Laurent's mapping plugged for trigger chambers

Tracking SA. Bug fix and spped impovements (E. Crescio)

Syntax printf corrections (Laurent)

TFile.h included

- In CreateGeometry() - virtual modules and envelopes placed
  as assemblies (with MC using TGeo geometry - TGeant3TGeo, TFluka)
- Removed  Read/WriteTransformations() methods - available
  via AliMUONGeometryTransformer
- Reordered includes, forward declarations

Removed, instead using AliMUONStringIntMap directly

Regenerated with modifying file format

Regenerated with new geometry with assemblies;
using _ as separator (was .) to be consistent with TGeo

New data file providing volume paths;
transform.dat file simplified to contain only ids and matrices

New file with description of geometry data files

Moving info about units to the end of file

Removed AliMUONGeometrySVMap class

Updated with modifications in AliMUONGeometryTransformer

Adding misAlignment via AliRoot framework

- Using AliMUONStringIntMap instead of AliMUONGeometrySVMap
- Reordered includes, forward declarations

Setting geometry module volume names and mother names
moved in SetTramsformations()

- Setting geometry module volume names and mother names
  moved in SetTramsformations()
- Reordered includes, forward declarations

- Setting geometry module volume names and mother names
  moved in SetTramsformations()
- Commented out gMC->Gsvolu(..) calls for virtual volumes

- Updated with modified AliMUONSegFactory constructor
- Reordered includes, forward declarations

In constructor: added volPathsFileName argument

- Method MisAlign(const TGeoCombiTrans&) moved to private area
- In MisAlign(const AliMUONGeometryTransformer* ):
  - corrected calculation of global DE transformation
  - adding storing delta matrices in the new transformer
- Reordered includes, forward declarations

- Added protected methods SetVolume(..), SetMotherVolume(..)
- FillTransformations() renamed to CreateDetElements()
- RebuildSVMaps() - added option withEnvelopes
- Using AliMUONStringIntMap instead of AliMUONGeometrySVMap
- Reordered includes, forward declarations

- Geometry transformations can be now filled also from
  Root geometry file or Root geometry manager
- Introduced new file providing volume paths;
  transform.dat file simplified to contain only ids and matrices
- Read/Write/Fill methods adapted to the changed file format
- Added fMisAlignArray data member for storing misAlignment data
  and methods AddMisAlignModule(), AddMisAlignDetElement()
- Reordered includes, forward declarations

- Using AliMUONStringIntMap instead of AliMUONGeometrySVMap
- Volume names attributes moved in AliMUONGeometryModuleTransformer
  as volumePath; their setters/getters changed accordingly
- Reordered includes, forward declarations

- Adding volume path attribute (moved from AliMUONGeometryModule)
- fTransformation  type changed to TGeoHMatrix
- Adapted getters/setters accordingly
- Reordered includes, forward declarations

- Volume name attribute replaced with volume path
- fLocalTransformation, fGlobalTransformation type changed to TGeoHMatrix
- Adapted getters/setters accordingly
- Reordered includes, forward declarations

- In CreateGeometry() - virtual modules and envelopes placed
  as assemblies (with MC using TGeo geometry - TGeant3TGeo, TFluka)
- Removed  Read/WriteTransformations() methods - available
  via AliMUONGeometryTransformer
- Reordered includes, forward declarations

Mixtures instead of materials with fractional Z in SPD (SPD bus and SPD end ladder

Additional protection and change in the interface (Yu.Belikov)

ESD track based on AliExternalTrackParam. Class redesign and clean-up (Yu.Belikov)

New TRF by Christian with x-talk

Replace fLengthOPad by fLengthIPad in GetTiltOffset()

Bug fix by Christian to get proper sign in distance of electron to pad center

Code fixed

Calibration object updated

Update to new class names

Adding the LUT for the alignable volumes in the TPC (R.Grosso)

Transformations for rotated geometry of st345 (Gines)

Rotation of the stations 345 with respect the vertical axis (Gines)

Added new classes AliMUONGlobalTriggerBoard, AliMUONLocalTriggerBoard,
AliMUONRegionalTriggerBoard, AliMUONTriggerBoard, AliMUONTriggerCrate,
AliMUONTriggerElectronics
(Rachid)

Added a commented out version with new trigger code.
(Rachid)

Option with new AliMUONTriggerElectronics class now available
(Rachid, Laurent)

Local trigger boards configuartion file
(Rachid)

Preliminary version of new MUON trigger electronics code
(Rachid)

New class of trigger crates
(Rachid)

Trigger board object base class
(Rachid)

New class of regional trigger boards
(Rachid)

New class of local trigger boards
(Rachid)

New class of global trigger boards
(Rachid)

In LoadDigits method:
Adding a switch for old and new segmentation for trigger
to help debugging of the the mapping for trigger.
(Philippe, Laurent)

