Interaction diamond added.

fix user data ownership for tracks loaded from QA

Interaction diamond added. (A. Dainese)

updates in the TRD qa framework:
- modify the interface of AliTRDtrackInfo
- improve debug streaming from AliTRDtrackInfoGen
- flexible output in AliTRDtrackingResolution (to be followed)

-This line, and those below, will be ignored--

M    AliTRDcalibration.cxx
M    AliTRDcheckDetector.cxx
M    AliTRDpidChecker.cxx
M    AliTRDpidChecker.h
M    AliTRDpidRefMaker.cxx
M    AliTRDrecoTask.cxx
M    AliTRDtrackInfo/AliTRDtrackInfo.cxx
M    AliTRDtrackInfo/AliTRDtrackInfo.h
M    AliTRDtrackInfoGen.cxx
M    AliTRDtrackInfoGen.h
M    AliTRDtrackingEfficiencyCombined.cxx
M    AliTRDtrackingResolution.cxx
M    AliTRDtrackingResolution.h
M    run.C

Using ALICE_TARGET to define the system

Update to 1.5

Don;t store color flow for is = 3,13,14 (nor needed and leads to problems with pyquen)

Protection in case gAlice was deleted

AliEveEventManager
------------------
Implement management of dependent event-managers and their invocation
when moving to a next event.

embed_init.C
------------
New macro showing how to run event-emedding visualization.

display.C, alieve_init.C, visscan_init.C
----------------------------------------
CINT has problems when converting "raw-strings" to const TString&
arguments. Make dummy TString variables for the time being (reported
to Axel).

Adding the number of fired chips in the ITS fast OR (Domenico, Massimo)

A new constructor that creates an AliExternalTrackParam object out of position, momentum and their covariance matrix (A. Dainese)

### files: AliTPCTempMap.h (.cxx)
### Comment: Bugfix in sensor timestamp readings

I do have another update for the AliTPCCalibTCF too:

### files: AliTPCCalibTCF.*
### Comment: Additional function to read HLTOUT raw data

printf replaced by AliDebug (Andrea)

Add Jochens GTU simulation code

Add Jochens GTU simulation code

Makefile for PHOSUtils.par creation

Example macro for merging sets of alignment objects

Removed fDebug flag in AliVertexerTracks (Andrea)

QA data were not correctly saved for simulation

The track parameters constrained to the primary vertex can now be obtained via the last argument of the RelateToVertex(...) and RelateToVertexTPC(...) functions

changes to the default HLT TPC simulation configuration: send bare ESD instead of embedding it to tree, use CF with AliAltroDecoder input if rawreader is available (raw data simulated)

make the buffer size check a bit less strict in order to workaround a bug/feature in the generation of the simulated raw.root files: if size of raw DDL file is not multiple of 4, additional bytes are added

Bug fix in AliMUONTrack:
- Clusters potentially removable to improve the quality of the track
  were not properly flagged
- Make sure there are always at least 2 clusters in stations 4 & 5 together
(Philippe P.)

Possibility to set the nuclear pdf added (EKS98 or EPS08)

fortran flags corrected.

Updated to version 5.5.1

Following the recent changes in AliEveEventManager (Matevz)

Corrected and new data files for version 5.5.1

Version 5.5.1

Input VizDB at initialization. Cluster loading macros do not set visual properties anymore.

stored pad crossing info in the debug stream

new QA plot (nunmber of clusters/track/species) by AlexW

Getter added in SDD raw data reader

redo modifications by Minjung for online tracklets writing. Sorry for
the mistake

Increase clustering threshold to 200 MeV due to digits noise

First pass of changes required for visualization of event-embedding.

Remove global variable 'AliEveEventManager* gAliEveEvent'.

Instead of this introduce:
a) two private static data-members fgMaster and fgCurrent;
b) a list to hold dependent event-managers.

This is half cooked ... but removal of the global variable calls for
an intermediate check-in.

------

Remove obsolete macro trackcount_init.C.

