Prepare for new code

Fix

Fixing warning and bug.

Adding the posibility to set the participating detectors when running in AliHLTSystem.

Changes required to handle software triggers correctly in the global trigger component.

transition revision for functions to be removed

Adding the light nuclei as requested in Savannah ticket #72834. The second try.

AddTaskFlow.C: setting of exclusion range, change in default value cuts

AliFlowAnalysisWithScalarProduct: Added extra histograms for quality assurance, Added a separate fill method for muQ where also events with only 1 filled subevent are taken

Smalle changes required by HLT (Jochen)

Reverting the previous mods as they cause a segmentation violation

histogram setup from cuts/parameter file

Extended validity range from 999,999 to 999,999,999

background correction fix

Adding the light nuclei as requested in Savannah ticket #72834 (E. Serradilla)

add option to make a summary tree; get collision geometry info for Hijing events; address some recent coding violations (mostly comments)

Important bug fixes

Add FMD to event display, remove call to non-existent trd_detectors.C

Updates to the FMD EVE display class

1) corrections for Coverity reports
2) MillePede2 updates
3) AliITSCorrectSDDPoints with additional constructor used by MP2

Ruben Shahoyan

Updated comparison to All Charged, fixed bug in fluka/g3 correction for TPC and TOF.u

new SPD geometry - sector profile closer to reality (M. Lunardon, R. Grosso)

Update to newest tree classes.

Forgotten header file.

Fixed bug when deconvoluting in time direction.
Also changed reading direction for the digitdumpcomponent.

Major update (Davide, ChiaraZ)

Update of D+ classes: added acceptance cut, added histograms (Francesco)

Global fit of alignment with E field distortion map (440 parameters)
All quadrant included in the alignment separatelly  (only r-phi direction)

(Marian)

setting the period number also for ESDHeader

calculate track-cluster matching; for EMCAL

Added eta cut for raw TPC data visualisation

Signal extraction and error calc. updates (Ionut), updated configs (Jens)

new SPD geometry - sector profile closer to reality (M. Lunardon, R. Grosso)

new SPD geometry - sector profile closer to reality (M. Lunardon, R. Grosso)

New parametrisations for weights (ChiaraZ)

add missing source file for running with plugin

Implementing functionality so that the detectors can send
an information to MonALISA:

AliPreprocessor::SendToML(const char*);

The information will be tagged with Id $DET_RunCondition
and it should be sent at the beginning of the processing
of a run as a string.

minor macros

Fixed static build, update rulechecker (Johny)

update from Per Thomas: \
Factoring out enumerators,  such as fit-algorithms and return codes. \
to a common AliCaloConstants nested name-space.  to make it more convenient \
too use the same constants for standalone tools as well as for the HLT, and too avoid \
having public enumerator class members in the RawAnalyzer classes.

- switching MultFinder depending on 'ITS' in reconstruction recraw-local.C
- support compilation of simhlt.C
- adding support for TMap configuration objects in makeComponentConfigurationObject.C

Update of task for D0 analysis (AndreaR)

Changed name of macro

use folders TRD_Performance, TRD_Calibration and TRD_Alignment to store
train outputs. By default only TRD_Performance is used

new Qtot vs slice for tracks which are identified as electrons/pions by
TPC (Ionut)

Bug in fragments production evaluation corrected

Event weight stored in the generator event header,

GRP clock phase usadge included

Correcting Alina's mail address.

Adding the possibility to rotate by a given angle the inner layer clusters of the SPD (M. Nicassio, D. ELia)

Updated macro

Suppressing lowest pt K- point in TPC, adding more versions of levy functions + cosmetic changes

compile fix

Bug fix. TRG mistaken for MUONTRG

Update (Zaida)

Macro to plot the primary vertex efficiencies (Leonardo)

Fixes for TClonesArray usage so that is is created only once and properly cleared.

andrew updates from sat night.

Cleanup

Have class impl

Further cleanup.

have proper palette.

updates and bugfixes in preparation for the AOD filtering. New class added
for track cuts

correct coverity reports on FORWARD_NULL, usage of sprintf and UNINIT variables in ctor

Reversing commit 42768 because it apparently breaks the code. Waiting for proper fixx for compilation warnings from Indra.

Move AliEMCALGeometry to libEMCALUtils class with the other geometry classes for consistency, dependence on other libraries removed recently

correct coverity FORWARD_NULL and wrong if(emcalloader) in MixEvent

- fixed compilation warning

- fixed name of function for getting pid cut

- adding cut on probability of PID for histograms concerning identified particles
- changing value for the EMCAL cluster type cut

- adding histograms for energy deposited by identified charged particles

Correct and clean the vertex retrieval in case of SE or ME analysis
AliAnaParticleHadronCorrelation: Decay photon analysis added
                                 Correlation with pi0 now done with a AOD branch produced in another task
Many coverity reports corrections.

