Move GetModuleNumberXXX methods from QA analysis to a common place for other analysis, the reader and the analysis base class

Updated checking and display for AMORE (Yves)

Correction suggested by Valgrind (Yves)

Corrected printout

Added Histogram Results/f3pCorrelatorHist holds the value of cos[n(2phi1-phi2-phi3)] evaluated with single loop over data where all angles labels RPs. This is a kind of reference 3p correlator and it is sensitive to v_2n*(v_n)^2. Correction for non-uniform acceptance was also implemented. For n there is a setter SetCorrelatorInteger() available (by default it is 1).

add reference data

memory leak fixed, bug https://savannah.cern.ch/bugs/index.php?66649

updates on TOF code to add and use new calibration object
Calib/RunParams.
the object allows to take into account and correct for the variation of
average T0 within a run.
update on TOF preprocessor code to handle calibration trigger data.

adding implementation of GetOCDBObjectDescription (Gaute)

adding implementation of GetOCDBObjectDescription (Gaute)

- added selection criteria for filling the histograms, so that the HLT-offline comparison makes more sense (Hege)
  (e.g. cuts on primary vertex, selection of primary tracks, track quality cut)

adding the tansformation names to the trees

Adding distrotion map visualization
Marian

Reduce memory consumption

correct bug when checking number of fidutial eta-phi cuts

putting more functionality into the flow event

Method to apply the boost as a result of a finite crissing angle in
the y-z plane added.

(Grazia Luparello)

Adding STRA to the possible flags in galice.cuts
(F. Carminati)

Example/standard macro  to initialize TPC OCDB entries
from AliEn OCDB
Marian

M      AliTPCcalibBase.h        - make magnetic field persistent
M      AliTPCcalibDB.h          - adding composed correction
M      AliTPCCorrection.h       - fit the distorted track
M      AliTPCRecoParam.h        - flag to use composed correction
M      AliTPCcalibDB.cxx        - adding composed correction
M      AliTPCCorrection.cxx     - fit distorted track
M      AliTPCRecoParam.cxx      - usage of comsed correction flag
M      AliTPCTransform.cxx      - usage of composed correction

Marian

Fix coding rule violations

Fixed bug causing a crash if digits needed by the pretrigger simulation are not available (Felix)

Updates.
Annalisa Mastroserio

Corrections for SetNContributors
(A. Dainese)

adding some overall documentation of the pendolino

undoing partially the previous commit

further updates for align TRD tasks to PROOF (Markus)

- change "load from file" mechanism to parallel the developments of one
file "AnalysisResults.root" from the framework
- add protection in cluster resolution against missing results

remove track selection for friends writing (Markus Raphaelle)

Bug fix in D* references

New class for PID of HF candidates (R. Romita)

Fixing a compilation problem

remove call to vzero loader

Fix memory leak (M.Fasel)

Corrected parameterization of the error. Overlooked in the previous commit.

only process physics and pedestals runs - no longer standalone runs

correct mapping in method GetAbsCellIdFromEtaPhi

Major update of the reconstruction. All the code from the ANALYSIS/AliTriggerAnalysis is now put in the reconstruction chain. The ESD object is updated by adding the mean time per side and the final decision (beam-beam,beam-gas,empty or fake) per side. The flags which control if this new information was filled are stored within the TObject::fBits. Now we should correct a couple of OCDB entries (affected first by unavailable DP from DCS and then by wrong mapping FEE<->offline and modify AliTriggerAnalysis so that it uses directly the newly added ESD information. A request to port this commit will be made soon.

-Improved track matcher algorithm by adding track rotation before propagation
   -might fix weird dist

Index corrected in AliZDCReconstructor.cxx + getting rid of unused calib object in AliZDCDigitizer

fix suffix in resolution exchange containers

Taking out some unused data members

incomplete commit 40837

Updates to UE, event selection and jet finder settings for UE

Partial fix for Savannah bug 66501

bugfixes in HLT TRD macros (Theo)

Fixing memory leak in AliMpManuStore::ReadData
(bug report #66668)

Applying the new standard cuts in the QA Task, run the same task twice with different cuts (Marta)

Few updates (Jochen) and inclusion of on-line PID Simulation (Uwe)

Added deletions of AliPID object to avoid meamory leak

Memory leak fixes:
TriggerTRU: delete of Int_t* idx[][] mising.
Reconstructor: delete of trigger TClonesArray, not only array->Delete()
TriggerBoard: delete of fPatched TClonesArray in dtor not only fPatched->Delete()
Loader: Change tree->GetEvent by branch->GetEntry, in case it helps

current status of dNdPt analysis code

run locally the train with all tasks connected
"ALL CLRES EFFC CAL ALGN PIDR" after AliEn/Grid update

- updates to run with AliEn plugin (Markus)
- locally able to run in the maximal configuration "ALL CLRES EFFC"

fabs replacment
*Marian)

taking out -bg-off option for GammaConv, adapt new argument for physicsselection

bugfix: correctly treat signed numbers
removing calls to AliGRPObject::SetLHCLuminosity and AliGRPObject::SetBeamIntensity according to new class interface

New task for filtering of AODs with Jpsi candidates (Carmelo)

Memory leak fixes.

