when
all processes runs on the same machine.

HLT configuration for online analysis of all5 PHOS modules using the
PeakFinder algorithm. Events published form files.

A few changes needed for doing the tracking on mis-aligned clusters (Y. Belikov)

Changes for correct initialization of Geant4 (Mihaela)

Module numbering is corrected

Introduce T0 offset in CDB

fixing wrong EOL

added method to apply detector response on an arbitrary input distribution
this can be used to evaluate the methods

The peakfinder algorithm was intgrated into the HLT online processing.
Succeesfully tested in the HLT chain. Raw data dumped to screen together
with analysis results for verification.

Increased the number of timebins to 1008 (the max limit by the ALTRO).
As long as zero supression is used there is almost no performance
penalty by using the max possible number of samples, and several hundred
samples will be needed for channels that is close to saturation.

coding conventions

Propagating the tracks to the primary vertex reconstructed with the tracks

Updated for modifs in mapping ( AliMpPlane/CathodType)

Do not sort manus it the fManu array

Making sorting values optional

Empty copy constructor and assignment operator removed.

Class to produce PHOS digits from raw data stream.

Backup the current Root directory and not the current file

xml configuration for running online analysis on al 5 PHOS modules

A new structure  AliHLTPHOSValidCellDataStruct.h was added in order to improve
the online processing performance. Instead of looping trough all 35480 channels
the raw anlyzer algorithm only has to loop the data in an array of ValidCellDataStructs.
This, combined with a counter counting the number of channels containing valid
data drastically improves performance because the arrays containing analyzed
data dont have to be resetted. The AliHLTPHOSRawAnalyzer  class
was modified to incorporate this new feature.

Selector class for flow on the fly

new version with selector

Adding needed includes

Includes required by ROOT head

changed sixe of fOutputContainer

More mods to suit ROOT head

LoadMacro("Hmenu.C") allows to execute menu manually

Display() method is replaced by more general utility Hdisp.C

Added log message in case there are no source files

Forward declaration

Removing warnings on Solaris x86

Adding includes now needed by ROOT

Corrected names of header files

Adding includes now needed by ROOT

Removed the  AliHLTPHOSValidCellDataStruct.h from Makefile.am

New version provided by Arcelli

Explicit cast to avoid warnings (Solaris x86)

This was completely wrong

Do not hide variables from the outer scope. Explicit cast to avoid warnings (Solaris x86)

Do not hide gMinuit (Solaris x86)

CheckConditions returns ULong64_t now (Solaris x86)

Adding includes now needed by ROOT

Do not hide variables from the outer scope (Solaris x86)

Fix to take into account the fact that Pythia6 from ROOT
stores the original PYTHIA mother/indices which is done the FORTRAN way
(1, 2, 3 ...). In AliStack we use the C++ counting (0, 1, 2, ..)

Andreas

redefine old (coding convention violating) shm constants in order to compile HLTPupSub

New data member in the common calibration class

Correction in the photon generation (Gustavo)

Removing obsolete data member

Copy constructor and assignment operator delared in the private part of the class

Wrongly deleted code is restored

Explicit cast to avoid warnings (Solaris x86)

Do not hide variables from the outer scope. Explicit cast to avoid warnings (Solaris x86)

Do not hide variables from the outer scope (Solaris x86)

Updated misalignment macro (Raffaele)

Restoring some changes lost after the last commit (Alberto)

Bugs and warning fixed

Removing the fake copy constructors and assignment operator, moving their declarations to the private part of the classes (praparation for creation of real constructors/operator when needed). Removing of fake Copy method

Upadte of preprocessor by Raphaelle

Do not hide variables from the outer scope (Solaris x86)

The loop variable is already declared (Solaris x86)

Using static TString to keep the name of the file

Explicit cast to avoid warnings on Solaris x86

adding monalisa monitoring

Record changes.

From Christoph Blume: changes in the TRD code that affect the database parameter samplingFrequency.

No dependency on AliITS and on AliITSgeom (Y. Belikov)

New class AliPHOSRawDecoder introduced.

Move sampling frequency to common params

writing data according LookupTable

 reconstruction with lookup table

for compile lookup

LookUp_Table Object