Bug in impact parameter reconstruction

Coding rules (Zaida)

Adding interface to manipulate with TGeoMatrixes.
Used in residual minimization, and for visualization
Used in the FitAlignCombined.C macros

+  //
+  // Alignment manipulation using TGeoMatrix
+
+  void SetAlignGlobal(const TGeoMatrix * matrixGlobal);
+  void SetAlignSectors(const TObjArray *arraySector);
+  TGeoMatrix* GetAlignGlobal() const  {return fMatrixGlobal;}
+  TObjArray * GetAlignSectors() const {return fArraySector;}
+  //
+  static AliTPCCalibGlobalMisalignment*  CreateOCDBAlign();
+  static AliTPCCalibGlobalMisalignment*  CreateMeanAlign(const AliTPCCalibGlobalMisalignment *alignIn);
+  static void DumpAlignment( AliTPCCalibGlobalMisalignment* align, TTreeSRedirector *pcstream, const char *name);

Fix for a problem in the incidence-angle-dependence of the cluster errors used during ITS tracking. Savannah bug 72764 (Ruben)

Fixed a warning

New class to produce corrected dsigma/dpt for charm hadrons, with efficiency and B-feed-down correction (Zaida)

Merging with Davids changes, updating HadEt alien handler and runHadEt.C to include new version of AliAnalysisEtCuts, adding gamma/eta/pi0 histos to AliAnalysisHadEtMonteCarlo to calculate corrections for hadronic only Et, adding macro to create AliAnalysisHadEtCorrections which will be used by AliAnalysisHadEtReconstructed, implementing default track cuts for ITS standalone tracks

AliCaloPeakFinderVectors update from Per Thomas (previous version appears corrupted)

Set number of max muon histos to 6

updates for strong parity study

AliFlowCommonHists: use weights when filling the control histograms

Fixes for Savannah bug 72578.
- AliITSv11Hybrid.cxx: in CreateGeometry() recall the new assembly and use it
as mother volume for the services (I changed names to make them symmetric); in
CreateOldGeometry() define the new assembly and place it in ALIC mother volume,
 use it for the few service volumes still defined in Geant3

- AliITSv11GeometrySupport.cxx : in SPDCableTraysSideA() and in
SPDCableTraysSideC() prolong cables and cooling tubes from the tray edge till
the SPD cone, leaving a small margin for misalignment

- AliITSv11geometrySDD.cxx: fixing the observed extrusion problem

Mario Sitta

Adding PWG3base n the include for par file compilation (Philippe P.)

Added AliInputEventHandler::SetUserCallSelectionMask(Bool_t flag) allowing a taskSE that do NOT call SelectCollisionCandidates() to call AliESDInputHandler::CheckSelectionMask() that calls GetSelectionMask for the attached cuts (i.e. physics selection)
Modified the tender and added method AliTender::SetCheckEventSelection(Bool_t flag) to use this feature automatically. The tender MUST be added first in the train.

Updated CALO macros to deal with PHOS / EMCAL simultaneously

Added processHistogram function for muons alihlteve

//
// Thrust Major (TM) analysis of reconstructed jets.
// TM is the thrust in the plane perpendicular to the jet axis
// The present analysis performs the following steps:
// (a) Construct two orthogonal unit vectors (e1, e2) in the plane perpendicular to the jet axis
// (b) Calculate the components of all particles with jT > 1 GeV with respect to e1, e2
// (c) Construct the sphericity matrix
// (d) Find the two orthogonal eigenvectors of the spericity matrix
// (e) Caluclate the components of all particles with jT < 1 GeV in the reference frame spanned by the eigenvectors
// (f) Calculate the azimuthal angle in this frame
//

BX filter for fill 1303 (runs 130601-1306640)

fixes for plugin analysis/proper inits (now seems to get same results as with local running)

AliFlowEventSimple.cxx: in Get2QSub() use the center of the phi bins in the Q vector calculation when using phi weights

AliAnalysisTaskFlowEventforRP: making it "up to date"
AliAnalysisTaskFlowEvent: added usage of "dead zone"

Added possibility to choose cluster time gate

Fix in AliTriggerRunScalers ( fixed by Plamen Petrov)

update for changes in AliTRDpwg1Helper (Markus)

Addition of the theta variable. New macro (Xavier)

totEt cuts into their own proper class

Bug fix in PID step (ChiaraZ)

Include possibility to remove daughter tracks from primary vertex and add method IsInFiducialAcceptance (Francesco)