Update testing macro with access to geometry to get cell indices, correct place of parenthesis when getting the list of primaries contributing to the cluster

Adding libSTAT library as request by TRD.

final Armenteros-Podolanski resolution

Update of the SSD on-line clusterfinder:

1. Real data is read in a proper way

2. More checks and warnings added

3. Cosmetics

Reintroduce changes of revision 38787, previous committed version modified from non updated code.

Corrections for the secondaries - knocked out from the material

Move initizalization of fiitting algorithm RawAnalyzer to SetFittingAlgorithm, now the selection of the algorithm can be done again via de OCDB.

Update for running on 2010 data (S. Beole')

Protection to execute 2 PartCorr Tasks if one of them do not needs the AODTrack or AODCaloClusters output branch

fixed track selection from AOD, added new tasks to the train

minor fixes, plotting ranges in eta

Corrected makrolon rod length

Remove for the moment the QA analysis from the PartCorr wagon and move it to its own wagon.

AliAnaPi0: Add possibility to cut on opening angle of pairs, to reject background. Opening angle histograms added.

AliAnaCalorimeterQA:
 - Histograms to display cells energies for different fractions of the super modules
 - Histograms to calculate the measured time  of a cell in a cluster minus the time of cell with highest energy
 -Histogram to accumulate time measured in cells, fill grid of SuperModule. Only for cell energy larger than 0.5 GeV
- Corrected loop of invariant mass calculation, maximum index in second loop was wrongly set to one unit less.

Overlaps removed down to 10 microns

Use equipment id in error dump (MinJung)

Corrected overlaps

Added possibility to introduce downscaling in the selection of raw-data event based on a logical expression of trigger classes. The syntax is <logical expression> followed by % and N, where N is a integer downscaling factor.

fix for bug #62663

clean up the code; count errors(no fit) and warnings separately (Alexei)

Change digitization threshold to >=3 ACD units, now cut on ADC value of digit after conversion from energy to amplitude with the calibration constants in the OCDB.

add some comments

New task for building efficiency matrices with CORRFW for single muon analysis (Xavier)

Improvements to hit reco component for reconstruction on stations 1 and 2.
Fixes for full tracker component.
(Indra)

V0 trigger calculation from ESD data

Apply corrections

Corrections for scondaries kicked out of the material

added posibility to include error to theraw sampled function; default is no errors included

Update of ACORDE-QA-Raw data histograms (now they go from -0.5 to 59.5)

Code clean-up and bug fixes (Melinda)

Implementing ResetDetector method in the QA data maker rec classes (Melinda)

Coding of supporting cylinders, cone nad rings, previously missing. (M. Sitta)

Correct typo in SetPretrigger()

Correct typo in SetPretrigger()

- updated documentation
- removed redundant variables

Updated trigger configuration OCDB entry. To be used in MC productions (Raphael)

Error corrected

Removing LHC Luminosity and Beam Intensity from the GRP object.

Added same task for ITS standalone tracks

Updated class to include collimator

- arithmetic fix
- new method

bugfix: more verbose output also for reconstruction from raw data

update in jet correl

AliEMCALGeometry: Correct the calculation of the position of the cells for cluster calculation, avoid swap in phi for A side and swap in eta for C side; AliEMCALv2, same correction to have simulation and reconstruction following the same convention

Eqs. for non-isotropic terms for automatic correction for non-uniform acceptance for 2nd and 4th order differential flow when particle weights are used.

Merge branch 'devel'

index order bug fix - from Paola

p[3] corrected (Ivana)

Adding the possibility to use or not the online/offline trigger in the data analysis

Use Doubl_t version of PushTrack.

