Update on config macro for analysis task

- bug fixes in the handling of digits

- small changes in CALO

Updated the code to use new argument/ocdb entry reading schema. Added the corrections which are applied in the software clusterfinder

Need to load libTENDER before libPWG1

da documentation page is defined in the Link

added documentation

fix to run also in root under windows

Updated QA histos for raw data

add new line at end of file

Changes to comply with analysis train naming

Correct the way the standard AOD are cleaned, when used as temporary containers.
Now not done by default, only cleaned when requested, done in example config.
Option to copy Std AOD in output only in case of AODReader

Set default ntimebis = 30 in simulation and check for -1 in OCDB

Forgotten commit.
Marian

Technical fix: corrected ownership of the calibration objects

Memory leaks removal
Problem with full statistic merging
(Marian)

Updating ldap configuration files for both the test setup and P2.

add special function to set the number of time bins

use digits param to extract no of time bins
add on/off setters in reco param

add option to use / neglect clusters which are not in chamber
update macro run.C to load also libTENDER.so

Correct handling of unsuccessful creation of raw-data reader.

a simple example of plotting the eccentricities from the ntuple

New macro to visualize SSD noise and pedestal from OCDB + mods to existing SSD macros (Panos)

document a few settings

Update by Dariusz

Add a consistency check for the number of time bins

fix in new terminate method

Use proper OCDB interface to the number of time bins for consistency check

Sector numbering corrected in stepmanager (has changed in the geometry after previous commit)

Fix compilation warnings introduced in rev 36656.

Use AliPWG0Helper::kTPC mode to initialize analysis cuts as this will be used for first physics.

resubmitMissing.sh - resubmit calibration jobns for missing runs
filterMissing.sh   - prepare the list of missing runs in addition
filterRecLog.sh    - adding network problems identification to the summary log
submitCalibJob.sh  - adding run number to the path in tmp dir
makeWorkspace.sh   - runlist as a argument
submitCalib.sh     - run calibration also for one chunk run
(Marian)

set defaults for PbPb at LHC

new reco param object

new macro to handle setting of default event species for reco params

Remove deprecated and slow ResetArray()

Changes in expert histos

Updated Calibration Object

Updated Trigger Object

Removing obsolete files. Brigitte commits now the new objects.

add protection for failing when calculating time bin length

- cleanup of function calls

monte carlo glauber code for calculating eccentricities and the like (adapted by Mikolaj from PHOBOS code)

update extra library list needed for class

put kIDDCS at the end of the list

- correct initialization of geometry for the component to work in the HLT framework

add Muon trigger efficiency map task (D. Stocco)

Redundant print removed

- savannah #58643: Notify run change in analysis task
- savannah #57751  Provide interface in AliAnalysisTaskSE to retrieve list of histograms

Initialize all pointers in ctor.

Use bright color-set by default -- request by Jurgen.

Settings for Pythia6 with Tune D6T added.

Treatment of default recoparameters is corrected.

Access to TRD/Calib/DCS for number of time bins and filter type

Small fixes

Added AliTender::AddSupply(AliTenderSupply *supply). Fixed destructor.

update sys. uncertainty estimate

updated plotting macros

- fixing compilation warnings

Changed to new output format for the trains and added extra protection for the cases when one do not have MC information.

New task for ITS tracking check

New task for ITS tracking check

Remove access to ESDfriends

Fixes to the raw-data reco. 1. Possibility to select the max adc search window. 2. Possibility to sum up the total charge from neighbour charge. 3. Removal of direct access to the GRP. Using AliRunInfo instead. 4. Removal of MIP/2 cut on adc charge. Instead using N sigma pedestal cut. 1,2 and 4 can be steered with value stored in the reco-param.

Accounted different btw. online and offline module numbering

- added necessary histograms for the drift velocity calibration (Dag)
- implemented the "inverse" calibration on the seeds and the new way of accessing the magnetic field in HLT components
- cleanup of misplaced function calls

Macro to check laser values from DA

Improving documentation and macros.
Fixing up svn Id log tags.
Removing obsolete files.

--- Access to bad channel map implemented in reconstruction chain.
-A first method to calculate the distance from a cluster to closest bad channel implemented.
Output kept in AliESDCaloClusters::GetDistanceToBadChannel
-Ideal map (no dead channels) committed to OCDB/EMCAL/Calib/Pedestals
Example macro to create a bad channel map to be put in OCDB is in EMCAL/macros/PedestalDB

Initializations of arrays

C0HWU TRD trigger added to the list of cosmic triggers. Agreed with Federico A.

Removing warning related to the output connections to the analysis manager and  in order to allow AODs as input (Roberta)

TRD supply for tender (A. Bercuci)

Fixing warnings (Diego)

Introducing new Status - OCDBError in case the OCDB is not
accessible.

Renamed output file to Vertex.Performance.root

* visscan_init.C
  Load kine_tracks.C, primary_vertex.C and esd_tracks.C in compiled mode.

  Disable esd_spd_tracklets() by default -- it crashes on older data
  as it seems that AliMultiplicity got changed in non
  backward-compatible way.

* kine_tracks.C
* primary_vertex.C
  Support running in compiled mode.

* esd_tracks.C
  Support running in compiled mode again.

kPyMbDefault back to what it was.

Move MultiView.C into EveBase class AliEveMultiView.

Comment-out Paint() also in the header file.

filter like-sign V0s and min number of cluster selection (H.Ricaud)

Fixing (?) the HV display

Changes required in QA for the amoreQAshifter agent; change units of titles from MeV to GeV; Change range of ESD histograms

Updated macro

change library set needed to run the task

Bug fix for https://savannah.cern.ch/bugs/?58205, output data block types and extra documentation.

update coordinate transformation from chamber coordinates to global
coordinates for digits

Added setter for SDD AM sampling

reverted a Fatal to Error to not block the trunk (savannah 58547)

Fixing memory leak (Rossella)

switched from treating all layers independently to a gegenral
training for all layers. A first look at the performance shows that it
seems to be ok (AlexW)

updated plotting macros

Write output in folders of the common output file

putting back the old definition of Run
int Run(Int_t iNofEvents=1, int bStop=1)
because there have been problems on mac with the 64 bit variable and its default variable in the extended argument list
int Run(Int_t iNofEvents=1, int bStop=1, AliHLTUInt64_t trgMask=0);

The old function now forwards to the new function with 0 for the trigger mask. The function is defined without default arguments.

halloWorld.sh                     - print the system information
submitCalib.sh submitCalibJob.sh  - submit jobs described in the workspace

makeWorkspace.sh                  - warning removal
filterCorrupted.sh                - job submission only for non empty lists

(Marian)

New task for primary vertex analysis

Increasing class versions.

SPD trackelts were too thick.

fixing a memory leak

* esd_tracks.C
  Add function esd_tracks_by_anal_cuts(). It takes cuts created by
  PWG0/CreateStandardCuts.C and puts tracks into two categories:
  accepted / rejected.
  Remove global g_esd_tracks_by_category_container -- no longer used
  for track counting.

* visscan_init.C
  Add AliEveMacro for esd_tracks_by_anal_cuts().

* alieve_main.cxx
  Use projectable-compound selection mode.
  Unmap main EVE window before entering TEveManager::Terminate().

* anyscan_init.C
  Removed obsolete macro.

Adding a simple checker to the FMD as well as rearranging the raw histos