Fixes for Coverity + changes to take into account the improvements of the analysis framework

In AliMUONTriggerChamberEfficiency:
When calculating efficiencies starting from the division of two histograms, a TGraphAsymmErrors is produced via TGraphAsymmErrors(const TH1* pass, const TH1* total, Option_t *option); following the guidelines of Page 27 of http://pdg.lbl.gov/2009/reviews/rpp2009-rev-statistics.pdf, the Clopper-Pearson 68% method is now used to determine errors. Explicitly specifying this option also prevents a segfault that occurs with the "tagged" v5-27-05-build1 of ROOT (rev.35249).
(F.Bossu, D.Berzano, D.Stocco, L.Bianchi)

changes by Simone Schuchmann

Tree filling introduced, plus minor changes (D. Perrino)

AliTPCCalibCE.cxx.diff          New algorithm using in addition the laser tracks to be independent of time0 offsets
AliTPCCalibCE.h.diff            New algorithm using in addition the laser tracks to be independent of time0 offsets
AliTPCcalibDB.h.diff            Add Getter for the new DV entries in the CE OCDB entry
AliTPCcalibDButil.cxx.diff      Add functionality to retrieve new DV entries and do P/T correction
AliTPCcalibDButil.h.diff        Add functionality to retrieve new DV entries and do P/T correction
AliTPCCalibPedestal.cxx.diff    Update Merging (call Merge of base class)
AliTPCCalibPulser.cxx.diff      Update Merging (call Merge of base class)
AliTPCCalibRawBase.cxx.diff     Add first and last timestamp of processing, add Merge function
AliTPCCalibRawBase.h.diff       Add first and last timestamp of processing, add Merge function
AliTPCCalibRaw.cxx.diff         Remove obsolete timestamp (now in base class), update merging
AliTPCCalibRaw.h.diff           Remove obsolete timestamp (now in base class), update merging
AliTPCcalibSummary.cxx.diff     Add entries for the new online DV calibration part
AliTPCLaserTrack.cxx.diff       Update reading of data base file
TPCCEnewda.cxx                  New online drift velocity calibration DA

(Jens)

   1- Storing in the output of the cuts object
   2- Implementation of the candidate selection at the Analysis Cuts level taking into account the reflections, and switching off the PID, and including the modification Andrea mentioned this morning
   3- Implementation of the PID step in the "correct" way (including all the selection levels)
   4- Possibility to fill the container using weights
ChiaraZ

add filter bit to output name if it is not the default one

- fixing coding violations

fixed coding violations (Jason)

Correcting coding violations in HadEt classes, adding container class for hadronic corrections which will be used by AliAnalysisHadEtReconstructed

possibility to pass plugin run mode as argument + libraries loaded in the same way for local running as for plugin

adding data type kAliHLTDataTypeESDContent for data blocks designated for ESD
and kAliHLTDataTypeComponentFwdTable for forwarded component table entries

Take automaticaly the gain factors used during the reconstruction

Fixes for coverity.

The vertexer and multfinder will run even if ITS reco and local-reco
are not requested, provided the fFillESD.Contains("ITS").
Needed to run vertexer and trackleter with existing recpoints w/o running
full ITS reco.

Fixing violations of coding conventions

Changes to solve bug #69394 - tested also in reco

add functionality to locally fit the track using linear fit (for B=0T)
add option to calculate clusters residuals against the linear track fit

added ration ITS global/TPC

Added function GetEstimatedCrossPoint to evaluate most probable track
point in the x-z plane for the case of row cross tracklet

script to draw dN/deta

removing a printout

add wrapper to TESTBIT macro to select TRD tasks

From P. Gonzales: Adding Dalitz task, updates accordingly

Added AddGammaConvDalitz.C macro
Updated ConfigGammaConversion.C to deal with dalitz

Modifications to the computation of residul background in the physics selection, needed to comply with the new trigger definition.
Now you can choose for which triggers you want the BG to be computed. The 3rd argument of AddTaskPhysicsSelection.C is a mask of trigger bits, e.g.:

AddTaskPhysicsSelection(isMC,1,AliVEvent::kMB);

Initialize newer arrays of histograms in case of Terminate execution to avoir problems with plugin

Added SetNworkersPerSlave() and SetProofConnectGrid() methods for the proof mode of the plugin. Enabled local analysis via the plugin. This requires specifying a file containing file names via:
SetFileForTestMode in the plugin.

