Doxygen configuration for checking warnings

Record changes.

From Bertrand: windows fixes, added transparency.

From Bertrand: windows fixes.

A little fix (Nico)

data type define for entropy encoded RAW data added (Jochen)

Tgz changed with tar

Pedestal files are packed in tar (not gz!)

documentation

corrections to write ESD format (Gaute)

Helper classes to hold data from an altro channel.

More rigid consistency checks. The decoder now handles correctly the
case when the altro is only partially read out (2AAA pattern missing in the altro trailer)

several files changed to change name of AliFemtoAnalysis to AliFemtoSimpleAnalysis and AliFemtoBaseAnalysis to AliFemtoAnalysis.  Also removed some hard-coded cuts of Marek

Removing the last remaining AliFatal

RCU data block is always aligned to 32bit, but the altro payload inside is not! So the remaining 1,2,3 bytes can be filled with crap from the RCU memory and therefore we should skip them completely in the raw-data reading. Thanks to Per Thomas for noticing this!

Switching on the optimization on Opteron and Itanium

First version of the HMPID online calibration algorithm. It performs the pedestal (mean and rms) calculation based on black calibration events (Giacomo+Levente)

Small additional update by Raphaelle

Cleanup

First version of fast Altro decoder for the HLT.
For the moment the decoder works only for real data.
Bug: If zero supression are used and if an altro channel
containes zero samples after supression and if the altros are not
read out in sparse mode, then the decoder will not behave properly,
bug fix is on the way.

Lambda_c mass according to Babar measurement. (S. Masciocchi)

Remove obsolete UML directory

Remove obsolete html documentation

Debug statement removed.

Macros to process survey and photogrammetry data
(Javier)

Additional protection (Artur)

More robust raw-reader for HLT
(Artur)

- Changed the algorithm to improve the quick test of clusters
  (within a wide fixe window) prior to really trying to attach them.
- Added an option (fgkMakeTrackCandidatesFast) to make track candidates
  assuming linear propagation between stations 4 and 5.
(Philippe P.)

More robust raw-reader for HLT (Artur)

PN entries for ACORDE (Raffaele)

Fixed bugs in ~AliSurveyObj (delete created objects), Fill (creation of path for AliEn) and ParseBuffer (behaviour if object was already filled; separator search order in data lines).

Fixing bug in Next()
(Sasha, Laurent)

Adding TString.h needed for some compilers

Added GetName() method. Allows use of TObjArray::FindObject() to select a specific AliSurveyPoint.

Update on calibration classes by Raphaelle

- Bug fix in AliAnalysisDataWrapper::Merge(). Merging failed on PROOF in case of collections.
- Fixed the way the AliAnalysisSelector is called from AliAnalysisManager:
   chain->Process("AliAnalysisSelector");

AliITSMultReconstructor: correction for a shift in the phi of clusters, tracklets. Multiple use of clustersLay2 for building tracklets is avoided by default. AliITSTrigger: changed high multiplicity trigger threshold

Updated with modifying AliMpDDLStore by Christian

Update detection element name for chamber 6 (Christian)

Add number of manus per buspatch module for station 2
(Christian)

File for buspatch cable length (Christian)

Update serial number (Christian)

Add buspatch length & change patch module interface needed for station 2
(Christian)

Add methods to set/get cable length & change patch module interface needed for station 2
(Christian)

Add path for buspatch cable length file
(Christian)

Added function to draw given range od 2d sectors.

- Added new static function ReadData() for loading from ASCII files
- Instance() does not load data automatically anymore,
  but client has to take care of it

Adding AliMpCDB class

Added loading mapping from CDB, now obligatory,
as AliMpSegmentation::Instance() and AliMpSegmentation::Store()
do not load mapping automatically anymore.

New class for CDB IO

Mapping objects in CDB

Removed unused variable

Update on calibration classes by Raphaelle

Fix for 64-bit platforms

Removing the unnecessary header

DA for EMD events to produce energy calibration data

Updated algorithm

correction lokk-up table online

Geometry now properly loaded

Adding comments (Laurent)

Correcting a format error in AliError (Laurent)

New class to generate fake gain runs (Laurent)

Updating gains and make it easier to test different runtypes (Laurent)

Updated for Gain generation (Laurent)

Moving PedestalEventGenerator from shuttle to sim, and adding GainEventGenerator (Laurent)

Moving PedestalEventGenerator from shuttle to sim (Laurent)

Adding some protections. Adding some timers. (Laurent)

Make the decalibration a static method that can be reused in e.g. GainEventGenerator.
Replace internal timers by AliCodeTimer
(Laurent)

Reorganization of the code. Can now easily be used to create calibration
data objects for several runs
(Laurent)

Updated the diff and plot methods. For debug purposes, can now limit the number
of channels used to generate ped and gain stores
(Laurent)

No more misaligned_geometry

Coding conventions

Compatibility with G4 (from A.  Gheata)

Additional protection for cast from Double_t to Short_t

Macro to generate the CDB entry with the ideal geometry (Raffaele)

Updated ideal geometry using the macro from Raffaele

Coding violations corrected.
(the remaining are related to the usage of templates and the use
of _t for enum types).

New method to calculate correctly the track extrapolation on a reference frame. Or, in other words, the method finds the point of the closest approach between two space-points

Remving, the info moved to READMEtrigger
(Gines)

Replaced with READMEcalib

Adding general description + some info from README
(Gines)

Updated title only

- Updated test script description
- Extracted some texts into new README files per libraries
(Gines)

New README files extracted from README
(Gines)

Bug fix (Haavard)

Possibility to set the maximum energy loss
and maximum amount of radiated gluons during quenching.

Adding macros runSimulation.C, runReconstruction.C

Adding includes (Laurent)

update Lookup Table for online usadge

Pedestal suppressed

AdcThreshold set to MIP/2

Pedestal added to data from simulation when digitizing

Tracking2LocalCS matrices corrected for CPV.

Usage of new GetTimeStamp() functionality

Change for T0 raw data reading

Online/offline mode selected in the constructor

- Removing macro MUONdisplay.C
- Adding macro MUONTriggerChamberEfficiency.C
- Commented out macros which has to be updated with AliMUONData removal

UPdated for changes in geometry classes

- Coding conventions
- Display method for calculated trigger chamber efficiency map
(Diego)

Correct way to get the geometry even in case of no galice.root (raw data)