Updated macro

Suppressing lowest pt K- point in TPC, adding more versions of levy functions + cosmetic changes

compile fix

Bug fix. TRG mistaken for MUONTRG

Update (Zaida)

Macro to plot the primary vertex efficiencies (Leonardo)

Fixes for TClonesArray usage so that is is created only once and properly cleared.

andrew updates from sat night.

Cleanup

Have class impl

Further cleanup.

have proper palette.

updates and bugfixes in preparation for the AOD filtering. New class added
for track cuts

correct coverity reports on FORWARD_NULL, usage of sprintf and UNINIT variables in ctor

Reversing commit 42768 because it apparently breaks the code. Waiting for proper fixx for compilation warnings from Indra.

Move AliEMCALGeometry to libEMCALUtils class with the other geometry classes for consistency, dependence on other libraries removed recently

correct coverity FORWARD_NULL and wrong if(emcalloader) in MixEvent

- fixed compilation warning

- fixed name of function for getting pid cut

- adding cut on probability of PID for histograms concerning identified particles
- changing value for the EMCAL cluster type cut

- adding histograms for energy deposited by identified charged particles

Correct and clean the vertex retrieval in case of SE or ME analysis
AliAnaParticleHadronCorrelation: Decay photon analysis added
                                 Correlation with pi0 now done with a AOD branch produced in another task
Many coverity reports corrections.

Bug in impact parameter reconstruction

Coding rules (Zaida)

Adding interface to manipulate with TGeoMatrixes.
Used in residual minimization, and for visualization
Used in the FitAlignCombined.C macros

+  //
+  // Alignment manipulation using TGeoMatrix
+
+  void SetAlignGlobal(const TGeoMatrix * matrixGlobal);
+  void SetAlignSectors(const TObjArray *arraySector);
+  TGeoMatrix* GetAlignGlobal() const  {return fMatrixGlobal;}
+  TObjArray * GetAlignSectors() const {return fArraySector;}
+  //
+  static AliTPCCalibGlobalMisalignment*  CreateOCDBAlign();
+  static AliTPCCalibGlobalMisalignment*  CreateMeanAlign(const AliTPCCalibGlobalMisalignment *alignIn);
+  static void DumpAlignment( AliTPCCalibGlobalMisalignment* align, TTreeSRedirector *pcstream, const char *name);

Fix for a problem in the incidence-angle-dependence of the cluster errors used during ITS tracking. Savannah bug 72764 (Ruben)

Fixed a warning

New class to produce corrected dsigma/dpt for charm hadrons, with efficiency and B-feed-down correction (Zaida)

Merging with Davids changes, updating HadEt alien handler and runHadEt.C to include new version of AliAnalysisEtCuts, adding gamma/eta/pi0 histos to AliAnalysisHadEtMonteCarlo to calculate corrections for hadronic only Et, adding macro to create AliAnalysisHadEtCorrections which will be used by AliAnalysisHadEtReconstructed, implementing default track cuts for ITS standalone tracks

AliCaloPeakFinderVectors update from Per Thomas (previous version appears corrupted)

Set number of max muon histos to 6

updates for strong parity study

AliFlowCommonHists: use weights when filling the control histograms

Fixes for Savannah bug 72578.
- AliITSv11Hybrid.cxx: in CreateGeometry() recall the new assembly and use it
as mother volume for the services (I changed names to make them symmetric); in
CreateOldGeometry() define the new assembly and place it in ALIC mother volume,
 use it for the few service volumes still defined in Geant3

- AliITSv11GeometrySupport.cxx : in SPDCableTraysSideA() and in
SPDCableTraysSideC() prolong cables and cooling tubes from the tray edge till
the SPD cone, leaving a small margin for misalignment

- AliITSv11geometrySDD.cxx: fixing the observed extrusion problem

Mario Sitta

Adding PWG3base n the include for par file compilation (Philippe P.)

