Always export to FES the regional configuration file

Main changes:
 - Add trigger chamber hit pattern to trigger tracks.
 - Initialize some kinematic information for ghosts.
 - Add methods to decode hit pattern information in AliESDMuonTrack.
 - Propagate changes to AliAnalysisTaskTrigChEff and add some functionalities to handle ghosts

Diego

Added AliAnalysisAlien::AddIncludePath() to be able to add include paths for runtime compilation

Adding the proton task in the SPECTRA dir and in the corresponding library (request from Mihaela)

Adding the proton task in the SPECTRA dir and in the corresponding library (request from Mihaela)

Adding the base class for the bar{p}-p analysis and adopting the new scheme

Main changes:
 - Add trigger chamber hit pattern to trigger tracks.
 - Initialize some kinematic information for ghosts.
 - Add methods to decode hit pattern information in AliESDMuonTrack.
 - Propagate changes to AliAnalysisTaskTrigChEff and add some functionalities to handle ghosts

Diego

Adding a new TrackletVertexFinder method accepting an array of AliStrLine pointers instead of a TClonesArray (M. Masera).

updates in the cluster resolution (on going)

Updated list of files

Added Jet DataType "kAliHLTDataTypeJet"

Add new classes for the jet cone finder
* Not yet in compilation
* waiting for an addon in JETAN

From Paraskevi Ganoti.

New classes and macros for kink visualization.
These are now enabled by default in visscan_init.C.

added warning in SetElement (comment from P. Rosnet)

Update on decay channel : consider also anti-particle decay

move cluster position correction to the AliTRDcluster class

remove defnition of cluster correction

fix wrong definition of tg(phi)

Updates in SDD injector analysis: 1) new treatment of errors, 2) possibility to have drift speed averaged over events, 3) calculations in double precision (F. Prino)

Corrections in the comments (M. Chojnacki).

Replacement of TVector2 object with two doubles
in all mapping classes (except for graphics and AliMpMotifSpecial,
where it is used in AliMpExMap);
this speeds up Segmentation search functions, mainly
PadByPosition (see timeMapping2.out in mapping/macros).

Ivana

New LinkDef (cmake)

remove print statement accidentally left in the SVN version

 fix wrong iteration over layers (Markus)

correcting memory leak: proper cleanup of cluster array (Theodor)

Fix compilation warning.

Updated list of files

Position of support collars shifted consistent with FMD position.
(bug 48079)

* AliEveMagField
New class that provides a bridge between AliMagF and EVE track
propagator.

* alice-macros/kine_tracks.C
* alice-macros/esd_tracks.C
Use true magnetic field for track extrapolation.
Global macro variables can be used to switch back to constant field as
well as to use RK stepper (which can't count number of orbits at the moment).

Coding violations corrected by Mark Heinz

Example of train for candidates production

Add input files for all centralities

Add missing target/projectile information

store pt in the tracklet instead of momentum

store pt in the tracklet instead of momentum

Updated list of classes

Updated list of files

TGeo step size set to 5 cm (A. Dainese)

AliHLTTPCCAMerger.cxx added to compilation

CA track merger class added

- update track points definition used for alignment
- fix bug (savannah 48672)

Access to the chain of tags

Additional protection

Macros directory added. Contains analysis train and configuration macros.

Wrong correlation between vz and tof.

Small printf correction in the analysis macro generated by the alien plugin

Replacement of AliMpIntPair object with algoritmic
encoding of pair of integers (proposed by Laurent);
this speeds up all Segmentation search functions
(see timeMapping2.out in mapping/macros).

Ivana & Laurent

Error message removed when data is posted by other than the owner.

Next step towards supporting multiple primary vertices in ESD. Every primary vertex keeps now its ID (ID=-1 means the main vertex, the one with the biggest number of contributors). Every ESD track has now its VertexID, the ID of the vertex this track belongs to (VertexID=-2 means an orphan track).

