Improving cluster visualization (Sacha)

changed to c++ like include files

added first version of data buffer handler, not yet functional

added comments and documentation

Commiting before moving code from `AliFMDSimulator' to `AliFMD' (and
sub-classes), as `requested' by Federico.   The definition of materials,
and the like will move to `AliFMD' directly - cluttering up the class
even more than it is already (sigh!).    The step-management will go
in `AliFMDv1' (and relevant sub-classes).  The geometry definition will
go in the new class `AliFMDGeometryBuilder' (and sub-classes), to at least
keep that out of the `AliFMD' and to make it easier to make changes to
the geometry (via inheritance).

Federico also complains about the size of the digits.   I'm not sure that
I understand his complaint, but we'll see.

The `AliFMDG3Simulator' (and sub-classes) will disappear completely.  That
means, that the VMC _must_ support a geometry based on the ROOT `TGeo'
classes - rather than via calls to the GEANT 3.21-like member function
calls.   This commit will be tagged.

I've temporarily added the class `AliFMDAlla' which is Alla's old
implementation of the FMD geometry.   This class will disappear.

Split libraries

Reducing the max distance in the MUON arm (10km should be enough)

Additional protection

Protection in case of irrealistic estimation of the expected energy loss (M.Ivanov)

Adding fDetElemId data member and its setter/getter,
needed for the alignment procedure.
(Bruce)

Correct overloading of the methods from AliReconstructor

Fixes to store the TPC seeds in the debug stream (M.Ivanov)

Updating info on the MUONGenerateGeometryData.C macro

Removed with merging transform/svmap data files in one

Changed factory options (in commented lines only)

Example macro for the creation of tags (P.Christakoglou)

Removing the autentication since it is external to the tag processing (P.Christakoglou)

New classes for selection of events using their tags (P.Christakoglou)

Corrected name of argument

Addding new class AliTRDseed (M.Ivanov)

Interface for AddCluster changed, return pointer to cluster (M.Ivanov)

TRD seeding without vertex constrain implemented (M.Ivanov)

Initialization of variables in the constructors (M.Ivanov)

Add information about digits in neighborhood of the cluster (M.Ivanov)

Adding AliRieman fitter (M.Ivanov)

ESDtrack TOF cluster index now pointing to recPoints (S.Arcelli, C.Zampolli)

Updating info on MUONCheck (Indra)

In DrawView() - create mapping segmentation for slat/trigger if
it is not built via segmentation factory

- Adding HasDE() method;
- Fix in ReadTransformations()

Adding a possibility to supress error messages in GetDESegmentation()
if detection element with given Id does not exist

Adding a possibility to supress error message in GetDetElement()
if detection element with given Id does not exist

Fix in HasDE()

Information about the full reconstruction time for many events

Removed unused (and not implemented) method AddSVPath()

Update to follow the modifications in the MUON module

Bug fix

Removed with simplifying AliMUONGeometryDEIndexing class

AliMUONFactoryVN classes replaced with AliMUONSegFactoryVN,
AliMUONResponseFactory

Refactoring of geometry classes:
- AliMUONGeometryModules are accessed via a new AliMUONGeometry class
- Transformations data are separated in  AliMUONGeometryTransformer,
  AliMUONGeometryModuleTransformer classses
- AliMUONGeometryDetElement objects contain always transformation in
  a new ALIC refernce frame
- Read/Write functions moved from AliMUONVGeometryBuilder
  in AliMUONGeometry (svmaps) and AliMUONGeometryTransformer
(transformations)

Added debug info

Data files per builder replaced with one file

Updated for modifying AliMpFiles class.

Added debug info.

Use AliMUONConstants instead AliMUONChamber to get Z coordinate

Updated with refactoring of geometry & segmentation classes;
- segmentations are not built explicitely but either via AliMUON
  or via AliMUONSegFactory classes
- added option in MUONTest for selecting the way of building
  segmentation

Removed unnecessary include (AliMUONChamber.h)

Added methods Rmin(), Rmax().

Bug fix in PrintGlobalTransform().

