Root file for ACORDE Preprocessor test

Update for debugging purposes

Compilation on Windows/Cygwin

Removing the alipro executable. Online reconstruction is now steering within a normal rec.C and AliReconstruction class

Raw-reader is instantiated via the newly create factory method

Using the recently introduced raw-reader factory method and the new uri scheme for the raw-data input - file or online

added receiving of last run with same run type
no parameters of table names

Removal of printf and cout messages (Per Thomas)

New AliRawReader factory method. It uses plugin handler in order to load the raw-reader for the online reco

New raw-reader class which deals with events taken from shared memory via the DATE monitor libs. TO be used for the online reconstruction

Reduction of DPs from DCS - only HV kept

Energy assignment to photon and charged particle protected.

minors

minors

TPCNoiseMapComponent included into build (Kelly)

More protections in case of null eloss

Charge of the pad saturates at ADC of 12bits (range 0-4095)

Fields for HMPID in the ESD filled in an optimized way+minors

adding trigger on high multiplicity events on the generator level

- Added a protection in the recursive method AliMUONPreClusterFinder::Add,
  so that it exits if we get more than 500 pads in a single cluster
- In AliMUONDigitCalibrator, if a given DE has more than 5% occupancy,
  I cut its pads at 10sigma instead of 3sigma, thus reducing the number
  of pads
(Laurent)

new conversion of MeV to ADC from test beam inserted

added preprocessor run types PHYSICS and STANDALONE

Overlaps corrected.

Restored compilation on Windows/Cygwin

Typo fixed

simplified the loop over detector QA data maker /suggested by Ivana)

More changes to compile on Windows/Cygwin

Compilation on Windows/Cygwin

restructuring skipping of runs with invalid parametes

adding function ReceivePromptRecoParameters to receive the parameters needed for prompt online reconstruction

adding function to read configuration from buffer in memory
adding protections during processing of configuration

QA added

QA added

BeginEvent() laods referenced objcets (experimental)

Call MakeEntriesReferencable before filling the tree.

Provide methods to make AOD objects "referencable" in a separate process, i.e.
when producing updates.

Code cleanup:
- Removing not implemented methods (AliMUONRefitter.h)
- Adding printing + some cosmetics in AliMUONRecoParam.cxx)
- Adding comments (AliMUONRecoParam.h)
(Philippe P.)

Added setting selection for MakeDigits, MakeSDigits, MakeDigitsFromHits,
to avoid running QA for other detectors.

Reverted order of loading Pythia libraries, needed for some platforms

Adding simulation of dipole's magnetig field effect on chambers response
(Javier)

Use pointers for output TTrees and use AliESDInputHandler (Mihaela)

Bug fix where SD5C, SD5N, SC6C, SC6N, SD6C and SD6N (C= Carbon, N=Nomex) volumes were not rounded due to improper usage of bare C strings

Run types definition in preprocessor constructor

Use pointers for output TTrees (Mihaela)

Next update of the pad status encoding

Tentative version of the new raw-reader class which will handle the online reconstruction via the DATE monitoring libs

Added a missing #include (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Move AliD0toKpi* and AliBtoJPSI* from libPWG3base to libPWG3 (Andrea)

Changed pt cut value (Andrea)

Restored compilation on Windows/Cygwin

the est on active detectors was wrong

AddRunType(..) added to constructor.

Fix order of public/protected/private sections to conform with coding
conventions.

In TPCSectorData remove PadRowHack structure and handling functions.

Changes in configuration

Getting of the HLT mode implemented

PYTHIA8 added in case --pythia8 has been enabled in root

ALICE interface to Pythia8

Moved to PYTHIA8

Next iteration on encoded pad status

In AliMpExMap::Clear(): propagate the optin to data members
clearing.

Correcting comments for data members

added 'backwards' mapping: row/pad to channel; code cleanup

HMPID: Packing the number of photons and the charge in opposite order (A.Mastroserio)

 read-write CDB data by hands for cosmic runs

improved version of cosmic calibration & reconstruction

put all QA under the control f fRunQA

update to comply with new GetLabel function

adding delta phi study

Optimization of the reconstruction code.