Marian

Import of macro to generate a global rejectlist for a set of runs (rejectlist then being used by realistic simulations) (Matthieu)

comment out gstpar calls

Insure we delete properly if OCDB cache is not set

Deleting of AliHMPIDtrack object added to avoid meamory leak

Separate syswatch for sim. and rec.

added plots for vertex position and extended axis ranges for 7TeV data

minor

Insure those defaults objects are using the latest mapping (thus fixing inconsistencies spotted by Artur)

Fixing two bugs
AliTPCcalibDB.cxx     - index out of range protection
AliTPCcalibDButil.cxx - chacking the type of class

bug #66632: Crash in AliTPCcalibDButil
[bug #66126] Worrying message in TPC reconstruction

Using masses form the PDG
(Alexander)

Forgotten commit
(Marian)

False warnings removed

Number of phi bins increased to 20

Reverted bug introduced last night

HLT TRD update by Theo
- secure forwarding of block spec
- compute the right Super Module number in case of merger components

added tpcrefit flag for 2009 cuts (this was required implicitly before, and is added now for
clarity)

bugfix: correctly deleting objcts in the array

Correction classes + the Demo

 //
  // This is a Demo function of the general class AliTPCCorrection, which is used for
  // general space point correction due to different effects.
  // The effects used in this Demo are:
  //   1. ExB twist - general offset of the TPC axis in comparison to the B field axis
  //   2. GG error (Gating Grid volt. error) - not perfectly aligned GG voltage (in terms of voltage)
  //   3. ExBBShape - B field shape correction of the secound order
  //
  // See class descriptions for further details
  //
  // Authors: Magnus Mager, Stefan Rossegger, Jim Thomas

This test macro to test AliTracker functionality.
  Additional focus on the tracking of  cosmic tracks .

  Test:
  1. Simulate random tracks  - AliTracker used to propagate track
  2. Missalign and smear space points
  3. Fit the tracks

  4. Visualize results/residual/pulls using tree draw

marian

- adding input multiplier 1 to track matcher

- Introducing 2 types of pt distributions (loose and standard cuts):
   - loose cuts are used for the comparison to beam BG simulation (otherwise all tracks are
     killed and no comparison is possible)
   - standard cuts, used for rate studies

- Implemented dead time calculation (only local execution in this version)

- Adding trigger efficiency to efficiency histos

- Time difference (GDC - orbit,bx,period) is computed only for CINT1Bs now

- Fixed minor leak in booking of histos + few coding conventions

Revisited dqm histograms  (Annalisa Mastroserio)

move of class to other lib and an added method to add flow

- removing couts

- changes in the limits for the position of rec points in EMCAL
- define overflow as 900 counts
- removing y coordinate from rec point

updates for running on grid (Markus)
-This line, and those below, will be ignored--

M    AliTRDrecoTask.h
M    AliTRDrecoTask.cxx

In AliMUONTriggerTrack:
Extrapolate covariance to the current Z before calculating the chi2.
(Diego)

- moving initialisation of analyser from constructor to doinit.

Updated information on fraction of good anodes in SDD

Correct Leak in FillESD, cosmetic change in RecParam::Print(), add time setters in OCDB RecParam macro

Fixed a bug in SubmitNext - the number of jobs to be submitted is not 0 anymore.

Fixing compiler warnings

If submitting via the plugin fails, one should get now the grid output and the session will end without trying ti resubmit.

Added functionality to also process calorimeter data + some changes in cuts (Ana)

fixed setting of physics selection for service task, added option for directories with run number

do not use MC info yet

Changes concerns the reading of digits from simulation, which at some point have changed its structure. Added functionality that orders bunches correctly and also fixed some issues with reading fake digits (digits that does not belong to the given partition because of border effects between the partitions)

Upates by Marta, bug fixes and additional histos

Fixes to DA code:

* AliFMDBaseDA::Rotate(const char* file, int max)
  'log-rotates' files that start with 'file' up to a maximum of 'max'.
  This is applied to all FXS files (peds.csv, gains.csv, conditions.csv)
  as well as zero-suppression files.
* Added comment line in each output file, that tells us from which run
  the file was created, and when.
* Fixed some coding violations.

The DA's should be propagated to the release.

Put LOGY in the histograms DrawOptions - so that AMORE will show these
on log scale by default.

bugixes