Pass the name of the EMCAL geometry as an input to the macro to create the correct alignment objects

bug fix: put "else if" instead of "if" in the initialization

updating LinkDef according to recently added classes

QASym task runs separately for TPC tracks and global tracks, additional histograms

Bug fix of FPE caused by large trigger amplitudes in rare cases

Implementing better the kSigma2 approach - dEdx(measured)/dEdx(theory)

AliTPCcalibDB.cxx AliTPCcalibDB.h - Adding AliFatal in case of missing critical calibration entries
                                  - Adding non linear field distortion calibration
                                       partially
                                       bug #62183: DCA of TPC tracks is different for A/C side in pass3
                                  - Do not cache enties which are not used yet in the reconstruction
                                       bug #62535: ppbench breaks in TPC
AliTPCTransform.cxx               - Usage of the Non linear distortion correction due to the field

The digits are stored in units of ns now. The trigger mask class was not changed last time when the units changed in MC. This fixes bug #62529.

Adding field distrotion OCDB entry

Usage in the reco, according switch
AliTPCRecoParam::SetUseFieldCorrection()

Eta-y dependent ratios for each pT bin

fixes for bug 62512

default: run all methods

enable setting of subevents

AliTPCcalibBase  - use of the current event, track and seed innthe base class
AliTPCcalibTime  - Using the ITS standalone track for alingment and calibration - if possible
AliTPCcalibAlign - Storing the local residuals in order to calculate distrotions due to the field distortions

(Marian)

Adding the normalized dE/dx vs P plot

HLT (temporary?) excluded from processing, as no files are produced by HLT DA for a long time
and the absence of files at FES now cause a preprocessor crash (not a warning as before!).

Fixing naming so that it looks in the right directory of OCDB to find the RecoParam

Fixing changes from rev 38325 and 33617.

Updated cuts for FMD and ITS

Try to get backtraces also for err*.log
Root changed the output

Adding a flag to Single Muon analysis task to produce a tree as output. Minor fixes in AliAnalysisTaskTrigChEff (Diego)

Added variable for pile-up vertices (GM. Innocenti)

bugfixes for CALO/PHOS in the HLT build system
- non-class header files now assigned to the correct variable
- libAliHLTCalo added as dependency for libAliHLTPHOS

adding libSTAT as a dependency for libAliHLTTRD (Theo)

HLT TRD update by Theodor
- add TrackHistoComponent for some basic but important histos
- a minor clean up in ClusterHistoComponent
- adding some more control on the CalibrationComponent and some clean up

change nonflow implemtation

update of temperature-based time-dependent calib correction

Returning the 2D histograms from the CF containers

MC vs data comparison

Fixing bug in the projections

Adding extra checks to protect from fatal aborts.

Committing macros + script to perform pass0 reconstruction, and pass1 reconstruction with calibration:
mergeCalibObjects.C, runPassX.sh, recPass0.C

mergeCalibObjects.C  - generic merge script - Output  0-common merge file or 1- one file per object
runPassX.sh          - shell scipt to run rconstruction/calibration (to be invoked in jdl)
recPass0.C           - macro with reconstruction setting for pass 0 (ITS,TPC,TRd,TOF only)

(Marian)

Next step of updating the material.

Loading some of the OCDB entries only on request.
By default only entries currently used in the reconstruction
cached

Configuration macro for the LHC10a6 train

Changing fetching scheme for CDB objects to first check if the entry exists and avoid a Fatal error message.

use fewer dynamic_casts by caching the pointers (Theo)

fix for redofinish

Updated V0C geometry. The rings wre shifted correctly in the longitudinal direction. The cover volumes are now simulated with more details. The new geometry was checked for overlaps (Brigitte+Cvetan)

Alignment objects updated

Add default entry for TPC/Calib/Goofie

Vertical collimator added to ZDC geometry

minor cleanup, deleting debug messages

adding HLT calibration objects for 2009 run ranges

adding example macro and description for local reconstruction of raw files from the Grid

Fixing code to prevent on the fly compilation warnings.

I added the possibility to select TPCStandAlone track parameters (chi2 / nClust) there. (Jacek Otwinowski <J.Otwinowski@gsi.de>)

Updating macro to run the calibration train with the TPC task.
Adding the Configuration macro (to set the OCDB and the geometry)\
to be used in the calibration train.

Adding the macro for setup of the TPC calibration
inside of the calibration train
(Marian)

Additional protection