Added AliInputEventHandler::SetUserCallSelectionMask(Bool_t flag) allowing a taskSE that do NOT call SelectCollisionCandidates() to call AliESDInputHandler::CheckSelectionMask() that calls GetSelectionMask for the attached cuts (i.e. physics selection)
Modified the tender and added method AliTender::SetCheckEventSelection(Bool_t flag) to use this feature automatically. The tender MUST be added first in the train.

Updated CALO macros to deal with PHOS / EMCAL simultaneously

Added processHistogram function for muons alihlteve

//
// Thrust Major (TM) analysis of reconstructed jets.
// TM is the thrust in the plane perpendicular to the jet axis
// The present analysis performs the following steps:
// (a) Construct two orthogonal unit vectors (e1, e2) in the plane perpendicular to the jet axis
// (b) Calculate the components of all particles with jT > 1 GeV with respect to e1, e2
// (c) Construct the sphericity matrix
// (d) Find the two orthogonal eigenvectors of the spericity matrix
// (e) Caluclate the components of all particles with jT < 1 GeV in the reference frame spanned by the eigenvectors
// (f) Calculate the azimuthal angle in this frame
//

BX filter for fill 1303 (runs 130601-1306640)

fixes for plugin analysis/proper inits (now seems to get same results as with local running)

AliFlowEventSimple.cxx: in Get2QSub() use the center of the phi bins in the Q vector calculation when using phi weights

AliAnalysisTaskFlowEventforRP: making it "up to date"
AliAnalysisTaskFlowEvent: added usage of "dead zone"

Added possibility to choose cluster time gate

Fix in AliTriggerRunScalers ( fixed by Plamen Petrov)

update for changes in AliTRDpwg1Helper (Markus)

Addition of the theta variable. New macro (Xavier)

totEt cuts into their own proper class

Bug fix in PID step (ChiaraZ)

Include possibility to remove daughter tracks from primary vertex and add method IsInFiducialAcceptance (Francesco)

- recalibration of the chamber gain
- take out chambers which the user declares as bad

Update of the HFE package

Add request to remove clusters close to borders in general invariant mass plots

readout resolution added

AliTPCclustererMI.cxx - printf statement
AliTPCcalibDButil.cxx - better outlyers filtering

Jacek

updated pedestal file for nightly test (using old run: 114337)

fixes by Simone Schuchmann

Update (Alessandro)

Update (Alessandro)

Added code in preprocessor to handle output from new laser drift velocity DA

comment a test that prevented QA during simulation

Bug fix for D0->Kpi (ChiaraB,Rossella)

Fix for missing TGeoManager

Updating test setup configuration with new DAQ FXS and mySQL server.
Adding Alina in the list of responsibles.

In AliFMDReconstructor and AliFMDRevertexer, use AliFMDGeometry
service function to calculate eta, phi, theta, and r.

In AliFMDReconstructor, AliFMD, AliFMDQADataMakerSim,
fix needless TClonesArray allocations, deletions, clears, etc.

reducing coding violations to ALARA levels

Adding phenix points to p/pi plot and implementing a method in AliBWTools to divide histograms with different binning
+ few cosmetic changes

Corrected library order + fixes needed to compile static libraries and executables (Johny)

Fixes for Coverity + changes to take into account the improvements of the analysis framework

In AliMUONTriggerChamberEfficiency:
When calculating efficiencies starting from the division of two histograms, a TGraphAsymmErrors is produced via TGraphAsymmErrors(const TH1* pass, const TH1* total, Option_t *option); following the guidelines of Page 27 of http://pdg.lbl.gov/2009/reviews/rpp2009-rev-statistics.pdf, the Clopper-Pearson 68% method is now used to determine errors. Explicitly specifying this option also prevents a segfault that occurs with the "tagged" v5-27-05-build1 of ROOT (rev.35249).
(F.Bossu, D.Berzano, D.Stocco, L.Bianchi)

changes by Simone Schuchmann

Tree filling introduced, plus minor changes (D. Perrino)