Updated for mods in AliMUONGeometryDEIndexing

Simplified, provides only static methods for converting
detElemId <-> moduleId, index

Refactoring of geometry & segmenation classes:
- AliMUONGeometrySegmentation contains AliMUONGeometryModuleTransformer
  (instead AliMUONGeometryModule)

Refactoring of geometry classes:
- AliMUONGeometryModules are accessed via a new AliMUONGeometry class
- Transformations data are separated in  AliMUONGeometryTransformer,
  AliMUONGeometryModuleTransformer classses
- AliMUONGeometryDetElement objects contain always transformation in
  a new ALIC refernce frame
- Read/Write functions moved from AliMUONVGeometryBuilder
  in AliMUONGeometry (svmaps) and AliMUONGeometryTransformer
(transformations)

Updated with refactoring of geometry & segmentation classes;

Removed all geometry & segmentation info:
 - Rmin, Rmax, Z have to be taken from AliMUONConstants
 - AliMUONGeometryModules - from AliMUONGeometry
 - AliMUONGeometrySegmentations - from AliMUONSegmentation

Updated with refactoring of geometry & segmentation classes;
removed SetChambersZ(), SetChambersZToDefault() SetSegmentationModel()
methods

AliMUONFactoryVN classes replaced with AliMUONSegFactoryVN,
AliMUONResponseFactory

AliMUONGeometryDEIndexing class moved in geometry

- Removing AliMUONVGeometryDEIndexing class;
- Adding AliMUONGeometryModuleTransformer, AliMUONGeometryTransformer,
  AliMUONGeometry, AliMUONSegmentation, AliMUONGeometryDEIndexing classes

New class - container/manager of geometry segmentations;
provides access to segmentations at all levels via detElemId and cath
  - geometry (module) segmentations
  - DE segmentations
  - mapping segmentation
----------------------------------------------------------------------

New class - separated from AliMUONFactoryVN (now removed);
builds segmentation objects only; no dependence on AliMUON,
AliMUONChamber

New class - separated from AliMUONFactoryVN (now removed);
builds response objects only.

New class - separated from AliMUONGeometryModule;
contains only geometry transformations data;
provides Local2Global and Global2Local functions.

New class - container of AliMUONGeometryModuleTransformer objects

New class - container of AliMUONGeometryModule objects;
which are not anymore owned by AliMUONChamber objects.

Updated to new CDB (Boris Polichtchouk)

Calibration is read from CDB if any (Boris Polichtchouk)

Updated to new CDB

How to Merge events (Zaida)

One instance of AliITSresponse per sensor - AliITSresponse objects read/stored from/to CDB

file access optimized (thanks to Laurent)

MUONTestTrigger changed to MUONrectrigger

activate visualisation of detection elements

Bug on manu channel (Laurent, Indra)

Removing compilation warnings (gcc)

Forward declaration of TArrayD

Full overloading of ImportParticles

Removing compilation warnings (icc)

Correct overloading of virtual functions in the derived classes (icc)

Corrected array size

Removing meaningless const

Logging message with AliLog

Logging message with AliLog

Better identification of fortran library directory

Correct overloading of virtual functions in the derived classes (icc)

Change in the signature of base class method Use to avoid compilation warnings (icc)

Correct overloading of virtual functions in the derived classes (icc)

Removing DistancetoPrimitive to avoid compilation warnings (icc)

Corrected signature of Clear to avoid compilation warnings (icc)

Using reference to return the argument of GetYat method

Removing compilation warnings (ifort)

Removing compilation warnings (icc)

Removing meaningless const

Bug fix

Corrected logics

Faster version, no attempt to match tracks outside the PHOS acceptance

Simplified data structure

Initialization of data members

Use references instead of objects. Avoid to create objects when they are not really needed

15-nov-2005 NvE Support for opening angle calculation between a 3-vector and the 3-vector part
                of a 4-vector introduced in Ali4Vector.
16-nov-2005 NvE Support for a reference point introduced in AliJet.
17-nov-2005 NvE Prototype version of IceDwalk tuned/improved for multi-track reconstruction.

Coding conventions