Adding the possibility to use or not the online/offline trigger in the data analysis

Use Doubl_t version of PushTrack.

Pass the name of the EMCAL geometry as an input to the macro to create the correct alignment objects

bug fix: put "else if" instead of "if" in the initialization

updating LinkDef according to recently added classes

QASym task runs separately for TPC tracks and global tracks, additional histograms

Bug fix of FPE caused by large trigger amplitudes in rare cases

Implementing better the kSigma2 approach - dEdx(measured)/dEdx(theory)

AliTPCcalibDB.cxx AliTPCcalibDB.h - Adding AliFatal in case of missing critical calibration entries
                                  - Adding non linear field distortion calibration
                                       partially
                                       bug #62183: DCA of TPC tracks is different for A/C side in pass3
                                  - Do not cache enties which are not used yet in the reconstruction
                                       bug #62535: ppbench breaks in TPC
AliTPCTransform.cxx               - Usage of the Non linear distortion correction due to the field

The digits are stored in units of ns now. The trigger mask class was not changed last time when the units changed in MC. This fixes bug #62529.

Adding field distrotion OCDB entry

Usage in the reco, according switch
AliTPCRecoParam::SetUseFieldCorrection()

Eta-y dependent ratios for each pT bin

fixes for bug 62512

default: run all methods

enable setting of subevents

AliTPCcalibBase  - use of the current event, track and seed innthe base class
AliTPCcalibTime  - Using the ITS standalone track for alingment and calibration - if possible
AliTPCcalibAlign - Storing the local residuals in order to calculate distrotions due to the field distortions

(Marian)

Adding the normalized dE/dx vs P plot

HLT (temporary?) excluded from processing, as no files are produced by HLT DA for a long time
and the absence of files at FES now cause a preprocessor crash (not a warning as before!).

Fixing naming so that it looks in the right directory of OCDB to find the RecoParam

Fixing changes from rev 38325 and 33617.

Updated cuts for FMD and ITS

Try to get backtraces also for err*.log
Root changed the output

Adding a flag to Single Muon analysis task to produce a tree as output. Minor fixes in AliAnalysisTaskTrigChEff (Diego)

Added variable for pile-up vertices (GM. Innocenti)

bugfixes for CALO/PHOS in the HLT build system
- non-class header files now assigned to the correct variable
- libAliHLTCalo added as dependency for libAliHLTPHOS

adding libSTAT as a dependency for libAliHLTTRD (Theo)

HLT TRD update by Theodor
- add TrackHistoComponent for some basic but important histos
- a minor clean up in ClusterHistoComponent
- adding some more control on the CalibrationComponent and some clean up

change nonflow implemtation

update of temperature-based time-dependent calib correction

Returning the 2D histograms from the CF containers

MC vs data comparison

Fixing bug in the projections

Adding extra checks to protect from fatal aborts.

Committing macros + script to perform pass0 reconstruction, and pass1 reconstruction with calibration:
mergeCalibObjects.C, runPassX.sh, recPass0.C

mergeCalibObjects.C  - generic merge script - Output  0-common merge file or 1- one file per object
runPassX.sh          - shell scipt to run rconstruction/calibration (to be invoked in jdl)
recPass0.C           - macro with reconstruction setting for pass 0 (ITS,TPC,TRd,TOF only)

(Marian)

Next step of updating the material.

Loading some of the OCDB entries only on request.
By default only entries currently used in the reconstruction
cached

Configuration macro for the LHC10a6 train

Changing fetching scheme for CDB objects to first check if the entry exists and avoid a Fatal error message.

use fewer dynamic_casts by caching the pointers (Theo)

fix for redofinish

Updated V0C geometry. The rings wre shifted correctly in the longitudinal direction. The cover volumes are now simulated with more details. The new geometry was checked for overlaps (Brigitte+Cvetan)

Alignment objects updated

Add default entry for TPC/Calib/Goofie

Vertical collimator added to ZDC geometry

minor cleanup, deleting debug messages

adding HLT calibration objects for 2009 run ranges

adding example macro and description for local reconstruction of raw files from the Grid

Fixing code to prevent on the fly compilation warnings.

I added the possibility to select TPCStandAlone track parameters (chi2 / nClust) there. (Jacek Otwinowski <J.Otwinowski@gsi.de>)

Updating macro to run the calibration train with the TPC task.
Adding the Configuration macro (to set the OCDB and the geometry)\
to be used in the calibration train.

Adding the macro for setup of the TPC calibration
inside of the calibration train
(Marian)

Additional protection

Adding AliTrigModule

adding v0 fake counting

improved avarages caculation supressing multiplicty fluctuations

New base class for trigger modules handling generic events.

Using of StoreReferenceFile instead of StoreReferenceData.

