optimize range for LeeYangZeroes to find zero

AliESDtrack flags update during the TOF matching procedure. Now, (1) when a TPC/TRD reconstructed track has been successfully propagated to the inner TOF radius (rho=372cm), AliESDtrack::kTOFin flag has been added; (2) when a reconstructed track has been matched with a TOF cluster, AliESDtrack::kTOFout flag has been added. This procedure does not take into account the particle decay probability in between the outer TRD/TPC and the inner TOF sufraces.

small bug fix when returning zero

Mods in QuadraticRoots

correct the implementation of deleting tracker containers

add total removal of containers for usage in HLT

Preventing automatic compilation of trace statements into debug build.

TOF preprocessor behaviour modified when trying to compute online delays with not enough statistics. in this case now it stores the previous value, retrieved from last valid CDB file

adding common data type kAliHLTDataTypeClusters {CLUSTERS:ANY }, adding data type for ECS parameter block {ECSPARAM:PRIV} to be sent within SOR event

In AliMUONTrackExtrap:
Maintain the covariances between inverse-bending-momentum and other variables
to 0 when there is no magnetic field, to make sure that this variable is not
adjusted by the Kalman.
(Philippe P.)

AliESDtrack flags update during the TOF matching procedure. Now, (1) when a TPC/TRD reconstructed track has been successfully propagated to the inner TOF radius (rho=372cm), AliESDtrack::kTOFin flag has been added; (2) when a reconstructed track has been matched with a TOF cluster, AliESDtrack::kTOFout flag has been added. This procedure does not take into account the particle decay probability in between the outer TRD/TPC and the inner TOF sufraces.

QA for SPD digits in reconstruction (M. Nicassio)

Small fix w.r.t. rev. 32687

Macro for alignment/calibration of TPC
(Marian)

New QA checking procedure by Sylwester

Tighter cuts for charm->3prong (Renu, Francesco)

libTPCbase.pkg TPCbaseLinkDef.h -
Adding kalman fit

AliTPCTransformation.h AliTPCTransformation.cxx -
Adding new types of TPC transformation
+
Possibility to enable/disable transformation

AliTPCkalmanFit.h AliTPCkalmanFit.cxx -
Add function for merging of results
+
Filtering of transformation  - SetStatus
+
DumpCorrealtion and DumpCalib - Possibility to specify transforamtion mask

(Marian)

New package for heavy flavour electrons analysis (M.Fasel)

New package for heavy flavour electrons analysis (M.Fasel)

New package for heavy flavour electrons analysis (M.Fasel)

TOF preprocessor modified in order to use cosmic-ray calibration parameters (from AliTOFcalibHisto) when online delays are not computed. the old behaviour (use cable-lengh map) has been kept inside the FillWithCableLengthMap function, but not used

header to changed cxx

bugfix following commit 32699: removing the MCGenerator from the libAliHLTUtil agent

1. Using the CHECK_HLTMODULE macro to check required libraries for the libAliHLTUtil in order to fix bug #51178. However, the list of libraries was too long, I had problems to find the full list of libraries. 2. reducing warnings of autoreconf

Bug fix: proper place to reinitialise the generic MC histos in the switch -> no crash for the events containing more than one generated cascade of the same type (A.Maire)

removed MCGenerator from build ( aliroot+cmake ) due to my not understanding the HLT buildsystem

update

fix product method with <M> and better error messages macros

Bug fix - creating of random chains
(Marian)

Compilation warnings

added a method allowing to retrieve only one QA data list for a given specie

fix error in calculating the drift length bin
- make algorithm robust against pad row cross
- use default drift length bin from calibrated time bin 14
thanks to Raphaelle for pointing it out

do minuit fit only on request

Added possibility to to merge in chunks of files and one can specify the number of files in a chunk via SetMaxMergeFiles() function of the plugin.

