updated handling of include paths

Removed call to SetOldRCUFormat, which is only needed for testbeam data

Further improvement of peak finding; more robust fit

Furter developement on the Shuttle:

- Shuttle now connects to the Grid as alidaq. The OCDB and Reference folders
are now built from /alice/data, e.g.:
/alice/data/2007/LHC07a/OCDB

the year and LHC period are taken from the Shuttle.
Raw metadata files are stored by GRP to:
/alice/data/2007/LHC07a/<runNb>/Raw/RunMetadata.root

- Shuttle sends a mail to DCS experts each time DP retrieval fails.

Fixed bug in raw data unpacking; Added pedestal to signal fit; Added logic to deal with high/low gain

In case of online, one has to create the calibration object first

New QA classes by Sylwester

CDB base folder is now created recursively if needed

Adding new function (Marian)

 AliXRDPROOFtoolkit::XRDCopyDir(const char * idir, const char * files, const char *odir, Bool_t zip){
  //
  // idir  - input directory
  // odir  - output directory
  // files - the list of files to be coppied
  // zip   - not supported yet
  //
  // Example :
  //
  // idir ="root://gsiaf.gsi.de:1094//sma/sim/v4-05-Rev-03/pp/0000";
  // odir ="root://lxgrid2.gsi.de:1094//miranov/test/pp/0000";
  // char *files="AliESDs.root AliESDfriend.root Kinematics.root";

correction in usage example

Removal of obsolete error message

Replacing AliFatal by an AliError in GetIndex to avoid a crash in case of a corrupted input file in Shuttle (Laurent)

DAQ Detector Algorithm with documentation

Coding conventions

Coding conventions, removing compilation warnings

Coding conventions, removing compilation warnings, consistent usage of const

Improved managing of temporary folders, which weren't correctly handled.
Resolved bug introduced in StoreReferenceFile, which caused SPD preprocessor fail.

Updated GRP preprocessor (to be validated with Panos)

- HOMER library manager completed
- pure virtual interface for HOMER reader and writer added
- HLTOUT component completed (untested)
- fixes in documentation

Corrected upper limit for material indices.

Switch of delta-rays with -1. instead of high threshold.

Provide a special IO ctor for the parameter singleton classes

PHOS altro mappings stored in the CDB

Macro to create the PHOS altro mapping from the ascii files and store it in CDB. The corresponding CDB directory is added

TPC altro mappings stored in the CDB

Macro to create the TPC altro mapping from the ascii files and store it in CDB. The corresponding CDB directory is added

Obsolete code. The mapping classes are in the RAW package

Changes needed in order to enable the root i/o for the altro mapping objects.

Special particles added in AddParticlesToPdgDataBase()

Correct time for primary ionisation steps.

Update by Raphaelle

Online LookUpTable the same as offline

bugfix: modules can be disabled manually

Coding violation  reduction  (Stefan)

Minors...Just ordering the libraries

enabled automatic LinkDef generation

Using symbolic particle types everywhere

added agent for AliHLTComp library

Updating the class id for I/O

coding violation fixed

Increasing Class version

Removing newling

Added QA for Raws

added framework for libAliHLTComp

added HLTOUT treatment for HLTReconstruction

minor corrections for consitent header files

further work on HLTOUT component;CDH and HLT OUT Event header;bugfixes in AliHLTOUTHomerBuffer

coding violation fixes

- compined HLT/AliRoot build system adapted to phos and trd library
- minor corrections/enhancement in HLT build system

Coding violation removal (Marian)

Eliminating coding violations (Marian)

Improving error message

New function StoreRunMetadataFile added to TestShuttle package
This function can be used by GRP only. It stores raw data tags merged file to the
raw data folder (e.g. /alice/data/2008/LHC08a/000099999/Raw).

New function StoreRunMetadataFile added to preprocessor and Shuttle interface
This function can be used by GRP only. It stores raw data tags merged file to the
raw data folder (e.g. /alice/data/2008/LHC08a/000099999/Raw).

KNOWN ISSUES:

1. Shuttle cannot write to /alice/data/ because it belongs to alidaq. Tag file is stored in /alice/simulation/... for the time being.
2. Due to a bug in TAlien::Mkdir, the creation of a folder in recursive mode (-p option) does not work. The problem
has been corrected in the root package on the Shuttle machine.

New function StoreRunMetadataFile added to preprocessor and Shuttle interface
This function can be used by GRP only. It stores raw data tags merged file to the
raw data folder (e.g. /alice/data/2008/LHC08a/000099999/Raw).

KNOWN ISSUES:

1. Shuttle cannot write to /alice/data/ because it belongs to alidaq. Tag file is stored in /alice/simulation/... for the time being.
2. Due to a bug in TAlien::Mkdir, the creation of a folder in recursive mode (-p opiton) does not work. The problem
has been corrected in the root package on the Shuttle machine.

Eliminate coding violation (Marian)

introducing the all-MODULE target by default

libpthread is now need by root 5-17/04

Minor changes needed to generate pedestal for calibration

Updated DA for STANDALONE PEDESTAL runs

New class for particle selection

Corrected coding violations

macro added: library checks specific to each HLT module

AliT0Parameters fro online lookuptable

Use AliMUONVTrackStore rather than TClonesArray,
which is incorrect after Laurent's complete change of data storage in MUON.
(Artur)

- Removed obsolete functions
- Removed obsolete data members
- Added function MaskPeaks
- Added constant members for pad status
- Revised usage of the pad status word
- Some algorithm adjustments
(Sasha)

- Added function Param2Coef
- Revised usage of the pad status word
- Some improvements for complex clusters
(Sasha)

coding conventions

silvermy@ornl.gov; coding violations (comments) update

New macro for visualization of the HMPID clusters (Jouri)

Error in alias name definition (suggested by A. Colla)

solve new dependencies of libSTEER (libProofPlayer); temporary fix for circular dependency; sequence of checks corrected to allow better error messages

Avoiding the creation of empty fles with funny dates

Adding MtgCurrent.dat input file for trigger
(Laurent)

Fixed ChamberNumber(), which was it was not working properly.
It was missing a few hits. Make it use a binary search,
since the chambers are in order.
(Artur)

Improved error handling
(Laurent)

Improve Makefile generation for violation checking

Correct error message in case of wrong detector code

MUONTrigger.C restored thanks to Laurent (Philippe C.)

Moving non-implemented copy constructor and assignment operator to the private section of the class

Fix: OCDB init moved from constructor to DoInit function.

AliTPCRecoParam derives from AliDetectroRecoParam (Marian)

Using a TChain instead of a TTree

QA can be switched off SetQA(kFALSE)

Update the help message

New DA targets in order to facilitate the building and installing the DAs on the DAQ build server. The new targets are documented here: http://aliceinfo.cern.ch/static/people/cheshkov/da-packaging/

Added method GetDeltaForBranch getting the delta transformation, for a sensitive alignable volume, including all displacements up in the same branch

Symmetrizing handler calls in AnalysisManager.

Obsolete code removal

Call fTreeA->SetDirectory(0) in the proof case.

Bug in raw data sector assignment for reference PM corrected

Debug print commented

Moving the AliDCS* classes to CDB - fixing circular dependency with STEER

ZEM signal not yet splitted in ZDC ESD

ZEM signal not yet splitted in ZDC ESD

ZEM signal not already splitted in ZDC ESD

Updated classes to cope with new digits/raw data

bugfix: crash at component cleanup fixed

Tools for embedding

Implement the merging of all QA data files