Updated filtering of the Goofie mesurements
Usage of the filtering for the moment in the CalibEnv -
for the moment just for visualization
(Marian)

new performance classes (Simone Schuchmann)

reading the CTP configuration in the initialization of the HLT reconstruction and
passing the trigger mask via the AliHLTTrigData structure to the components

files moved to TPC folder

correcting HLT logging: the pointers of the objects are only printed in debug mode

move all TPC related classes

inserting the correct trigger mask into the CDH of inserted empty data blocks

adding method to retrieve trigger mask from RawReader

added a protection against detector not definining the default event specie

change the name of a few histograms (adding hglobal)

Almost final version of scanning tools.

* AliEveEventManager
  Emit new signal NewEventDataLoaded() after the event-data is
  connected but before the macros are executed.

* AliEveTrackCounter
  Connect to AliEveEventManager::NewEventDataLoaded() to do the reset.
  Introduce 'Bool_t fAcitve' -- now that track and tracklet label is
  misused to store scanning results it is better that track-counting
  is not enabled by default.

* AliEveTrackCounterEditor
  Add Activate / Deactivate buttons and handlers.
  Remove histogram plotting code -- now in show_scan_results.C

* visscan_init.C
  Remove code for registration of tracks/tracklets to
  track-counter. This is now done in esd_tracks / esd_spd_tracklets.

* make_scan_results.C
  Create the scan-result tree from individual objects stored during
  scanning.

* show_scan_results.C
  Create canvases and plot basic stuff from the scan-result tree.

* esd_spd_tracklets.C
  Put tracklets into two containers -- Good/Bad.
  Register the tracklets to track-counter if it is active.

* esd_tracks.C
  In esd_tracks_by_category() register the containers to track-counter
  if it is active.

added the option to save or not the QA data objects

Fixing behaviour wrt DCS DPs related to pressure sensors:

- if the fit is there --> ok
- no fit, but run lasting less than 60 s (according to AliDCSSensorArray) and TGraph there for the
sensor --> ok
- in any other case, don't increase the count of the DCS DPs --> making GRP fail

Changing also kFitFraction from 0.7 to -1 (Haavard), but it will not have much effect with all the other changes...

Fixing printing bug.

update configuration analysis macros with last updates in the frame

An artifactual debug streamer removed ( there was a segmentation fault after a call of the streamer destructor )

folders to keep the wagons output in the common analysis file defined, do not clear cluster/track lists+

a macro with TPC,ITS, ITSSPD vertex, global vertex and v0's

extra check for the output size is added

- default cuts are tuned
- cosmetic

- bug fix: only TPC tracks were used in the vertex finder, now ITSin parameters are used when they are present.
- some cosmetic

- There was impossible to set solenoidBz value  from the configuration string. Now parameters from the configuartion string are set after the OCDB parameters.
- The order of filling of ESD tracks is changed: TPC, TPCOut, ITSOut, ITS.
  The ITSin parameters are stored in the ESDtrack itself, therefore they are lost when the UpdateParameters(..) is called next time.
  To keep the ITSin parameters in the ESD, one should set these parameters last.

Adding counter for TOKEN_LOST errors in AliMUONRawStreamTrackerHP.
Adding symmetric methods to AliMUONRawStreamTriggerHP, as found in AliMUONRawStreamTrackerHP for counting errors for whole events.

(Artur)

Cluster indices are published via AliKalmanTrack::GetClusterIndex()

remove mechanism to avoid dependencies on PHOS and EMCAL Utils

Release the error of DAQ FXS for physics run also

Common output file implemented in AddTaskUnicor.C

Use folder in ouput file: savannah 57874 (Markus)

setting pushback interval to 10 s and adding verbosity switch

enable writing of data for SOR and EOR events by default

dynamic adjustment of the output buffer size estimator
histogram publishing at EOR

module numbers incrementing properly, mapping database is used in the root file reading macro

adding functionality to downscale the publishing of TObjects in PushBack
The command line paramameter -pushback-period=<period> specifies the time
interval for the publishing. Especially important for histogramming
components which do not need to ship the data for ever event.

Adding scripts directory including:
- macros for extracting and plotting detector digits
- program for plotting Geant4 cuts
(Eva, Ivana)

changed the names of the histograms, requested by AMORE

* hmpid_digits.C, hmpid_raw.C
  With Giacomo Volpe: new macros for display of HMPID digits and raw.

* geom_hmpid.C
  Update for changed HMPID geometry.

* hmpid_clusters.C
  Remove unnecessary argument and check.

* visscan_init.C
  Add hmpid_raw/digits, tof_raw/digits and tpc_digits to the data selection.
  All disabled by default.

 The ANALYSIS one is a modification of the AliXMLCollection which adds
support for empty event lists (with the current code it crashes for an
empty evlist).
  The STEER one is to add two new functions to the ESDInputHandler, one
to calculate the cut summary for the given list, the other to count
"empty" files, that is files with no events selected.
(A. Kisiel)

A few fixes, including new methods needed by AMORE

New method's name for the CF manager (Xavier)

Bug fix for the fitting at the SHUTTLE of the average pulse height

In MUONChamberMaterialBudget.C
- Use the name of the mother volumes instead of the position to select
  material belonging to a given chamber
- The resolution can be changed by changing the sementation level:
  resolution = 1 cm / segmentationLevel
(Philippe P.)

Bug fix in proof mode when using folders.

correction for non-uniform acceptance for 2nd and 4th order differential flow

Possibility to skip also SPD layers when track is out of the z acceptance. Feature already enabled for SDD and SSD (A. Dainese)

Reset() part of the interface.