Changes to obey coding conventions (R. Shaoyan)

Fixing compilation warnings

Corrected name of the SPD fast-or minimum bias trigger input (Annalisa)

New defaults for Vertexer 3D (F. Prino)

Updated READMEmapping

In mapping:
Adding pad offsets for station2:
bending_plane:     x: -1.0   y: -0.75
non-bending plane: x: -0.625 y: -0.5
(Sanjoy)

fixed warnings from Federico mail

last macro to incorporate new names

delete obsolete directory

Updated DAs

Updated trigger configuration (A. Mastroserio)

In AliMUONTrackExtrap:
- Modify LinearExtrapToZ(...): propagate only the track parameters
- Add LinearExtrapToZCov(...): propagate the track parameters and the full
  covariance matrix
(Philippe P.)

added first version of the CA tracker evaluation macro

Added test macro for MC Generator Component

also new names in macros

more name changes to enable product and sum LYZ to run simultaniously

compilation warning corrected

Adding the SSD charge ratio needed for the calibration of the detector (Marek)

fixed warnings

added verbosity to QA histograms (Yves)

fix include file dependences and correct some inline methods

Warning corrected about fSuperModules not initialized in member initialization list

Variable shadowing corrected.

new background object for analysis

analysis upgrade to take into account double hits in p+p collisions. Fix of warnings is coming soon

added lines for cmake

set default settings for train

Tighter D0->4prong reco cuts (Rossella)

Do not clean ocdb path text, for convenience.

Fixed warning

Possibility to include files from PYTHIA6, EVGEN, LHAPDF

1) Serious bug fix in the backward extrapolation of tracklets (thanks to Matthias Kretz)
2) some cosmetics

 The track number and track pid associated with the cluster are included
for PMD efficiency and purity calculation.

Basanta

default reconstruction parameters

recoparam is used for reconstruction

PMD recoparam classes added

Techinal fix for raw-data recon on CAF: Enabling the raw-data access from AliEn. The user should define the output (ESD) file urlvia AliReconstruction::SetOutput(url). The command accepts any valid ROOT url including an alien one. In case the url is not specified the reconstruction will use the current working directory on the host where the user started it.

updates for running LYZ in both sum and product mode

New getter for x- and z-position

In AliMUONTrackExtrap:
- Change the Bethe-Bloch formula for mean energy loss correction (use the new
  one provided in STEER like other detectors)
   --> about same results for upsilon
   --> better results for J/psi
- Improve the computation of mean excitation energies + a few minor corrections
(Philippe P.)

compiler warnigs fixed

Merging bug fixes and adding charge information for bending and non-bending planes separately (Indra).
Added "-makechannels" option to hit reco component to generate the optional channel data block which contains detailed information about the pads that were merged into a cluster.

Added missing files

code update by Gaute:
SPD an SSD:
- Remove AliITSCalibration. Get this from AliITSDetTypeRec.
- Initialize using AliITSDetTypsRec instead og the  Calibration object
- Getting equipment ID the right way.

macros:
    Change to match the equipment ID <-> spec.

- fix number of slice allocation in ESD track
- fix warnings reported by Federico

Compilation warning in GetRecoParam() is fixed

Fix for processing single xml files introduced together with run ranges.

Technical fix: Removal of a call to the CDB manager instance that prevents a proper initialization of the OCDB on the workers in case of raw-data reco on PROOF. In principle the CDB cache is always active within the reconstruction so the fix will not affect by any means the normal batch reconsctruction job.

New representation for the raw PID signal in ITS (first step).

Correct destructor restored.

make scripts working with fastjet 2.4.1

* All Cone finder in compile flow, not yet added to cmake
* Fastjet not yet checked,...  (I haven't found out how to make it work again, yet)
* run.sh macro works after, fix of bug https://savannah.cern.ch/bugs/?51088

Put the QA images into a compac format

First version of class for
alignment/calibration

Marian

1. Adding time dependent sigma  - (important for v drift)
2. Implementing copy constructor
3. New predefinded formulas added

(Marian)

Corrected wrong selection of eta decays

* Add analysiscomponent to agent
* Add cone finder to build system

* Moved conejetFinderComponent in the cone directory
* Enable analysis code in the build
* rm obsolete AliHLTJETJets, BASE/util/AliHLTJets is used instead

* Added Component "AliHLTMCGeneratorComponent" -> Creates Pthyias events in HLT aliroot chain
* Updated Agent with new component
* Added Container Class AliHLTJets -> Holding a TClonesArray of AliAODJets
* Updated AliHLTMCEvent to hold Generated Jets in form of a TClonesArray of AliAODJets, tbc in next revsion

A.Maire: Adding TH2F with Eff cascade Inv Mass Vs cascade Pt (for Xi-, Xi+, Omega-, Omega+) = raw material for Pt spectra

bug fix: the row number was not set for clusters in RefitInward() and PropagateBack() interfaces to off-line

replace empty file

put back old version, still some unexpected problems with cycles

Improvement of the magnetic field usage.
Coefficients for the non-homogeneous field are scaled now to the actual field value.

merge in cycles

Updated list of files