Added GetIMass() function

bug fix: MC labels were not read in AliHLTTPCClusterfinder::ReadDataUnsortedDeconvoluteTime(). It produced
crash in AliHLTTPCPad::GetCandidateDigits()

Unuseful print commented

Fixes for bug #69394

Corrected order of libraries for static build

Coverity UNINIT report corrected

protect against missing cluster in tracklet

Adding the Pi+ Pi- Pi0 omegas to AoD

streamline electron efficiency code

Handle tracklets, and use event ids

correlations study macro

After playing, Andrew needs to cleanup :-)

Cleanup

fix warnings

Moved fRemoveDaughtersFromPrim to base class and added signature of IsSelected that takes also AliAODEvent

Remove extra copies of the function. It's a mystery how they got there :)

Use ESDs directly in data pattern, not tag files, old tag files currently not compatible with aliroot trunk

From Stefano: Add missing macro to display AliEveBeamsInfo object.

AliEMCALRecPoint:Calculate distance to bad channel in cell units. Correct coverity reports.
AliEMCALGeometry:Remove include of AliEMCALRecPoint, not needed anymore
libEMCALrec.pkg: put AliEMCALTracker in include, for usage during analysis.

Correct time trigger threshold for digits to raw generation to reproduce data, correct coverity reports

Building both the shared and static libraries

Corrected order of libraries for static CMake

bug fixed for alignment, removed alignment database access from AliPMDUtility class

bug fixed for alignment, removed alignment database access from AliPMDUtility class

Futher development of macros for AliEve preparations for PbPb
(added more track colors schemes, some unnecessary lines are now removed)

The Root libraries should not be addedt to ELIBS

Initial autocorr checkin.

Bugfix

revert changes not ready in classes

remove unsused classes

Fix for RETURN_LOCAL problem reported by Coverity

Fix for ENUM_AS_BOOL problem reported by Coverity

Fixing a memory leak (the fact that mch was using some of the mtr indices lead to some QA objects not being properly deleted)

Fixing memory leak

Fixing typo (of no consequence)

changes for updated AliESDtrackCuts for ITS stand alone tracks

bugfix: CDBManager caching was overrun for objects on the GRID due to missing subversion
bugfix: HLT/Calib/StreamerInfo could not be loaded because the run number was invalid in the request

EMCAL: add histograms to find pi0 in single SM or different combinations of SM, add patch to be abble to read AODs produced before Virtual classes introduction, add possibility to fill channel histograms only if 2 clusters come from same SM
Few COVERITY corrections in all the classes.

updating small script to merge grid files

adding small script to merge grid files

Warnings corrected.

renamed on request.

Fixing RESOURCE_LEAK reported by Coverity

wrong counting of RPs! it would decrease the counter for every track not passing the cuts

fix memory leak signalled in bug 72189

remove MC publisher from D0 trigger inputs because of memory consumption in AA data, evaluation of the trigger component has to be done decoupled from the component itself

adding keyword Id

Possibility to use  TGeoMatrix functionality
Convinient for fitting of the laignment parameters
(Marian)

Add tracklets

First working merge version.

updates for running with alien plugin

bug fix: EndOfSpace error flag was not returned as it was rewritten in FillMCEvent() by other flag

bug fixed: FillMCJets() crashed whith NULL event header as input

Cleanup of collisions geometries and headers.

Added histograms to monitor vertex efficiencies and pile-up detection (Leonardo, Gian Michele)

back to ideal alignment

Major update of the framework

Leftovers from debugging cleaned up.

Combined event ID complaint with the DAQ software.

Warning fixed

Savannah bug 71585 fixed (F.Bellini)

Corrections for test mode of the plugin in proof.

Adding macro to perform sanity checks on the global HLT trigger decision objects.

Fixing problem found by Coverity.

lookUpTable with 2 new open channels

Protection added

Fix for
bug #72549: Use MeanVertex instead of MeanVertexSPD in sim.C
https://savannah.cern.ch/bugs/?72549

classes needed to read tree

first working version

- Copy constructor added
- Used in AliGenCocktailAfterBurner

Adding the online v0 trigger bits which are already available (and filled correctly) in the esd for both data and mc.

new macro to create D* cuts class (Alessandro)