PMD/Calib/Mapping is put as the Inputfile

extending unit test: adding check for magnetic field setup from the external interface

Adding common handling for the magnetic field settings tothe component interface
Components will use the AliMagF instance in the future. This instance is set up
by the framework
1) AliRoot: AliReconstruction, AliSimulation or explicitely in the macro
2) online environment: AliMagF initialized via the GRPManager from the ExternalInterface

This change will soon make all private code regarding setup of AliMagF obsolete in the
HLT code. Furthermore the SolenoidBz OCDB entry will be removed.

A block of ITSOut tracks is produced in addition to the ITS tracks ( ITSOut tracks are needed for the TPC calibration )

- new AliHLTDataTypeOriginITSOut created

- GlobalESDConverter adds ITSOut parameters to the esd tracks

- now ITS tracks contain indixes of the associated ITS clusters (but these indices are not yet stored in the ESD tracks )

Undo previous commit

Undo previous commit

promoted 2 methods to public needed by AMORE

A few fixes, including new methods needed by AMORE

correcting info messages on loaded GPU library (David)

bugfixes by Theodor and Raphaelle
- suppress empty histograms if no tracks were found (fix according to the current shuttle behavior)
- print the object size and not the pointer size
- correct value of min entries for vdrift calculation

* show_scan_results.C
  New macro - build tree from scan results on individual events.

* esd_spd_tracklets.C
  From Domenico - add cuts to mark "bad" tracklets at load time.

* AliEveTrackCounter
  Store scan results by writing ESD track container and AliMultiplicity
  into scan_results.root.
  Display the results by running show_scan_results.C and then
  calling TTree::Draw() commands on the created tree.
  Probably the drawing function should also be a macro.

Consolidation of the classes used to get the calibration data stores from OCDB and ASCII files/string.

This is particularly important for AmoreMCH.
Note that AliMUONTrackerIO has been improved as well (e.g. we no longer have multiple temporary TString objects)
While doing so, two bugs were corrected :

- Bug fix : corrected the interpretation of the HV switches (important both for QA and reco)

- Bug fix : corrected the display of the config in mchview which was wrong (again, important for AmoreMCH)

Removed the obsolete AliTOFv5T0 class from the to-be-compiled classes list

Possibility to use a rec.C file outside the aliroot distribution folder. To be used as soon as we switch to aliroot RPM installation at P2. In this way one allows changes to the reco macro without touching the aliroot installtion done by DAQ. The macro location and name are defined by ONLINERECO_MACRO env. In case the env is not there, the standard rec.C from MONITOR is used.

Completing the fix

Modifying status when pp goes in time out during DCS DPs retrieval.

Warnings

Adapting to CORRFW changes (Chiara)

Technical fix for #58138: VZERO breaks in AliVZEROTrending::~AliVZEROTrending()

Typo

Adding other par files

I have added Chic_1 and Chic_2 production in the muon cocktail.
Philippe Crochet <crochet@clermont.in2p3.fr>

Storing the analysis output histograms in folders of a common output (Roberta)

Improved algorithm for the extrapolation of the tracks in AliCheckMuonDetEltResponse. Adding efficiency computation per detection element. Adding special setting conditions for a cosmic runs. Adding histograms of Tracks detected and total as output of AliAnalysisTaskMuonTrackingEff (Matthieu)

quality check for the maximum Pt error removed. The Pt error depends on the magnetic field value and doesn't show the error of the reconstructed curvature.

Obsolete data files deleted.

match changes CORRFW

quick fix for bug https://savannah.cern.ch/bugs/?58247, futher
investigation ongoing

correcting compilation problem introduced in r36407
some functionality has to be conditional, depending on availability of FASTJET

Adding the drift velocity monitoring
Marian.

made the saving of the Corr TNtuples more robusr: Source of Seg. Fault

removed virtual from Run Method

new method to retrieve the QAbit set. Requested by AMORE.

Closing a file cause the unwanted delete of the Corr TNtuple. Changed the open/close/write of the QA result

Adapting to CORRFW changes (Markus)

Bug fixed.

Corrected ctor call.

detailed analysis of pad rows sets of clusters attached to tracklets
  - gapped rows
  - three pad rows
better handling of multiple clusters per time bin
better debug streaming and verbosity

1. Bug fix - double deletion, crash only in some fraction of cases
           - identified by valgrind
2. Adding goofie values filtering - not yet used in the reco.

(Marian)

* Added fast interface to fastjet
* Added more flexibility in the cone finder
* cleaned up code
* Added AnalysisTasks and test macros

In test:
Including HLT in the standard test (runSimulation.C, runReconstruction.C).
(Artur)

New Trigger object

New Calib object

Fix a bug at the prepocessor level for the calibration on HLT when there are absolutely no tracks

Compilation error fixed

Compilation error fixed

Time-related parameters needed in reconstruction moved from Trigger to Calib

setting the name for non-std file

The HLT ITS tracker has been reworked.

- A bug fixed in the track update procedure, now the resolutions are fine.

- A lot of optimisation: the tracker speed on pp events (with all the layers in) is now 1124 Hz

- Performance was verified by runing the tracker on HLT TPC tracks and off-line ITS clusters (since the off-line clusters contain mc info).
  The efficiency is 98%, pulls and resolutions are fine.

bugfix: removing not implemented function

New parameterisations for the generation of
HF hadrons and quarkonia states in p-p at 7 TeV, in p-Pb and
Pb-p at 8.8 TeV and in Pb-Pb at 3.94 TeV
Smbat Grigoryan

Background subraction disabled since not correct. (Elena Bruna)

Added branch with RespSDD OCDB path

pbar -> p

Fix due to change of method name in CORRFW