- New methods added to AliAnalysisAlien:
   SetDefaultOutputs(Bool_t flag) - to force the plugin using the output files from the analysis manager session
   SetMergeExcludes(const char *names) - the file names (separated by blancs) will not be merged
   SetNtestFiles(Int_t nfiles) - Number of entries used for the test case

New FMD reference distributions for low mult

New FMD reference distributions for high mult

A. Dainese updated the method MatchToMC, now it works also for resonant decays,
e.g. Ds -> phi(->KK) pi.

Spiecify that AOD-analysis is needed.

vertex from tracks

dependence on ANALYSISalice

Minor changes

Adding slats.h
(Laurent)

Removing obsolete mapping macro

In Mapping/macros:
- Renaming macros for station 345: all start now with the prefix testSt345
and making them working again.  (Laurent)
- Adding an alternative macro timeMapping2.C (Ivana)

Added minimum probability threshold for PID

Class def updated

Energy calibration coefficient in GeV

New class to analyze unlike-sign and like-sign background for Jpsi from B (Carmelo)

Example train to produce HF candidates

Use method AliAODRecoDecay::MatchToMC()

Kelly:
- committing testing macro for testing the noise map component together with the histogram handler
- added doxygen style documentation in the header and the testing macro
- small histo additions (axis names etc)
- removed compilation warning message

Changed to new naming scheme for histograms, added functionality to the analysis task to do combinations without applying any cuts to the v0. Added more cuts. Changed to use better values for cuts.

Updated list of classes (cmake)

I should not commit with no sleep... I should not commit with no sleep... I should not commit with no sleep... I should not commit with no sleep...

Update the DCA calculation for V0 daughters (for consistency)

Updated lists of files (cmake)

Updated lists of files (cmake)

ESD or AOD analysis can be chosen with the constructor.

Accidentally added SRC removed.

bug fix #48587
Artur Szostak <aszostak>

First set of modifications for size reduction of MapsTimeSDD objects in OCDB: new classes added, for the moment not included in compilation (F. Prino)

Make TRefArrays transient to avoid crashes on proof when ProcessID is missing

Use MultiEventHandler instead of MultiAODHandler
Allows mixing of esd events.

AliExternalTrackParam moved.

AliExternalTrackParam moved.

pdgcode from MCtruth corrected. (A. Mastroserio)

GetTPCTrackLength as acceptance criteria for trackable particles added. (M. Ivanov)

Drift speed correction from Millepede stored in the OCDB

Modifications to store in the OCDB the drift speed corrections (Delta Vdrift) from Millepede. SDD clusterfinder has been modified to use this correction (F. Prino)

Adding function to calculate TPC track length in active volume of TPC

Float_t  AliGenInfoTask::GetTPCTrackLength(const TClonesArray& trackRefs, TParticle*part, Float_t bz,  Int_t &counter, Float_t deadWidth){
  //
  // return track length in geometrically active volume of TPC.
  // z nad rphi acceptance is included
  // doesn't take into account dead channel and ExB
  // Intput:
  // trackRefs
  // bz - magnetic field
  // deadWidth - dead zone in r-phi
  // Additional output:
  // counter   - number of circles

Fixing bug with skipped regional structures by filling in empty structures, similar to fix in revision 31577.
(Artur)

remove obselete clean QA macros command

Modified initial comments, since this DA should not be used for run type
DAQ_FO_UNIF_SCAN, as originally planned.
Removed the temporary patch of reading chip present information, which
 is no longer needed.
Mean threshold scan header format changed. The current DAC value will now be
replaced by RowSpan and current DAC value should be taken from TPLow,
assuming it is the same for all (active) half-staves of a half-sector.

Henrik Tydesjo

fix warning

- correct calculation of the radial position of clusters by using
  "meaningful" variables:
  - the anode wire position in the local chamber coordinate system
  - the rising time of the TRF (fit)
- update "non-liniar" radial shifts of clusters (fit)
- restructured cluster resolution task

Dummy implementation of the method GetFitResult is added.

Bug fix:

Gain map and the noise map not used in the simulation in the case of
Hits2Digits

(Marian)

Trigger related changes :
 - store hit pattern also for "ghost tracks" i.e. trigger tracks which does not match tracker. This is useful to increase statistics for trigger chamber efficiency determination in cosmic runs.
 - Correctly initialize the parameters for trigger chamber efficiency determination in cosmic runs (in AliMUONRecoParam).
Also:
 - Move trigger digits creation from local trigger store in AliMUONDigitMaker (more appropriate than in AliMUONTrackHitPattern).
(Diego Stocco)

* binalieve.pkg:
Link against ANALYSIS & ANALYSISalice.

* alice-macros/esd_tracks.C:
AliAnalysisTrackCuts was renamed to (or superseeded by)
AliESDtrackCuts.

change of the cdb entry name

added some control histos, adapted the eta range and removed dependcies on generated jet energy for correlation matrix

The component path in CDB changed - probably it was wrong before.

Total amount of used memory has been optimised

Fast ALTRO fit (A.Pavlinov)