Add flag to matched tracks, remove dependencies on TAlien

QA task for PID
Jens Wiechula

Updated task

filter on R = 0.4 not 0.2

Deleting AliHMPIDAnalysisTask.C

Deleted wrong file

AliHMPIDAnalysisTask.C not needed anymore

Removing reduntant OADB object LHC11c2

remove verbosity

Warning fixed (P. Podesta)

Set current filename to AliPIDResponse

coverity

TRD pid response information
J. Wiechula

AliAODPid.cxx.diff           make getter const
AliAODPid.h.diff             make getter const
AliAODpidUtil.cxx.diff       clean up TRD pid calculation
AliAODpidUtil.h.diff         clean up TRD pid calculation
AliAODTrack.h.diff           Add interface for HMPIDpid
AliESDpid.cxx.diff           clean up TRD pid calculation
AliPIDResponse.cxx.diff      add TRD pid calculation, add HMPID probs
AliPIDResponse.h.diff        add TRD pid calculation, add HMPID probs
AliTRDPIDResponse.cxx.diff   updates from Markus Fasel
AliTRDPIDResponse.h.diff     updates from Markus Fasel
AliVTrack.h.diff             Add interface for HMPIDpid
J. Wiechula

Small update of the calibration code for the case of runs without TRD (Raphaelle)

Scripts and macros for the production of tracker/trigger QA trending plots, from the (partial) output of the official PWG1 QA train (Diego)

Correction to the trigger simulation in order to use the full offset at the level of TDC. Related to bug#83091.

fixed compilation warning

fixing coverity (index out of bounds)

Correction to the digitization in order to use the full offset at the level of TDC. Related to bug#83091.

attempt to fix the mem leak reported in https://savannah.cern.ch/bugs/?82308 ; additional delete of the recpoints array after each call to aliemcalreconstructor::reconstruct after the fill to the recpoints tree

Correction of previous commit.
J. Klein

updated settings for track cuts

Skip first 5 events in SDD DA analysis: protection against JTAG configuration failures

Instantiate EMCAL geometry

Instantiate EMCAL geometry

coverity fix 17279

Change AliEMCALGeoUtils to AliEMCALGeometry

Call fatal when anchored simulations have the wrong geometry initialized, on by default but can be switched off

Fixing minor coding violation

Fixing minor coding violation

MiniOutput:
-- added some messages for debug

MiniTask:
-- added event-swapping for mixing
-- moved initialization of PID response object
-- added messages for debug

Bug fixes on selections for event mixing, and addition of some runtime messages

further mem leak fix

Bug fixed (out-of-bounds for light nuclei) in SetPriorDistribution
P. Antonioli <Pietro.Antonioli@bo.infn.it>

added OCDB access to for calibration

removed unnecessary constants

removed unnecessary constants, added LG HG ratio

memory leak fix

Updating the muon trigger classes to the ALLNOTRD version (CMUU7-B-NOPF-MUON --> CMUU7-B-NOPF-ALLNOTRD) (D. Stocco)

adding option for ITS-TPC hybdrid track sets, the aod track are flagged for separation of the sets TPC only,TPC-ITS hybrids, and TPC only selected from tight ITS cuts

adding the possibility to flag the aod track origin for separation of TPC only,TPC-ITS hybrids

Fix for more than 1 run per master

Coverity happy finally?

Missing conf file

Coverity fix

fHits size reduced to previous assignment

protection against non existing AliEventplane pointer

Add access to event plane class to the frame, add reaction plane bins in AliAnaPi0 for mixing
Move setting of centrality bins and number of events for mixing to base class from AliAnaPi0
Adjust configuration macros for pp and PbPb analysis and mixing settings

Use static method from OADBContainer instead of AnalysisManager

OADBContainer moved to STEERBase

in case track matching is not used, matching histograms are not created, check their existence before filling

Missing class added.

As part of the efforts of the combined PID subgroup we are continuing to develop to the extent
it is possible ESD/AOD "neutral" classes using AliVTrack and pushing detectors to provide
code for the AliPIDResponse class.