Mods for CMake

Correcting names

Correcting names

Implemented AliCFContainer::ShowSlice and AliCFGridSparse::Slice

Temporary mod for CMake

Temporary mod for CMake

bug fixed in decoding pedestal mean and rms

Temporary mod for CMake

Temporary mod for CMake

Temporary mod for CMake

Temporary mod for CMake

Updating for CMake

Updating filename

Updating name

Updating

Updating CMake files

Updating CMake files

1. Correct inheritance of GetEntryList in AliXMLCollection + bug fix. 2. Extension of the collection:// URI, which now can handle also entry lists. The two available formats are: a) xml collection file with event-lists (produced by the tag analysis framework); b) TEntryList stored in a root file (TEntryList object should follow the defintion of an entry-list for a TChain). The formats are distiguished by the filename extension - .xml ot .root

Check the event type also for pedestal runs and ore protection in the shuttle

Compilation warning fixed

bugfix: Data was simulated in the wrong order: bunches for the higher timebins
first. But real data is the other way round: bunches are written in the order
of ascending timebins. A new consistency check was added to AliAltroDecoder
(AliAltroBunch) in revision 29090. Now the channels are checked for overlapping
bunches, the time of a bunch must be smaller than time of the previous one
minus its length.

Take number of non-empty events and the raw data format properly into account

Bug fix (Marian)

Adding functionality to visualize result for defferent setttings (Marian)

add protections for Rieman Tilt Fit

Adding export to calib trees (Marian)

Bug fix in the local y (Jens Wiechula, Marian)

Added example macroes

QA histo names modification

Removed obsolete macros

small modification to the style of the PID task plot

new convention for drawing QA results.

Adding the global event information in central place
Use it in debug streamers (Marian)

special file for container configuration

Added event-mixing management in buffer and some new functions, plus some corrections in the code

use same DAC-HV value relation as for calibrations + voltage values stored as floats rather than ints

extend macro to run on batch

Updated macro for SDD injector analysis (F. Prino)

1. Modification in order to use it batch mode
2. Use fit model 0 to extract results

(Marian)

Moving some private members from f to g

bugfix: correctly handle steering events in order to avoid warning 'Data source component skips input data blocks: first unknown block PRIV:EVENTTYP'

forward empty DDLs and produce empty HW list if DDL has no payload; memory optimization, allocate pad array only if needed

enhanced version of the selector component for increased performance of selective Altro redaout: component now can calculate average/RMS for channels and do the selection without a component preparing the list of channels

Speed up the creation pof the CalPads  (Marian)

bugfix: stopwatches for HLT benchmarks had been resumed at wrong point and measurement was completely wrong

Adding the Pulser calibration data (Marian)

updates in the NN training task (Alex W)

fix tracklet fit for pad row crossing tracklets

Example macros to set OCDB for PROOF (Marian)

To be used in following way:

gProof->Exec(".x $ALICE_ROOT/TPC/macros/ConfigOCDB.C");

applying a quick hack to avoid usage of the pad class when only the list of hardware addresses is going to be produced; ideally something like this hack can be part of AliHLTTPCPad together with some better handling of the pad objects in order to avoid large arrays

fixing tracklet tilt correction

fixing tilt pad correction in tracklet fit (to be followed)

HLT reconstruction is now embedded correctly into the simulation chain (Matthias)

class def increased.

Added debugging printings. Fix in computation of statistical values.
Refinements (on protections) added.

Enhanced doxygen documentation

CCUSB reader from Rachid Guernane for SuperModule calibration - added to EMCAL base lib (also preliminary STU = trigger unit reader)

small fix for drawing superimposed graphs

decrease output size for PID task (Alex W)

correcting some bugs, partly introduced in rev 29090
- last bunch of last channel was likely to be always skipped due to wrong size check
- putting back the function documentation which somehow got lost
- doing check for minimal buffer size right in decoder initialization
- making GetRCUTrailerSize working if decoder was not initialized or failed

bugfixes: using correct format specifier (unsigned) for event no in file name; the SOR/EOR prefixes had been wrongly added in front of the directory, now added to the directory

move output data to beginning of output buffer because PubSub can not handle components filling permanently the whole buffer

some quick hacks to improve speed for ActiveChannelSelection: terminate ZeroSuppression when a signal in the channel has been found

* AliHLTRootFilePublisher
  Implementation of the RootFilePublisher( was a only dummy before )
* AliHLTFilePublisher
  New member added in order to switch from raw to root files
* rootfilepublisher.C
  Added example/test macro for RootFilePublisher and RootFileWriter