Enhanced doxygen documentation

CCUSB reader from Rachid Guernane for SuperModule calibration - added to EMCAL base lib (also preliminary STU = trigger unit reader)

small fix for drawing superimposed graphs

decrease output size for PID task (Alex W)

correcting some bugs, partly introduced in rev 29090
- last bunch of last channel was likely to be always skipped due to wrong size check
- putting back the function documentation which somehow got lost
- doing check for minimal buffer size right in decoder initialization
- making GetRCUTrailerSize working if decoder was not initialized or failed

bugfixes: using correct format specifier (unsigned) for event no in file name; the SOR/EOR prefixes had been wrongly added in front of the directory, now added to the directory

move output data to beginning of output buffer because PubSub can not handle components filling permanently the whole buffer

some quick hacks to improve speed for ActiveChannelSelection: terminate ZeroSuppression when a signal in the channel has been found

* AliHLTRootFilePublisher
  Implementation of the RootFilePublisher( was a only dummy before )
* AliHLTFilePublisher
  New member added in order to switch from raw to root files
* rootfilepublisher.C
  Added example/test macro for RootFilePublisher and RootFileWriter

Adding tool tip to remind OCDB path syntax

EMC cluster energy correction on/off

propagate AttachClusters changes to the barrel tracking

- fix tilting pad correction in Attach and Fit tracklets
- improve verbosity

silvermy@ornl.gov - SMcalib - directory with tools for SuperModule calibrations at Grenoble and Yale

Updates for 2008.3

improved verbosity in the tracking sector

fix crash in TRD reconstruction

more flexible detctor check task (Markus)

second interation in improving debug stream in AttachClusters

improve debug streaming in AttachClusters

Slash removed from histograms names (D. Elia)

Make GetStack() and GetSector() static

removed maximum number of steps in particle and event containers

This version includes the suppression of the 0.5 channel shift used previously to calculate mean values (both for pedestal and calibration) and some bug corrections

introduce tracking efficiency for each species

Evaluation of the influence of each ITS layer on the prootn analysis

Visualization of the edge effect
Currently only CE studies (Marian)

minors

fix NN PID for 1 exponential in the tail cancellation

save short tracks to the friends (measured data situation)

Minor fix to make vertices with SPD outer and SDD inner (A. Dainese)

AnalyzeLaser renamed to AnalyzeLaserCE (Marian)

Updated Macros (Marian)

tune for mass production

More functions added

fix problems in the efficiency plot (Markus)

HG/LG histogram binning adjusted for more robust fitting

includes corrected

Better histo limits applyed

Cable Length used to set TOF channels delays
when no computation of delays is performed starting from
the histograms coming from the DA.

Removing call to rewind the rawreader which was a mistake. It should have been just Reset, to go back to the first DDL of the current event.

Update macros for prompt offline (Mikolaj)

Added functionality to the histogram handler class to ignore specification when adding histograms. Minor cleanup/bugfix in the zerosuppression component. Added qMax to the output list in the clusterfinder and added a macro to test the histogramhandler. changed back to using the decoder in activePadsTest.C

Bug fix (F. Prino)

MC composition and processes part added

new macro for loading tracks from the QA framework

providing the RawReader already to the configuration step in order to allow modules to reconstruct from simulated raw data during AliSimulation

Adding implementations of copy contructor, assignment operator and Copy methods to perform a deep copy of the event object.

AliTPCCalibCE.cxx.diff           Add ctor with configuration options; Bug fixes
AliTPCCalibCE.h.diff             Add ctor with configuration options
AliTPCCalibPedestal.cxx.diff     Add ctor with configuration options; Set noise and pedestal to 0 if outside the specified ADC range
AliTPCCalibPedestal.h.diff       Add ctor with configuration options
AliTPCCalibPulser.cxx.diff       Add ctor with configuration options; Bug fixes
AliTPCCalibPulser.h.diff         Add ctor with configuration options
AliTPCdataQA.cxx.diff            Add ctor with configuration options
AliTPCdataQA.h.diff              Add ctor with configuration options
AliTPCMonitor.cxx.diff           Fix event number when reading from root file; simple baseline calculation; fft updated
libTPCbase.pkg.diff              include AliTPCConfigDA
TPCbaseLinkDef.h.diff            include AliTPCConfigDA