This update introduces also a new class AliPIDCombined which uses AliPIDResponse interfaces to obtain
PID probabilities and then computes Bayesian probabilities within the framework discussed in the sub-group.
Note the updated .pkg and STEERBaseLinkDef.h

Pietro Antonioli <Pietro.Antonioli@bo.infn.it>

New support volumes between ITS and TPC (M. Sitta)

Fix small overlaps in ideal and misaligned geometries (M. Sitta)

o fix broken trunk

macro for AOD filtering to accept also EMCAL-triggered events

o Add possibility to set a non standard OADB path

Added option for vertex and small fix for Poisson

More typos (Martin)

Correcting typo

AliCaloPID: Correct matching rejection in case of recalculation in the analysis, add some controle histograms
AliAnaPhoton: Pass the CaloPID histograms to list of histograms
AliAnaPi0: Fill conversion histograms only if conversion check label is true
AliNeutralMeson: Some commented code cleaning

Fixed a bug which caused a wrong filling of histograms

Added an ID data member to particles and events, and incremented version accordingly

Coverity fixes (Stefan)

breaks inserted.

Coverity fix

Coverity

o add missing ClassImp

1. Make data members which are initialised locally non
streamable.
2. Don't create by default the EMCALRecoUtils in the constructor but in the init
3. Change the fBasePath to TString instead const char

Deepa

- adding data structure for raw clusters
- defining new data type for raw clusters {CLUSTRAW:TPC }
- new option '-publish-raw' added to software CF
- enabled option '-publish-raw' in the TPC agent
- defining a configuration TPC-raw-clusters in the agent
- handle the {CLUSTRAW:TPC } data block in the interface AliHLTTPCClusterAccessHLTOUT

M    TPCLib/AliHLTTPCDefinitions.cxx
M    TPCLib/AliHLTTPCDefinitions.h
M    TPCLib/AliHLTTPCClusterFinder.cxx
M    TPCLib/AliHLTTPCClusterFinderComponent.h
M    TPCLib/AliHLTTPCClusterFinder.h
M    TPCLib/AliHLTTPCClusterFinderComponent.cxx
M    TPCLib/AliHLTTPCAgent.cxx
M    TPCLib/AliHLTTPCClusterAccessHLTOUT.cxx
AM   TPCLib/AliHLTTPCRawCluster.h
M    TPCLib/AliHLTTPCClusterAccessHLTOUT.h

o add missing ClassImp
o Add HMPID tender supply

The bug fix with the track fitting active

Bug fix in cluster labels (Stefan Rossegger).
Bug fix in track fitting.

In AliMUONGeometryModuleTransformer:
Fixing a bug introduced with the previous commit
(Laurent)

Implemented rotated background (experimental)

Possibility to introduce centrality dependence into the existing AliGenMUONCocktailpp.
Smbat Grigoryan <Smbat.Grigoryan@cern.ch>

Minor (Raphael)

New decay option kJpsiDimuon
lmanceau@to.infn.it

Possibility to force transport of all particles.
lmanceau@to.infn.it

added embed mode

Code cleanup

Added example macros to run with plugin

Fix bug reported by Tom (Hermes)

Friend file reading for 11a 2.76 TeV data (w/wo SDD)

Correction to last commit in the QA. Apparently the calib objects are not available in InitRaws when the QA is used within AMORE framework (Raphael)

Fix for Ds cut value

New cuts for Ds and Lc (Rossella, Gian Michele)

HMPID information in AliAODPid
Sona Pochybova <sona@rmki.kfki.hu>

Corrections on Kaon cut for phi in PbPb and added management of event plane information for mixing

Transparently create collections for runs with more than 15K files

Added Roberto's implementation of Kaon/Pion cuts for K* analysis
Corrected a serious bug in AliRsnEvent::SetRefMC()

adding setter for response matrix

coding conventions

coverity fix

implementing selection by sector for cluster conversion, handling of MC data block, introducing verbosity level to enable/disable info message

Added a flag to know if running on MC, to be explictly set by the user

coverity bug fix

Suppress unnecessary message by default and change to warning.