Calibration framework improved (E. Crescio)

Getting event number from gAlice instead of header to make it
working with raw data.
(Sasha)

Updated Foam, FR4 thickness:
Foam: 2.083 (old geometry) -> 2.503 (new)
FR4:  0.0031 corrected to 0.031 (old geometry) -> 0.062 (new)
(Nicole)

Adding LUT for the TOF alignable volumes (strips)

Fixed overlaps of St1 quadrants (SQM1,2) with beam shield (YMOT)
using TGeo composite shape

Improving MUONrectracks (Christophe)

Missing include file

Gspos replaced by AddNode for the final positioning in ALICE

New access to conditions database

Suppressing artificial hit splitting on "fake" boundaries between volumes.
(Sasha)

Doing cluster finding in local coordinates. Speeding up the
processing. Couple bugs are fixed as well (thanks to people reporting
"non-reproducible" errors, especially to Ivana).
(Sasha)

Added a commented out version with new digitizers.
(Laurent)

New macro to macro to deal with creation/testing of calibration database
(Laurent)

Short test script with use of calibration data
(Laurent)

Added for setting include paths

- Added random seed settings
- Setting include paths moved to rootlogon.C
(Laurent)

Removed overlaps/extrusions down to 1 micrometer

MUONrectrigger improved (Christophe)

MUONrectrigger improved (Christophe)

Using function instead of entry (solarisCC on x86)

New version (Jan-Fiete)

Some long methods are not inlined anymore. The pointers to cached object are made const (Jan-Fiete)

Getters declared const (Jan-Fiete)

Updated initialization in the default constructor to avoid memory leaks (Jan-Fiete)

Adding directory path to the name of the data file

Including TFile.h

Added TriggerDecisionV1, SDigitizerV2, DigitizerV3
(Laurent)

Added AliMUONDigititCalibrator class
(Laurent)

Added AliMUONV1DStore, V2DStore, V3DStore, V1DMap, V2DMap, V3DMap,
CalibParam and CalibrationData classes.
(Laurent)

Performs calibration prior to clustering, if needed.
Note that it's not yet implemented for the Reconstruct() from raw data.
(Laurent)

Changed the ctor according to change in base class.
(Laurent)

Added new method DisIntegrate(AliMUONHit&, TList& digits) to replace the one in
AliMUONChamber (which is still there until we remove the old digitizers).
Note that those new methods rely on the new segmentations, i.e. for Trigger it
can only work with FactoryV4.
(Laurent)

Make Digits() and SDigits() methods consts.
Added a Print method (only implemented for digits so far).
Corrected a bug for option D,GLT in MakeBranch/SetTreeAddress.
(Laurent)

Make some methods const
(Laurent)

Added 4 data members : manuId, manuChannel (to ease calibration data access),
ADC (to keep an uncalibrated version of the digit) and IsSaturated (to allow the
clustering to readily know if a digit is saturated or not)
(Laurent)

Added an IntXY method w/o segmentation parameter (used in the new
AliMUONResponseV0::DisIntegrate)
(Laurent)

Changed GetSignalFrom to tag the digit as saturated if needed.
(Laurent)

Added two data members fSDigitizerType, fDigitizerType to be able to change
the sdigitizer and the sdigitizer used.
(Laurent)

New class = container for 2 floats (one mean and one sigma)
(Laurent)

New class - interim solution (but needed so far)
(Laurent)

New class to calibrates the digits
(Laurent)

New digitizer, not deriving from MUONDigitizer and doing decalibration of
digits.
(Laurent)

New sdigitizer, not deriving from MUONDigitizer, and using
new Response:DisIntegrate method. Note also that this
one does *not* merge sdigits at all (this is deferred to the digitizer,
which
anyway has to do it), thus speeding a little bit this step.
(Laurent)

Single entry point to access pedestals and gains from the
(de)calibrator or any class needing the calibration data.
(Laurent)

Basic implementation of AliMUONVNDStore containers, using AliMpExMap
internally. Should be revised for better performance...
(Laurent)

Generic containers indexed by a triplet
(typically detElemId,manuId,manuChannel)
(Laurent)

Problem found with gcc (4.0.2) and corrected by Ivana Hrivnacova.

Details of coils and cooling circuits added.

1. Corrected method to apply alignment objects to the TGeo geometry. The method is moved to AliRun. It is called inside AliSimulation in case the user defined the array of alignment objects to be applied (SetAlignObjArray()). 2. Two new methods are added to AliAlignObj. They are used to apply the alignment object to the TGeo geometry and to retrieve it from there, respectively. 3. Change in the definition of the alignable volumes in ITS.

In Simple(): corrected index in clusters[]
- fixing a problem find with gcc 4.0.2
(Sasha)