TPCCEda.cxx.diff                 Added Calib object support to AMORE DB; Added possility to use a config file; code cleanup
TPCPEDESTALda.cxx.diff           Added Calib object support to AMORE DB; Added possility to use a config file; code cleanup
TPCPULSERda.cxx.diff             Added Calib object support to AMORE DB; Added possility to use a config file; code cleanup
TPCQAda.cxx.diff                 Added possility to use a config file

Jens Wiechula

AliTPCConfigDA.cxx               Simple text configuration file parser
AliTPCConfigDA.h                 Simple text configuration file parser
(Jens Wiechula)

Jens Wiechula

PublisherQA.cxx.diff             Adopt to AMORE and QA framework changes
PublisherQA.h.diff               Adopt to AMORE and QA framework changes
UIQA.cxx.diff                    Add import of calib objects from AMORE DB; code cleanup
UIQA.h.diff                      Add import of calib objects from AMORE DB; code cleanup
Makefile.publisher.diff          Add dependence on Proof
Makefile.subscriber.diff         Add dependence on Proof
Makefile.ui.diff                 Add dependence on Proof

Importnat bug fix. Wrong gro field ID has been replaced by the one the reconstruction expects. An invalid list of active detectors is treated correctly by enabling all the detectors (Chiara)

Splitting the proton analysis into the real thing and the QA (more on the QA later)

Moving to alicecaf + addition of the DCA in the QA

Switch off vertexer in case SPD is not among the active detectors

code cleanup, bugfixes
- remnants from previous events created empty channels in the ZS output
  looping now over the active channels instead of all rows and pads
- added warning if channels have not been considered because of low occupancy
  TODO: concept of occupancy might need some revision
- speedup: skip encoding if data is not going to be sent and only the address
  list is to be created

making AlitroChannelSelector more robust against DDL without payloads and zero length channels

AliEveEventManager
------------------
Add getter 'TFile* GetESDFile()'.

AliEveEventManagerEditor
------------------------
Disable trigger select unless ESD file exists in the event-manager as its
curernt implementation only works this way.

Fixed compilation warning (Mikolaj)

Update (Stefan)

Example macro for filtering MC info  to the AOD on proof, added comment

Load libJETAn also for AOD jet analysis

first attempt to submit something to svn

RCU can't write raw-data size so one gets always 0xffffffff in the CDH event-size field

Update calib entry

including FMD library into HLT build system

Protection against division by zero.

modify AliTRDrecoParam class version and update database

Crucial bug-fix. The raw-data events should be never skipped inside the QA data makers

Introduced better way to estimate number of clusters in TRD for offline
and HLT

Add option to write MC particles to the AOD, new lightweight class AliAODMCParticle and new Filter task

Fix: Added config file for MC

Update of the fast altro decoder (Per Thomas)

Unneeded error message (Andrea)

updated view of the trigger sources in AliTRDcheckDetector
faster constructor for AliTRDchamberTimeBin

Typo fixed.

Library with PHOS geometry transformations for AliRoot-independent analysis

bugfix: initialize each byte starting a new 40bit word with zero, due to bitwise OR the signal was spoiled by remnants in the buffer; handling of subsequent signals with identical time

MCEvent() always valid
Reset number of particles in FinishEvent()

SDD drift time stored in the track points (F. Prino)

Update of the QA histo viewer. 2 new helper classes (Mikolaj)

Write only these alignment objects for which a matching volume exists in geometry.root

Class version increased

Correcting log when storing run metadata.

Drift time in SDD added to the track-point array classes (Francesco)

Moving AliESDTagCreator from libESD to libSTEER in order to remove the dep of libESD on libSTEER

Fixed a memory leak

protect printed lines by AliLog calls

implementation of :
- variable number of dEdx slices in ESD
- IsElectron functionality

New readout scheme for FEE parameters

new histogram in the task (Markus)

Corrections, bug fixes and a class name change

Modified class name

Additional protection added.

temporary fix for a mising feature in the AliTRDeventInfo class

take into account the AliTRDeventInfo (Markus)

Changing log/temp/status folder path.

Using high flux parameters in ITS

No cut on chi2 for the cascades

- new option for selecting 8 dEdx slices in ESD track for TRD
- set back default 1 expo tail for Xe TC