AliTPCCalibCE.cxx.diff          New algorithm using in addition the laser tracks to be independent of time0 offsets
AliTPCCalibCE.h.diff            New algorithm using in addition the laser tracks to be independent of time0 offsets
AliTPCcalibDB.h.diff            Add Getter for the new DV entries in the CE OCDB entry
AliTPCcalibDButil.cxx.diff      Add functionality to retrieve new DV entries and do P/T correction
AliTPCcalibDButil.h.diff        Add functionality to retrieve new DV entries and do P/T correction
AliTPCCalibPedestal.cxx.diff    Update Merging (call Merge of base class)
AliTPCCalibPulser.cxx.diff      Update Merging (call Merge of base class)
AliTPCCalibRawBase.cxx.diff     Add first and last timestamp of processing, add Merge function
AliTPCCalibRawBase.h.diff       Add first and last timestamp of processing, add Merge function
AliTPCCalibRaw.cxx.diff         Remove obsolete timestamp (now in base class), update merging
AliTPCCalibRaw.h.diff           Remove obsolete timestamp (now in base class), update merging
AliTPCcalibSummary.cxx.diff     Add entries for the new online DV calibration part
AliTPCLaserTrack.cxx.diff       Update reading of data base file
TPCCEnewda.cxx                  New online drift velocity calibration DA

(Jens)

   1- Storing in the output of the cuts object
   2- Implementation of the candidate selection at the Analysis Cuts level taking into account the reflections, and switching off the PID, and including the modification Andrea mentioned this morning
   3- Implementation of the PID step in the "correct" way (including all the selection levels)
   4- Possibility to fill the container using weights
ChiaraZ

add filter bit to output name if it is not the default one

- fixing coding violations

fixed coding violations (Jason)

Correcting coding violations in HadEt classes, adding container class for hadronic corrections which will be used by AliAnalysisHadEtReconstructed

possibility to pass plugin run mode as argument + libraries loaded in the same way for local running as for plugin

adding data type kAliHLTDataTypeESDContent for data blocks designated for ESD
and kAliHLTDataTypeComponentFwdTable for forwarded component table entries

Take automaticaly the gain factors used during the reconstruction

Fixes for coverity.

The vertexer and multfinder will run even if ITS reco and local-reco
are not requested, provided the fFillESD.Contains("ITS").
Needed to run vertexer and trackleter with existing recpoints w/o running
full ITS reco.

Fixing violations of coding conventions

Changes to solve bug #69394 - tested also in reco

add functionality to locally fit the track using linear fit (for B=0T)
add option to calculate clusters residuals against the linear track fit

added ration ITS global/TPC

Added function GetEstimatedCrossPoint to evaluate most probable track
point in the x-z plane for the case of row cross tracklet

script to draw dN/deta

removing a printout

add wrapper to TESTBIT macro to select TRD tasks

From P. Gonzales: Adding Dalitz task, updates accordingly

Added AddGammaConvDalitz.C macro
Updated ConfigGammaConversion.C to deal with dalitz

Modifications to the computation of residul background in the physics selection, needed to comply with the new trigger definition.
Now you can choose for which triggers you want the BG to be computed. The 3rd argument of AddTaskPhysicsSelection.C is a mask of trigger bits, e.g.:

AddTaskPhysicsSelection(isMC,1,AliVEvent::kMB);

Initialize newer arrays of histograms in case of Terminate execution to avoir problems with plugin

Added SetNworkersPerSlave() and SetProofConnectGrid() methods for the proof mode of the plugin. Enabled local analysis via the plugin. This requires specifying a file containing file names via:
SetFileForTestMode in the plugin.

Added GetIMass() function

bug fix: MC labels were not read in AliHLTTPCClusterfinder::ReadDataUnsortedDeconvoluteTime(). It produced
crash in AliHLTTPCPad::GetCandidateDigits()

Unuseful print commented

Fixes for bug #69394