Bug fixes by Martha for HighPT, cosmetic an mem leak fix for FF (Oliver)

- Inherits now from TNamed,
- add coorelation with SPD layer 1
- add name to output list, (use for different centrality bins)

Merge in changes from trunk

coding violations

removing deprecated code for backward compatibility, all supported AliRoot version have the
necessary functionality

reverting r45444 to disentangle modules and make porting possible
some of the corrections are not optimal, trying to find better solutions

- set option in Terminate of PWG1-TPC task to disable connection to the GRID (Hege)
- rearranged/simplified cuts in the drawing macro and script
- overloaded the fillCanvas function

- added function to enable selection of HLT triggered event for the CALO tasks
- added new arguments in the comparison macro for enabling the above-mentioned event and
  selecting the location of the task, as well as the number of events to run over
- added an argument for the file input in the drawing macro, as well protection against
  empty files and lists.

Including the run number in the CDH header plus protection against empty events.
This is necessary to run the "normal" reconstruction on the "altered" raw data.

in test mode enable packages enabling client compilation

flag to switch off/on using OCDB

extra trigger cut

different centrality selection

Bugfix for the Zero Suppression mode plus fixes of coding violations

Add test for sector-by-sector fits from CE calibration. Fail CE entry production
if there is no side (A or C) with at least 32 half sectors present.

- Removed explicit fakes
- arguments to correct.C for systematic studies
- run.sh can now be used to run the corrections
- Added centrality selection based on SPD outer layer
- Added some more distributions to correct.C

fixed directory booking, allow to update files in merging

Add method to merge only certain directories from on output file

new configuration parameters introduced for CASliceTracker --- minNTrackClusters and minTrackPt

Open ranges for PbPb analysis

warning fixed

Cleanup:  hardcoded bit operations with TPC cluster ID's removed.  Instead static methods from AliHLTTPCSpacePointData are used.

changes in centrality selection Michael and Jochen

check secondaries from material

compilation warnings fixed

Technical fix for bug #75270: fixing the problem of trigger selection in Alieve

Fixes for bug #75092: AliTPCtrackerMI - floating point exception in RAW reco of Pb+Pb data

Fix for bug #75276: Floating point exception at TPC/AliTPCtrackerMI.cxx:6873

Implement MakeImage to insure log-book/online DQM consistency

Fix for Savannah bug 75100 (Melinda)

The volumes that were still coded in the Geant3 framework have been redefined within TGeo. Three volumes of the TPC supports (muon side) are presently commented out because of overlaps with the TPC mother volume. (M. Sitta)

Correction.

Allow for differerent selection flag than kMB, take into account filterbit in the jet array name

Macro to display the output of SDD task in QA-train

use Eval const outside of the boundaries
(Alexander)

Use event specie to identufy laser events
(Marian)

compilation warning fixed

Correction vs [pt,vz] and beam gas cut by francesco

Disambiguate run resolution

Reader for StarLight events.

Avoid ISO C++ warnings / errors

patches, patches

added path .

macro to run cut studies in PbPb

DCA cut studied in PbPb

changed arrays to dynamical arrays

Cut on track-mip distance increased up to 6 cm in high flux events

changed the definition of a size of an array from 'int' to 'const int'

Framework updates, including macro to plot Minv (and the root file containing MC signal)

Bug corrected.

extra ; removed

remove unnecessary ;

macros updated with last developments on geo matrix settings and bad channels settings

Add method to set the bad channel histogram per SM

Add method to set the bad channel matrix

TPC only cut modification

Recalculate distance only when requested via switch

Recalculate distance only when requested via switch

monte carlo flag

removed covariant terms

Add possibility to recalculate EMCAL distance to bad channels
Add possibility to pass the geometry matrix through configuration

Add method to recalculate cluster distance to bad channels
Change radiation lentgh of tower to last geometry

Correction in 2D (pt vs Vz)

updated macro

updated macros

Updated impact parameter resolution for 2010 tracks (L. Milano)

spd refmult + SetupPar

Change AliFatal by AliError

Added histo to study matching eff vs eta and phi

Replacing TClonesArray with TObjArray in cluster finder classes.

correct.C
- Cosmetic changes (legends etc)
- some intermediate histos saved

AliAnalysisMultPbTrackHistoManager & AliAnalysisTaskMultPbTracks:
- Added pt,eta,vz histos for different particle species
- Added vz,event histo

run.C
- Switching off DCA cut

- removed obsolete argument for the HLTOUT publisher

Fixes

removing .par directory before enabling package in proof

Update to use independent TCF settings for IROC and OROC

Current bin consistent with AlMultiEventHandler

Added scripts from Carsten to do the various correction
analysis passes.

reject events with no tracks, add track multiplicity counter to the MCReader, add controal histogam for track multiplicity

fCentrality transient and only created at the first request.
No setter.

- In AliFMDAnaParameters:  Remove useless includes and make it
  independent of the base FMD libraries (remove reference to
  AliFMDUShortMap, etc.)
- In AliFMDAnalysisTaskCollector: Initialize AliFMDAnaParameters with
  stuff from ESD on first event - run settings automatically deduced
  on start up.  Also fix a number of warnings.
- AliFMDAnalysisTaskGenerateCorrection: Fix include
- AliFMDDndeta: Added some comments
- Added 'scripts' sub-directory
- Moved TestTaskIO.C and LoadLibs.C to scripts sub-directory
- Added ViewBGCor.C to scripts sub-directory

patch event cuts

Adding trigger counting component.

Prevent a fatal abort due to missing entry in the CDB and print error message instead.

avoid possible leak in case of event with bad vertex, discovered by coverity

- implemented function that allows selection of HLT triggered events (Hege)
- modified running macros accordingly with extra arguments
- updated documentation, calling the macros without arguments prints usage examples
- changed AliRoot and ROOT version for running on the GRID

bug fix + offset centrality train

centrality selection (Jochen Thaeder)

mean pt cut

centrality ranges

AliTriggerAnalysis
- Implemented ZDC trigger based on TDC
AliPhysicsSelection
- Using ZDCTDC as ZDC trigger
AliBackgroundSelection
- Increased the range of control histograms, to cope with heavy ions

added a cut on <pt> to cut out wierd events

fix multiple filling of same histogram

MC strange particles selection added

macros with recent trigger

new class for PbPb cut analysis

cut analysis for PbPb

Update of the offline Altro-Emulator to read a RAW data file, apply ALTRO circuits and write it
again in RAW data format. This should allow us to study the effects of TCF and MAF via the
full reconstruction software.

bugfix: mutex must not be reset after createthread called

Set back hack that ignored errors, will be problem if chain running on dev cluster

Slow down loop if no event available