Forward declaration

correct typo

fix typo
--This-This line, and those below, will be ignored--

M    AliTRDtrackInfo.h

 updates in v0 processing for TRD PID ref maker (Markus Heide)

save MC pt for Kalman propagator test

- increase the speed of the Cluster Histo Component by removing plots
which are way too slow to process

New line added.

Adding GRP/CTP/Scalers object (dummy value) to
avoid AliFatal in case of a local reconstruction.

Bug in AliTriggerRunScalers fixed

modified the implementation of nonflow in our toy MC

Force configuration upload for any incomplete setup (which of course should not be the norm...)

Fix names of ntuple variables

Updated treatment of tracklets in overlaps (Mariella, Domenico)

Adding macros to configure an example calibration train with two tasks filtering
the friends, and one task adding a histogram to the AliESDfriends.root file.

Added histos

make Kalman propagator more flexible for testing
new histograms, new print-outs, etc...

- PHOS raw analyzers now uses the algorithms implemented in the EMCAL library
- needed to add dependency to the EMCAL library

- fixing compilation warnings

- bug fixes in the CALO clusterizer - digits pushed from the clusterizer

Signed-off-by: Oystein Djuvsland <odjuvsla@linux-r5py.site>

- small changes to the PHOS clusterizer component

- adding the new CALO clusterizer component to the CALO library
- removing the PHOS clusterizer from the build system

- PHOS clusterizer component now inherits from CALO clusterizer component

- adding clusterizer component to the CALO library

- bug fixes to get the digit maker working
- small changes in the test macro

- adding new test macro for PHOS using the ported classes

- removing PHOS digit maker from the build system
- removing PHOS FFT structs used by the old online display from the build system

- small change

- PHOS will now use the CALO digit maker, PHOS digit maker soon to be removed

- porting the PHOS raw analyzers to the CALO library
- modifying the mapper to facilitate for 2 different geometries for PHOS;
  leading to changes in the CALO/EMCAL mappers as well

- defining the crazyness variable

Parenthesis forgotten.

Adding protection against AliFatal for SHUTTLE

dE/dx slices in P

dE/dx slices in P

correcting HLT ESD default layout object to contain AliV* classes with non-zero version numbers (bug 62263)
adding dummy object for HLT/Calib/RecoParam (bug 62304)

Upgrade of the Cascade envt :

1. AddTaskCheckCascade :

    - lMasterJobFlagSession, argument passed by value,

    - removal of SetRealDataFlag();

2. AddTaskCheckPerformanceCascade :

    - lMasterJobFlagSession, argument passed by value;

3. AliAnalysisTaskCheckCascade :

  3.1 Management of the trigger conditions : profit from (AliPhysSel+AliBackgroundSelection)

        --> hyp from now on : AliPhysicsSelectionTask used in front of CheckCascade;

  3.2 Removal of fRealDataFlag

  3.3 Launch the V0/Cascade vertexer at the beginning of the ESD analysis (part commented)

  3.4 Assess the event multiplicity via the number of TPCrefit tracks

        --> quantity used to fill the PID CFContainers + CascCuts CFContainer;

  3.5 Quality cuts possibilities (hardcoded bool to enable/disbale within the code...)

       --> On primary vertex :
             * | z(best prim vtx) | < 10 cm
             * remove TPC-only prim. vertex

       --> On quality of the 3 daughter tracks:
             * ask for TPCrefit

             * ask for 80 clusters in TPC

       --> On track indices : remove candidates with daughter tracks used twice within the candidate

   3.6 PID parametrisation of the TPC

       -->update lAlephParam for GSI Pass5/Grid Pass2 of 900GeV real data (A.Kalweit)

4. AliAnalysisTaskCheckPerformanceCascade

   4.1 Management of the trigger conditions : profit from (AliPhysSel+AliBackgroundSelection) on MC

       --> hyp from now on : AliPhysicsSelectionTask used in front of CheckPerfCascade;

   4.2 Launch the V0/Cascade vertexer at the beginning of the ESD analysis (part commented)

   4.3 Quality cuts possibilities (hardcoded bool to enable/disbale within the code... like CheckCascade)

   4.4 PID CFContainers :

       --> counterpart of what can be found into CheckCascade (Comb + TPC PID), but for MC-associated candidates

   4.5 Definition of findable : pt(proton) > 0.5 moved to > 0.3 GeV/c
(A.Maire)

Looser cut on cluster size to cure SDD (in)efficiency

Removal of tracklets reconstructed in the SPD overlaps. Savannah bug 62235

Added possibility to accumulate statistics through the number of runs.

Fixes for bug #62149 AliITSTrackleterSPDEff returns an error in case of 'empty' events

Fix compilation problems in DAs

Avoid nasty crash if user forget to initialize reconstruction setup

Fixing comments