Label for the ITS tracklets (Jan Fiete)

added a protection

Set CombineClusterTrackReco to false, to be consistent with
runReconstruction.C

adding run type, removing unused constructor

 run type

Reverting last commit which was not intentional

Re-establishing creation of RecPoints in TreeR (Laurent)
Introducing tracking mode starting from trigger tracks (Laurent)
New options for tracking and some bugs fixed (Philippe P.)

========================================================

New classes :

- AliMUONLegacyClusterServer (Laurent)

A cluster server which is doing no more than serving clusters from an existing cluster store. Used to re-establish clustering in local reconstruction (see AliMUONReconstructor's changes)

- AliMUONTriggerTrackToTrackerClusters (Laurent)

A class to replace clusters in stations 4 and 5 (that are discarded (if they exist)) by "fake" ones, created from the extrapolation of trigger tracks to st45.
Created to allow reconstruction of data taken during Feb. 08 cosmic run where st45 were not ready yet.

========================================================

 AliMUONReconstructor.cxx (Laurent)

        Re-establishing, in the case of non-combined tracking, the filling of the TreeR with        the clusters, i.e. clustering is done in local reconstruction in that case, and
        not in tracking phase.

 AliMUONClusterFinderMLEM.cxx (Laurent)

        Fixing a small memory leak

libMUONrec.pkg (Laurent)
MUONrecLinkDef.h

        Adding new classes

AliMUONClusterStoreV2.cxx (Laurent)

        Fixing a memory leak in ReMap

AliMUONRawClusterV2.cxx (Laurent)
AliMUONCluster.cxx

        Fixing errors found by valgrind

AliMUONSimpleClusterServer (Laurent)

        Changing ctor parameter from ref to pointer, as we're taking ownership of that
        object, and adding a method to find out in which DE a global (x,y) position is.

AliMUONVClusterServer.h (Laurent)

        Changing comment which did not follow interface change...

AliMUONTracker (Laurent)

        If no cluster server given, use legacy one (see also changes in AliMUONReconstructor)

 AliMUONRecoParam (Laurent & Philippe P.)

        New options

AliMUONRefitter (Laurent)

        Avoids code duplication and use new SimpleClusterServer interface.

AliMUON*Tracker* (Philippe P.)

        - solved the problem of divergence in the tracking of low momentum muons
        - added a reconstruction parameter defining the maximum non bending slope of the primary track candidates
        - added the possibility to disable one or more chambers in the reconstruction (new option)
        - added the possibility to reconstruct a track even if it has no cluster in one or more stations (new option)
        - added the possibility to make a primary track candidate starting from one cluster on station 4 and one on station 5 (new option)

Optional friend tree replaced by list of friends.

enabling checking of run type

AddRunType added

Possibility to add friend trees.
Here only one additional tree can be added. This is for testing.
In the general case it will be possible to add any number of friends.

Connect also branches from friend trees.

(Marian Ivanov)

AliESDresolParams.h       AliESDresolParams.cxx
Separate error parameterization using Covariance matrix fit

AliESDRecV0Info.h       AliESDRecV0Info.cxx       AliRecInfoMaker.cxx
Adding Reset V0 function

AliESDresolMakerFast.cxx
Updated comments

code cleanup: check for valid channel address and row offset handled by TPC mapping class (Kenneth)

Digits marked according to pad status

AliMUONBlockHeader, AliMUONRawWriter:
   - Added DDL data key at the end of the payload

AliMUONRawStreamTracker.h
   - Added getter for current DDL index

AliMUONQADataMakerRec
   - Added local buspatch hit distribution per DDL for raw QA

(Christian)

minor updates to preprocessor. rewrite needed.

- Cover non-standard aod use-case
- Enforce consistency between object name and branch name

Enforce consistency between branch and object name.

List of run types added

- libPhysics have to be loaded now when setting up par files in CAF

Protection added.

Kine filter added.

Filter task for kinematics (Ernesto Lopez)

This script runs the gain DA given a runnumber and a file

This script runs the pedestal DA given a runnumber and a file

Correct number of tracks that is returned by LoadPoints method. Removal of double counted tracks (proposed by Andrea Rossi)