Keep the syswatch from the simulation

Remove Calib/FEE/

graphs for amplitude calibration for runs from 104890

Coding viloations fixed.

Modifying build files according to recent changes

Coding violation fixing
(Marian)

Removing the coding violation
(Jens Wiechula)

Changes needed for the global track matching with PHOS (D. Peressounko)

Forgotten increas in the ClassDef.

Coding conventions

Bug fix for https://savannah.cern.ch/bugs/?61603

Adding / modifying three algorithms to the HLT processing
and raw data extraction: 1) LMS (Least Mean Square Fit),
2) Crude ( amp = max - pedestal), 3) PeakFinder (Amp = optimum weight of the samples )

Adding / removing files to the build system

Changing the linkdef file according to recent changes

Modifed the "mother of all"  PHOS/EMCAL raw data analysis component
to use the new RawAnalyzer in off-line  / HLT

Moved to  the aliroot/EMCAL directory and therefore
deleted here.

The RawAnalyzer classes are moved to the aliroot/EMCAL
directory  in order to be made available also for
off-line.

Reoving  "Man in the middle" classes. The ChiSquare  (or LMS)
is conceptually the same for EMCAL and PHOS and is implemented
as a common "Calo" class (currently in the aliroot/EMCAL directory)

Removing man in the middle classes.  They will be implemnted
in their specialized PHOS / EMCAL versions

Removing "Man in the Middle"  classes AliHLTCaloRawAnalyzerCrudeComponent.h/cxx
They will be implemented in their respectively EMCAL/PHOS  specializations
which require the  detector specific parameters such as the trigger info an geometry to be known.

Removing unused code

Fixing coding violations.

Updated documentation (reference data for validation) in SDD DAs

more cut options

 added option for running with AliAnalyisTaskTaggedPhoton

Changed directroy naming for common out output

 Modifications in AliAnaOmegaToPi0Gamma:

1) Change the bins, min and max in accordance with PWG4 function GetHistoPtBins etc
2) add two pt cuts: fPi0OverOmegaPtCut and fGammaOverOmegaPtCut
3) change the code of vertex z cut
4) add analysis to train wagon

Correct update of sigma.

Added Analysis of forward, away and transverse zone as a function of pt of the jet. (Arian)

Updated geometry

added possiblity to select on bunch crossing IDs

Clustering with free sigma added.

Make sure that 3D view rotates around origin.

Updated list of libraries

Add Two Track resolution test class

Setter for K
Histos for responsibilities.

Correction in the distance definition.

update from Per Thomas - mainly renaming classes

Fix in the file open option

Corrections for randomized event.

some changes to run on deltaAODs, added PWG4 to directory (omega3pi)

 running on mc adding extra histograms

AliTPCtrackerMI.cxx
1.) Applying the cut to reject kink candidate with small direction changes
2.) Make order in StreamLevel to dump reconstruction debug information
    (Do not dump anything for the defual recosntruction production)

AliTPCRecoParam.h AliTPCRecoParam.cxx AliTPCtrack.cxx

1.) Possibility to switch off outer detectors form the refit
2.) Adding the chi2 cut on the change of the track angle to accept kink
    (Important to reduce amount of fake kink candidates)

AliTPCtrackerMI.cxx
1.) Applying the cut to reject kink candidate with small direction changes
2.) Make order in StreamLevel to dump reconstruction debug information
    (Do not dump anything for the defual recosntruction production)

Added modification in the particle correlations tasks proposed by Gustavo

clean up

Keeping the information after the first pass through TPC (M. Ivanov)

added trigger selections and more variables in the output (Marta)

Some new plots added.
- 2-cluster correlation
- sumPt

In AliMUONTriggerEfficiencyCells:
 - Allow the initialization from the output file of the analysis task.
 - Fix bug in destructor.
(Diego)

Added possibility to connect task containers to the file managed by the output handler.

Removing obsolete objects Mapping, DDLStore from OCDB.

Add functionality for local masks calculation

bug fix

Fix bug in WriteLocalMasks, use same iteration as in ReadLocalMasks

AddTaskJets: added some extra jet finders (kt with different R parmaters) TaskJetsSpectrum: Flag to swtich on and off physicsselection, Train: Added KMeans task

allow to select events with AliPhysicsSelection directly, added some control histos counting the number of jets above threshold, only store generated jets histos inc case we have a generated jet branch set

peak finder code from Per Thomas/Yale

Neural Net signal fitter code from Paola/Catania

Fixes to obey coding conventions

Added protection in AliHMPIDParam::FindTemp() in case tLow is equal to tHigh

Add a RecoParameter to switch off the check of triggered sub-detectors in the tracker

Fix bug in the calculation of true d0 for MC analysis

changes by Diego

Possibility to select the injector lines to be used in drift speed calculation (F. Prino)

to use AliPhysicsSelection class

update for LYZ

Mihaela: New version of analysis train macro

Correct time at vertex for beam-gas simulations.

Time at vertex corrected.

Update.

Enlarge error on Zvertex when more than 1 peak is found (F. Prino)

adding arguments to AddTaskPhysicsSelection for MC and BG identification (Antonin)
adding possibility to set trigger classes by hand (Michele)
disable the delta phi cut by default (Michele)

small updates

New task for k-means clustering

Restoring the AliBackgroundIdentification

print debug information of HLT loglevel conmtains to kHLTLogDebug
- HLTOUT content
- HLT ESD

Update of calibration task and file for test shuttle

Transient pointer of ESDtrack back to the event introduced.

RC12, RC17 violation: suppression

RC11 violation: suppression

RC17 violation: suppression

RC17 violation: suppression

Removed warning message in compilation

Removed warning message in compilation and updated code

Code cleanup

Changes for report #61429: PID: Separating response functions from ESD. The signature of IsSelected is reverted

Bug fix

Coding rule violations

EnableMap histogram now shows channels enable in FEE readout. added status histogram to display hardcoded status of MRPC strips

Not needed.

AliDecayer realisation for the EvtGen code and EvtGen itself.
(Fiorella Fionda)

Changes in the QA class (cut efficiency)

Changing way multiple entries per BeamMode and MachineMode are treated:

- storing only the first value
- setting a new variable to define the smallest time at which any change of any of the two happened

added extended documentation and examples (Ben)

AliTPCCalibCE.cxx       Fix savannah bug #60735
AliTPCCalibRawBase.cxx  Add possibility to process bunches
AliTPCCalibRawBase.h    Add possibility to process bunches
TPCCEda.cxx             Make use of laser trigger information, remove internal buffering

new module for hadron correlations

removed extra cahracter

Existing files at plug-in copy destination removed.

increase classdef